Cell子刊:0-5岁的肠道菌群发育轨迹

Cell Host and Microbe [IF:15.923]
① 对471名瑞典儿童从出生、4个月、12个月、3岁、5岁进行肠道菌群分析,并与成年瑞典人的肠道菌群进行对比;② 儿童肠道菌群的成熟具有相似的轨迹,但是速度不同,其中甲烷诺杆菌和克里斯滕森菌科定植较晚,5年后未达到成年水平,且这些晚期定植菌与儿童和成人的α多样性增加相关;③ 不同的微生物在发育中的肠道菌群中遵循离散的轨迹;④ 剖腹产影响肠道菌群,但这种影响在3-5岁消失;⑤ 5岁儿童的肠道菌群尚未达到成人的复杂程度。
【主编推荐语】肠道是一个复杂的生态系统,出生时就建立了肠道菌群。然而,不同细菌进入肠道微生物群的顺序仍然相对未知。Cell Host and Microbe近期发表的文章,对471名儿童的肠道菌群发育进行纵向研究,发现5岁儿童已经获得高群落丰富度的微生物,但肠道菌群仍然在发育中,未达到成人的复杂程度。肠道菌群发育具有个体动态性,可能表明肠道菌群在生命早期发育中具有不同时间的敏感点。(@爱的抉择)
Developmental trajectory of the healthy human gut microbiota during the first 5 years of life
2021-03-31, doi:10.1016/j.chom.2021.02.021

分娩方式对新生儿会产生哪些影响?这些影响能持续多久?

ISME Journal [IF:9.18]
① 剖腹产(CSD)组婴儿两歧双歧杆菌、粪便拟杆菌、活泼瘤胃球菌丰度降低,顺产(VD)组婴儿柔嫩梭菌、短双歧杆菌等增多;② 出生1年后,CSD组婴儿的促炎免疫反应升高;③ VD组婴儿1岁时碳青霉烯和吩嗪的合成显著增加,VD和CSD组均存在细菌耐药(AMR)基因,CSD组婴儿出生后第5天,抗利胆醇、截短侧耳素和二氨基嘧啶的基因丰度开始增加;④ 包括噬菌体和质粒在内的可移动遗传元件,能编码AMR基因,如糖肽、二氨基嘧啶和多药耐药相关基因。
【主编推荐语】剖腹产(CSD)破坏了母亲对新生儿的特定微生物菌株的传递以及相关的免疫系统启动。ISME Journal近期发表的文章,研究了婴儿微生物组成及其对宿主生理的影响是否在1岁时仍然存在差异。研究纳入9对顺产母婴对和11对剖腹产母婴对,采集出生后5天、1个月、6个月和1年后粪便样品,进行宏基因组分析。结果表明,出生方式对新生儿的影响能持续到出生后一年,比如CSD出生婴儿表现出的延迟免疫刺激可能影响自身的免疫耐受性等。未来需进一步对儿童进行长期跟踪随访,以了解出生方式对儿童健康的影响。(@nana)
Persistence of birth mode-dependent effects on gut microbiome composition, immune system stimulation and antimicrobial resistance during the first year of life
2021-03-26, doi:10.1038/s43705-021-00003-5

Nature子刊:构建慢性疾病共患病的危险因素-代谢物-疾病关联对应图

Nature Medicine [IF:36.13]
① 基于1.1万余人数据,使用基线非靶向血浆代谢组学分析超过1000种代谢物,描述其与27种非传染性疾病(NCD)或跨病种的相关途径;② 鉴定出至少2个NCD之间共有的420种代谢物,占所有640种代谢物-疾病显著关联的65.5%;③ 整合50多种临床危险因素和特征的基线数据,确定这些代谢物提示的可干预的共通途径;④ 肝肾功能、脂质和葡萄糖代谢、低度炎症、肠道菌群多样性以及与健康相关的特定行为是常见NCD多发病的前兆,或可利用它们作早期预防。
【主编推荐语】同时患有多种慢性疾病的共患病是一个日益严重的全球健康问题,研究其决定因素是非常急迫的需求。Nature Medicine近期发表的文章,通过对1.1万的使用电子健康记录的住院和癌症人群进行非靶向血浆代谢组学分析,系统性地建立了全面的危险因素-代谢物-疾病关联之间对应关系,并发现肝肾功能、脂质和葡萄糖代谢、低度炎症、肠道菌群多样性以及与健康相关的特定行为是常见慢性疾病多发病的前兆,具有用作早期预防的潜力。同时研究结果整合到一个开放访问的web服务器(https://omicscience.org/apps/mwascience/),可用于进一步的研究和荟萃分析。(@爱的抉择)
Plasma metabolites to profile pathways in noncommunicable disease multimorbidity
2021-03-11, doi:10.1038/s41591-021-01266-0

脱靶扩增或可导致帕金森患者脑部细菌检测假阳性

Microbiome [IF:11.607]
① 16S rRNA基因扩增子测序在人类和小鼠大脑样本中能检测到细菌信号,但样本中的细菌生物量极低;② 严格分析表明这些细菌信号是由外源DNA污染(54.8%)和宿主DNA假阳性扩增(34.2%,脱靶扩增子)引起的;③ 脱靶扩增是低细菌/高宿主DNA情况下的主要混杂因素,脱靶扩增的人类或小鼠DNA序列在多数测序管道中聚集并被错误地匹配为细菌;④ 在独立评估样本中大脑16S rRNA基因序列中也会出现脱靶扩增;⑤ 脱靶扩增似乎与组织的无菌特性有关。
【主编推荐语】最近的研究表明,人类大脑存在微生物。这些微生物或与帕金森病(PD)和阿尔茨海默病(AD)中所见的神经炎症变化有关,或作为健康患者大脑样本中的大脑微生物组而存在。Microbiome最近发表的研究,通过检测健康和帕金森患者个体大脑不同区域微生物组成,及作为种间对照的小鼠大脑微生物组成,结果发现,没有证据支持帕金森病患者大脑中存在微生物组或细菌感染,检测到的细菌信号是由外源DNA污染和宿主DNA假阳性扩增引起的。(@nana)
Much ado about nothing? Off-target amplification can lead to false-positive bacterial brain microbiome detection in healthy and Parkinson’s disease individuals
2021-03-26, doi:10.1186/s40168-021-01012-1

用于交互式菌群分析和可视化的R包:animalcules

Microbiome [IF:11.607]
① animalcules是一款易于使用的交互式菌群分析R包,可用于16S rRNA测序数据,鸟枪DNA宏基因组学数据和基于RNA的宏转录组学数据分析;② 该工具包结合了新颖和现有的分析,可视化方法以及机器学习模型。例如,该工具包具有传统的菌群分析(alpha/beta多样性和差异丰度分析),同时引入了诸如生物标记识别的新方法;③ animalcules具有强大的互动和动态图形,可通过R Shiny交互式界面或各种命令行进行菌群分析。
【主编推荐语】本文介绍了animalcules,这是一个R包,用于通过R Shiny提供的交互式界面或各种命令行函数进行交互式菌群分析。它是第一个支持所有16S rRNA、基于DNA的鸟枪宏基因组学和基于RNA测序的宏转录组学数据集分析的菌群分析工具包。 animalcules可以从GitHub网站https://github.com/compbiomed/animalcules上免费下载,也可以通过Bioconductor网站https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/animalcules.html进行安装。(@刘永鑫-中科院-宏基因组)
animalcules: interactive microbiome analytics and visualization in R
2021-03-28, doi:10.1186/s40168-021-01013-0
郑大一附院任志刚/余祖江+李兰娟院士最新GUT:新冠病毒影响菌群和脂质组
本期话题:肥胖,抗肿瘤免疫,新冠病毒,IBD,溃疡性直肠炎,显微镜下结肠炎,帕金森病,克罗恩病,益生菌,IgA肾病,肠道免疫
2021-04-06
重磅《自然·综述》:一文读懂胃肠道间质瘤
本期话题:胃肠道间质瘤,HAND1,BARX1,CDK1,胃肠道菌群,荧光探针,EMR-T,牛肉牛奶因子,DKK1,FIT
2021-04-05
吃啥“伤心”?吃啥无益?2项心血管病大人群分析启发多多
本期话题:超加工食品,鱼油,维生素D,体外模型,生酮饮食,咖啡因,火龙果,膳食纤维
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卜鹏程等Cell子刊警示:健身利器肌酸促癌转移
本期话题:肌酸,大肠癌,癌症转移,化学预防,免疫治疗,肠干细胞,肿瘤微环境,线粒体自噬,饮食
2021-04-03
今日Science:以食助药,如何抗癌?
本期话题:工业化,克罗恩病,饮食抗癌,母乳,加工食品,禁食,酵母益生菌,营养代谢,脂肪肝病
2021-04-02
3月,最值得看的30篇肠道健康文献!
本期话题:2021年3月,根据“热心肠因子”计算的30篇必读文献。
2021-04-01
再有重要警示:乳化剂大多会破坏肠道菌群!
本期话题:乳化剂,新冠肺炎,噬菌体,糖尿病,昼夜节律,肠道蠕动,菌群-宿主共进化,加工肉
2021-03-31
40分重磅综述:牙周细菌如何“点燃”全身疾病
本期话题:牙周炎,NASH,食物过敏,药物设计,微生态疗法,IBD,肠道免疫,胃病,手骨关节炎
2021-03-30
复旦团队:增强PD-1单抗疗效,果胶也可行?
本期话题:果胶,瘤内菌群,中性粒细胞,mRNA甲基化,lncRNA,肿瘤代谢,纳米颗粒,益生菌,GPR15
2021-03-29
食品科学重要突破:准确预测食物组分影响健康的机制
本期话题:网络医学框架,膳食多酚,膳食GGPP,乳化剂,膳食化学污染物,膳食补充剂,膳食镁,饮食质量,蛋黄和红肉,知觉压力
2021-03-28