李俊桦+肖敏凤Cell子刊:一文读懂人类肠道病毒组编目的进展和挑战(综述)
热心肠小伙伴们 2022-07-14
随着相关人类肠道病毒组数据库的建立,不仅丰富了肠道病毒基因组的多样性和功能潜力,也为相关肠道病毒组研究提供了参考数据库。近日,深圳华大生命科学研究院李俊桦、肖敏凤及团队在Cell Host and Microbe发表综述,总结了最近发表的4个人类肠道病毒组数据库,并对未来的病毒组编目工作提出了建议。

人类肠道病毒群,通常被称为肠道微生物群的“暗物质”,至今仍然没有得到充分研究。近年来,随着测序技术和生物信息学的发展,大规模的人类肠道病毒组研究极大地提高了人们对肠道病毒组组成和变异的理解。随着相关人类肠道病毒组数据库的建立,不仅丰富了肠道病毒基因组的多样性和功能潜力,也为相关肠道病毒组研究提供了参考数据库。但是,不同数据库之间采用的方法和参数仍存在较大差异。近日,深圳华大生命科学研究院李俊桦、肖敏凤及团队在Cell Host and Microbe发表最新综述Advances and challenges in cataloging the human gut virome,纳入最近发表的4个肠道病毒组数据库(GVD、CHVD、MGV和GPD),发现鉴定出的噬菌体数量随着样本量增加而增加,表明目前数据库中肠道病毒多样性还未达到饱和。此外,作者还归纳了编目人类肠道病毒组数据库的五大步骤,以及在噬菌体分类注释和宿主分配方面的挑战,并建议未来需要纳入更广泛和更多样化的样本,应该大力开发用于病毒组分析、噬菌体-宿主动态互作的专用工具包,值得相关人员精读和细品。

专家简介
李俊桦
深圳华大生命科学研究院欧洲分院执行院长
深圳华大生命科学研究院研究员
李俊桦,博士,研究员,主要从事微生物组学、病原组学及相关生物信息分析技术研究。已发表高水平SCI文章60余篇,Google Scholar H-index 38,其中以第一作者/通讯作者在Nature Biotechnology,Cell Host &Microbe,Nature Communications,Nature Aging等国际高水平学术期刊发表论文35篇,共被SCIE收录论文引用2041次,其中他引1835次,4篇论文入选ESI高被引论文,单篇论文最高引用921次,入选科睿唯安(Clarivate)2019年度和2020年度全球“高被引科学家”。申请受理发明专利13项(其中PCT专利9项),获授权发明专利8项、实用新型专利1项,授权软件著作权11项。中国国家标准GB/T 40226-2021主要起草人。ISO/TC276/WG3&WG4工作组专家成员。学术期刊Microbiology Spectrum编委,学术期刊Frontiers in Medicine、Frontiers in Public Health副编辑(Associate Editor)。科技部、国自然基金委、广东省科技厅基金项目和人才项目评审专家库成员。Cell Host & Microbe、Nature Aging、Emerging Microbes & Infections、 Genome Medicine等多个国际学术期刊审稿专家。
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