肝硬化患者中的肠道细菌组与病毒组的相互作用

Gut [IF:19.819]
① 纳入40名对照和163名不同程度的肝硬化患者,包括代偿期患者、经乳果糖(L)或额外的利福昔明(LR)治疗的肝性脑病患者;② 粪便细菌多样性和特定成员与肝硬化严重程度相关,但噬菌体与疾病程度的关联较弱;③ 噬菌体-细菌相关网络的复杂性在对照中最高、L组最低;④ LR组的90天内住院率低于L组,住院患者中致病共生菌增加、共生菌减少,链球菌和乳球菌的噬菌体减少;⑤ 利福昔明治疗破坏了与产脲酶链球菌属相关的噬菌体-细菌关联。
【主编推荐语】肠道细菌组成的改变与肝硬化的疾病进展相关,但病毒组(特别是噬菌体)的作用尚不清楚。Gut近期发表的研究分析了不同阶段和治疗方法的肝硬化患者的粪便细菌和病毒/噬菌体的组成,以及细菌与噬菌体间的相互作用。研究发现,细菌与疾病严重性的相关度较高,而噬菌体的相关度较弱;以链球菌属细菌为中心的噬菌体-细菌关联,受疾病进程和利福昔明治疗的影响,且在住院和未住院患者中有明显差异。(@mildbreeze)
Interaction of bacterial metagenome and virome in patients with cirrhosis and hepatic encephalopathy
2020-09-30, doi:10.1136/gutjnl-2020-322470

单细胞组学:如何利用细胞内部特征和病人特点研究消化道与疾病?(综述)

Gastroenterology [IF:17.373]
① 候选机制-单细胞技术如质谱流式预选标记物用探针标定分子、描述细胞特征;② scRNA-seq基于细胞悬液、液滴技术,进行RNA扩增及下游数据数理,并可结合空间信息(条码标记、迭代成像)分析细胞;③ 表观遗传组学聚焦单细胞染色质构象捕捉、沉淀和甲基化的差异;④ 蛋白组和代谢组学无特异性标靶、务须扩增、具可视性,用于研究细胞结构和微环境;⑤ 多组学用于研究肠上皮细胞新亚型、IBD病灶免疫细胞及大型队列研究中CRC肿瘤细胞异质性及亚型。
【主编推荐语】单细胞组学是基于二代测序、质谱及成像的新生技术,由于实验方案还具瑕疵降低了可重复性、大数据分析对生信和计算机相关专家要求高、花费和整套分析时程长等原因仍处于发展阶段,特别是在地方诊所做到直接采集并制备高质量样品仍是挑战。但作为精准医疗的基石,单细胞组学临床应用前景巨大。Gastroenterology上发表的一篇综述介绍了单细胞转录组(scRNA-seq)、基因组、单细胞表观基因组(sc-Hi-C)、蛋白组、代谢组学(MALDI)的相关技术进展和在消化道疾病如结直肠癌(CRC)和IBD研究中的应用。文章提出整合多组学分析单细胞特征并最终应用于临床诊断、治疗、预后是该领域研究的下一个前沿。(@solo)
Use of Single Cell -omic Technologies to Study the Gastrointestinal Tract and Diseases, From Single Cell Identities to Patient Features
2020-04-04, doi:10.1053/j.gastro.2020.04.073

肠道菌群改变引发雄激素缺乏诱导的代谢疾病恶化,或可导致早死?

Gut Microbes [IF:7.74]
① 发育期雄激素水平影响肠道菌群的性别差异,结合饮食因素决定菌群组成在生理、病理中的性别偏差;② 雄激素受体敲除(ARKO)小鼠在高脂饮食(HFD)处理后期增重多、饲料转化率高、粪便/食物干重比下降;③ HFD造成去势、ARKO小鼠代谢异常,肠道苏黎士杆菌、乳酸杆菌及罗伊氏乳杆菌丰度上升;④ 菌群改变影响血液睾丸素水平,天冬氨酸浓度上升、丙氨酸及转氨酶不变;⑤ 多囊性卵巢综合症患者肠道菌群改变、α-多样性下降,与雄激素变化相关。
【主编推荐语】肠道菌群与代谢间的平衡密不可分且在很大程度上受性激素影响。年轻男性肠道菌群α-多样性低于女性,更易肥胖。而此前的研究显示高脂饮食(HFD)可造成去势或雄激素受体敲除(ARKO)小鼠肌少性肥胖、高血糖、脂肪肝甚至寿命缩短,病程可由抗生素治疗逆转。本文进一步讨论代谢疾病引发的肠道菌群紊乱与雄性激素之间的互相作用及产生的不良影响和应对手段。(@solo)
Relationship between gut environment, feces-to-food ratio, and androgen deficiency-induced metabolic disorders
2020-09-29, doi:10.1080/19490976.2020.1817719
今日Cell+Nature:三文聚焦肠道,关注感染/类器官/IBD
本期话题:内源性大麻素,类器官,IBD,肠神经,瘤胃菌群,二氧化钛纳米颗粒,肠屏障,丙肝病毒
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2020-10-07
新冠患者为何"复阳"?朱书等警示病毒或潜伏于肠道
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肠镜查癌,40岁应该做?AJG发出坚实数据
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果糖vs葡萄糖,到底谁对心血管更危险?
本期话题:单糖,脂溶性维生素,宏基因组,培菲康,代谢组学,谷物加工,乳制品,膳食蛋白,镁
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哪段肠道对血糖至关重要?GUT发出突破性论文
本期话题:糖尿病,小肠,PPI,米饭,肥胖,生物钟,脂代谢,限时进食,心血管,饮食模式,LDL-C,脑炎
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本期话题:粪菌移植,母婴菌群传递,CDI,IBS,尿道感染,植物菌群,生信,宏基因组软件,胰腺炎
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9月,最值得看的30篇菌群与肠道健康文献!
本期话题:2020年9月,根据“热心肠因子”计算的30篇必读文献。
2020-10-01
202名专家连发2项重要共识,指导小儿IBD预后
本期话题:儿童炎症性肠病,NLRP3,体外生态学,气候变暖,性别差异,肥胖,内分泌,代谢综合征,糖尿病
2020-09-30
今日Cell:梭菌+爬行脂肪,为肠炎铸造防火墙
本期话题:IBD,肠道细菌移位,免疫代谢,新冠肺炎,端粒,维生素D,艰难梭菌感染,活菌药,益生菌
2020-09-29