Cell子刊:单细胞测序揭示儿童克罗恩病的转录特征

Developmental Cell [IF:10.092]
① 对9例受孕后6-10周人类早期胎儿肠道样本进行scRNA-seq分析,鉴定出循环BEX5+上皮前体细胞,其转录特征不同于成体的LGR5+干细胞;② 这些细胞可能通过产生LGR5+干细胞,促进细胞亚群的分化,且能从周围的间充质细胞中接受环境信号;③ 对比体外组织和体外胎儿类器官的转录组,揭示类器官培养物在培养皿中的成熟过程;④ 儿童克罗恩病和健康对照的上皮细胞的scRNA-seq,揭示出疾病相关的上皮成分的变化,同时发现胎儿期的转录因子发生再激活。
【主编推荐语】Developmental Cell近期发表的文章,分别对受孕后6-10周人类早期胎儿肠道样本、体外组织和体外胎儿类器官、儿童克罗恩病和健康对照的上皮细胞进行单细胞转录组测序,鉴定出循环BEX5+上皮前体细胞,揭示出类器官的成熟过程,以及儿童克罗恩病的上皮细胞中胎儿期转录因子的再激活等,为研究肠道发育和儿童克罗恩病提供了丰富的资源。(@爱的抉择)
Single-Cell Sequencing of Developing Human Gut Reveals Transcriptional Links to Childhood Crohn’s Disease
2020-12-07, doi:10.1016/j.devcel.2020.11.010
延伸阅读: 【Medical Xpress】

绘制溃疡性结肠炎病人回肠肛袋的免疫细胞转录图谱

Gastroenterology [IF:17.373]
① 对实施(n=15)和没有实施(n=11)回肠袋-肛管吻合术的溃疡性结肠炎(UC)患者进行取样,对肠组织固有层CD45+造血细胞进行单细胞转录组测序;② 鉴定出一组IL1B/LYZ+髓样细胞和FOXP3/BATF+ T细胞,可用于区分炎症组织;③ 利用scRNA-seq得到的细胞特异性转录标志物对RNA测序数据集进行分析,发现表达IL1B和S100A8/A9的髓系细胞与基质细胞、类杆菌和梭状芽孢杆菌有相互作用;④ UC患者中,对抗整合素治疗的无反应与IL1B/LYZ+髓样细胞有关。
【主编推荐语】回肠袋肛管吻合术是治疗难治性溃疡性结肠炎的一种手术方法。贮袋炎是保留肛门的大肠全切术术后最常见的并发症,是不明原因的炎症。Gastroenterology近期发表的文章,对溃疡性结肠炎病人的回肠肛袋的免疫细胞进行scRNA-seq,发现贮袋炎和溃疡性结肠炎的肠道炎症特征具有相似性,或对贮袋炎的治疗有临床意义。同时鉴定出两群细胞亚群或可用于区分贮袋炎的炎症,以及解释对抗整合素治疗的没有反应。scRNA-seq可将多个研究进行荟萃分析,有助于鉴定出炎症性肠病患者进行个性化治疗的生物标志物。(@爱的抉择)
Single Cell Transcriptional Survey of Ileal-Anal Pouch Immune Cells from Ulcerative Colitis Patients
2020-12-21, doi:10.1053/j.gastro.2020.12.030

硫酸盐还原菌产生的硫化氢及乙酸盐共同促进IBD的发生发展

Journal of Advanced Research [IF:6.992]
① UC患者的粪便菌群组成显著不同于健康人,且SRB数量显著增加;② 在UC患者和健康人粪便中,可鉴定出2种主要的SRB形态型;③ 在健康人中,I型SRB(脱硫弧菌属)占比93%,II型SRB(脱硫微菌属)占比7%,而在UC患者中,两种SRB的比例为99:1;④ UC患者的粪便硫化氢浓度更高,且其粪便中的SRB可产生更高浓度的硫化氢;⑤ 硫化氢的作用可被乙酸盐的积累增强,后者以协同作用增加了硫化氢的侵蚀性。
【主编推荐语】IBD患者及动物的粪便中通常可发现硫酸盐还原菌(SRB)的增加,SRB的代谢终产物包括硫化氢及乙酸盐。Journal of Advanced Research上发表的一项最新研究,发现溃疡性结肠炎(UC)患者的粪便菌群中,硫酸盐还原菌的数量增加、不同硫酸盐还原菌形态型的比例发生变化、硫酸盐还原菌产生的硫化氢浓度升高,且粪便硫化氢水平升高。另外,硫酸盐还原菌代谢产生的乙酸盐可与硫化氢产生协同作用,增强后者的侵蚀性。(@szx)
Possible synergy effect of hydrogen sulfide and acetate produced by sulfate-reducing bacteria on inflammatory bowel disease development
2020-03-24, doi:10.1016/j.jare.2020.03.007

硫酸盐还原菌及乳酸菌在炎症肠病中的作用(综述)

Journal of Advanced Research [IF:6.992]
① 对1945-2019年间发表的160多篇文献进行综述,并对Web of Science数据库中挑选的16项研究进行荟萃分析,观察肠道菌群中硫酸盐还原菌(SRB)和乳酸菌的特性;② SRB是肠道中硫化氢的主要制造者,高浓度的硫化氢与肠道炎症有关,SRB在炎性肠病(IBD)发生发展中起重要作用;③ 乳酸菌对硫化氢敏感,而其益生特性对肠道菌群产生积极影响,可作为IBD发展的抑制剂;④ 通过荟萃分析证实益生菌组中IBD的发生率较低,而SRB与IBD的高患病率相关。
【主编推荐语】人类肠道中存在着多种多样的细菌和古菌等微生物,其中乳酸菌(LAB)和硫酸盐还原菌(SRB)都是比较重要的类群。硫化氢是SRB代谢的最终产物,其在肠道中的高浓度可通过毒性和降低pH而对肠道环境和肠道菌群产生不利影响。Journal of Advanced Research上发表的一项荟萃分析结果显示,SRB与炎性肠病(IBD)密切相关,而LAB的益生特性有助于缓解IBD症状,强调了肠道细菌对IBD发展的重要性。(@EADGBE)
Hydrogen sulfide toxicity in the gut environment: Meta-analysis of sulfate-reducing and lactic acid bacteria in inflammatory processes
2020-03-17, doi:10.1016/j.jare.2020.03.003

共感染和感染持续时间或影响病原体-肠道微生物互作

ISME Journal [IF:9.18]
① 对放养的非洲水牛进行纵向驱虫治疗研究,以检查:1. 牛结核病和胃肠道线虫共感染,2.结核病感染的持续时间,是否影响单一病原体对肠道微生物群的作用;② 宿主特性和多种环境变量(如季节)影响肠道微生物组成;③ 共同感染会影响单一感染相关的肠道微生物数量的变化;④ 结核病感染的持续时间比结核病感染更能预测微生物群的变化;⑤ 共同感染和感染持续时间对微生物模式的影响,几乎和宿主特性和环境因素对微生物的影响一样多。
【主编推荐语】病原体感染期间肠道微生物群的变化通常会影响疾病的结局。然而,研究病原体是否会引起微生物群的变化,目前的结论是不一致的。结果显示感染中的变数,而不是感染的单独存在,会塑造病原体-微生物的关系。例如,大多数宿主同时收到多种病原体的感染,并且宿主在感染的时间长短也不相同,这可能会放大或减少针对膜中病原菌的微生物变化。ISME Journal近期发表的文章,显示共同感染和感染持续时间会影响单一病原体对非洲水牛肠道微生物群的作用。表明感染的异质性是理解病原体和肠道微生物群之间关系时需要考虑的重要因素。(@爱的抉择)
Coinfection and infection duration shape how pathogens affect the African buffalo gut microbiota
2020-12-17, doi:10.1038/s41396-020-00855-0
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