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宏转录组
文章数:29篇
NMPFamsDB
NMPFamsDB:来自微生物宏基因组和宏转录组的新型蛋白质家族数据库
近20年的宏基因组数据和宏基因组分析,仍然没有真正的分析透来自宏基因组本身的蛋白质家族,到目前为止,我们所知道的蛋白质家族中有很大一部分(约30%-50%)仍然没有任何已知的功能。近日,雅典国立和卡波迪斯蒂安大学研究人员在Nucleic Acids Research发表最新研究,构建了一个新型宏基因组蛋白家族的公开数据库(NMPFamsDB;https://bib.fleming.gr/NMPFamsDB),极大地扩展了目前参考基因组中已知蛋白质序列簇的数量,值得关注。
NMPFamsDB
蛋白质家族数据库
研究论文
基础研究
序列比对
体育活动
肠道菌群助力运动减重
超重和肥胖是全球性的健康问题,肠道菌群可调节宿主能量平衡和肥胖相关的代谢反应。体育活动会增加能量消耗,因此通常用于控制体重,但肠道菌群是否能调节体育活动与体重的关联性仍然未知。Microbiome最新一项研究利用两个队列中的综合流行病学、鸟枪法宏基因组和宏转录组数据,并围绕肠道菌群对短期和长期体育活动与多种体重测量指标之间关联的影响进行检测。数据表明腐烂别样杆菌可以增强体育活动与体重之间的有益关联,提示肠道菌群或可作为提高体育活动在体重管理中功效的新策略。
体育活动
体重变化
医学研究
研究论文
腐烂别样杆菌
宏转录组
基于宏转录组了解人类健康 (综述)
宏转录取提供了一种探究微生物在机体内转录活动的的有效方式,尤其是有利于微生物-疾病相关分析。本文分析了宏转录组在分析人类健康或疾病方面的有利或不利方面,重点关注微生物较少或者微生物紊乱的部位。文章认为,宏基因组的广泛应用和菌群活动相关知识的积累,有助于揭示菌群-机体互作,并为进一步的菌群诊断提供可能。
宏转录组
综述
蜜蜂
国内团队:大规模基因组监测揭示中国蜜蜂病毒的流行和进化特征
近年来,蜜蜂的经济和环境价值受到全球蜂群崩溃的严重挑战,这些崩溃通常是由传染病爆发引起。然而,由于缺乏全球范围内的大规模和纵向基因组监测,研究人员对蜜蜂病毒多样性、流行性和传播性的了解在很大程度上是模糊的。近日,中国农业科学院蜜蜂研究所徐书法、山东第一医科大学史卫峰及团队在Microbiome发表最新研究,通过宏转录组测序对中国不同地区有临床症状(爬行或颤抖等)东、西部蜜蜂及体外寄生虫螨约2000样本进行了详细表征,强调了中国两种主要蜜蜂物种中已知致病性蜜蜂病毒的广泛多样性和高流行性和遗传多样性,还鉴别到多种新的病毒并命名,对于未来使用合理干预手段减轻蜜蜂的病毒性传染病非常重要,值得关注。
蜜蜂
病毒组
研究论文
基础研究
全基因组
MGnify平台
用于微生物组序列组装、分析和存档的MGnify平台更新
MGnify平台(https://www.ebi.ac.uk/metagenomics)可用于微生物组序列组装、分析和存档。近日,欧洲分子生物学实验室在Nucleic Acids Research上发表最新研究,进一步扩展更新了MGnify平台。3年来,MGnify不仅在包含的数据集数量方面有所增长,而且还增加了分析的广度(如对长读长序列的分析),并且在蛋白数据库、API以及web网页端都做了较大的更新,并且用户还直接远程控制服务器分析微生物组数据,便于微生物组分析惠及大众,值得关注。
MGnify平台
微生物组数据分析
研究论文
基础研究
生信分析工具
RNA病毒
Cell:全球RNA病毒组的扩展揭示出新的进化分支
噬菌体在人类肠道微生物组的生态学中具有重要作用,但在参考数据库中的代表性不足。2021年,美国劳伦斯-伯克利国家实验室Nikos C. Kyrpides等人,对11810个人类粪便样本的宏基因组进行大规模的病毒基因组组装,构建了宏基因组肠道病毒目录(包含189680个病毒基因组草图)。近日,Nikos C. Kyrpides联合其他研究人员在Cell发表最新研究,通过挖掘5150个不同的宏转录组,鉴定出超过250万个RNA病毒重叠群,鉴定出2个新的噬菌体门和多个噬菌体纲、目,极大地的扩展了噬菌体的进化分支。总之,目前对全球RNA病毒的采样远远没有达到饱和,未来仍需进一步整合,提高我们对RNA病毒圈的认识。
RNA病毒
宏转录组
研究论文
基础研究
病毒组
RNA病毒测序
赵方庆+赵翔:开发高效捕获RNA病毒基因组的宏转录组建库测序新技术
该研究构建了宏转录组建库测序新技术Tn5-mediated RNA sequencing with rRNA Removal (TRIM)。鉴于病原鉴定要求很强的时效性,该技术基于Tn5转座子酶切割DNA/RNA杂化双链的新特性,大幅简化宏转录组建库流程,缩短建库时间,并通过增加去除人和细菌rRNA的步骤有效提高RNA病毒检测的灵敏度,其是一种快速、价廉,对RNA病毒更敏感的宏转录组测序建库方法,适用于临床上对SARS-CoV-2共感染的研究,并可用于帮助发现和鉴定未知病原。
RNA病毒测序
反转录
TRIM
SARS-CoV-2
宏转录组
炎症性肠病
Nature子刊:IBD转录组和宏转录组meta分析平台
Nature Computational Science近期发表文章,介绍了一个用于炎症性肠病(IBD)转录组和宏转录组荟萃分析的平台,可用于相关研究的数据挖掘。
炎症性肠病
数据库
Computational platforms and environments
INFLAMMATORY BOWEL DISEASE
RNA sequencing
干酪乳杆菌Zhang
内蒙古农业大学:干酪乳杆菌Zhang在肠道内的“变化”
益生菌进入人消化道后,其复制和基因表达发生了哪些变化,目前人们还所知甚少。这限制了对益生菌的益生机制的理解。NPJ Biofilms and Microbiomes近期发表了内蒙古农业大学孙志宏与团队的研究,海南大学张家超为共同第一作者。该研究通过宏基因组和宏转录组分析,揭示了益生菌干酪乳杆菌Zhang进入人肠道后,其基因表达模式发生的适应性变化,以及对肠道菌群的影响,为理解益生菌与宿主肠道(包括其中定植的菌群)之间的相互作用提供了新知。
干酪乳杆菌Zhang
宏基因组
宏转录组
肠道菌群
益生菌
饮食-菌群互作
不同类型的膳食碳水化合物如何影响人肠道菌群?
饮食中的碳水化合物类型,可能通过改变肠道菌群及其衍生代谢物,来影响心脏代谢风险。American Journal of Clinical Nutrition近期发表的一项临床研究,探索了富含简单、精制或未精制的膳食碳水化合物的饮食,对人肠道菌群组成/功能及特定代谢物的影响。研究表明,吃未精制碳水化合物饮食对肠道菌群和次级胆汁酸有少量影响,可能有助于改善心血管代谢风险因素;简单和精制碳水化合物对肠道菌群的组成和功能也有不同影响。
饮食-菌群互作
膳食碳水化合物
carbohydrate quality
Microbiome
metatranscriptomics
MetaRibo-Seq
Nature子刊:微生物组的宏翻译组检测技术
目前没有方法可以测量微生物群落中未培养生物基因的大规模翻译,本文作者开发了MetaRibo-Seq,一种同时在微生物组样本中对数十到数百种生物进行核糖体分析的方法。MetaRibo-Seq在模拟微生物群落中以金标准Ribo-Seq为基准,并应用于五种不同的人类粪便样品。作者演示了此技术的两个应用:首先,MetaRibo-Seq可识别小基因。其次,RNA-Seq和MetaRibo-Seq的组合应用可识别转录本的翻译差异。MetaRibo-Seq可以在微生物组中进行全面的翻译分析,并可以识别以前未注释的小分子蛋白。
MetaRibo-Seq
翻译
宏转录组
小分子蛋白质
人类粪便
抗生素抗性基因
中科院微生物所:人、鸡和猪肠道微生物抗生素抗性基因表达谱
肠道微生物是抗生素抗性基因(ARG)的储存宿主。然而,关于肠道微生物中ARG的存在(宏基因组DNA水平)和表达谱(宏转录组RNA水平)的信息有限。中科院微生物研究所高福与团队在《Environment International》发表一项研究,通过宏基因组测序和宏转录组测序对来源于人、鸡和猪肠道微生物中的ARG进行了基因组和转录水平的分析,加深了对ARG在人、鸡、和猪肠道菌群中的分布、进化和传播的理解。
抗生素抗性基因
肠道微生物
metagenomics
metatranscriptomics
gut resistome
宏转录组
Science子刊:宏转录组数据中被忽视的ssRNA噬菌体序列
噬菌体作为地球上数量最多的一种细菌病毒,人们对其种类的认识非常有限。传统的用于分离鉴定噬菌体的方法,因其通量低且对特定噬菌体具有偏好性,难以满足需要。而从微生物宏基因组/转录组数据中鉴定噬菌体序列则高效且全面得多。发表在Science advances上的一项研究,对已发表的微生物宏转录组数据进行ssRNA噬菌体基因组序列预测,鉴定了上万个新的ssRNA噬菌体基因组序列,其中接近完整的有1015个。该研究将ssRNA噬菌体的数量由目前的十几个扩展至了上千个,极大丰富了人们对于ssRNA多样性的认识。
宏转录组
ssRNA噬菌体
基因组
噬菌体蛋白
隐马尔科夫模型
海洋宏基因组
Cell:全球海洋微生物群落的宏转录组
Tara Oceans 项目组在之前介绍海洋微生物群落的分类学和基因组组成方面结果的基础上(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1074539881),近日又推出了海洋宏转录组在全球范围内如何变化的研究成果。这项发表在 Cell 杂志上的论文向我们展示了来自全球分布的 126 个采样站的 187 个转录组和 370 个基因组的数据集,包括 4,700 万个基因的资源。研究主要基于维度(极地到非极地)和深度差异,发现了海洋微生物群落的演替和微生物转录组变化的多样性差异。总的来说,全球气候变暖能够驱动海洋微生物群落转录组的变化,直至出现群落更替的现象。
海洋宏基因组
宏转录组
海洋菌群
宏基因组测序
气候变暖
黑色素瘤
黑色素瘤患者:肠道菌群vs免疫治疗效果
越来越多的证据表明,黑色素瘤免疫治疗的效果受到肠道菌群的调节。非常少的研究关注这一现象在人体中的体现,也没有一项研究将宏转录组学纳入其中,但这对确定微生物群落中宏基因组功能的表达非常重要。最新发表在Genome Medicine杂志的文章研究了接受免疫治疗的黑色素瘤患者肠道菌群的特点。该研究纳入27名黑色素瘤患者,使用16S rRNA基因和猎枪宏基因组测序的方法对其治疗前粪便中的肠道菌群进行鉴定。并使用500×10倍交叉验证的弹性-净负扣分Cox回归分析了类群和宏基因组通路与无进展生存(PFS)的关系。该研究首次确定了与PFS相关的转录表达宏基因组通路,进一步证明肠道菌群影响免疫治疗效果。
黑色素瘤
Melanoma
immunotherapy
Microbiome
metagenome
海洋菌群
山东大学:低养分富集培养有助于不可培养细菌的复苏和分离
山东大学杜宗军教授团队通过特殊培养基分离鉴定海洋沉积物中的不可培养微生物,获得巨大成功。
海洋菌群
深海沉积物
Enrichment culture
metatranscriptomics
Mixed culture
真菌组
Nature综述:关注真菌组多样性
Nature微生物学综述中的一篇文章总结了当前真菌组研究的进展、问题和挑战。作者认为在测序的基础上考虑物种相互作用等方面,将促进对真菌生态系统的认知。
真菌组
高通量测序
18s rRNA基因
宏基因组
宏转录组
生物信息学工具
Nature 子刊:HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
HUMAnN2 可实现快速宏基因组、宏转录组的物种和功能定量,同时提供功能通路内物种组成信息。
生物信息学工具
宏基因组
宏转录组
Elizabeth Pennisi
Elizabeth Pennisi
土壤菌群
Nature:被严重低估的土壤细菌次级代谢产物
土壤细菌通过生物合成产生大量的次级代谢产物,与环境和其它生物进行互作。Nature本周发表一项研究,通过宏基因组学方法获得了近400个土壤细菌的基因组序列,鉴定出大量的新型生物合成基因,是潜在的抗生素和药物化合物的宝库,推荐专业人士关注。
土壤菌群
宏基因组
宏转录组
酸杆菌门
疣微菌门
牙龈炎
牙龈炎进程中菌群及其基因表达发生了哪些变化
牙龈炎是一种常见的轻度牙周病,由口腔微生物过度生长引起。mBio[IF:6.956]近期发表研究,分析了牙龈炎患者发炎牙齿的龈下菌斑的菌群组成及宏转录组,与健康牙齿菌群对比,有一些有意思的发现。
牙龈炎
龈下菌斑
菌群失调
宏转录组
Dysbiosis
宏转录组
Nature Reviews:宏转录组对IBD的指示作用更好
作者回顾了今年1月Schirmer等人的发表的人群研究,强调了菌群结构对指示IBD疾病状态的局限性,以及利用菌群转录组信息优化对IBD菌群紊乱的指示作用。作者指出菌群结构与基因转录、代谢通路间的关系复杂,并不互为充要条件。本评论对于IBD研究以及其他菌群相关的研究具有借鉴价值。
宏转录组
炎症性肠病(IBD)
菌群稳定性
Nature子刊:老年男性的粪便宏基因组比宏转录组稳定
这是Nature Microbiology同时发表的同一团队的两篇研究论文之一,对比了308名老年男性的粪便宏转录组和宏基因组的稳定性,发现宏基因组稳定性高于宏转录组。这是很值得关注的大样本研究,特别推荐。
菌群稳定性
宏基因组
宏转录组
Stability
Rashmi Sinha
宏转录组
Nature子刊:老年男性粪便菌群中的宏转录组
这是Nature Microbiology发表的一项大样本人群宏转录组研究,针对308名成年男性,做了372份宏转录组样本及929份宏基因组样本的分析,这是迄今为止最大样本数的宏转录组分析研究,值得特别关注。
宏转录组
宏基因组
Metatranscriptome
Gillian A M Tarr
Gillian A M Tarr
炎症性肠病(IBD)
Nature子刊:转录组揭示IBD患者的菌群基因表达水平复杂性
这是Nature Microbiology发表的关于利用宏转录组分析工具揭示炎症性肠病(IBD)患者的肠道菌群基因表达水平差异的研究,充分说明了要结合宏基因组与转录组,才可能真正充分揭示菌群在疾病中的作用机制。只是了解了菌群的物种和基因组成,而不分析基因转录水平的差异,可能并不能充分揭示菌群的规律。很重要的宏转录组研究,特别推荐!
炎症性肠病(IBD)
宏基因组
宏转录组
菌群功能
Mathias Chamaillard
炎症性肠病
Nature子刊:IBD患者的菌群差异,或更多在转录组层面
这是Nature Microbiology发表的关于炎症性肠病患者的宏转录组研究,这是首次大规模分析IBD患者的宏转录组,发现很多基因组丰度不突出的微生物,却可能因为转录组水平高而对健康或疾病起到关键性作用。这或许是会掀起2018年宏转录组研究论文高潮的开篇,我们可以期待今年看到更多相关研究。
炎症性肠病
宏转录组
Xin Li
Iliyan D Iliev
二代测序
FM:食品相关菌群研究必用的测序技术(综述)
这是一篇Frontiers in Microbiology[IF:4.076]上发表的值得所有食品科学领域的人好好读一读的综述,对研究食品相关菌群的测序方法进行了充分的总结和推荐,这是很能帮助涨知识指导实践的文章,值得精读哦。
二代测序
食品菌群
宏基因组
宏转录组
16S rDNA
茅台酱香型白酒
FM:酱香茅台,何菌发酵?
这是关于茅台酒发酵过程中的核心菌群和相关代谢产物变化的研究,关心美酒菌群的人,可以好好品味。
茅台酱香型白酒
宏转录组
裂殖酵母
乳酸菌
Teerapong Yata
大闸蟹
FM:大闸蟹生病,体内菌群发生变化
还有几个月才到吃大闸蟹的最好时间,不过关于大闸蟹的菌群研究,大家可以先享用[呲牙]
大闸蟹
宏转录组
肝胰腺坏死疾病
质谱
Nature子刊:微生物组分析的过去、现在和未来
最近Nature Protocols上关于测序、质谱分析的一篇总结和展望文章,对过去十年技术的进步和未来的方向进行介绍,非常值得一读,强烈推荐。
质谱
宏基因组
宏转录组
宏蛋白质组
宏代谢组