Nature子刊:分析微生物基因组群体内遗传多样性的软件inStrain

Nature Biotechnology [IF:36.558]
① inStrain软件使用了样本中组装的基因组和完整的短读长比对信息,并考虑了主要和次要等位基因信息;② 基于模拟样本评估,与现有的工具比较(StrainPhlan、dRep、MIDAS),它能更精确的对基因组进行比较,并评估基因组的多样性;③ 应用于来自同一个重症监护室的160名早产儿的1163个数据中,双胞胎与无血缘关系的新生儿相比,共享更多的菌株、噬菌体或质粒;④ 剖宫产的婴儿与正常分娩的婴儿相比,感染的克雷伯氏菌拥有更高的核苷酸多样性。
【主编推荐语】同一物种共存的微生物细胞往往表现出遗传变异,可影响从营养偏好到致病性的表型。在这里,作者介绍了inStrain这个程序,该程序使用宏基因组配对读长来分析整个基因组中的种群内遗传多样性(微生物多样性),并以一种具有微生物多样性意识的方式比较菌群,从而大大提高了以现有方法为基准的基因组比较的准确性。inStrain可以应用于任何宏基因组数据集,以进行微观多样性分析和严格的菌株比较。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
inStrain profiles population microdiversity from metagenomic data and sensitively detects shared microbial strains
2021-01-18, doi:10.1038/s41587-020-00797-0

张红萍+王金锋:口腔菌群助力识别妊娠糖尿病

Journal of Genetics and Genomics [IF:5.065]
① 妊娠糖尿病(GDM)患者的两种口腔样本(唾液和牙菌斑)的菌群,与牙周炎或龋病患者的口腔菌群表现出显著差异;② GDM与牙周炎之间可能的关系可能与链球菌属和韦荣球菌属的丰度降低有关,就菌群的变化而言,GDM与龋病之间几乎没有关系;③ 利用口腔菌群中的细菌生物标志物,构建了基于支持向量机和随机森林算法的GDM分类模型;④ 唾液或牙菌斑中的某些细菌可以有效区分GDM孕妇和健康孕妇。
【主编推荐语】Journal of Genetics and Genomics近期发表了温州市人民医院张红萍、中科院北京生命科学研究院王金锋与研究团队的文章,报道了妊娠期糖尿病(GDM)特征性口腔菌群以及通过口腔微生物对患病孕妇的鉴别。该研究将口腔菌群作为生物标志物,开发了一种识别妊娠糖尿病的策略。研究分析了GDM孕妇的唾液和牙菌斑菌群,比较了它们与牙周炎和龋病口腔菌群变化的区别,识别了GDM特征细菌类别,并构建了准确率在80%以上的多个机器学习模型以区分健康与疾病孕妇。研究结果为未来利用口腔微生物开发无创和家庭快速检测试剂盒奠定了基础。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
The Oral Microbiome of Pregnant Women Facilitates Gestational Diabetes Discrimination
2021-01-20, doi:10.1016/j.jgg.2020.11.006
延伸阅读: 【宏基因组】
高热饮食伤精子?内蒙古大学GUT发"肠-睾丸轴"突破
本期话题:肠-脑轴,肠-睾丸轴,食源性肥胖,糖尿病,代谢综合征,胰腺,益生元,昆虫
2021-01-28
蔺蓉等GUT:新型内镜胶囊突破肠道无创采样难题
本期话题:内镜,采样,拟杆菌,多糖,饮食-菌群互作,益生菌,肠脑轴,色氨酸,骨骼,社群微生物组,新冠
2021-01-27
朱书等PNAS突破:肠道RNA解旋酶低,抑菌抗炎力弱
本期话题:RNA解旋酶,宏蛋白质组,肠肺轴,肠脑轴,IBD,Synbindin,NF-κB,外切核苷酸酶,NOD2
2021-01-26
100万人年追踪:70岁前吃阿司匹林,肠癌风险或降20%
本期话题:膳食氨基酸,纳米药物,科罗索酸,老药新用,阿司匹林,吸烟,吡咯里西啶类生物碱,大肠癌,肝癌
2021-01-25
减脂/减重/抗衰老/调菌群,9文关注"吃的学问"
本期话题:地中海饮食,膳食脂肪,肌酸,生酮饮食,抗衰老,羟基肉桂酸,饮食-菌群互作,CRISPR,污染物
2021-01-24
"体外模拟消化"发展到啥水平?19页年度综述说透
本期话题:体外消化模型,胃食管反流病,早发型结直肠癌,慢性腹胀,胃肠运动障碍,进食障碍,饥饿腹泻,营养不良,衰老菌群
2021-01-23
高碳水一定增加能量摄入?自然·医学:No!
本期话题:饮食干预,减肥,IBD,药物-菌群互作,肠肾轴,ncRNA,噬菌体,生信,前驱糖尿病
2021-01-22
印遇龙院士领衔,高分综述说透"丁酸"
本期话题:丁酸,能量代谢,热量限制,免疫代谢,感染,皮肤菌群,衰老,蛋白质限制饮食,表观遗传,补铁
2021-01-21
JAMA巨献:说透克罗恩病
本期话题:克罗恩病,食物过敏,IBD治疗,肥大细胞,巨噬细胞,坏死性小肠结肠炎
2021-01-20
重磅:72家机构联手,最大规模人遗传与肠菌分析发布
本期话题:遗传-菌群互作,微生物组GWAS,肠肝轴,肝癌,FMT,生信,胃癌,低碳水饮食,维生素D
2021-01-19