Science:动物养殖中不容乐观的抗生素耐药性

Science [IF:41.845]
① 纳入901项调查研究,分析中低收入国家动物养殖中常见致病菌(大肠杆菌、弯曲菌、非伤寒沙门氏菌和金黄葡萄球菌)的抗生素耐药性情况;② 中国和印度是耐药性的最大热点地区,巴西和肯尼亚是新热点地区;③ 2000年到2018年,鸡、猪和牛中,致病菌耐药性高于50%的比例增长分别为0.15-0.41、0.13-0.34和0.12-0.23;④ 动物生产中最常用的四环素、磺胺类和青霉素的耐药率最高;⑤ 动物中的抗生素耐药性增强,将威胁动物甚至人类健康。
【主编推荐语】随着全球肉食消费增长,动物养殖业的抗生素使用也在不断攀升。目前全球约73%的抗生素是用于动物养殖,但由此导致的致病菌抗生素耐药情况尚不清楚。Science近期发表一项系统性研究,绘制了过去近20年间发展中国家的动物养殖抗生素耐药性热点地图,我国属于“重灾区”。此外,在鸡和猪中,耐药菌几乎增加了两倍。如果不采取措施,动物养殖中可用的有效抗生素将越来越少,最终也将威胁人类健康。(@mildbreeze)
Global trends in antimicrobial resistance in animals in low- and middle-income countries
2019-09-20, doi:10.1126/science.aaw1944

Nature子刊:哺乳期饮食对新生奶牛粪便耐药组的影响

Nature Communications [IF:12.121]
① 牛初乳中微生物能在新生奶牛肠道定植,随年龄增加和饮食变化,菌群更多样化;② 新生奶牛肠道含329种抗生素耐药基因(ARGs),推测对17类抗生素产生耐药性;③ ARGs的丰度随哺乳量减少逐渐降低,与抗杀菌剂、金属抗性基因共同存在;④ 奶牛出生2天后可检测到ARGs,肠杆菌科微生物携带最多ARGs,初乳微生物或是ARGs的来源;⑤ 哺乳期奶牛饮食转变影响肠道菌群结构,如肠杆菌科微生物减少,拟杆菌科微生物增多,或进而引起耐药组变化。
【主编推荐语】抗生素耐药性是全球性的公共卫生问题。牲畜体内的抗生素耐药基因通常对临床上重要的抗生素具有抗性,通过粪便排出体外后,会对环境产生更多污染。Nature Communications近期发表的研究表明,奶牛生命早期的肠道抗生素耐药基因可能来自牛初乳的微生物,并受到饮食变化的影响,据此,或可通过饮食干预改变菌群结构,降低抗生素耐药基因。(@nana)
The fecal resistome of dairy cattle is associated with diet during nursing
2019-09-27, doi:10.1038/s41467-019-12111-x
延伸阅读: 【微生态】

中科大:我国淡水鲤鱼肠道菌群及其抗生素耐药性分析

Environmental Pollution [IF:6.792]
① 零售市场中的中国四种淡水鲤科鱼类肠道菌群中,含有丰富的抗生素耐药和银/汞抗性基因,其中sulI、sulII和tetQ与银/汞抗性基因强相关;② 不同零售市场的鱼肠道菌群组成有差别,酸杆菌门、拟杆菌门、绿弯菌门、蓝细菌、厚壁菌门和变形菌门,或构成四大中国淡水鲤鱼肠道内的核心菌群;③ 鱼肠道中潜在的耐药或致病菌,对人类健康有潜在威胁;④ 应制定水产养殖中抗生素的管理策略,以避免耐药和条件致病菌经食物链或直接接触,从鱼传播给人。
【主编推荐语】淡水鱼养殖中也存在抗生素滥用现象,由此引起的鱼肠道内耐药菌增多,可能对人体健康造成威胁。中国科学技术大学盛国平团队,分析了来自合肥4个零售市场的32条淡水鲤科鱼类(草鱼、鲢鱼、鳙鱼和鲫鱼)的肠道菌群组成、抗生素耐药基因和重金属(银、汞)抗性基因,再次表明应尽快改善水产养殖中的抗生素使用情况。(@mildbreeze)
Antibiotic resistance and microbiota in the gut of Chinese four major freshwater carp from retail markets
2019-09-30, doi:10.1016/j.envpol.2019.113327

抗生素治疗增加结肠袋炎患者肠道菌群的抗生素耐药性

Gastroenterology [IF:17.373]
① 纳入33名接受了4周抗生素治疗的结肠袋炎患者,中位随访425天,收集抗生素治疗期间及之后的粪便样本;② 79%的患者对抗生素治疗产生应答,89%的应答患者3个月内复发;③ 抗生素治疗在降低疾病相关细菌(如产气荚膜梭菌)的同时,也减少了有益菌(如柔嫩梭菌群);④ 应答患者菌群中,出现了多个环丙沙星耐药性突变,携带多重耐药基因位点的菌株富集;⑤ 停止抗生素治疗后,患者的菌群组成发生快速变化,口腔相关细菌及疾病相关细菌大量增加。
【主编推荐语】结肠袋炎患者通常接受抗生素治疗,部分患者可能出现复发、抗生素依赖或需要更长或更多疗程的抗生素治疗。来自Gastroenterology上发表的一项最新前瞻性队列研究结果,发现多数结肠袋炎患者可对4周的抗生素治疗产生应答,但大多数会在短期内复发,而这可能是抗生素治疗导致的耐药细菌富集引起的。因此,短期交替使用抗生素、基于菌群及营养的干预手段等应被考虑用于治疗结肠袋炎。(@szx)
Predominantly Antibiotic-resistant Intestinal Microbiome Persists in Patients With Pouchitis Who Respond to Antibiotic Therapy
2019-10-09, doi:10.1053/j.gastro.2019.10.001

Science子刊:从人肠道共生菌中挖掘的新抗菌分子

Science advances [IF:13.116]
① 从单一定植活泼瘤胃球菌E1(一种人肠道共生菌)的大鼠盲肠内容物中,纯化出具有抗菌活性的瘤胃球菌素C1(RumC1);② RumC1经细菌内切割和细菌外的宿主胰蛋白酶切割后,变为活性形式,含有4个硫醚键,形成双发卡折叠结构;③ 这种结构使RumC1对多种革兰氏阳性菌有抗菌活性,包括致病性梭菌和多重耐药菌株,可能通过抑制核酸合成发挥杀菌作用;④ 细胞试验表明RumC1对人体细胞无毒;⑤ RumC1具备药物开发潜力,活泼瘤胃球菌E1或是潜在益生菌。
【主编推荐语】抗生素耐药菌越来越多,人类急需找到对抗这些细菌感染的新武器。肠道菌群对很多致病菌都有定植抵抗作用,很可能含有大量尚未发掘的天然抗菌分子。Science Advances近期发表一项研究就报道了这样一种来自人肠道共生菌的抗菌肽——瘤胃球菌素C1(RumC1)。RumC1属于核糖体合成和翻译后修饰肽的sactipeptide亚型,能有效抵抗多种革兰氏阳性的致病菌和耐药菌,而对人体细胞无毒性。RumC1及其产生菌活泼瘤胃球菌E1,或许能成为对抗艰难梭菌等棘手致病菌的新武器。(@mildbreeze)
Ruminococcin C, a promising antibiotic produced by a human gut symbiont
2019-09-25, doi:10.1126/sciadv.aaw9969

Nature子刊:哪些抗菌肽不易被细菌耐受?

Nature Communications [IF:12.121]
① 系统性研究大肠杆菌对14种抗微生物肽(AMP)和12种抗生素的耐受性演化,发现某些AMP(如鲎抗菌肽II和天蚕素P1)不太容易被细菌耐受;② 细菌内源性基因突变(点突变和基因扩增)对这些AMP提供的耐受水平很低;③ 抗生素耐药菌对这些AMP也没有交叉抗性;④ 未发现土壤细菌中存在对这些AMP耐受的基因,因此细菌不太可能通过基因水平转移获得对其的耐受性;⑤ 这些不易被耐受的AMP具有共同的理化特性:较少的极性和带正电的氨基酸,亲水性较高。
【主编推荐语】抗微生物肽(AMP)是结构多样化的短肽,具有广谱抗菌活性,通过多种机制,帮助宿主抵抗病原体感染,是抗菌药的潜在来源。然而,道高一尺魔高一丈,有研究表明,细菌可通过多种机制对AMP产生耐受。Nature Communications近期发表的一项研究,以大肠杆菌为例,系统性分析了细菌对多种类型的AMP产生耐受性的潜力,表明细菌对鲎抗菌肽II和天蚕素P1等AMP产生耐受的可能性比较低,因此这些AMP或是未来开发抗菌药的好选择。(@mildbreeze)
Integrated evolutionary analysis reveals antimicrobial peptides with limited resistance
2019-10-04, doi:10.1038/s41467-019-12364-6
鱼类营养知多少?
话题:鱼,营养,n-3脂肪酸,肿瘤代谢,FODMAP,糖尿病,禁食,乳制品,外卖。
2019-10-19
潘安团队发BMJ:想活得久一点?控制好体重
话题:体重变化,限时进食,菌群建模,微生物生态学,机器学习,关联性。
2019-10-18
培养无法培养的:有的放矢,从菌群之海中“钓”细菌
话题:细菌分离培养,肠道菌群合成生态学,IBS,肠道菌,代谢组,菌群-宿主互作。
2019-10-17
生物钟紊乱,当心肠道免疫出问题!
话题:生物钟,ILC3,IBD,牙周炎,粘膜免疫,治疗应答,肝脏免疫,PI3Kγ。
2019-10-16
宏基因组分析软件专题(二)
话题:宏基因组拼接、基因注释软件推荐,让选择不再困难。
2019-10-15
预防癌症,警惕高脂饮食
话题:高脂饮食,结直肠癌,前列腺癌,胰腺癌,肝癌,类器官,靶向治疗。
2019-10-14
红肉之后,还有哪些饮食成分值得关注?
话题:脂肪肝,健康饮食,坚果,蘑菇,海洋n-3,饮酒,调味汁,番茄红素
2019-10-13
肥胖,不止是体重
青少年肥胖,减肥手术,神经性厌食,心衰风险因子,脂肪肝,菌群产物与胃饥饿素受体
2019-10-12
一图读懂:菌群如何影响宿主表型
话题:菌群-宿主互作,宿主表型,分节丝状菌,轮状病毒,病毒组,噬菌体,菌群多样性,AD。
2019-10-11
肠道给药新装置:告别打针,口服胶囊搞定生物大分子药物
话题:药物递送,内共生体,GMrepo,生物信息学,定植抵抗,饮食-菌群互作,5-HT。
2019-10-10