Nature子刊:陈从英、黄路生院士等建立猪肠道微生物组基因目录

Nature Communications [IF:12.121]
① 对不同来源的500份样品进行了宏基因组测序,结合已有的287个宏基因组序列结果构建了完整的猪肠道微生物整合基因目录(PIGC);② PIGC包含17237052个完整基因,28%为未知基因,有效增加了猪肠道菌群基因数;③ 宏基因组分箱分析鉴定了6339个宏基因组组装基因组(MAG),代表2673个物种,86%为未知物种;④ 利用PIGC和MAG,在种水平上揭示了野生猪和商业杜洛克猪肠道菌的不同组成和功能;⑤ PIGC和MAGs为猪肠道微生物组的研究提供了重要的资源。
【主编推荐语】猪肉是目前人类肉产品的重要来源。猪肠道微生物在维持猪健康和保证生猪生产中具有重要的作用,但是目前人们对于猪肠道微生物组的了解仍然较少,主要原因在于缺乏猪肠道微生物组全面的基因组目录,因此宏基因组测序结果不能有效的分析和检测。近期江西农业大学陈从英和黄路生院士与研究团队在Nature Communications上发表了其研究工作,通过针对不同品种,不同农场,不同取材位置的500个猪肠道微生物组宏基因组测序,结合287个已有宏基因组序列结果进行分析,建立了目前最为全面完整的猪肠道微生物组基因目录(PIGC)和宏基因组组装基因组(MAG),应用PIGC和MAG揭示了野生猪和商业品种猪肠道菌群的组成和功能的不同。PIGC和MAG为猪肠道微生物组研究提供了重要资源。(@Zhonghua)
Expanded catalog of microbial genes and metagenome-assembled genomes from the pig gut microbiome
2021-02-17, doi:10.1038/s41467-021-21295-0
延伸阅读: 【iNature】

Nature子刊:三代测序实现高精度的长读长扩增子测序

Nature Methods [IF:30.822]
① 本研究提出了一个简单的工作流程,将UMIs与ONT和PacBio平台上长的扩增子测序相结合,以产生具有低嵌合率的高精度单分子共有序列;② 使用严格的基于UMI的过滤方法几乎消除了PCR嵌合体;③ 对于ONT UMI和PacBio CCS数据,非均聚物区域中的残留误差与均聚物区域相比显著不同,而在两种情况下,PacBio UMI数据中的残留误差都非常低;④ 高精度长读长扩增子测序的文库策略和测序平台的选择取决于所关注的具体应用。
【主编推荐语】丹麦奥尔堡大学Mads Albertsen研究团队近日取得一项新成果,他们使用Nanopore或PacBio测序的独特分子标识技术完成了高精度长读长扩增子测序。相比于短读长测序技术,针对基因组长区域的高通量扩增子测序仍具有挑战性。在本研究中,研究人员开发了一种高通量扩增子测序方法,该方法结合了独特分子标识(UMIs)与牛津纳米孔技术(ONT)或Pacific Biosciences环形共有序列,可获得大基因组区域内高精度单分子共有序列。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing
2021-01-11, doi:10.1038/s41592-020-01041-y

补充维生素C可降低出血倾向

Nutrition Reviews [IF:6.5]
① 纳入15项临床试验(共涉及来自6个国家的1140名健康受试者)进行荟萃分析;② 当受试者的基础血浆抗坏血酸水平低于28μmol/L时,补充抗坏血酸可显著降低牙龈出血倾向;③ 当受试者的基础血浆抗坏血酸水平高于48μmol/L时,补充抗坏血酸无法显著降低牙龈出血倾向;④ 在8210名美国受试者中,校正年龄与性别后,较低的血浆抗坏血酸水平(11-28μmol/L,该水平可预防坏血病)与视网膜出血及牙龈出血倾向的发生率显著增加相关
【主编推荐语】Nutrition Reviews上发表的一项荟萃分析结果,总结15项临床研究(涉及1140名健康受试者)的数据后发现,在基础血浆抗坏血酸水平较低的受试者中,补充抗坏血酸可显著降低牙龈出血倾向。另外,在超过8000名美国受试者中发现,较低的血浆抗坏血酸水平与视网膜出血及牙龈出血倾向的风险增加相关。该研究结果提示,能够预防坏血病的维生素C摄入量可能并不足以降低牙龈出血及视网膜出血的风险。(@szx)
Bleeding tendency and ascorbic acid requirements: systematic review and meta-analysis of clinical trials
2021-02-01, doi:10.1093/nutrit/nuaa115
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