本文是 Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology 杂志刊登于2019年9月27日的一篇观点文章，非常值得关注肠道微生物组研究和临床转化的学术和产业界人士认真阅读一下。
今天我们对这篇文章进行了全文编译，以飨读者。
Translating the gut microbiome: ready for the clinic?
原作：Susan V.Lynch, Siew C.Ng, Fergus Shanahan & Herbert Tilg
在过去的20年里，对肠道菌群及其在健康和疾病中的作用的研究进展迅速。
然而，早期的研究焦点主要集中在对现有的微生物进行分类，鉴定不同微生物和疾病之间的相关性，以及使用临床前动物模型来了解表型。
现在，更多研究集中在肠道菌群的功能及其作用机制，以及肠道菌群以外的其它菌群的作用的认识，并推进基于菌群的治疗技术的发展，以便微生物组在临床上得到应用。
在这篇观点文章中，我们采访了一些肠道微生物组研究领域的科学家和临床医生，请他们对肠道微生物研究进行临床转化的主要进展、挑战、解决方案谈谈他们的看法，以及他们对未来有什么样的预期。
Susan V. Lynch 是美国加州大学旧金山分校医学系教授，美国贝尼奥夫微生物组医学中心主任。她的研究专注于肠道微生物组和慢性炎症性疾病，尤其着重于儿童过敏和哮喘以及成人炎症性肠病。
Siew C. Ng（黄秀娟）是香港中文大学内科及药物治疗学系教授，肠道菌群研究中心副主任，菌群创新中心（MagIC）主任和学校发展处副处长。她是 Gut 杂志的副主编。她的兴趣集中在在健康和疾病（如炎症性肠病、癌症和肥胖症）中的人体肠道菌群，以及病毒和真菌在粪菌移植中日益重要的作用研究。
Fergus Shanahan 是爱尔兰国立大学科克大学的名誉医学教授，也是爱尔兰APC 微生物组研究中心的主任，该中心是由爱尔兰科学基金会自2003年起资助的一家研究机构，负责研究肠道中宿主-微生物相互作用。他对能影响疾病进程的大多数事物都感兴趣。
Herbert Tilg 是奥地利因斯布鲁克医科大学胃肠病学、肝病学、内分泌学和代谢系主任。他的主要研究兴趣是在胃肠道和肝脏疾病中的炎症、先天免疫以及与肠道微生物组的相互作用。他是 Gut 杂志的副主编，欧洲胃肠病学联合会科学委员会主席。
问：过去15年里，肠道微生物组研究中最重要的进展是什么？
Susan V.Lynch：
在过去15年里，肠道微生物组研究领域见证了技术、实践和概念的发展，这些发展迅速推进了这一领域，并重塑了我们对人类生物学的看法。
利用宏基因组测序技术，将分辨率提高到菌株水平，并通过评估微生物基因含量，重建了微生物基因组，揭示了肠道微生物组的多样性和强大的功能。
同样，质谱技术的进步揭示了肠道微生物产生的生物活性化合物的多样性，这些微生物既发挥局部作用，又发挥全身作用。
另外，通过肠道菌群移植可以将供体的表型传递给受体，这些研究成果为新疗法或辅助现有疗法提供了可能。
最后，人们越来越认识到，肠道菌群遵循生态学理论的核心宗旨，并且生命早期的菌群可能对健康产生长期影响，这为肠道微生物组建模、肠道微生物组工程和疾病预防提供了可能。
Siew C.Ng：
研究微生物组的新方法，包括分析微生物组的技术手段的进步，如 DNA 提取和高通量测序技术等，使得我们对肠道微生物基因组蓝图及其功能的深入研究成为可能。
大量研究表明，菌群失调与一些肠道疾病之间存在重要关系，如炎症性肠病（IBD）、肠易激综合征、肝硬化、非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）和胃肠道恶性肿瘤等。
重要的是，在疾病的发病机理，耐药性和/或对治疗的反应中，特定的微生物已被鉴定为致病菌，比如具核梭杆菌（Fusobacterium nucleatum）在大肠癌发生和化学耐药中发生作用。
而IBD中的普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）(短链脂肪酸产生菌)丰度低，嗜粘蛋白阿克曼氏菌（Akkermansia muciniphila）可以控制糖尿病和肥胖症，以及奇异变形杆菌（Proteus mirabilis）是动物和人类研究中克罗恩病发病机制的潜在主要参与者。
然而，菌群的构成中仍有许多未知的微生物需要研究，包括过去曾被忽视的但可能与细菌一样重要的真菌、病毒和古菌。这些微生物为研究宿主-微生物相互作用提供了新的维度。例如，在溃疡性结肠炎中，我们以及其他人都发现，肠粘膜病毒发生了显著改变，这可能与发病机制有关。
调节菌群的方法已经有所进步，最大的进步之一是了解饮食对肠道菌群的深刻影响，如高脂饮食、食品添加剂摄入与城市化，这可能导致肠道菌群发生不可逆转的转变。
比如，饮食中可被菌群利用的碳水化合物（膳食纤维）比较少，会导致数代小鼠的菌群多样性逐渐丧失，在重新引入可被菌群利用的膳食纤维后，仍然无法恢复。
从非西方国家移民到西方国家，饮食习惯的改变会使得他们的肠道菌群的多样性和功能的下降，而且下一代的肥胖会增加。
此外，饮食中的乳化剂诱导慢性肠道炎症，通过肠道菌群的介导，促进了易感小鼠的慢性结肠炎的发展，和野生型小鼠的代谢综合征。
这些结果都显示了通过饮食干预改变我们的菌群，从而预防和治疗人类疾病的潜力。
说到菌群疗法，有一种疗法并不适用于所有人。
粪菌移植(FMT)的热度已经爆发，在美国临床试验数据库（ClinicalTrials.gov）中注册了200多项 FMT 临床试验。FMT 在治疗复发性艰难梭菌感染方面非常成功，治愈率为90%。但各种研究表明，不同疾病（如炎症性肠病和肠易激综合征）的治疗结果存在差异性。
这些结果表明，基于供体菌群和/或受体菌群的个性化干预可能与慢性疾病相关，但并非所有菌群疗法都有效！最近两项精心设计的安慰剂对照试验未能证明益生菌对肠胃炎儿童的疗效。
Fergus Shanahan：
最重要的进展是临床。技术、计算和生物信息学方面的发展提高了我们对肠道菌群的认识，但是对临床转化而言，很少有进展能与 FMT 对复发性艰难梭菌相关疾病的治疗效果相媲美的。
当然，FMT 并不是一个新颖的想法，它的使用早在艰难梭菌被发现之前就已经被记录了几千年，但它确实显示了临床观察往往是领先于科学和监管的。
值得注意的是，在一代人之前，两位临床医生取得了也许是微生物医学中最大的进步——幽门螺杆菌被鉴定为消化性溃疡的病因。微生物爱好者可以重温一下这一发现的过程。
我们吃的食物不仅在养活自己，也在养活我们的肠道菌群，这个认知可以说是另一个具有巨大临床意义的进步。这种关联对未来也有影响，因为如果不通过改变饮食来留住补充的微生物，那么补充或替代缺失的菌群的治疗方案很可能会随着时间的推移而失败。
虽然肠道微生物组构成与疾病之间有很多相关性，反映了对疾病的继发性或共有的非特异性微生物反应。但 anti-PD1免疫疗法治疗黑素瘤与其他癌症和肠道微生物组构成之间的关系确实非常特别，因为它开辟了肠道菌群作用的现实前景——利用驱动宿主 T 细胞响应的特定微生物组合以干预肠道菌群。
Herbert Tilg：
肝脏病学反映了医学的一个领域，即在肠道微生物组水平上的治疗干预已经是常见的临床实践，一个显著的例子是肝性脑病（HE），通过乳果糖或利福昔明对肠道菌群的干预可获得临床上有益的作用。
在过去的几年里，我们仍然看到在微生物组和肝脏疾病领域令人兴奋的进展。
早期动物实验表明，肠道菌群对脂肪组织和肝脂肪变性至关重要，非酒精性脂肪肝现已显示出肠道微生物组的特征。
在一项研究中发现，晚期肝纤维化与变形杆菌（Proteobacteria）和大肠杆菌（Escherichia coli）的丰度的增加，以及厚壁菌（Firmicutes）的丰度的减少都有关系，这使得通过微生物组可以预测非酒精性脂肪肝显著的纤维化。
肠道菌群对肝病中代谢物的循环有很大贡献。
一项大型研究调查了代谢组、粪便代谢组和肝转录组之间的相互关系。研究人员鉴定出粪便中的一种主要来源于细菌代谢物——苯乙酸，它不仅与女性非酒精性脂肪肝患者的脂肪变性有关，而且给野生型小鼠注射2周，能增加小鼠的肝脏脂质积累。
宿主有益菌，如嗜黏蛋白阿克曼氏菌（A.muciniphila），会因小鼠和人类的酒精摄取被消耗。在乙醇诱导的实验性肝损伤中，补充该细菌可改善小鼠的肠屏障功能并减轻肝脏疾病。
一项涉及重度酒精性肝炎患者的研究发现，这些患者表现出如下肠道菌群特征：拟杆菌丰度显著降低，而梭杆菌（主要存在于口腔中）富集。
重要的是，每纳克 DNA 中16S rRNA 拷贝数也有显著增加，特别是在重度酒精性肝炎患者的循环系统中，大量饮酒似乎是循环系统微生物组变化的主要驱动力。
研究还发现，乙醇相关的菌群失调降低了吲哚-3-乙酸的水平，并激活了芳香烃受体，从而降低了小鼠肠内白细胞介素-22（IL-22）的表达，导致抗菌 C 型凝集素再生胰岛衍生蛋白3γ（REG3G）的表达降低。
这种变化导致细菌向肝脏转移和脂肪性肝炎，工程菌可产生 IL-22诱导的 REG3G 表达，并减少实验性乙醇诱导的脂肪性肝炎。
在原发性硬化性胆管炎（PSC）方面也有几项微生物组相关研究。以健康人作为对照组，与 IBD 无关的 PSC 患者显示出菌群多样性下降，一些研究发现，韦荣氏球菌属（Veilonella）显示出丰度增加。
此外，将 PSC 患者体内的肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）的特定菌株移植到小鼠体内，发现其破坏了小鼠的肠屏障完整性，导致其他致病菌移位到小鼠的肠系膜淋巴结中，而且在小鼠的肝脏中引发产生白介素-17的辅助性 T 细胞免疫应答。
此外，Manfredo Vieira 等人的研究证实，一种叫做鹑鸡肠球菌（Enterococcus gallinarum）的肠道共生菌转移入肝脏，会引发类似于系统性红斑狼疮的自身免疫性疾病；与鹑鸡肠球菌共培养的肝细胞会产生大量的 I 型干扰素和狼疮自身抗原；重要的是，在系统性红斑狼疮和自身免疫性肝炎患者的肝脏活检样本中可以检测到鹑鸡肠球菌。
这项研究强调了在小鼠和人类肝脏中可以检测到细菌 DNA，并可能引发免疫介导的疾病。
最后，肝硬化与严重的菌群失调有关，其中超过50%的患者中富集了分类上明确是口腔来源的细菌，这表明富集在消化道的口腔菌群会导致或加重肝硬化。一项初步研究显示，FMT 可能成为肝硬化并发肝性脑病的治疗策略。
一项新研究支持了肝脏中的组织微生物的潜在作用，该研究表明，在结直肠癌患者的肝脏转移灶中可以检测到梭杆菌。所有这些例子都反映出我们在微生物组和肝脏医学领域的快速进步。
问：肠道微生物组研究向临床转化的主要挑战是什么？
S.V.L.：
越来越多的证据表明，对肠道微生物组干预的反应取决于沿着胃肠道的微生物组的系统发育和功能基因含量，这些特征在生命早期会随着年龄的增长和健康程度而发生显著变化。
因此，有必要在大型的、标准化的纵向人类微生物组研究中（包括具有临床定义健康结果的代际调查和出生队列），以及在临床试验中获得这些信息。
肠道微生物组的菌株含量和编码基因功能也受到饮食和环境暴露(如抗菌药物的使用)的强烈影响。这种暴露必须在人类微生物组研究中仔细评估，以了解它们在不同生命阶段、不同健康程度下，如何与微生物组的基因含量和功能相互关联。
这一进展将有助于制定减轻或增强暴露的策略，从而可预测地促进微生物功能的特定特征。
这些努力将提高我们对不同生命阶段、健康状况和不同人群中人类微生物组功能变化的理解，这对于模拟人体菌群和开发对菌群差异人群有效的目标干预措施都是必要的。
描述性的微生物群学研究必须与机制研究相联系，以提高我们对肠道微生物及其生物活性分子(单独和整体)如何局部、系统和全面影响人体生理学各个方面的理解。这些集体努力将加强微生物组的建模，并最终促进精确的微生物组干预。
S.C.N.：
大多数最新的微生物组研究揭示了与健康或疾病的联系，但是很难建立因果关系。当在特定的微生物和疾病或健康状况之间发现相关性时，很难显示特定微生物对于发病或与之相反的有益效果的确切含义。
大多数肠道微生物数量很少，难以培养，这阻碍了它们的鉴定和检查其功能，以及明确它们与人类健康的关系。
此外，不同人群之间，以及各大洲、地区和种族之间的微生物组构型和组成也有所不同，这阻碍了对肠道微生物组及其在微生物组筛选、疾病诊断和疾病预防的下游应用的深入理解。
区域特异性微生物组（即受人类宿主居住区域的影响）可能在影响肠道微生物组组成的因素中占主导地位，这影响了微生物标志物在全球疾病诊断中的应用。个体的种族出身可能是未来微生物组研究中需要考虑的一个重要因素。
重要的是，动物和人类微生物组的差异已经制约了动物微生物组的发现向人类的转化，并且在某些情况下，动物数据无法在人类中重复出来。微生物组的改变是多因素的，非常复杂，很难知道其中的原因和结果。
F.S.：
微生物组科学面临的挑战，应包括知识鸿沟、不可复制性、夸大陈述和避免显而易见的问题等。我们对肠道微生物组仍然知之甚少；宿主与微生物之间的相互作用，以及包括病毒在内的微生物组内部未知的“暗物质”，都存在巨大的知识缺口。
这些“已知的未知数”很复杂，但会随着时间和努力而克服。可能需要有准备的可能意外发现的“未知的未知数”。
例如，我们应该尝试控制从母亲到婴儿的肠道菌群的垂直传播吗？我们应该尝试控制新生儿早期定殖的菌群构成，还是干预微生物的横向传播或共享？在现代世界中，重建肠道(修复丢失或缺失的微生物)有哪些限制和危险？
微生物组研究向公众传播也面临许多挑战，包括语言贫乏、夸大其词和“再现性问题”，这些问题普遍存在于科学的所有领域，但微生物组学可能特别容易受到影响。科学期刊对此负有一定的责任，在不懈地追求引用和影响的过程中，一些科学期刊倾向于正面结果而不是负面结果，以及引发轰动的结果而不是渐进的发现。
人类容易轻信个人“体验”的承诺和无根据的菌群干预的声称，这对传播微生物组科学的精确性提出了更大需求。这方面反映出批判性思维能力差，尤其是消费者对风险和利益的评估能力差。
H.T.：
从肠道微生物组测序中获得的知识目前正在迅速发展，这表明肠道微生物组的复杂性可能比以前认为的更为显著。尽管如此，对肠道微生物组的个体分析虽然在技术上是可行的，但尚未达到临床日常实践。
几个具有挑战性的问题仍然悬而未决，应该成为未来几年临床研究的重点：
需要确定最佳的临床队列，同时应考虑混杂因素，以了解正常和特定疾病的微生物组模式；应建立健康和疾病的纵向队列，以了解肠道微生物组如何导致某些疾病；在相关的临床前模型中应确定某些细菌的生物学功能；我们需要了解为什么某些细菌在特定情况下会改变其行为并演变为特定疾病的行为（即成为致病菌）；应使用新的益生元、益生菌、抗生素和/或 FMT 对最有治愈前景的疾病进行随机对照试验。
问：这些挑战的解决方案是什么？临床转化应该在哪里投入？
S.V.L. ：
要解决肠道微生物组研究的挑战，就必须在广泛的优先领域进行投入。
包括投入支持以人为中心的微生物组综合研究，这涉及到微生物学家、计算生物学家、免疫学家、人类遗传学家、流行病学家以及咨询、解释和转化肠道微生物发现所必需的临床专业知识。
同样重要的是投入开发样本收集、处理、数据生成和质量控制的标准化流程，这将提高数据协调和交叉研究比较的能力。
此外，投入建立一个强大的共享数据库，其中包含符合 FAIR (可查找、可访问、可操作和可再现)原则的有质量保证的数据，将允许对以人为中心的更大的、级联的数据集进行查询，并使数据可用性和培训机会民主化。
明确确定微生物对健康和疾病的贡献还需要对新的工具开发进行投入，包括体外工具或能够忠实地重现在人类原位观察到的现象的模型系统，以及有助于对微生物组进行并行评估，在人类样本中进行宿主转录和翻译的工具。
最后，为了促进规模微生物培养和小分子生产，建立一个基因型和表型确定的人类微生物菌株精选库，将提高质量控制微生物治疗开发的能力。
S.C.N：
需要通过使用分离的细菌或鉴定出的代谢物从相关性转变为概念验证。
当我们发现特定菌株与疾病或健康之间的相关性时，要明确该菌株对疾病发作或与其相反的有益效果的确切含义是具有挑战性的。
当假定的候选物已被分离并培养时，有必要以与更长的体内试验相适应的量对其进行培养。我们需要在肠道微生物富集、分离和培养方面取得进展，高通量筛选工作应该是优先事项。而分离出的菌株应存放在一个可公开获得的储存库中。
应该对全球人群进行全面和基础广泛的采样，以建立全面的微生物图谱(细菌、病毒和真菌)并记录稀有微生物，包括某些特定区域或族裔的微生物。
精准医疗应该考虑到微生物组的个体差异会影响治疗效果。因此，应该对研究的参与者制定分层和/或准备措施。
此外，在纳入临床研究时，重要的是确定哪些菌群亚群用于对患者群体（粪便菌群、管腔菌群、粘膜相关菌群或内粘液相关菌群）进行适当分层。
为了更好地将动物微生物组学研究的发现为人类所用，我们应关注临床相关问题，并使用临床相关样本(例如人类粪便样本、人类细菌菌株、疾病状态与健康状态的研究)验证，并随后通过相关且独立的动物模型确认研究结果。
一种可行的方法是从人体肠道微生物组的研究开始，例如横断面研究，更重要的是纵向队列研究，以确定健康和特定疾病的微生物组特征，然后应使用人性化的小鼠模型来验证这些发现。
F.S.：
回归基础微生物学和基础研究值得投入，以弥补知识空白，包括宿主与微生物相互作用的分子基础，这与临床转化是不可分割的。
然而，这个世界并不需要从啮齿动物的研究中获得更多的现象学。当然，动物模型确实有价值，特别是当用于探索基于人类观察的机制时，但相反，通过人为的尝试将啮齿动物的观察与人类疾病联系起来就没有价值了。
在西方世界，微生物组学很可能会继续追求个性化医学，以及针对多种慢性疾病的个体特异性微生物疗法的崇高理想。
这种方法需要将疾病特异性或致病微生物群和更常见的非特异性微生物对疾病的反应严格分开。在某些情况下，肠道微生物组的变化可能代表对疾病的某种适应，因此干预疗法可能是危险的或不适合的。
基于菌群的干预将需要严格的循证医学和强有力的临床试验。此外，随着时间的推移，纵向收集的关于较少数量个体的数据可解决微生物组的动态特性，这比进行大规模的横截面调查更可取。
与此同时，在我看来，对投资的更大需求不在于西方国家，而在于发展中国家。随着对肠道微生物组如何随着整个社会的现代化发展而变化的理解，提前预防西式疾病的出现是很有可能的。
这样的研究并不需要昂贵的跨大陆比较研究，对发达国家少数族裔的研究可以为现代社会的原始肠道微生物组提供一个窗口。
H.T.：
未来的微生物组研究将以临床转化研究为主。为了推进这一领域，我们需要对的“药物”(细菌或细菌衍生的代谢物)，以及在明确定义的临床环境中的随机对照试验，这种方法需要大量的智力和财力投入。
面临的挑战将是选择对的“药物和/或细菌”，这只有通过严格和简洁的临床前研究才有可能。
此类方法的类型可能完全不同，从使用益生元到使用益生菌或抗生素再到 FMT 不等。在未来，在细菌世界中的大量基因也将利于新的治疗靶标的确立。
问：你预计未来15年会有什么进展？
S.V.L.：
在饮食和环境暴露的背景下，通过综合的人类表观遗传学、免疫和微生物组学的研究的促进，未来几十年，可能会为肠道微生物组如何整合这些暴露，以影响人类健康状况提供更强的机理见解。
越来越多的人认识到，生命早期是人类微生物组（和免疫）发展的拐点，这可能会刺激早期生命的干预措施，以预防疾病并为促进幼儿健康的微生物发展轨迹提供蓝图。
随着标准化方面的投入，预计将基于庞大的全球代表性数据集开发精确的人类微生物组功能预测模型。与此相关的是对鉴定可预测疾病发展、治疗反应或药物施用的微生物和相关产物方面的努力。
随着该领域的发展，人们越来越认识到饮食对微生物组和宿主健康的影响。
我们对可以促进微生物组功能的食品的特定分子基础的理解，应该用来促进食品加工过程的改变，以强化食品中的这些特征。此类信息可用于指导和推动增强人口健康的政策。
最后，开发和测试合理设计的微生物组干预措施，以预防疾病或在疾病诊断后控制疾病的发展。我们需要提高我们的鉴定能力，找到有效的、特定的干预措施，并迈向精确微生物组医学时代。
S.C.N.：
特别是在菌株水平上，大量未被充分研究和以前未被发现的肠道微生物将被鉴定出，包括那些在疾病发病机制中具有重要作用的低丰度微生物，包括细菌、病毒和真菌。
我设想进行更多的研究，研究这些微生物的功能，以及改变后的肠道微生物是否在使用无菌动物驱动疾病表达的过程中发挥作用，以及如何发挥作用，而不仅仅是证明其与肝病和胃肠道癌有关。
菌群将被视为下一代药物，未来的治疗或饮食干预可能基于个体肠道菌群的组成。
微生物组分析将被添加到有关饮食、生物药物或癌症药物研究的临床试验中，因为这些信息对于评估临床结果至关重要，有可能为患者选择使用正确的药物。
未来，在患者开始癌症免疫治疗或免疫介导疾病的生物治疗之前，可能首先要对他们的肠道菌群组成进行分析，以确定什么是最佳治疗方法，他们是否能从 FMT 获益，以及他们是否会有反应。
比如预测转移性黑色素瘤中抗 PD1治疗的成功，以及对肠道菌群影响的免疫检查点抑制剂的反应；再比如监测白色念珠菌或供体尾状病毒的丰度，以预测复发性艰难梭菌对 FMT 的反应，因为白色念珠菌的存在或供体来源的尾状病毒水平低，已被证明与 FMT 的疗效降低相关。
越来越多的研究旨在强调基于微生物组的精准医疗的未来。微生物疗法(微生物本身和/或其代谢产物)将得到开发，并可进入由制药企业和其它商业实体推动的临床试验。
用于递送微生物疗法的活性成分的新技术正在开发中，包括在储存期间稳定活性成分，以及利用微生物组的共生特性来增加稳定性和效力的新方法也在开发中。
更多从临床前到疾病状态的纵向研究正在进行中，这些研究通过连续的微生物取样和综合分析来确定微生物失调的核心微生物、环境和宿主因素。
此外，将会有更多的投入来研究生命早期的微生物群，因为这是人类微生物组最容易调节的黄金时期。
例如，香港中文大学医学院目前正在招募100,000对母婴，并将在中国大湾区（包括香港、深圳、广州和佛山）进行长达7年以上的随访，以定义早期健康和促进疾病的肠道菌群，以及如何预测肠道相关疾病的发展，包括 IBD、肥胖症和其他免疫介导的疾病。
F.S.:
可以预见，大数据的部署将出现在许多科学家的愿望清单中，以及利用肠道微生物组作为个性化营养管理的一个体现。这个愿望与其说是愿望，不如说是白日梦。
诸如宏基因组学和代谢组学之类的复杂解读，不可能单独将人类行为改变为更健康的生活方式。人们不太可能重返祖先的高纤维饮食，仅仅因为科学家称它们对肠道菌群有益！这就需要教育、改善公共卫生信息和食品政策。
此外，健康的社会决定因素将继续胜过个性化的预测因素，尚未定义什么是正常的微生物组这一事实，凸显了基于微生物组的个性化营养前景是空洞的。
尽管偶然的新发现可能是非凡进步的基础，但科学也可以通过解决显而易见的问题来发展，而不是发现新的东西。
最明显的是，随着社会经济的高度发展，西方世界的代谢和免疫介导的慢性疾病的出现变得可预测。
社会的现代化进程中，伴随着原始微生物的丧失和工业化时代微生物的获得。微生物组学应致力于实现疾病预防的更高理想，其研究重点应放在如何恢复祖先的微生物，以及如何恢复我们的肠道的策略上。
另一个明显的全球挑战是即将到来的抗生素耐药性灾难。动员和挖掘肠道微生物组来寻找新的抗生素替代品(包括确定的菌群、噬菌体等)以对抗机会性病原体，这将是解决方案的一部分。
H.T.：
在接下来的10-20年里，微生物组学领域的进展将改写肝病学领域，因为我们将体验到这个细菌世界如何影响和驱动多种肝病。炎症和病毒驱动肝癌，而我们将了解肠道菌群是否会影响肝癌，以及如何影响。
另一个引人入胜的领域是菌群可能存在于包括肝脏在内的各种组织中，并导致局部疾病。
总的来说，肠道微生物组研究领域充满了希望和兴奋，这是一个年轻而有才华的科学家向往的世界。
