Ann C Gregory

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Ann C Gregory

文章数：5篇

宏观多样性

MetaPop：探索微生物组宏观和微观多样性的工具

本研究中，作者介绍了 MetaPop，这是一种开源生物信息学流程，其提供了一个单一界面来分析和可视化宏观和微观多样性水平的微生物和病毒群落宏基因组。作者将 MetaPop 应用于接受粪便菌群转移的自闭症儿童及其神经正常同龄人的肠道病毒组，发现仅在宏观层面进行分析可能会遗漏重要的生物学差异。作者表示标准化的种群和遗传变异分析对于最大限度地进行生物学推断是非常宝贵的，而 MetaPop 提供了一个方便的工具包来探索菌群中宏观和微观多样性的双重影响。

宏观多样性可视化生物信息学肠道病毒组自闭症儿童

人类肠道病毒组

Cell子刊：研究人肠道病毒组的重要新资源

目前关于人肠道病毒组的研究至少发表了32项，但不同研究之间存在不一致的结果。Cell Host and Microbe发表的一项新研究中，美国俄亥俄州立大学的研究者对这32项研究的数据进行了整合，构建了一个系统性的人肠道病毒组数据库，用其评估了这些研究的偏倚性和不同研究方法对病毒数据的影响，并分析了人一生中的病毒组演变规律。该研究为今后的肠道病毒组研究提供了重要资源。

人类肠道病毒组 gut microbiome Virome database Bacteriophage

海洋宏基因组

Cell：全球海洋微生物群落的宏转录组

Tara Oceans 项目组在之前介绍海洋微生物群落的分类学和基因组组成方面结果的基础上（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1074539881），近日又推出了海洋宏转录组在全球范围内如何变化的研究成果。这项发表在 Cell 杂志上的论文向我们展示了来自全球分布的 126 个采样站的 187 个转录组和 370 个基因组的数据集，包括 4,700 万个基因的资源。研究主要基于维度（极地到非极地）和深度差异，发现了海洋微生物群落的演替和微生物转录组变化的多样性差异。总的来说，全球气候变暖能够驱动海洋微生物群落转录组的变化，直至出现群落更替的现象。

海洋宏基因组宏转录组海洋菌群宏基因组测序气候变暖

微生物生态学

Nature Reviews：合成生态学助力人肠道菌群研究（综述）

肠道菌群是一个复杂的生态系统，目前人们对于菌群内不同成员之间的互作关系和机制，仍然所知甚少。用合成菌群作为模型，有助于解决这一问题。Nature Reviews Microbiology近期发表了由比利时鲁汶大学Jeroen Raes主导的综述，详细阐述了人类肠道菌群的合成生态学研究所涉及的3个主要方面，并依次分析了每方面的研究现状以及所需要解决的问题。

微生物生态学合成生态学肠道菌群 Joanna Aldoori Mark A Hull

Autism spectrum disorders (ASD)

Microbiome：粪菌移植显著改善自闭症儿童症状

最近备受关注的一篇日报分享文章，针对18名自闭症儿童的粪菌移植疗法取得很好效果，再次推荐阅读。

Autism spectrum disorders (ASD) clinical trial Fecal microbiota transplant (FMT) gut bacteria Gut bacteriophage