Nature子刊:细菌和古菌从域到种的完整分类新方法

Nature Biotechnology [IF:36.558]
① 作者通过根据平均核苷酸同源性(average nucleotide identity,ANI)去选择物种代表基因组,将GTDB涵盖的所有基因组识别为数量明确的物种簇(Species clusters);② 作者将未分配命名的物种簇的基因组识别为全新的物种簇,并根据基因组质量选择具有代表性的基因组作为有效的命名模式物种;③ 本文提供了一个完整的基于基因组的分类法,其中所有基因组都具有从域到种的分类,并建立了用于限制物种的代表性基因组。
【主编推荐语】大约40%的基因组在GTDB (Genome Taxonomy Database,基因组分类数据库)中缺乏种名。作者通过使用公认的平均核苷酸同源性(ANI)标准来设置物种界限,解决了这一局限,并提出包含所有公共可获得的细菌和古细菌基因组的物种簇。与以前的平均核苷酸同一性研究不同的是,作者选择了一个代表性的基因组作为有效命名法“类型”定义每个物种。在提议的24,706个物种簇中,有8,792个基于公开的名称,作者为剩余的15,914个物种簇分配了占位符名称,以为越来越多的未培养物种的基因组提供名称。这个资源为细菌和古细菌基因组提供了一个完整的从域到种的分类学框架,这将促进对未培养物种的研究并改善科学成果的交流。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea
2020-05-04, doi:10.1038/s41587-020-0501-8
延伸阅读: 【宏基因组】

肠道菌群研究和应用——仍需稳扎稳打(社论)

Current Biology [IF:9.601]
① 微生物是我们体内的重要组成部分,但随着微生物组领域愈发热门,研究和医学界、保健品行业以及普通大众都对其效用有了过高的期待;② 许多论断缺乏有力证据:益生菌对肠道微生物组的作用潜力是不确定的,粪菌移植也仅取得了有限的成功,对肠道微生物组研究的设计和解释也受到批评;③ 肠道微生物操纵宿主行为的可能性亦受到质疑,从进化的角度或能带来新的启发;④ 对此该领域接受了这些批评,将以更严谨的姿态迸发活力。
【主编推荐语】肠道菌群与人体健康的关系,已开始受到大众的关注。Current Biology近期发表的社论文章,对肠道菌群研究和转化方面的现状和问题进行了探讨。作者认为这一领域发展得太快了,以至于有些论调可能已经超过了证据,特别是在转化应用方面,仍有大量的研究工作需要完成。鉴于微生物组研究的复杂性,作者主张采用简化论的方法,来研究菌群内微生物之间的互作以及与宿主的互作机制。(@mildbreeze)
Gut check
2020-10-05, doi:10.1016/j.cub.2020.09.003
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