杨瑞馥教授主要从事细菌菌基因组学、进化与致病机制和微生物法医学基础数据库的研究，以及检验新技术的研究。2004年获国家自然科学基金重点项目资助，2005年获得国家杰出青年科学基金；先后承担了国家973计划、863计划、国家自然科学基金重点项目、重大传染病防治重大专项、军队科技攻关计划等几十项课题，获得国家科技进步二等奖2项，获军队科技进步一等奖1项，北京市科技进步一等奖1项，获中国发明专利1项、实用新型专利4项，发表SCI学术论文100余篇，累计影响因子超过300，累计H因子22，单篇最高影响因子为53.5。2014年8月28日，中央军委主席习近平签署通令，给予军事医学科学院研究员杨瑞馥记三等功。