Cell:生酮饮食改变肠道菌群,减少肠道Th17

Cell [IF:36.216]
① 分析住院病人4周正常饮食+4周生酮饮食(KD)期间的粪便样本,发现KD明显改变了肠道菌群的结构和代谢物,放线菌(及其中的双歧杆菌属)和厚壁菌减少、拟杆菌增多;② 在小鼠中,KD和高脂饮食(HFD)对菌群组成有不同影响,KD的独特性主要体现在双歧杆菌的耗竭;③ 体外和小鼠试验显示,KD诱导产生的酮体部分驱动了菌群的变化,β-羟基丁酸能选择性的抑制双歧杆菌生长;④ 限菌小鼠试验表明,KD相关肠道菌群能减少促炎的肠道Th17细胞。
【主编推荐语】极低碳水高脂的生酮饮食(KD)是比高脂饮食(HFD)更极端的饮食模式,可用于干预特定疾病。KD可引起酮体生成,从而改变身体的能源类型,但人们并不清楚酮体如何影响宿主-菌群互作。《Cell》最新发表了来自美国加州大学旧金山分校的Peter J. Turnbaugh团队的研究,通过人体干预试验+小鼠模型试验,揭示了KD对肠道菌群的影响和机制,以及相关的免疫调节作用。他们发现,KD与HFD对肠道菌群的改变是有明显差异的。KD的独特性在于,其诱导生成的酮体能选择性的抑制肠道内的双歧杆菌,从而减少肠道固有层中有促炎作用的Th17细胞。这些发现强调了宿主与微生物间的化学对话,在介导饮食干预功效中的重要性。(@mildbreeze)
Ketogenic Diets Alter the Gut Microbiome Resulting in Decreased Intestinal Th17 Cells
2020-05-20, doi:10.1016/j.cell.2020.04.027

“致病潜力”或可助力解开肠道生态系统的谜团(观点)

Trends in Microbiology [IF:11.974]
① 致病共生菌指仅当宿主的特定遗传条件或环境条件发生改变时,能够引起或促进疾病发生的共生菌;② 实际上,致病共生菌的致病性也受到微生物环境的影响,甚至可表现出益生功能,而益生菌也可能导致疾病;③ 未来应避免使用无统一标准且缺乏实验证据的“致病共生菌”一词,而开展更多针对因果关系的研究;④ 推荐使用“致病潜力”来评价人类共生菌可能的毒性,其值与个体接种感染后出现症状的概率成正例,且不受宿主-微生物关系变化的影响。
【主编推荐语】致病共生菌是指仅导致疾病的共生菌。在目前菌群和微生态领域的研究中,“致病共生菌”这一概念被广泛用于肠道细菌的分类。但这一概念尚无统一的标准,也缺乏严谨的因果关系证据和充分深入的机制研究作为应用这一定义的基础和依据。在发表于《Trends in Microbiology》的这篇评论文章中,作者系统地分析了“致病共生菌”这一定义的由来,在菌群研究领域的广泛应用,以及在研究和应用中体现出的不足。针对这些局限性,作者提出了“致病潜力”这一概念,用以定量反映细菌的致病能力。作者认为“致病潜力”可帮助我们了解复杂的肠道生态系统。(@潇洒小姐陈)
Label or Concept – What Is a Pathobiont?
2020-05-03, doi:10.1016/j.tim.2020.04.011

微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

Medicine in Microecology [IF:N/A]
① 健康人的肠道中存在共生病毒,包括噬菌体,DNA病毒和RNA病毒,作者从人粪便样品中富集了病毒样颗粒;② 使用牛津纳米孔技术(ONT)对进行扩增和不扩增的病毒核苷酸分别进行测序;③ ONT测序有潜力通过产生覆盖单个病毒颗粒内所有突变位点的基因组长读长并获得病毒基因组;④ 肠道病毒在人体中表现出高度个性化的组成;⑤ 得到的重叠群序列中新序列占测序总量的绝大多数,同时表观遗传修饰能直接在病毒基因组上被检测到。
【主编推荐语】Oxford Nanopore 的测序技术已成功用于多种应用场景下的宏基因组测序。2020年5月8日,中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室,中国科学院微生物研究所王军教授课题组的曹佳宝博士等人在《Medicine in Microecology》杂志发表了题为“Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology”的文章。作者利用纳米孔测序,基于纳米孔高通量测序PromethION平台开发出一套用于病毒颗粒物理富集、逆转录、随机扩增来分析人类肠道病毒的工作流程。结果发现使用Nanopore测序病毒DNA和扩增后的病毒DNA/cDNA可获得更长读长的序列,提供有关病毒多样性的更多信息,且许多病毒序列并不在当前数据库中。此外,使用Nanopore测序非扩增的病毒DNA可以对噬菌体的表观遗传修饰(甲基化)信号进行检测。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
Profiling of human gut virome with oxford nanopore technology
2020-05-08, doi:10.1016/j.medmic.2020.100012
延伸阅读: 【宏基因组】

Nature子刊:微孢子虫在防止疟原虫传播中的有益作用

Nature Communications [IF:11.878]
① 从肯尼亚地区的阿拉伯按蚊中分离到一株与Crispospora chironomi近缘的微孢子虫(Microsporidia MB);② Microsporidia MB可通过雌性蚊子垂直传播给其子代;③ Microsporidia MB可防止疟原虫子孢子在蚊子唾液腺的定植,并减少疟原虫卵囊在中肠的形成;④ Microsporidia MB对蚊子的生殖能力和寿命无影响,其丰度随蚊龄而增加;⑤ 转录组分析表明,Microsporidia MB促进蚊子体内消化和免疫相关基因的表达。
【主编推荐语】疟疾是经按蚊叮咬或输入带疟原虫者的血液而感染疟原虫所引起的虫媒传染病,严重危害人类健康、影响社会经济发展。冈比亚按蚊是非洲撒哈拉沙漠以南地区最主要的疟疾传播媒介。由于疟原虫从人传蚊再蚊传人的循环性质、疟原虫对治疗药物的耐药性、蚊子对杀虫剂的抵抗力以及寄生虫复杂的生命周期,疟疾成为一种难以消除的疾病。在《Nature Communications》上发表的文章中,研究者从阿拉伯按蚊(Anopheles arabiensis)中分离到了一种可垂直传播且无害的共生微孢子虫,能有效防止疟原虫在蚊子体内定植和传播,或可作为限制疟疾传播的新策略。(@EADGBE)
A microsporidian impairs Plasmodium falciparum transmission in Anopheles arabiensis mosquitoes
2020-05-04, doi:10.1038/s41467-020-16121-y
延伸阅读: 【BBC News】
少吃点为何促长寿?Cell子刊报道代谢网络秘密
本期话题:禁食,长寿,代谢,肠内分泌细胞,GVHD,风湿病,胆汁酸,婴儿,肠屏障,体外模型,环境保护
2020-05-20
有Nature有Gastroenterology,近期IBD研究亮点纷呈
本期话题:IBD,免疫遗传,促炎饮食,饮食-菌群互作,欧苷菊,吸烟,感染,风险因素,新冠,内镜筛查
2020-05-19
于君团队再突破:肠道菌可影响阿司匹林对大肠癌的预防作用
本期话题:大肠癌,菌群-药物互作,免疫治疗,肾癌,疗效预测,模拟禁食,纳米酶,风险因素,癌症干细胞
2020-05-18
难以集中注意力?可能是饭里的饱和脂肪太多了
本期话题:饱和脂肪,注意力,膳食纤维,益生元,素食,肾病,硒,新冠肺炎
2020-05-17
新冠时期的代谢疾病研究
本期话题:新冠肺炎,肥胖,糖尿病,奇数琼胶低聚糖,空气污染,口服肽,口服药物递送系统
2020-05-16
阴道益生菌RCT登上NEJM,有效!
本期话题:益生菌,RCT,细菌性阴道病,精准益生菌,表观遗传,功能性腹痛,特应性皮炎,运动员,肠绞痛
2020-05-15
Nature再发文:神经炎症重不重,肠菌或有决定性作用
本期话题:肠-脑轴,神经炎症,抑郁症,Neuropod,迷走神经,阿米巴病,肥胖,小檗碱,肠-皮肤轴
2020-05-14
Cell重磅:母鼠“肠-乳腺轴”对后代免疫的关键性影响
本期话题:肠道Treg,菌群-免疫互作,IBD,ω-6脂肪酸,药物研发,抗抑郁药,新冠肺炎
2020-05-13
Gordon新作:益生菌+螺旋藻等组合,或促疫苗免疫响应
本期话题:合生制剂,疫苗应答,铁载体,植物-微生物互作,虫媒病毒,鸡,靶向杀菌,肠-甲状腺轴
2020-05-12
过犹不及:短链脂肪酸过高,或拖累肿瘤免疫疗法
本期话题:SCFA,免疫疗法,大肠癌,肿瘤免疫,林奇综合征,饮食,白血病,前列腺癌,筛查,食管癌
2020-05-11