张烜+王军:系统性红斑狼疮患者的肠道菌群变化

Arthritis and Rheumatology [IF:9.586]
① 对比117名未治疗SLE患者、52名治疗后SLE患者及115名对照的粪便菌群;② SLE患者的肠道菌群组成及功能与对照有显著差异,脆弱拟杆菌等特定菌种在SLE患者中富集,在接受治疗后减少;③ SLE患者肠道菌群中的LPS生物合成通路富集,支链氨基酸生物合成通路减少;④ SLE小鼠的肠道菌群变化与SLE患者相似;⑤ SLE患者中富集的菌种部分来自于口腔菌群,并与口腔炎症密切相关;⑥ 来自SLE患者中富集的菌种的多肽可通过分子模拟自身抗原以触发自身免疫应答。
【主编推荐语】肠道菌群变化与系统性红斑狼疮(SLE)相关。来自北京协和医院的张烜团队及中科院微生物所的王军团队在Arthritis and Rheumatology上发表的一项队列研究结果,对比鉴定了未治疗SLE患者的肠道菌群组成与功能变化,并发现在SLE患者中富集的部分菌种来自于口腔菌群,且来自这些SLE相关细菌的多肽可通过分子模拟触发自身免疫应答。该研究结果提示,调控肠道菌群或可作为治疗SLE的潜在辅助疗法。(@szx)
The gut microbiota of non‐treated patients with SLE defines an autoimmunogenic and proinflammatory profile
2020-10-30, doi:10.1002/art.41511

机器学习算法预测溃疡性结肠炎严重程度

Gastroenterology [IF:17.373]
① 纳入249名溃疡性结肠炎(UC)患者,收集其795个全长内窥镜视频(FLEV);② 为每个FLEV分配一个内窥镜Mayo评分(eMS)和UC内窥镜严重程度指数(UCEIS)评分,并训练一个循环神经网络(RNN)模型预测eMS和UCEIS;③ 评估RNN模型性能的主要指标是二次加权Kappa(QWK),比较机器阅读评分和人类中心阅读者评分;④ RNN的协议指标较为出色,eMS的QWK为0.844,UCEIS的QWK为0.855;⑤ 训练该深度学习算法,可从全长内窥镜视频中预测UC严重程度。
【主编推荐语】溃疡性结肠炎(UC)的内镜疾病活动评分在临床应用中具有重要意义,这在临床试验中是必需的,但因为临床试验中需要人类中心阅读者(CR)参与,所以其费用较高且较缓慢。机器学习算法(MLA)使该过程自动化,改善临床护理并促进临床研究。最新发表在Gastroenterology的研究建立一种MLA,用以阅读UC患者全长内窥镜视频(FLEV),并给出内窥镜Mayo评分(eMS)和UC内窥镜严重程度指数(UCEIS)评分。该MLA模型性能优越,可从全长内窥镜视频中预测UC的严重程度。(@Lexi)
Central reading of ulcerative colitis clinical trial videos using neural networks
2020-10-21, doi:10.1053/j.gastro.2020.10.024

肠道菌群或可用于预测克罗恩病患者的小肠粘膜愈合

Journal of Gastroenterology [IF:6.132]
① 纳入38名克罗恩病患者,根据胶囊或球囊辅助内窥镜检查的整个小肠的溃疡状况,将病人分为溃疡组(24名)和粘膜愈合组(14名);② 溃疡组具有较低的菌群α多样性,柔嫩梭菌属、毛螺菌科、普雷沃菌属、小杆菌属、链球菌、梭菌等6种类群在粘膜愈合组富集;③ 使用粘膜愈合组富集的6种类群对粘膜愈合进行预测评分,发现其预测粘膜愈合的敏感性和特异性分别为0.643和0.917;④ 这种基于肠道菌群特征的预测评分或可作为小肠粘膜愈合的生物标志物。
【主编推荐语】粘膜愈合是治疗克罗恩病的主要目标,但有些病人无法进行整个小肠的内窥镜评估。克罗恩病与肠道菌群密切相关,但肠道菌群和小肠中克罗恩病活动性之间的关系仍不清楚。Journal of Gastroenterology近期发表的文章,发现粪便菌群与克罗恩病人整个小肠的病情活性性相关,提取粘膜愈合组的富集性菌群特征进行预测评分,该评分可以很好地预测粘膜愈合的程度,或可用作预测粘膜愈合的生物标志物。(@爱的抉择)
The microbiome can predict mucosal healing in small intestine in patients with Crohn's disease
2020-10-16, doi:10.1007/s00535-020-01728-1

Science子刊:激活AhR通路可以改善乳糜泻肠炎

Science Translational Medicine [IF:16.304]
① 在非肥胖糖尿病小鼠中过表达乳糜泻易感基因DQ8建立乳糜泻小鼠模型;② 高色氨酸饮食可以改变模型鼠肠道菌组成,增强AhR配体生产,抑制肠炎;③ 高色氨酸饮食可改善谷蛋白刺激模型鼠肠道菌变化,增强AhR通路活性,降低谷蛋白诱导的免疫病理表型;④ 补充产AhR配体的罗伊氏乳杆菌或AhR激动剂Ficz均可增强AhR通路活性,改善模型鼠病理表型;⑤ 活动性乳糜泻患者中AhR配体减少, AhR通路活性低;⑥ 无谷蛋白饮食可提升患者AhR激动剂吲哚-3-乙酸水平。
【主编推荐语】乳糜泻是一种由于谷蛋白过敏导致的慢性肠道炎症,DQ1和DQ8基因是该疾病重要的易感基因。然而全世界40%的人群携带有至少1个易感基因,但是最终发病的患者不到1%。已有研究发现肠道菌群的构成对于乳糜泻的发生有重要的作用。但是,具体的机制尚不清楚。近期一篇发表在Science Translational Medicine上的一篇文章,通过在非肥胖糖尿病小鼠(NOD)中过表达DQ8建立了乳糜泻小鼠模型,应用该模型发现高色氨酸膳食可以激活芳香烃受体通路,从而显著抑制乳糜泻的发生,改善谷蛋白过敏造成的肠道炎症表型,提出肠道菌群通过调节芳香烃受体通路抑制乳糜泻疾病发生的机制,为乳糜泻的临床治疗提供了新策略。(@Zhonghua)
Aryl hydrocarbon receptor ligand production by the gut microbiota is decreased in celiac disease leading to intestinal inflammation
2020-10-21, doi:10.1126/scitranslmed.aba0624

Cell子刊:压力诱导的菌群变化或促进腹泻型肠易激综合征​

Cell Reports Medicine [IF:N/A]
① 束缚压力通过开放杯状细胞相关通道,导致小鼠腹泻、肠道生态失调(细菌易位)和肠屏障受损;② 应激压力诱导肠道菌群失调,增加宿主增加抗菌IgA的表达,改变胃肠动力和对肠道细菌的免疫力;③ 腹泻型肠易激综合征(IBS-D)患者(来自两个队列)IgA+粪便细菌增加,其抗菌免疫力增加;④ 作为IBS-D的预测因子,IgA抗菌免疫优于菌群失调;⑤ 与健康人或炎症性肠病患者不同,IBS-D患者中增加的抗菌IgA反应与躯体症状的严重程度相关。
【主编推荐语】压力是炎症性肠病(IBD)和肠易激综合征(IBS)爆发的已知诱因。Cell Reports Medicine近期发表的文章,发现应激压力导致小鼠粪便菌群失调,进而导致腹泻、肠屏障损伤和抗菌IgA增加;腹泻型肠易激综合征(IBS-D)患者也表现出粪便菌群失调,抗菌IgA增加,且IgA免疫反应与躯体症状的严重程度相关。表明在IgA相关的IBS-D患者中,应激压力破坏了肠道菌群,改变了胃肠功能和宿主对共生菌的免疫力,对疾病发展起重要作用。(@爱的抉择)
A Potential Role for Stress-Induced Microbial Alterations in IgA-Associated Irritable Bowel Syndrome with Diarrhea
2020-10-20, doi:10.1016/j.xcrm.2020.100124

食物过敏中B细胞和微生物的互作不容忽视(综述)

Mucosal Immunology [IF:6.726]
① 细菌可诱导IgA产生,IgA与细菌和食物抗原互作,能抑制过敏性炎症;② IgE的产生可能与缺乏细菌来源的信号有关,另外,与过敏相关的肠道生理和免疫反应可改变肠道菌群结构;③ 肠上皮与微生物直接接触,起着屏障的作用,肠上皮细胞类型或完整性的变化可能引起过敏;④ IgG1可以促进过敏性炎症反应,而IgG4可能在过敏中起保护作用;⑤ 细菌自身结构或者代谢物可促进Breg产生IL-10、 TGF等免疫抑制因子,提高有免疫抑制作用的表面标记物的表达。
【主编推荐语】食物过敏增加的一部分原因是西式饮食损害了肠道中有保护性的共生菌群,进而导致不利的宿主微生物相互作用,改变各种免疫细胞的表型,并引发过敏。虽然B细胞对变态反应性病理至关重要,但微生物对B细胞的影响未受到充分重视。Mucosal Immunology发表的综述文章,重点研究了细菌和B细胞之间的直接和间接相互作用,以及这种相互作用如何调节B细胞表型,即抗体产生(IgA、IgE、IgG1和IgG4)和调节性B细胞(Breg)功能。了解微生物在食物过敏的情况下如何调节B细胞的活性,对于追踪疾病的发展和评估未来的治疗方案都是至关重要的。(@nana)
B cells and the microbiota: a missing connection in food allergy
2020-10-26, doi:10.1038/s41385-020-00350-x
28分观点文:日夜颠倒+菌群紊乱,如何促慢病/肿瘤?
本期话题:昼夜节律,代谢,免疫,饮食限制,多酚,FIT,结肠镜,核心蛋白聚糖,化疗,光动力疗法,纳米颗粒
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10月,最值得看的30篇肠道健康文献!
本期话题:2020年10月,根据“热心肠因子”计算的30篇必读文献。
2020-11-01
9文聚焦肠道噬菌体:研究一日千里,转化指日可待
本期话题:粪便病毒组移植,噬菌体疗法,宏基因组,抗感染,细菌基因调控,噬菌体-细菌互作,多形拟杆菌,原噬菌体诱导,crAss样噬菌体,协同进化
2020-10-31
特别推荐:一图读懂"肠脑轴"里程碑综述
本期话题:肠-脑轴,菌群分子,辐射防护,高糖饮食,足球运动员,遗传-菌群互作,神经肽,蛋白磷酸化,粪杆菌属
2020-10-30
今日Nature双发:聚焦菌群-免疫互作和肠神经
本期话题:B细胞,肠神经,结肠炎,精准医疗,人体微生物组,血压,黄酮类化合物,绿茶多酚,PCOS
2020-10-29
微生物培养有何新突破?34分综述一览阶段性进展
本期话题:微流控,单细胞测序,单细胞转录组,单细胞基因组,细菌培养,共进化,植物-微生物组互作
2020-10-28
上交大PNAS:免疫治疗诱肠炎,双歧杆菌来缓解?
本期话题:双歧杆菌,炎性体,IBD,TNF,隐孢子虫,肠道感染,多发性硬化,Treg,洗涤菌群移植
2020-10-27
肠炎因何转癌?菌群⇔免疫→活性氧
本期话题:大肠癌,TLR4,口腔菌群,肿瘤微环境,高脂饮食,红肉,风险分层,纳米颗粒,化疗,LncRNA
2020-10-26
盐越少越好?心血管顶刊提醒或应调整当前指南
本期话题:钠摄入,视力障碍,胃轻瘫,没食子酸,壳聚糖,维生素D,低碳水化合物饮食,多动症,2型糖尿病
2020-10-25
Lancet重磅综述3连发:聚焦功能性胃肠病
本期话题:功能性胃肠病,肠易激综合征,功能性胃肠病,原核生物分类和命名,表观遗传,印度人,围产期,益生元
2020-10-24