Adrian Tett

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Adrian Tett

文章数：11篇

肠道共生菌

Cell子刊：Prevotella copri的种内多糖利用差异

Prevotella copri是人类肠道普雷沃氏菌属中最普遍的一种细菌，与饮食和疾病相关。Cell Host and Microbe发表的一项研究分析人类肠道中的83个P. copri分离菌，表明这种细菌不同菌株间具有广泛的基因组变异和多糖利用基因差异，并通过体外培养试验确认了其对膳食植物（而非动物）源的多糖利用差异。

肠道共生菌 Diet human microbiome intestinal commensals whole genome sequencing

人肠道细菌

Cell子刊：揭秘西化人群中缺乏的Prevotella copri

Prevotella copri是常见的人类肠道细菌，尤其存在于非西化人群中，这种菌在健康与疾病中的作用仍有不小的争议。Cell Host and Microbe近期发表的一项研究，分析了超过7000个宏基因组中>1000个P. copri基因组，结合对古人类化石样本的分析，充分揭示了这种菌的种内多样性和在不同人群中（西化vs非西化）的存在情况，及其与人类共生的进化史，表明西化进程（尤其是相关的饮食变化）可能导致了这种菌在人类肠道中不断减少。

人肠道细菌 human microbiome metagenomics Prevotella copri comparative microbial genomics

评估个人护理产品对皮肤和口腔菌群扰动的安全性（综述）

2016年10月英国的一个为期2天的研讨会上，31位专家对靶向皮肤和口腔微生物组的个人护理产品的安全性考虑因素等问题进行了探讨，并将相关讨论内容发表在Clinical Microbiology Reviews上，推荐专业人士关注。

皮肤菌群口腔菌群个人护理用品安全性微生物组扰动

饮食-菌群-宿主

Cell子刊：具体哪株菌，饮食来决定

肠道普雷沃菌对人类健康的影响具有争议。本研究纳入多个意大利人粪便菌群研究数据，发现Prevotella copri菌株类型和功能的人群间个体差异受饮食结构的影响显著，可能因此对宿主健康带来不同的影响。本文的结果对研究饮食-微生物-宿主互作具有重要参考价值。

饮食-菌群-宿主 Prevotella copri 意大利人人体研究宏基因组

环境微生物

宏组基因组和培养组联合揭示热泉微生物组成和功能

泉水提供了重要的生态系统服务，包括饮用水供应、娱乐和水疗，但其微生物群落在很大程度上仍然未知。在这项研究中，我们在温泉的四个采样点包括自然（泉水和井）和人为（储水箱，浴缸）环境的四个采样点表征了意大利Comano Terme的泉水微生物组。这项研究证实，地下水环境中存在着由许多未知类群组成的高度适应的，稳定的微生物群落，甚至存在于可培养的部分中。

环境微生物温泉宏基因组培养组学细菌基因组

人类微生物组

Cell：9428个人体宏基因组！探索全球人类微生物组中的广大未知

Cell发表的一项微生物组最新研究，对32个国家不同人群、生活方式、年龄段和身体部位（粪便、口腔、皮肤和阴道）的9428个人体宏基因组进行大规模组装，发现了大量的未知微生物物种和基因组，使人类微生物组的参考基因组规模翻了1倍，大大扩展了人们对人体微生物组多样性的认知，将为后续研究——特别是在菌株水平的肠道和口腔微生物组研究，提供很大助力。

人类微生物组 human microbiome metagenomics metagenomic meta-analysis metagenomic assembly

母婴肠道细菌传递

Cell子刊：孩子继承母亲的肠道细菌有什么规律？

Cell Host and Microbe刚刚上线的另一项母婴菌群传递的研究中，在44对母婴中，在菌株水平揭示了母亲向孩子传递肠道细菌的两种主要模式及决定因素，并分析了抗生素耐药基因在母婴间传播的情况。

母婴肠道细菌传递菌株水平分析抗生素耐药基因 gut microbiome Cristina Palacios

Cell子刊：婴儿的菌群发育，母亲的直接贡献很大

Cell Host and Microbe刚刚上线一项母婴菌群纵向传递的研究，结合宏基因组学和菌株水平的计算方法，表明母亲身体多个部位的菌群参与了婴儿口腔和肠道菌群的发育，其中母亲的肠道菌群贡献最大，婴儿自身的生理环境选择也对菌群塑造有重要作用。

婴儿菌群母婴传播菌株水平分析 Infant microbiome Shotgun metagenomics

尿路致病性大肠杆菌

Cell Reports：菌株水平研究的新方法

新方法，又可以在宏基因组数据中分析出新结果。

尿路致病性大肠杆菌坏死性小肠结肠炎早产婴儿宏基因组测序菌株水平

Nature子刊重磅：从宏基因组信息鉴别菌株信息！

① 本文介绍了一种利用宏基因组数据完成菌株鉴别的工具——PanPhlAn；② PanPhlAn根据一个物种的泛基因组，确定在一个物种的不同菌株中有无哪些基因，可得到菌株功能及其致病潜能；③ PanPhlAn能识别造成疾病爆发的菌株，且可对已知菌株和新菌株进行鉴定和比较；④ 结合转录组数据，PanPhlAn能分析相应菌株在复杂的群落中的转录活性；⑤ PanPhlAn克服了宏基因组组装相关的局限性，即使对于参考基因组很少的物种，也能很好地进行菌株鉴定。

宏基因组菌株鉴定

Nature子刊：宏基因组物种分类和定量工具MetaPhlAn2

MetaPhlAn2是基于标记基因的快速物种分类和定量工具，由哈佛大学Curtis Huttenhower团队和意大利特轮托大学Nicola Segata(出自Curtis Huttenhower组)团队共同出品，是MetaPhlAn工具的升级版，截止19年9月4日软件两版累计引用1335(853+482)次。是肠道宏基因组研究中物种组成分析的首选工具。日报之前报导过的相关工具还有《MGX框架——宏基因组分析的新方法》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1075688938）、想要专门分析病毒组，有《Nature子刊：分析病毒组的新工具》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1081676963）等。

宏基因组宏基因组序列分类宏基因组物种分类标记基因