移植粪便病毒组,改善小鼠糖尿病和肥胖

Gut [IF:19.819]
① 对高脂喂养的小鼠进行粪便病毒组移植(FVT),移植来自低脂喂养的瘦小鼠的盲肠病毒组;② FVT后第6周,受体小鼠的体重增长显著降低,且葡萄糖耐受性与瘦小鼠相似,没有发生高脂喂养引起的糖耐受损;③ 与此一致的是,FVT显著改变了小鼠的肠道细菌和病毒组成、血浆代谢物以及与肥胖和2型糖尿病相关基因的表达水平;④ 但在FVT前进行抗生素预处理,反而会削弱FVT的有益效果。
【主编推荐语】噬菌体是粪便病毒组的主要成员,移植粪便病毒组(FVT)或能有效的操纵肠道菌群。Gut最新发表了来自丹麦哥本哈根大学团队的研究,在一项概念验证试验中发现,接受瘦小鼠的粪便病毒组移植后,吃高脂食物的小鼠体重增长变慢,同时还能保持正常的血糖指标,FVT引起的肠道菌群变化可能介导了这些对代谢的保护性作用。这项研究说明,噬菌体介导的疗法或能用来治疗肥胖和糖尿病等肠道菌群相关疾病。(@mildbreeze)
Faecal virome transplantation decreases symptoms of type 2 diabetes and obesity in a murine model
2020-03-12, doi:10.1136/gutjnl-2019-320005

粪菌移植改善肥胖代谢恐怕效果有限

PLoS Medicine [IF:10.5]
① 一项双盲随机安慰剂对照试验中,24名轻中度胰岛素抵抗的肥胖受试者分为两组,每周以口服胶囊的方式接受来自健康瘦供体的粪菌移植(FMT)或安慰剂干预,持续6周;② FMT持续地改变了受体的肠道菌群组成,但存在个体差异;③ 与安慰剂组相比,FMT组第12周时的胰岛素抵抗、体重、身体组成以及血脂、血糖等其它代谢标志物指标没有显著改善,但HbA1c略有降低;④ 但对基线菌群多样性低的受试者,FMT改善了总胆固醇、HbA1c和空腹血糖水平。
【主编推荐语】此前有临床研究表明,粪菌移植(FMT)能改善一些肥胖患者的代谢情况(查看文章)。PLoS Medicine近期发表的一项初步临床试验却表明,FMT虽能改变肥胖受试者的肠道菌群,但对体重和大部分代谢指标都没有明显的改善作用,与去年的一项临床研究结果相似(查看文章)。不过研究者也指出,FMT对代谢的改善效果可能受到受体自身因素(如原本的菌群多样性)以及FMT实施途径的影响。进行个体化评估以及联合其它治疗手段(如生活方式干预),可能是未来研究FMT能否用于改善代谢的主要方向。(@mildbreeze)
Fecal microbiota transplantation for the improvement of metabolism in obesity: The FMT-TRIM double-blind placebo-controlled pilot trial
2020-03-09, doi:10.1371/journal.pmed.1003051

一个适用于cfDNA宏基因组测序降噪的R语言工具

Microbiome [IF:11.607]
① 通过对无细胞DNA(cfDNA)进行宏基因组测序可以诊断细菌和病毒感染,但在临床时容易受到污染和干扰;② 低生物量背景校正(LBBC)是一种基于微生物基因组覆盖率的均匀性和微生物cfDNA绝对丰度批次变化的生物信息学噪声过滤工具;③ 使用LBBC可以使cfDNA测试筛查尿路感染的假阳性显著降低,而对真阳性的影响最低;④ 对未足月妊娠或临床绒毛膜羊膜炎孕妇的羊水中提取的cfDNA进行了高通量测序,证明其在筛查羊水内感染具有实用性。
【主编推荐语】无细胞DNA(cfDNA)是溶解在血液、尿液等生物流体中的一些DNA片段,这些片段可以来自于人体自身细胞或者共生的微生物。游离在细胞外的cfDNA可以很容易通过人体的组织或免疫屏障,显现于血液或尿液等生物流体中。cfDNA已经在临床上实现了无创产前诊断的应用。类似的,通过对cfDNA的检测也可以敏锐地获知人体内部细菌和病毒感染。cfDNA样本很容易受到污染或干扰,对背景信号的降噪要求很高。低生物量背景校正(LBBC)工具用流行的 R 语言写成,使用方便,值得一试。(@高春辉)
Separating the signal from the noise in metagenomic cell-free DNA sequencing
2020-02-11, doi:10.1186/s40168-020-0793-4
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