国内团队:多组学分析预测大肠癌转移和药物反应

Cancer Cell [IF:26.602]
① 整合分析了146名结直肠癌(CRC)患者临床组织的基因组、蛋白组和磷酸化蛋白组;② 蛋白质组学分析区分了三种具有不同临床预后和分子特征的CRC亚型;③ 原发瘤的(磷酸化)蛋白质组可区分其是否有转移;④ 转移瘤在遗传水平上与原发瘤高度相似,而蛋白质组水平则不同,原发瘤与其肝转移之间有显著异质性;⑤ 使用异种移植模型对31例原发瘤和转移瘤进行药物测试,无论肿瘤是否携带药物靶向的基因突变,都可通过激酶-底物网络分析预测其药物反应。
【主编推荐语】来自中科院上海生物化学与细胞生物学研究所和上海科技大学的曾嵘和吴家睿,以及来自海军医科大学附属长海医院的Wei Zhang研究团队合作,在Cancer Cell上发表最新研究。共纳入146名结直肠癌(CRC)患者(包括70名转移性CRC患者)的480例临床组织,对其进行多组学整合分析。原发瘤的蛋白质组学和磷酸化蛋白组学分析成功区分出转移病例。结合网络分析,可准确反映原发瘤和转移瘤的药物反应。该研究为更好地理解转移性CRC提供了潜在的临床应用价值。(@Lexi)
Integrated Omics of Metastatic Colorectal Cancer
2020-09-03, doi:10.1016/j.ccell.2020.08.002

国内团队:预测局部进展期直肠癌的远端转移和化疗益处

Nature Communications [IF:12.121]
① 纳入629名局部进展期直肠癌患者,通过分析其放疗结果建立相关放射标签(RS);② 该RS具有高预测精度,可为患者提供个性化远端转移(DM)预测;③ 对RS、病理分期及辅助化疗疗效进行交互测试发现,相比低RS患者,高RS组患者的辅助化疗获益更差;④ pT分期与高RS患者的无远端转移生存率(DMFS)显著相关,pN分期与所有患者DMFS相关;⑤ 高RS组pT1-2患者未获益于辅助化疗,且pN0患者辅助化疗后生存更差,低RS组中只有pN2患者从辅助化疗中获益。
【主编推荐语】远端转移(DM)是局部进展期直肠癌治疗失败的主要原因。辅助化疗通常用于远端控制。然而,并非所有患者都能从辅助化疗中获益,一些患者治疗后的结果可能更糟。来自中科院自动化研究所的田捷、来自复旦大学的蔡国响和来自郑州大学的Meiyun Wang与团队开发并验证了一个基于MRI的放射体标签(RS)用于预测直肠癌DM。RS或可帮助制定个体化治疗计划,选择可能受益于辅助化疗的直肠癌患者进行远端控制。(@Lexi)
Predicting distant metastasis and chemotherapy benefit in locally advanced rectal cancer
2020-08-27, doi:10.1038/s41467-020-18162-9

蔡国响、贾伟等:靶向葡糖利用,治疗恶性大肠癌

Signal Transduction and Targeted Therapy [IF:13.493]
① GLUT3在结直肠癌(CRC)患者肿瘤组织中高表达,并与患者较差的临床结果相关;② 体外和体内实验证明,GLUT3介导的葡萄糖利用对CRC的生长至关重要;③ 在体内,GLUT3摄取介导的葡萄糖利用为核苷酸合成提供能量;④ 葡萄糖缺乏可通过CREB1激活AMPK,诱导CRC细胞中GLUT3表达;⑤ CRC细胞中GLUT3高表达可提高维生素C单独治疗及联合L-OHP治疗的效果,为该类恶性肿瘤的治疗提供新的可能性。
【主编推荐语】癌细胞内的葡萄糖代谢通常过度活跃,从而导致葡萄糖缺乏。因此,可利用替代途径改变癌细胞代谢以达到控制肿瘤生长的目的。复旦大学蔡国响、香港浸会大学贾伟、上海中医药大学的Wen-Lian Chen和中科院上海生命科学研究院秦骏与团队,在Signal Transduction and Targeted Therapy发表最新研究,强调了AMPK/CREB1/GLUT3通路在结直肠癌(CRC)细胞抵抗限糖应激中的重要性,并强调了维生素C在高GLUT3表达CRC中的治疗潜力。(@Lexi)
GLUT3 induced by AMPK/CREB1 axis is key for withstanding energy stress and augments the efficacy of current colorectal cancer therapies
2020-09-02, doi:10.1038/s41392-020-00220-9

复旦团队:POLE外切酶结构域突变大肠癌患者预后较好

Journal for ImmunoTherapy of Cancer [IF:9.913]
① 回顾性收集295例II期结直肠癌(CRC)患者的测序数据,并检测肿瘤组织中的免疫细胞;② 3.1%的患者具有DNA聚合酶基因ɛ(POLE)外切酶结构域(EDMs)突变,其肿瘤突变负荷极高;③ 相比其他II期患者,POLE EDMs患者更倾向高微卫星不稳定(MSI-H)、确诊年龄更低(46 vs 62岁)、肿瘤多见于右侧、瘤内细胞毒性T细胞反应更强;④ II期CRC患者按风险被归为三类,其5年无病生存率分别为100%(POLE EDMs)、82.0%(MSI-H)和63.0%(微卫星稳定)。
【主编推荐语】先前的研究发现,在II-III期结直肠癌(CRC)中,靶外显子中发生DNA聚合酶基因ɛ(POLE)外切酶结构域(EDMs)突变的患者预后显著改善。来自复旦大学附属肿瘤医院的彭俊杰、黄丹和蔡三军研究团队合作在Journal for ImmunoTherapy of Cancer发表的最新研究发现,在II期结直肠癌(CRC)患者中存在一部分具有POLE EDMs突变的患者,其特点为肿瘤突变负荷极高、高微卫星不稳定(MSI-H)、瘤内T细胞反应强烈。无论MSI状态如何,POLE EDMs患者都有很好的预后。(@Lexi)
Somatic POLE exonuclease domain mutations elicit enhanced intratumoral immune responses in stage II colorectal cancer
2020-08-27, doi:10.1136/jitc-2020-000881

肠道γδ T细胞在结直肠癌中的作用(综述)

Immunological Reviews [IF:13.939]
① γδ T细胞的抗原识别无需MHC的参与,可识别CD1呈递的脂质或MR1呈递的代谢产物;② 在人体中,肠道驻留性Vδ1细胞与循环中的Vγ9Vδ2细胞可表达细胞毒性分子(颗粒酶、穿孔素等)以识别并杀伤癌细胞;③ γδ T细胞可通过NKG2D受体感知癌细胞表面异常表达的RAE-1等应激配体,以起到免疫监视作用;④ 肿瘤细胞导致肠道上皮屏障破坏及细菌易位,并激活树突细胞及巨噬细胞分泌IL-1β及IL-23,以促进Vδ1细胞分泌IL-17A,后者可诱导肿瘤增殖。
【主编推荐语】γδ T细胞的TCR决定了其在体内的分布情况。在人体中,Vδ1与Vδ3细胞通常驻留于肠道、肝脏或皮肤中,而Vδ2细胞在外周血中循环;在小鼠中,Vγ5、Vγ6及Vγ7细胞为组织驻留性,而Vγ1及Vγ4细胞从组织迁移至淋巴结。人体内的Vγ4Vδ1及小鼠体内的Vγ7细胞为主要的肠道驻留性γδ T细胞。小肠及结肠中的γδ T细胞可作为肠道免疫防御及监视的第一道防线。Immunological Reviews上发表的一篇综述文章,详细介绍了γδ T细胞在肠道中的定位与功能,以及γδ TCR的结构及抗原识别特征,并重点讨论了不同类型的γδ T细胞可能在结直肠癌中起到的抗肿瘤或促肿瘤作用及其作用机制。(@Lexi)
Gut γδ T cells as guardians, disruptors, and instigators of cancer
2020-07-26, doi:10.1111/imr.12916

评估结直肠癌的多基因风险评分的新方法

American Journal of Human Genetics [IF:10.502]
① 纳入55105个结直肠癌(CRC)病例和65079个欧洲血统的对照,从GWAS数据中构建并比较预测多基因风险分数(PRS)的不同方法;② LDpred(一种用于全基因组风险预测的贝叶斯方法)衍生的PRS的判别准确率最高,从GWAS中确定的140个已知变异中的PRS的准确率最低;③ 基于LDpred派生的PRS,鉴定出30%没有家族史的个体与那些有CRC家族史的个体具有类似的结直肠癌风险,而基于已知GWAS变体的PRS仅发现前10%的个体具有类似的相对风险。
【主编推荐语】American Journal of Human Genetics近期发表的文章,从结直肠癌GWAS数据中构建多基因风险评分(PRS)的新方法,比较了1)140个先前识别和验证的CRC基因位点;2)基于连锁不平衡(LD)聚类的SNP选择,然后使用机器学习方法;3)全基因组风险预测的贝叶斯方法LDpred;三种建模分析方法。发现LDpred衍生的PRS具有较好的表现,或为CRC风险分层筛查和其他有针对性的干预措施提供帮助。(@爱的抉择)
Genome-wide Modeling of Polygenic Risk Score in Colorectal Cancer Risk
2020-08-05, doi:10.1016/j.ajhg.2020.07.006
延缓衰老?Cell子刊报道新的潜在膳食补充剂
本期话题:α-酮戊二酸,西式饮食,氨基酸,进食时间,膳食蛋白质,维生素C,脂肪肝,酒精肝,小麦
2020-09-06
种族差异:血压与肠道菌群的关系不能一概而论?
本期话题:血压,菌群研究方法,半乳糖凝集素,神经,TMAO,ω-3,黄斑变性,帕金森,类器官
2020-09-05
今日Cell双发:饮食-菌群-免疫、肠神经单细胞分析重大突破
本期话题:饮食-菌群-免疫互作,肠神经系统,吲哚类代谢物,结肠炎,多发性硬化,认知障碍,FMT,Th细胞
2020-09-04
Rob Knight再发NBT:数据降维新方法助力肠道菌群研究
本期话题:微生物组数据分析,菌群药物,饮食-菌群互作,膳食纤维,乳制品,甜味剂,回肠菌群,真杆菌,Akk菌
2020-09-03
浙大一院GUT发文:利用抗菌肽"修复"菌群或能防治肠炎
本期话题:IBD,抗菌肽,琥珀酸,翻译后修饰,肠道通透性,抗生素,标志物,钙卫蛋白,菌群-肠-脑轴,疗效预测
2020-09-02
8月,最值得看的30+7篇菌群与肠道健康文献!
本期话题:2020年8月,根据“热心肠因子”计算的30+7篇必读文献。
2020-09-01
国内5篇高分论文:聚焦肠癌治疗和癌症细菌疗法
本期话题:大肠癌,HSF1,硫化氢,免疫治疗,细菌疗法,基因组拓扑,化疗,放疗
2020-08-31
高蛋白饮食:减肥虽好使,但要警惕肾损伤
本期话题:高蛋白饮食,饮食-菌群互作,体重,糖尿病,减肥手术,精油,氨基酸,地中海饮食,微塑料,大脑衰老,奶酪
2020-08-30
不只是益生菌+益生元,ISAPP重新定义合生制剂
本期话题:合生制剂,益生菌,益生元,鱼油,噬菌体,母婴,皮肤,乳酸菌,聚合物载体
2020-08-29
今日Science:血糖如何受"肠菌→神经"调控?
本期话题:肠神经,FMT,IBD,肠道病毒组,微生物组生物库,黏蛋白降解,细菌互养,肥胖,纳米递送系统
2020-08-28