血液CD8+ T细胞的转录谱及DNA甲基化谱与IBD预后无关

Gastroenterology [IF:17.373]
① 分离112名IBD患儿及19名对照儿童的外周血CD8+ T细胞,分析转录谱及DNA甲基化谱;② 同时纳入2个公共数据库中的成人队列,其中1个包含38名IBD患者及14名对照,另1个包含67名IBD患者;③ 仅在1个成人队列中,CD8+ T细胞的转录谱与IBD预后相关;④ 在3个队列中,CD8+ T细胞的转录谱均与年龄及性别相关;⑤ 在2个包含非IBD对照的队列中,CD8+ T细胞的转录谱与IBD相关;⑥ CD8+ T细胞的DNA甲基化谱与克罗恩病患儿的年龄相关,但与预后无关。
【主编推荐语】有研究报道,CD8+ T细胞的基因表达谱与成年IBD患者的临床结局相关。来自Gastroenterology上发表的一项队列研究结果,对112名IBD患儿及19名健康儿童的外周血CD8+ T细胞的转录谱及DNA甲基化谱进行对比,同时对2个已公开发表的成人队列的数据进行分析。结果发现,在其中2个队列(包括儿童队列)中得到的结果与先前的报道并不一致,CD8+ T细胞的转录谱与IBD预后无关。而在所有队列中,均可发现CD8+ T细胞的转录谱与年龄、性别及IBD相关。另外,在儿童队列中,CD8+ T细胞的DNA甲基化谱与克罗恩病患儿的年龄相关。(@szx)
Transcription and DNA Methylation patterns of blood derived CD8+ T cells are associated with age and Inflammatory Bowel Disease but do not predict prognosis
2020-08-16, doi:10.1053/j.gastro.2020.08.017

Nature子刊:克罗恩病患者的硫代谢通路失调

Nature Communications [IF:12.121]
① 纳入29名接受自体HSCT的CD患者,76%在移植26周后实现了无药缓解,约15%在5年随访期间维持无药缓解;② 对比移植后活动性疾病与非活动性疾病患者的肠道菌群组成与功能,活动性疾病患者中硫及其它离子的转运系统相关代谢通路、脱硫弧菌和大肠杆菌富集;③ 在非活动性疾病患者中,基础生物合成通路及拟杆菌属、嗜胆菌属等富集;④ 将CD患者的粪菌移植给IL-10敲除无菌小鼠,与CD患者相似,小鼠表现出硫代谢通路失调及硫酸盐还原细菌的富集。
【主编推荐语】肠道菌群及其代谢产物的变化与IBD的发病相关。自体造血干细胞移植(HSCT)可在部分严重高复发克罗恩病(CD)患者中实现缓解。Nature Communications上发表的一项最新研究,对29名接受自体HSCT治疗的CD患者在移植后5年的不同时间点的粪便菌群进行分析,发现相比于应答(非活动性疾病,维持缓解)患者,非应答(活动性疾病,包括未缓解及复发)患者的肠道菌群组成及功能有显著差异,主要表现为硫代谢通路失调且硫酸盐还原细菌富集。将CD患者的粪菌移植给无菌小鼠,也可重复在CD患者中的发现。该研究提示,对肠道菌群组成与功能的多组学分析或可用于预测HSCT治疗CD的疗效。(@szx)
Integrated microbiota and metabolite profiles link Crohn’s disease to sulfur metabolism
2020-08-28, doi:10.1038/s41467-020-17956-1

张发明团队:FMT治疗UC何时应进行第二疗程?哪些肠菌能预测疗效?

Clinical and Translational Gastroenterology [IF:3.968]
① 纳入122名在第一疗程粪菌移植(FMT)治疗后1个月获得临床应答的溃疡性结肠炎(UC)患者,其疗效中位数维持时间为120天,50%的患者在FMT治疗后4个月复发;② 获益的UC患者应该在首疗程治疗后3个月接受第二疗程FMT从而更好地维持长期临床疗效;③ 治疗后短期(5天)真杆菌属、瘤胃球菌属、Eggerthella和乳酸菌属等相对丰富度的变化或许可以预测FMT的长期疗效;④ 本项研究将会促进临床医生考虑将FMT的序贯治疗付诸实践作为UC的长期治疗策略。
【主编推荐语】越来越多的研究证据表明粪菌移植(FMT)可有效诱导活动期溃疡性结肠炎(UC)患者获得临床缓解,且严重不良反应事件发生率低。但是目前很少有研究报道FMT对于UC应保持怎样的治疗频率从而更好地维持其长期疗效。南京医科大学第二附属医院张发明团队李潘等2018年曾报道,获益于FMT的克罗恩病患者在首疗程治疗后的3个月应接受第二疗程FMT治疗(查看文章)。Clinical and Translational Gastroenterology近日发表了一篇来自张发明团队的临床研究,发现获益于FMT的UC患者也应该在首疗程后3个月接受第二疗程FMT治疗,以更好地维持长期临床疗效。该研究同时还探究了患者治疗前后短期内菌群变化与长期疗效的关系。本研究将会促进临床医生考虑将FMT的序贯治疗付诸实践作为UC的长期治疗策略。(@mildbreeze)
Fecal Microbiota Transplantation for Ulcerative Colitis: The Optimum Timing and Gut Microbiota as Predictors for Long-Term Clinical Outcomes
2020-08-06, doi:10.14309/ctg.0000000000000224

肠道先天免疫研究的体外模型(综述)

Trends in Biotechnology [IF:14.343]
① 2D细胞培养为静态模型,组成简单,便于研究细胞基本行为,可通过Transwell共培养研究细胞间互作;② 微流体模型易于研究肠屏障功能,优势是具有动态培养、循环张力和厌氧感应式的特点;③ 类器官和胶体微滴培养常用于患者细胞培养,能有效呈现病理特性,易于研究细胞间机械作用力;④ 3D组织培养除具备其他模型的特点外,可实现免疫细胞长期共培养,增加了上皮细胞生长区域;⑤ 新模型系统的开发利用对肠道先天免疫系统疾病的研究至关重要。
【主编推荐语】动物模型作为体内模型在研究肠道疾病发挥了很大的作用,然而在一定程度上看,动物模型与人类疾病存在差异,而这些针对差异的研究,应用人类本身细胞构建的体外模型可以发挥重要的作用。近期一篇发表在Cell旗下综述期刊Trends in Biotechnology上的关于体外肠道模型综述的文章,详细总结了目前主要用到的体外模型,包括有2D细胞模型、膜支持的微流体模型、类器官模型和3D组织培养模型,在肠道先天免疫研究中的应用、优势和特点。(@Zhonghua)
In Vitro Models of Intestine Innate Immunity
2020-08-24, doi:10.1016/j.tibtech.2020.07.009
中国团队接连突破,近期4篇高分论文深度剖析大肠癌
本期话题:结直肠癌,多组学,预后预测,GLUT3,T细胞,吸烟,风险评估,口腔,神经内分泌瘤
2020-09-07
延缓衰老?Cell子刊报道新的潜在膳食补充剂
本期话题:α-酮戊二酸,西式饮食,氨基酸,进食时间,膳食蛋白质,维生素C,脂肪肝,酒精肝,小麦
2020-09-06
种族差异:血压与肠道菌群的关系不能一概而论?
本期话题:血压,菌群研究方法,半乳糖凝集素,神经,TMAO,ω-3,黄斑变性,帕金森,类器官
2020-09-05
今日Cell双发:饮食-菌群-免疫、肠神经单细胞分析重大突破
本期话题:饮食-菌群-免疫互作,肠神经系统,吲哚类代谢物,结肠炎,多发性硬化,认知障碍,FMT,Th细胞
2020-09-04
Rob Knight再发NBT:数据降维新方法助力肠道菌群研究
本期话题:微生物组数据分析,菌群药物,饮食-菌群互作,膳食纤维,乳制品,甜味剂,回肠菌群,真杆菌,Akk菌
2020-09-03
浙大一院GUT发文:利用抗菌肽"修复"菌群或能防治肠炎
本期话题:IBD,抗菌肽,琥珀酸,翻译后修饰,肠道通透性,抗生素,标志物,钙卫蛋白,菌群-肠-脑轴,疗效预测
2020-09-02
8月,最值得看的30+7篇菌群与肠道健康文献!
本期话题:2020年8月,根据“热心肠因子”计算的30+7篇必读文献。
2020-09-01
国内5篇高分论文:聚焦肠癌治疗和癌症细菌疗法
本期话题:大肠癌,HSF1,硫化氢,免疫治疗,细菌疗法,基因组拓扑,化疗,放疗
2020-08-31
高蛋白饮食:减肥虽好使,但要警惕肾损伤
本期话题:高蛋白饮食,饮食-菌群互作,体重,糖尿病,减肥手术,精油,氨基酸,地中海饮食,微塑料,大脑衰老,奶酪
2020-08-30
不只是益生菌+益生元,ISAPP重新定义合生制剂
本期话题:合生制剂,益生菌,益生元,鱼油,噬菌体,母婴,皮肤,乳酸菌,聚合物载体
2020-08-29