张和平+孙志宏Nature子刊:内蒙古人肠道菌群高质量基因组集合
热心肠小伙伴们 2023-01-06
近日,内蒙古农业大学张和平和孙志宏与团队在Nature Microbiology发表最新研究,基于先前开展的一项益生菌(Probio-M8)酸奶人群干预试验,利用PromethION和HiSeq平台对其中180份粪便样本进行超深度宏基因组测序,通过分析宏基因组中还原出的Probio-M8基因组对组装流程进行了验证,随后基于分箱策略构建了内蒙古人肠道基因组数据集(IMGG)。总的来说,这项研究拉近了我们与“白金”基因组的距离,也提示未来肠道基因组学研究需要重点关注代表性不足的基因组区域。

近年来,基于非培养策略下的宏基因组学分箱技术,为各种自然生态位中大量尚未被培养的微生物提供了参考基因组,也让我们有机会对这些“暗物质”有基本的认识。然而,当下参差不齐的基因组质量和非典型地区人群样本的缺乏限制了我们对暗物质更深入的理解。近日,内蒙古农业大学张和平和孙志宏与团队在Nature Microbiology发表最新研究A high-quality genome compendium of the human gut microbiome of Inner Mongolians,基于先前开展的一项益生菌(Probio-M8)酸奶人群干预试验,利用PromethION和HiSeq平台对其中180份粪便样本进行超深度宏基因组测序,通过分析宏基因组中还原出的Probio-M8基因组对组装流程进行了验证,随后基于分箱策略构建了内蒙古人肠道基因组数据集(IMGG)。IMGG显著提升了基因组元素的分辨率,包括核糖体RNA操纵子(rrn)、代谢基因簇、前噬菌体和插入序列(IS)。特别地,该研究还报道了超400种未培养物种的rrn拷贝数,超12000个未知肠道前噬菌体及其功能特征,以及IS元素在肠道细菌中的分布情况。总的来说,这项研究拉近了我们与“白金”基因组的距离,也提示未来肠道基因组学研究需要重点关注代表性不足的基因组区域。

专家简介
张和平
内蒙古农业大学教授
国家杰出青年基金获得者、长江学者特聘教授
张和平,教授,博士研究生导师。第十四届全国政协委员、全国先进工作者,长江学者特聘教授、国家杰出青年基金获得者、国家有突出贡献的中青年专家;先后入选国家万人计划科技创新领军人才、国家百千万人才工程、全国农业科研杰出人才。国务院颁发的“政府特殊津贴”获得者。他和他的团队以推动我国益生菌科技发展为己任,致力于乳品科学和乳酸菌分子生物学的研究工作,在功能性乳制品的研制、乳制品活性物质研究、乳制品加工技术研究与新产品开发等方面成果颇丰,依托自主创立的优良菌株筛选技术和评价体系,打破国外在这一领域的技术垄断。以第一或通讯作者在Nature Microbiology、Nature Communication、Science Bulletin、EBioMedicine、Pharmacological Research、Trends in food Science & Technology等杂志发表科研论文567篇,出版专著或参编教材9部,授权发明专利44件。现任乳品生物技术与工程教育部重点实验室、农业农村部奶制品加工重点实验室、乳酸菌筛选与乳品发酵技术国家地方联合工程实验室等15个省部级以上科研平台负责人。
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孙志宏
内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室副主任、研究员
内蒙古农业大学食品科学与工程学院博导
孙志宏,博士,内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室副主任,研究员,博士研究生导师。国家杰青、国家优青获得者。主要从事乳酸菌生物多样性、功能基因组与肠道微生物研究,以第一/通讯作者在Nature Microbiology、Nature communications、Trends in Food Science and Technology、Gut Microbes等国际主流期刊发表SCI论文70余篇,授权发明专利20项,参编学术专著3部,参与起草5项质量安全地方标准。获教育部技术发明一等奖、内蒙古自治区科技进步奖一等奖、教育部科技进步二等奖和内蒙古自治区自然科学二等奖等科技奖励,荣获内蒙古自治区“优秀科技工作者”称号和内蒙古自治区青年创新人才奖。
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