Nature子刊:肠道菌群可影响RNA表观遗传修饰

Nature Communications [IF:11.878]
① 对比分析正常小鼠、无菌小鼠、抗生素处理后小鼠的mRNA的m6A修饰谱;② 肠道菌群变化与盲肠中的mRNA m6A修饰相关,与肝脏中的mRNA m6A修饰关联较小;③ 肠道菌群影响了代谢、炎症及抗菌应答相关通路中的m6A修饰;④ 缺失菌群下调甲基转移酶Mettl16的表达,导致其靶mRNA之一(编码S-腺苷甲硫氨酸合成酶Mat2a)的甲基化修饰水平降低。⑤ 在无菌小鼠中定殖不同单菌株(Akk菌或植物乳杆菌),可对肝脏中的m6A修饰产生不同影响。
【主编推荐语】肠道菌群调节宿主基因表达的机制尚未完全明确。mRNA的m6A修饰对于免疫细胞分化、神经发生、应激反应、生理节律等十分重要。Nature Communications上发表的一项最新研究,发现肠道菌群可调节盲肠及肝脏中的mRNA m6A修饰,以影响代谢及免疫相关通路。机制上,菌群的缺失可下调甲基转移酶Mettl16的表达,使编码S-腺苷甲硫氨酸合成酶——Mat2a的mRNA的甲基化水平降低,从而减少Mat2a的表达。(@szx)
Impact of the gut microbiota on the m6A epitranscriptome of mouse cecum and liver
2020-03-12, doi:10.1038/s41467-020-15126-x

广东医科大学团队:膳食砷干扰小鼠肠道菌群

Environment International [IF:7.943]
① 小鼠通过食物引起的亚慢性砷暴露,尿液和粪便中砷的分布和种类明显不同,并且粪便可能是排泄砷的主要途径;② 不同种类和浓度的砷会显著影响肠道细菌的组成和多样性,但是肠道真菌的多样性受到的影响较小;③ 砷显著改变了微生物类群,这可能和砷导致的代谢和疾病直接相关,应从微生物组干扰方面全面评估食物中砷的毒性;④ 功能预测分析表明,砷暴露也可能会显著增加差异化代谢途径,并会干扰肠道细菌的碳水化合物、脂质和氨基酸代谢。
【主编推荐语】广东医科大学公共卫生学院Lianxian Guo和李华文团队的研究成果。研究每日用30 mg/kg的三价砷(iAsIII)、五价砷( iAsV)、甲基砷酸单酯(MMA)和二甲胂酸盐(DMA)干预小鼠30或60天。研究结果发现,小鼠粪便比尿液中排出更多的砷。并且,尿液和粪便中排出的砷的种类明显不同。进一步分析发现,在砷暴露下,小鼠的肠道菌群,尤其是细菌群,发生显著变化。文章认为,来自主食的砷暴露,可能通过影响菌群,进而参与机体内代谢途径的调节,造成砷中毒。(@兵兵)
Arsenic concentrations, diversity and co-occurrence patterns of bacterial and fungal communities in the feces of mice under sub-chronic arsenic exposure through food
2020-02-28, doi:10.1016/j.envint.2020.105600

细菌的维生素B12或可增强线虫的捕食行为

ISME Journal [IF:9.493]
① 给Pristionchus pacificus线虫饲喂不同细菌,测试其捕杀秀丽隐杆线虫的能力;② 饲喂活的新鞘氨醇菌菌体,Pristionchus pacificus线虫捕食行为最强,与脂肪酸代谢相关的基因表达改变,但新鞘氨醇菌死菌和发酵上清不具有以上功能;③ 饮食中补充维生素B12(VB12)能增加Pristionchus pacificus线虫的过度捕食行为,这与依赖VB12的两条代谢途径有关;④ VB12能加速Pristionchus pacificus线虫的生长和发育,这种作用在多种线虫中普遍存在。
【主编推荐语】微生物能影响宿主的发育、代谢和免疫,但对微生物如何影响宿主行为,我们知之甚少。ISME近期发表的研究,以Pristionchus pacificus线虫(这种线虫是一种捕食者,以其他线虫的幼虫为食,包括秀丽隐杆线虫)为模式生物,研究不同细菌对线虫捕食行为的影响。发现细菌产生的维生素B12能增强线虫的捕食行为,并加速线虫的生长和发育,暗示动物饮食、微生物和神经系统间的新联系。(@nana)
Bacterial vitamin B12 production enhances nematode predatory behavior
2020-03-09, doi:10.1038/s41396-020-0626-2

牛瘤胃菌群组成与维生素B12浓度相关

mSystems [IF:6.519]
① 检测50只不同泌乳期奶牛瘤胃、粪便、血液和牛奶的维生B12(VB12)浓度及瘤胃、粪便和牛奶的菌群;② 血液VB12浓度可预测牛奶中VB12浓度;③ 瘤胃、粪便和牛奶的菌群结构不同,饲料组成和泌乳状态对瘤胃和粪便菌群组成影响显著;④ 仅发现瘤胃的VB12浓度与其菌群相关,与普雷沃氏菌属丰度正相关,与拟杆菌、瘤胃梭菌属、丁酸弧菌属和琥珀酸弧菌科丰度负相关;⑤ 瘤胃菌群对VB12的消耗或比合成更重要,瘤胃菌群或是提高VB12产量的新靶点。
【主编推荐语】维生素B12在奶牛的瘤胃中由微生物合成,人类通过食用乳制品来获取维生素B12。然而,牛奶中维生素B12的浓度变化很大,研究者对其中的原因尚不清楚。mSystems最近的研究,检测了荷斯坦奶牛瘤胃、粪便和牛奶的微生物组成,并试图了解每个部位的微生物群落是如何影响维生素B12在奶牛体内的产生和运输的。结果表明,牛瘤胃微生物组的组成与维生素B12的浓度有很强的相关性,说明瘤胃微生物群可能是提高维生素B12产量的潜在调控靶点。(@nana)
Correlations between the Composition of the Bovine Microbiota and Vitamin B12 Abundance
2020-03-03, doi:10.1128/mSystems.00107-20

Nature子刊:物种互作强度决定了微生物群落的多样性和稳定性

Nature Ecology & Evolution [IF:10.965]
① 微生物群落中,物种相互作用、生物多样性和生态系统稳定性之间存在联系;② 对土壤细菌进行培养,营养物质浓度可影响细菌对化学环境(如pH)的改变,从而改变物种互作强度;③ 高营养物质浓度使得细菌能强力地改变其化学环境,引起pH发生大幅变化,在整体上导致物种之间更强的负相互作用;④ 这种较强的相互作用使得群落内的物种减少,导致生物多样性下降、微生物群落稳定性降低;⑤ 构建了一种数学模型能较好的反映这一规律。
【主编推荐语】理论和实验研究表明,生态系统的物种间互作、生物多样性和稳定性之间存在联系,比如群落的稳定性经常随着生物多样性的增加而增加,然而这些关联背后的原因尚不清楚。Nature Ecology & Evolution近期发表的一项研究,通过分析不同营养浓度下土壤细菌群落的变化发现,在微生物生态系统中,较高的营养物质浓度会增强细菌之间的负相互作用,从而导致生物多样性和稳定性的下降。(@mildbreeze)
Strength of species interactions determines biodiversity and stability in microbial communities
2020-02-10, doi:10.1038/s41559-020-1099-4
关节炎精准医疗,少不了药物微生物组学
本期话题:关节炎,药物微生物组,精准医疗,大数据,IBD,弯曲菌,潘氏细胞,瘤内菌群,神经炎症
2020-03-17
南京医科大学团队揭示,Akk菌如何帮助抗击大肠癌?
本期话题:Akk菌,大肠癌,类器官,癌症转移,炎症相关大肠癌,人工智能,诊断筛查,姜黄素
2020-03-16
想减肥?早餐多吃一点,晚餐夜宵少吃一点
进食时间,肥胖,高脂膳食,膳食纤维,多不饱和脂肪酸,红肉,樱桃,炎症性肠病,虚弱
2020-03-15
Nature综述带你读懂微生物在氮循环中的作用
本期话题:氮循环、绝对定量、来源追溯、网络分析、群落组装、固氮玉米、抗病、农业微生物、基因注释
2020-03-14
移植粪便病毒组,会是代谢疾病的新疗法吗?
本期话题:粪便病毒组移植,粪菌移植,药物研发,肠道感染,生信工具,新冠病毒,胃肠道感染,腹泻
2020-03-13
《自然》:验血知癌?血液微生物组或能诊断癌症
本期话题:癌症诊断,血液微生物组,细菌演化,趋化性,心衰,TMAO,皮肤菌群,益生菌
2020-03-12
《细胞》亮点:肠道菌群产物丙酸,或能治疗自身免疫病
本期话题:免疫调节,丙酸,组织菌群,肥胖,糖尿病,SIBO,饮食干预,抗生素,猪,植物菌群,胆汁酸
2020-03-11
《自然》重磅综述:详解炎症性肠病风险基因及其生物学机制
本期话题:IBD,遗传,乌帕替尼,肠道干细胞,流感,肠肺轴,肠道感染,致病菌-宿主互作,乳糜泻,过敏
2020-03-10
预测大肠癌治疗效果和生存预后,有何新思路?
本期话题:大肠癌,菌群,分子亚型,免疫治疗,结肠镜检,阿司匹林,高脂饮食,流行病学,阿司匹林,食管癌
2020-03-09
鸡蛋、鱼油、n-3脂肪酸,与心血管疾病
本期话题:鸡蛋,鱼油,n-3脂肪酸,全谷物,土豆,碳水化合物,亚油酸,人工甜味剂,海参肽
2020-03-08