南昌大学徐振江等:微生物组或可预测人的实际年龄

mSystems [IF:6.633]
① 结合公开数据,用随机森林模型,评价粪便、唾液及皮肤(手和前额)样本微生物组预测成年人年龄的能力;② 皮肤微生物组可提供最佳的年龄预测(mean±SD为3.8±0.45年,口腔和肠道微生物组年龄预测mean±SD分别为4.5± 0.14和11.5 ±0.12年);③ 多个队列研究均表明肠道微生物组与实际年龄有关;④ 手微生物组年龄预测模型可应用到前额微生物组年龄预测,反之亦然;⑤ 与老年人富集的细菌相比,年轻人富集的细菌,丰度更高,且在多个群体中普遍存在。
【主编推荐语】研究表明,肠道微生物组会随着年龄的增长而变化,甚至会加速成年人的衰老。与身体其他部位相比,肠道微生物组的年龄相关变化是否更为显著?能否从微生物组样本中预测一个人的实际年龄?目前并没有定论。最近mSystems发表南昌大学徐振江与UCSD的Rob Knight团队合作的研究,结合了来自包括中国、美国等不同国家的几项大型队列研究,以确定身体哪个部位(肠道、口腔和皮肤)的微生物组可以最准确地预测成年个体的实际年龄。结果发现,皮肤微生物组的预测结果最佳。本研究为进一步研究微生物组在加速或减缓衰老过程中的作用,及在与年龄相关的疾病易感性中的作用奠定了基础,并有助于开发潜在的微生物靶向治疗策略,延缓衰老。推荐阅读。(@nana)
Human Skin, Oral, and Gut Microbiomes Predict Chronological Age
2020-02-12, doi:10.1128/mSystems.00630-19

港中大团队:我国南方人肠道菌群中常见多种梭杆菌,或与大肠癌有关

Gut [IF:19.819]
① 分析全球16个人群的3157个肠道宏基因组,研究梭杆菌属的分布情况及其潜在的结直肠癌(CRC)相关基因组特征;② 不论是否患有CRC,中国南方人群中多个已知和未知的梭杆菌类群的普遍性、相对丰度和多样性,都高于其它地区人群;③ 除了具核梭杆菌,可变梭杆菌等梭杆菌类群也在CRC中富集;④ 在可变梭杆菌和溃疡梭杆菌等细菌类群中,均能检测到与CRC相关的FadA黏附素的同系物,且在CRC人群中含量丰富,但是否会增加CRC风险还需进一步研究。
【主编推荐语】梭杆菌属中,具核梭杆菌在结直肠癌(CRC)中富集,FadA黏附素可能介导了这种细菌对CRC的促进作用。Gut近期发表的来自香港中文大学团队的研究发现,我国南方人群的肠道菌群中,多个梭杆菌属细菌类群都比在其它人群中更为常见,含量和多样性也更高,并且从可变梭杆菌(F. varium)和溃疡梭杆菌(F. ulcerans)等多个梭杆菌菌种中,鉴定出FadA同系物的存在,或许与CRC相关。这些发现不仅扩充了与CRC有潜在关联的肠道细菌种类,也揭示出不同人群中梭杆菌属细菌的分布和多样性差异,再次提示基于菌群类群特征的诊断和治疗方法需要针对不同人群进行“量身定制”。(@mildbreeze)
Southern Chinese populations harbour non-nucleatum Fusobacteria possessing homologues of the colorectal cancer-associated FadA virulence factor
2020-02-12, doi:10.1136/gutjnl-2019-319635

华科宁康团队:一个快速、准确的微生物群落结构搜索利器——Meta-Prism

Briefings in Bioinformatics [IF:8.99]
① Meta-Prism方法用于比对分析不同样本的微生物群落结构,可从数据库搜索到与目标样本群落结构最相似的样本,加深对不同来源样本的了解;② Meta-Prism方法比同类方法至少快10倍,并且可以提供非常精确的搜索结果;③ 开发团队在来自人体和环境的上万个样本中验证了该方法在速度和准确性上的优势;④ Meta-Prism方法基于以下三项技术:用于样本分组的双索引方法、用于分析样本间微小差异的精细打分函数和CPU/GPU并行计算技术。
【主编推荐语】华中科技大学宁康教授课题组在Briefings in Bioinformatics发表论文,介绍了一款新的微生物群落结构搜索利器:Meta-Prism。这一款主要由 C++ 和 CUDA 语言创作的工具采用了双向索引(dual index)、一个新的打分函数和 CPU/GPU 并行计算等技术,使得在大数据库中快速搜索和样本结构差异比较的速度较过去的 Meta-Storms 等算法快 10 倍以上。(@高春辉)
Meta-Prism: Ultra-fast and highly accurate microbial community structure search utilizing dual indexing and parallel computation
2020-02-07, doi:10.1093/bib/bbaa009

张发明团队:粪菌移植治疗放射性肠炎有证据

Radiotherapy and Oncology [IF:4.856]
① 评价5名常规治疗无效的慢性放射性肠炎(CRE)患者接受粪菌移植(FMT)治疗的价值;② 主要评价的参数包括:RTOG/EORTC 晚期放射毒性分级、CTCAE胃肠道症状严重度分级(腹泻、肠出血、腹痛和大便失禁)、Karnofsky功能状态评分、肠道菌群分析;③ FMT后,3例患者临床症状、内镜和影像学表现均改善,1例无效,1例获益于FMT后因其他原因转手术;④ 本研究为FMT作为CRE的治疗方案提供了前瞻性小样本评价证据。
【主编推荐语】盆腹腔肿瘤放疗后可引起放射性肠炎,以腹泻、出血、腹痛、直肠阴道瘘等为主要表现,对于常规治疗无效的患者,其生活质量受到严重影响。 Radiotherapy and Oncology发表来自南京医科大学第二附属医院张发明教授团队的最新临床研究,首次报道了用粪菌移植(FMT)治疗人慢性放射性肠炎的临床证据,提示调节肠道菌群的干预方法治疗放射性肠炎的价值,为未来开展临床研究奠定了前期探索性基础。热心肠日报曾经专题推送,中国医学科学院放射医学研究所樊赛军教授团队首次报道粪菌移植可缓解辐射引起的小鼠放射肠炎,大家可以通过日报查阅(查看文章)。(@mildbreeze)
Fecal microbiota transplantation: A promising treatment for radiation enteritis?
2020-02-07, doi:10.1016/j.radonc.2020.01.011
西农+华大突破:轻断食经"菌群-代谢物-脑"轴改善糖尿病
本期话题:禁食,糖尿病,认知损伤,自噬,表观遗传,膳食纤维,囊性纤维化,霍乱弧菌,丁酸,尿石素B
2020-02-19
减少饮食中的特定氨基酸,或能为自身免疫病“灭火”
本期话题:饮食与免疫,甲硫氨酸,高盐饮食,高脂饮食,乳糜泻,菌群-免疫互作,免疫发育,性别差异
2020-02-18
胃癌专题:近期不容错过的研究进展
本期话题:胃癌,菌群,代谢组,Hp根除术,干细胞,TP53,MDSC,cfDNA
2020-02-17
与心血管健康相关的食物与营养素
本期话题:鸡蛋,维生素D,含硫氨基酸,可可,槲皮素,乳制品,低钠饮食,鱼油
2020-02-16
呼吸道菌群:受何影响?有何作用?
本期话题:呼吸道菌群,婴儿,胎儿,胃肠感染,肺癌,囊性纤维化,肥胖,哮喘
2020-02-15
3篇ISME大讨论:只有1%的微生物可培养?
本期话题:微生物培养,培养组学,未培养细菌,单细胞基因组,三代测序,真菌,真菌分类,草原和农田微生态
2020-02-14
不可兼得?《自然》揭示进食如何调节肠道的屏障防御与营养吸收
本期话题:肠道屏障,神经免疫,单菌基因组组装,微生物互作,先天性巨结肠,睡眠,Hp根除术,进化
2020-02-13
炎症性肠病专题:菌群、疗法与机制
本期话题:IBD,宿主-菌群互作,粪菌移植,药物递送,间充质干细胞,药物临床,免疫细胞,心理社会应激
2020-02-12
血液感染中的肠道菌群与肠屏障
本期话题:血液感染,肠道真菌,肠道通透性,标志物,肠-骨轴,植物-菌群互作,工程菌,蜜蜂
2020-02-11
限制特定膳食氨基酸,或是癌症治疗新思路
本期话题:饮食与癌症治疗,BCAA,非必需氨基酸,维生素C,癌症筛查,大肠癌,术后监测,粪菌标志物
2020-02-10