Nature Outlook:寻找健康的肠道菌群

Nature [IF:43.07]
① 人体生命早期肠道菌群来自于母乳,皮肤接触,更大一部分是通过母亲产道时获得的;② 生命早期的环境暴露以及后期的饮食也是影响肠道菌群的外在因素;③ 从人类演化角度看,饮食与环境因素在塑造人类肠道菌群中均扮演了很重要的角色;④ 与基因组数据相比,肠道菌群数据依旧不够多,且主要来自于欧洲、美国和中国;⑤ 标准的肠道菌群分析主要集中于细菌的鉴别,尚未能很好的鉴别其他常见微生物如真菌。
【主编推荐语】该篇Nature Outlook专题文章从生命进程及人类演化角度介绍了影响人体肠道菌群的因素。同时作者指出,尽管我们现在对人类肠道菌群是什么样有了大致了解,但哪些组成对我们健康至关重要尚未厘清。这一方面是由于现在的肠道菌群数据不够多(与基因组数据相比),以致我们不能得出统计学上可靠的结论;另一方面肠道菌群数据主要来源于欧洲、美国和中国,缺乏其他地方比如非洲、东南亚和南美洲的数据。现在标准的菌群检测方法也不能很好的鉴别除了细菌以外的微生物。(@flying dutchman)
The hunt for a healthy microbiome
2020-01-29, doi:10.1038/d41586-020-00193-3

Nature Outlook:与致癌菌斗争到底

Nature [IF:43.07]
① 肠道微生物可产生破坏DNA的毒素以及致癌物质,引起促癌炎症反应,使肿瘤对化疗药物产生抗性,并抑制人体的抗癌免疫反应;② 常见的致癌菌有:引起胃癌的幽门螺旋杆菌,引起肠癌的特定脆弱拟杆菌和大肠杆菌菌株以及具核梭杆菌;③ 可发展针对特定致癌菌的药物、疫苗或噬菌体,在杀灭致癌菌的同时不影响有益菌;④ 粪菌移植安全性尚存疑,与直接采用捐赠者粪菌相比,移植经过设计的菌群更安全;⑤ 微生物疗法也需针对特定肿瘤类型进行定制。
【主编推荐语】该篇Nature Outlook专题文章介绍了几种与癌症(主要是胃癌和肠癌)密切相关的细菌。作者指出,针对这些致癌菌,应开发出一些靶向的药物、疫苗或噬菌体来定向消灭这些致癌菌。同时作者也提到了比较火的粪菌移植疗法。去年,接受粪菌移植的病人出现了不良事件(查看文章),使大家对粪菌移植疗法的安全性产生了疑问。与直接移植捐赠者粪菌相比,移植经过精心设计的菌群或许安全性更高。微生物疗法也应针对特定肿瘤进行定制。(@flying dutchman)
Fighting cancer with microbes
2020-01-29, doi:10.1038/d41586-020-00199-x

Nature Outlook:工程菌有望成为新的活体疗法

Nature [IF:43.07]
① 利用合成生物学,单菌的定制改造已经初步实现,现在研究者希望实现工程菌多功能化,尤其是其检测性及对内环境的监测性;② 由工程菌和天然菌组成的关键菌群群落的定制和移植,是一种可以实现的、更好的方式,其困难在于菌落间的相互作用及其功能实现;③ 基于群体感应原理,工程菌的应用需要结合合成生物学与合成生态学观点;④ 鉴于肠道菌群的复杂性和宿主特异性,且“健康”菌群的定义尚不明确,工程菌的研究面临着极大挑战与机遇。
【主编推荐语】粪菌移植的有效性成功激发了菌群疗法的发展。研究者希望能对菌/群落进行定向改造。合成生物学家们已经初步实现单菌的定制,希望进一步将单菌多功能化,以实现对内环境的监测;同时,工程菌的开发和在医学上的使用均要基于生态学观点。纵然工程菌的研发仍处于初级阶段,但是一些科技,比如计算机,为工程菌研究提供了可能。(@兵兵)
Therapeutic microbes to tackle disease
2020-01-29, doi:10.1038/d41586-020-00201-6

Nature Outlook:靶向菌群的饮食干预,没那么简单

Nature [IF:43.07]
① 不同菌群群落对健康的影响尚不确定:以短链脂肪酸(SCFA)为例,虽然膳食介导菌群增加SCFA产生,但是其与菌群及宿主的复杂相互作用并不清楚;② 菌群或代谢物除了受食物中宏量营养素影响外,还受其他成分、加工方式等影响,且其对健康的影响程度未知;③ 目前,有两种方式可以利用菌群数据:生物标志物的发现和靶向菌群的筛选,但是其应用也要结合其他方面的研究数据;④ 鉴于特定膳食难以长期依附,以菌群为靶点的药物应是未来研究方向。
【主编推荐语】很多研究结果表明,膳食可以显著改变肠道菌群,也有研究利用膳食诱导特定菌群治愈某些疾病。因此,膳食可以通过介导菌群变化影响身体健康。但是,加州大学的Peter J. Turnbaugh在本文中指出,膳食介导的菌群及代谢物变化,以及其与宿主的相互作用机制并不清楚,尚不能将膳食看做一种疾病治疗手段。Peter指出,菌群数据的使用可以参照传统药物的发现过程:生物标志物的发现和靶向菌群筛选。其认为,膳食可以作为一种研究手段,用于发现疾病相关菌群、基因或者酶;而疾病治疗手段应该是传统的小分子药物、生物制品或细胞导向疗法。(@兵兵)
Diet should be a tool for researchers, not a treatment
2020-01-29, doi:10.1038/d41586-020-00202-5

Nature Outlook:肠道微生物组研究重点

Nature [IF:43.07]
① 肠道微生物可经多种途径产生神经活性代谢物,未来将研究微生物群是否影响精神健康;② 粪菌移植治疗溃疡性结肠炎疗效与患/供者粪便中特定菌种丰度相关,可据此筛选患/供者;③ 小规模试验表明活菌或巴氏灭活的Akk菌可治疗代谢综合征;④ 与微生物组结构和机体代谢相关的基因可影响肠道微生物群落,进而影响机体代谢;⑤ 剖宫产和自然分娩儿童的肠道菌群结构差异显著,尚无证据表明其与疾病相关;⑥ 严重肥胖者菌群丰度及多样性低于健康人群。
【主编推荐语】Nature Outlook专题的这篇文章,从六个方面回顾了肠道微生物组与健康相关的研究成果,并据此对未来的研究方向进行规划与展望。第一,特定菌种丰度与自我评价的高生活质量正相关,未来将研究微生物群是否影响精神健康;第二,粪菌移植治疗溃疡性结肠炎疗效与患/供者粪便中特定菌种丰度相关,未来可据此筛选患/供者,并使用特定菌种提高疗效;第三,小规模试验表明活菌或巴氏灭活的Akk菌可治疗代谢综合征,未来将扩大试验规模,研究单个分子对动物代谢的影响,以及巴氏灭活菌对人体代谢的影响;第四,研究表明与微生物组结构和机体代谢相关基因可影响肠道微生物群落,进而影响机体代谢,未来将据此进行代谢疾病的个性化治疗研究;第五,剖宫产和自然分娩儿童肠道菌群结构差异显著,但尚无证据表明其与疾病相关,未来将研究因分娩方式不同造成的不同初始肠道菌群是否对人群具有长期影响;第六,严重肥胖者菌群丰度及多样性低于健康人群,减肥手术可增加患者25-40%菌群多样性,但仍低于健康人群,未来将肠道微生物紊乱、严重肥胖和减肥手术结合在一起,或可提高肥胖患者代谢功能。(@楂小夭)
Highlights from studies on the gut microbiome
2020-01-29, doi:10.1038/d41586-020-00203-4
1月,最值得看的30篇肠道健康文献!
本期话题:2020年1月,根据“热心肠因子”计算的30篇必读文献。
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迎新春:近期国内菌群和肠道研究特辑
本期话题:NAFLD,菌群代谢物,小柳原田病,航天飞行,鼠疫,冠状病毒,蚊子菌群,胃肠道出血。
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生酮饮食:短期减肥,长期促肥?
本期话题:生酮饮食,脂肪炎症,生物钟,糖尿病,丁酸,肠骨轴,药物-菌群互作,药物代谢组学,肠道芯片
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炎症性肠病:新靶点与新思路
本期话题:炎症性肠病,AhR激动剂,血管生成,泛素化,宿主-菌群互作,肠道免疫,组织修复。
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糖尿病和心血管健康:聚焦菌群和代谢组学研究
本期话题:2型糖尿病,血浆脂质,肠道菌群,血浆代谢组,肠道菌群,心血管疾病,粪便脂肪酸,肥胖预测
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预防结直肠腺瘤复发,小檗碱或有帮助
本期话题:结直肠腺瘤,结直肠癌,小檗碱,耐药,药物递送,风险因素,UC,FFAR,肿瘤代谢,癌症转移
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饮酒别过度,“伤心”又促癌
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群落结构形成:随机性vs决定性
本期话题:随机性,确定性,固氮,植物免疫,冠状病毒,培养基预测
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Science观点:慢性疾病能经菌群“传染”吗?
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NEJM综述:详解间歇性禁食
本期话题:间歇性禁食,膳食补充剂,癌症复发,游离脂肪酸受体,膳食胆碱,血糖,Hp根除
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