中科大朱书等:RNA解旋酶Dhx15在肠道抗菌防御中发挥重要作用

PNAS [IF:9.412]
① 肠道上皮细胞特异性敲除Dhx15的小鼠对鼠柠檬酸杆菌的易感性增加,且肠道上皮细胞中的α-防御素表达降低;② 机制上,Dhx15可通过Wnt信号通路依赖性方式,以诱导α-防御素的表达;③ 肠道上皮细胞特异性敲除Dhx15可诱导肠道菌群失调,并恶化DSS诱导的小鼠结肠炎,且可诱导自发性回肠炎;④ 潘氏细胞特异性敲除Dhx15可诱导小鼠产生相似的表型;⑤ 溃疡性结肠炎患者的肠道Dhx15表达显著低于健康对照。
【主编推荐语】RNA解旋酶在多种生物过程中发挥重要作用,包括RNA剪接及编辑。近期研究发现,RNA解旋酶在针对病毒的免疫应答中可作为病毒RNA感受器或免疫信号适配器。但RNA解旋酶在抗细菌防御中的作用尚未明确。中国科技大学的朱书团队、上海交通大学的李华兵团队及新桥医院的杨桦团队在PNAS上发表的一项最新研究,揭示了RNA解旋酶Dhx15在Wnt信号诱导的α-防御素表达中是不可或缺的,肠道上皮细胞或潘氏细胞特异性缺失Dhx15可引起小鼠的肠道菌群失调,恶化DSS诱导的结肠炎,并诱导自发性回肠炎。另外,在溃疡性结肠炎患者的肠道活检样本中,Dhx15的表达显著低于健康人。(@szx)
The RNA helicase Dhx15 mediates Wnt-induced antimicrobial protein expression in Paneth cells
2021-01-22, doi:10.1073/pnas.2017432118

Microbiome:严志祥等深挖IBD肠道菌群蛋白酶解特征

Microbiome [IF:11.607]
① 开发以半胰蛋白酶解肽为核心的宏蛋白质组挖掘方法,分析IBD和健康人的623个宏蛋白质组数据,揭示出肠道微生物蛋白酶解特征在IBD中的变化;② IBD菌群功能变化主要涉及碳水化合物运输和代谢、氧化应激、细胞运动、蛋白质合成和成熟;③ IBD菌群蛋白酶解特征的改变主要发生在回肠末端(克罗恩病)和降结肠(溃结);④ 菌群蛋白酶解模式与β多样性低度相关、与微生物的蛋白酶和分子伴侣有一定关联、与宿主蛋白酶抑制剂和免疫球蛋白负相关。
【主编推荐语】蛋白酶解调控能通过快速降解错误折叠蛋白和激活调节蛋白,使得肠道微生物快速响应肠道环境的动态变化。在常规的宏蛋白质组学数据分析中通常不会纳入半胰蛋白酶解肽,然而这些肽主要源于内源性的蛋白酶解作用,可以为研究肠道菌群的特征和变化提供一个独到的视角。中山大学附属第五医院严志祥、单鸿、李啸峰和澳门大学燕茹与研究团队,近期在Microbiome发表文章,报道了一种以半胰蛋白酶解肽为核心的宏蛋白质组挖掘方法,采用综合的宏数据库、两步多引擎数据库搜索和高分辨率质谱数据集,可以分析人肠道菌群的蛋白酶解特征。该研究以炎症性肠病(IBD)为例,首次从公共数据集中发掘肠道菌群的蛋白酶解特征,在微生物种类和蛋白质丰度之外提供了IBD菌群变化的另一个层面的信息。该方法可用于研究宿主-菌群互作的调控,推荐专业人士参考。(@mildbreeze)
A semi-tryptic peptide centric metaproteomic mining approach and its potential utility in capturing signatures of gut microbial proteolysis
2021-01-12, doi:10.1186/s40168-020-00967-x
延伸阅读: 【华大科技BGITech】

中山三院:肠道菌群可参与动脉硬化性脑小血管病的发病

Science Advances [IF:13.116]
① aCSVD患者的肠道菌群多样性增加,菌群组成显著不同于健康对照;② aCSVD患者的肠道菌群变化与神经影像学标志物及MoCA评分(用于评估认知功能)相关,并与炎症相关慢性衰老的速率增加相关;③ 在体外共培养中,aCSVD患者的肠道菌群可增加人及小鼠的原代中性粒细胞产生的IL-17A;④ aCSVD患者的粪便细菌提取物可通过激活RORγt信号,增加中性粒细胞的IL-17A表达。
【主编推荐语】动脉硬化性脑小血管病(aCSVD)是老年人中的高发疾病,发病机制尚未完全明确。中山大学附属第三医院的陆正齐团队与项鹏团队在Science Advances上发表的一项最新研究,发现aCSVD患者的肠道菌群多样性及组成均发生显著变化,且菌群变化与神经影像学及认知功能量表评分相关。在体外,aCSVD患者的菌群或细菌提取物可通过激活RORγt信号,增加中性粒细胞的IL-17A表达。该研究结果提示,菌群-肠-脑-免疫轴在aCSVD的发病机制中起到重要作用。(@szx)
Gut microbiota from patients with arteriosclerotic CSVD induces higher IL-17A production in neutrophils via activating RORγt
2021-01-22, doi:10.1126/sciadv.abe4827

仁济医院:Synbindin抑制结肠炎的机制

Gut [IF:19.819]
① Synbindin的杂合缺失通过肠道菌群依赖性方式,恶化DSS诱导的小鼠结肠炎;② 髓系细胞(而非肠道上皮细胞)特异性敲除synbindin可重现上述表型;③ 缺失synbindin的巨噬细胞在LPS或具核梭杆菌的刺激下,表现出促炎基因表达异常及TLR4信号过度激活;④ 结肠炎小鼠和活动期IBD患者的肠粘膜巨噬细胞和循环单核细胞中的synbindin显著增加;⑤ 机制上,synbindin与Rab7b共定位并直接互作,以调控TLR4的核内体降解途径,从而终止信号传递。
【主编推荐语】Synbindin参与囊泡运输中的锚定(tether)步骤,是锚定复合物中的核心亚基。Rab7b介导了配体-TLR4复合物的核内体转运及溶酶体靶向过程,促进信号终止。Rab7b的缺失可抑制TLR4降解,从而促进促炎巨噬细胞的活化。仁济医院的徐安涛与艾罗燕等在Gut上发表的一项最新研究,发现髓系细胞(而非肠道上皮细胞)中的synbindin缺失可促进巨噬细胞的促炎表型,从而以菌群依赖性方式,恶化DSS诱导的小鼠结肠炎。另外,在IBD患者及结肠炎小鼠模型中,均可观察到肠粘膜巨噬细胞及循环单核细胞中的synbindin表达增加。该研究结果提示,synbindin在TLR4信号的调节中起关键作用,从而抑制在菌群刺激下的促炎巨噬细胞活化。(@szx)
Synbindin restrains proinflammatory macrophage activation against microbiota and mucosal inflammation during colitis
2021-01-14, doi:10.1136/gutjnl-2020-321094

国内团队:USP16调控IKKβ底物特异性识别,促进IBD

Science Advances [IF:13.116]
① IKKβ底物p105的过度激活与Nfkb1缺陷小鼠发生炎症性肠病(IBD)密切相关;② 炎症期间,IKKβ在238位赖氨酸的泛素化显著增加,进而抑制了其磷酸化p105的能力;③ USP16选择性与IKKβ、IKKα互作;④ USP16作为去泛素化酶调控IKKβ泛素化水平,选择性促进p105的磷酸化,而不影响p65、IκBα磷酸化;⑤ USP16对于诱导典型的NF-κB靶向基因是必需的;⑥ IBD患者的结肠巨噬细胞中USP16高表达,髓系细胞条件性敲除USP16显著降低小鼠IBD的严重程度。
【主编推荐语】经典的NF-κB通路在各种免疫反应和炎症性疾病中起重要作用,其中关键激酶IKKβ通过选择性识别下游底物p105、p65和IκBα等参与多种病理和生理过程。浙江大学的靳津和东南大学的Yi-yuan Li合作在Science Advances发表文章,发现USP16作为去泛素化酶调控IKKβ,直接影响IKKβ对p105的磷酸化,调控IKKβ对下游底物的选择性。同时发现炎症性肠病患者的结肠巨噬细胞中高表达USP16,髓系细胞特异性敲除可显著降低IBD的发生。(@爱的抉择)
Substrate-specific recognition of IKKs mediated by USP16 facilitates autoimmune inflammation
2021-01-13, doi:10.1126/sciadv.abc4009

NOD2缺失促进克罗恩病发生发展的机制

Nature Communications [IF:12.121]
① 相比于健康人及无NOD2的克罗恩病患者,NOD2突变的克罗恩病患者表现出SIgA逆向转运的增加;② 在小鼠中,NOD2缺失也可促进SIgA的逆向转运,机制上,NOD2通过下调Dectin-1及Siglec-5(参与逆向转运的受体)的表达,从而抑制M细胞的IgA转运;③ 在鼠伤寒沙门氏菌诱导的结肠炎小鼠模型中,NOD2的缺失可促进SIgA-沙门氏菌复合物的肠道转运,从而恶化小鼠的结肠炎。
【主编推荐语】肠道M细胞是分泌型IgA(SIgA)-病原体复合物进入肠道相关淋巴组织的主要通道,对SIgA/共生菌群复合物的摄取对于粘膜适应性免疫的激活十分重要。Nature Communications上发表的一项最新研究,发现在克罗恩病患者及克罗恩病小鼠模型中,NOD2的突变或缺失可促进SIgA的逆向转运,从而增加通过M细胞进入肠道相关淋巴组织的SIgA-病原体复合物,导致结肠炎的恶化。机制上,NOD2可下调M细胞中参与逆向转运的受体(Dectin-1及Siglec-5)的表达。(@szx)
NOD2 deficiency increases retrograde transport of secretory IgA complexes in Crohn’s disease
2021-01-11, doi:10.1038/s41467-020-20348-0
100万人年追踪:70岁前吃阿司匹林,肠癌风险或降20%
本期话题:膳食氨基酸,纳米药物,科罗索酸,老药新用,阿司匹林,吸烟,吡咯里西啶类生物碱,大肠癌,肝癌
2021-01-25
减脂/减重/抗衰老/调菌群,9文关注"吃的学问"
本期话题:地中海饮食,膳食脂肪,肌酸,生酮饮食,抗衰老,羟基肉桂酸,饮食-菌群互作,CRISPR,污染物
2021-01-24
"体外模拟消化"发展到啥水平?19页年度综述说透
本期话题:体外消化模型,胃食管反流病,早发型结直肠癌,慢性腹胀,胃肠运动障碍,进食障碍,饥饿腹泻,营养不良,衰老菌群
2021-01-23
高碳水一定增加能量摄入?自然·医学:No!
本期话题:饮食干预,减肥,IBD,药物-菌群互作,肠肾轴,ncRNA,噬菌体,生信,前驱糖尿病
2021-01-22
印遇龙院士领衔,高分综述说透"丁酸"
本期话题:丁酸,能量代谢,热量限制,免疫代谢,感染,皮肤菌群,衰老,蛋白质限制饮食,表观遗传,补铁
2021-01-21
JAMA巨献:说透克罗恩病
本期话题:克罗恩病,食物过敏,IBD治疗,肥大细胞,巨噬细胞,坏死性小肠结肠炎
2021-01-20
重磅:72家机构联手,最大规模人遗传与肠菌分析发布
本期话题:遗传-菌群互作,微生物组GWAS,肠肝轴,肝癌,FMT,生信,胃癌,低碳水饮食,维生素D
2021-01-19
菌群/变异/调控,5文聚焦中国肠癌新突破
本期话题:大肠癌,肿瘤代谢,癌症干细胞,CAC,锯齿状瘤变,诊断模型,老药新用,抗肿瘤免疫,甲基化,精神障碍
2021-01-18
年度综述聚焦:盘点全球食品创新与技术
本期话题:未来食品,膳食纤维,膳食蛋白,甜味剂,豆类淀粉,ω-3多不饱和脂肪酸,抗氧化剂,饮食模式,代谢综合征
2021-01-17
今日Cell:感染过后,小鼠和菌群携手变强大!
本期话题:定植抵抗,口腔菌群,肺癌,前列腺疾病,宏泛基因组学,生态位,粪菌移植,适应性免疫,安全性,牛犊
2021-01-16