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米见对
文章数:55篇
宏基因组分析工具
Nature子刊:PICRUSt2实现任意16S序列的宏基因组功能预测
截止2020年6月5日,功能预测软件PICRUSt1已被引用近4千次。这个成绩是相当惊艳,而且仅2019年就引用过千,且持续增长。近期《Nature Biotechnology》发表了更新的PICRUSt2版本,值得专业人士关注。
宏基因组分析工具
PICRUSt
功能预测
QIIME2
扩增子分析
生物防治
Nature子刊:通过改造昆虫病原线虫共生细菌提高其生防潜力
西方玉米根虫(western corn rootworm,WCR)是一种适应性很强的入侵害虫,已经成为美国玉米种植带最重要的害虫。苯并恶嗪类物质(benzoxazinoid, Bx),是一类广泛存在于禾本科植物中的次生代谢物,能够帮助玉米从土壤中摄取铁、吸引有益微生物到根际和促进对外界胁迫的防御。但该类物质可被根虫轻松利用,通过其代谢产物6-甲氧基-2-苯唑啉酮(MBOA)增强对昆虫病原线虫(EPN)及其共生菌的抗性。发表在《Nature Biotechnology》上的一项研究通过实验进化的方法获得了对MBOA抗性提高的EPN共生细菌,将其引入原始EPN宿主后形成的共生体能更有效地灭杀利用Bx的WCR幼虫,表明对共生细菌的改造可能作为一种提高农业害虫生物防治的通用策略。
生物防治
共生体
Applied microbiology
Biotechnology
Chemical ecology
粘膜免疫
Nature Reviews:一文读懂粘膜抗体应答(综述)
过去对粘膜抗体应答的研究多集中于IgA,肠道IgA对于维持宿主-菌群的互作稳态十分关键。《Nature Reviews Immunology》上发表的一篇综述文章,详细介绍了在复杂的粘膜防御网络中IgA应答的产生机制,以及IgA与其它抗体亚型(IgM、IgG、IgD)的共同作用机制。
粘膜免疫
粘膜免疫
IgA
IgM
IgG
噬菌体
Nature Reviews:噬菌体的多样性、基因组与进化(综述)
病毒宏基因组学的最新进展使人们能够在从人类肠道到深海的众多环境中迅速发现空前的噬菌体目录。 尽管这些进展扩大了我们对噬菌体基因组多样性的理解,但也表明我们的研究相当初步。 尽管噬菌体在核苷酸序列水平上具有非常高的多样性,但形成病毒颗粒的结构蛋白仍具有很强的相似性和保守性。 从进化的角度来看,噬菌体具有独特的相互联系,并响应宿主的选择性压力而经历多种基因交换事件,从而驱动了它们的多样性。 本篇Nature综述介绍了噬菌体在结构,基因组和群落水平上的多样性,以及噬菌体之间复杂的进化关系,这些噬菌体是由其基因组的镶嵌性塑造的。强烈推荐阅读,是噬菌体领域同行的必读入门教科书。
噬菌体
Bacteriophages
biodiversity
metagenomics
Phage biology
迷走神经
Cell:肠道扩张或是抑制进食的关键
机体的能量平衡需要对进食进行准确调控,Cell近期发表的一项研究,通过单细胞技术,系统性地绘制了支配消化道的迷走神经细胞类型图谱,发现肠道中感知机械力的神经,在抑制进食中有关键作用,而感知营养的神经则不影响进食。也就是说,进食引起的肠道扩张,通过激活特定迷走神经来告知大脑“吃饱了”的信息。这些发现为用于减肥的胃旁路手术提供了一种机制——手术引起的肠道扩张本身就能减少患者的饥饿感。
迷走神经
Hypothalamus
AgRP Neurons
satiation
RNA sequencing
瘤胃菌群
Science子刊:改善奶牛生产的潜在瘤胃菌群靶点
《Science Advances》近期发表的一项研究,分析了一千头奶牛的瘤胃菌群,从中鉴定出核心菌群成员,其中与宿主基因相关的39个菌种,构成了可遗传核心菌群,在机器学习建模中较好的预测了奶牛的多种表型,或许是改善奶牛生产性状的菌群靶点。
瘤胃菌群
奶牛
Zhongyu Li
Hongliang Chen
Li Wang
抗生素耐药性
华南农业大学:质粒编码的新型高耐药耐药基因 tet(X)
我国的四环霉素耐药性显著。华南农业大学团队近期在《Nature Microbiology》发表研究,在我国发现了一种位于高转移性质粒上的新型四环霉素耐药基因,该基因的表达可介导对最后防线抗生素——替加环素以及新药伊拉瓦环素的耐药性,对抗生素药物有效性的威胁值得关注。
抗生素耐药性
耐药基因
四环素耐药性
肠杆菌科
质粒传播
共生
Science:海洋中一种有趣的三方共生关系
海洋生物中,基于毒素的化学防御是常见的自我保护策略,然而这些毒素的来源却不总是生物自身。《Science》近期发表的一项有意思的研究,鉴定出羽藻及其捕食者海蛞蝓共同使用的防御毒素kahalalide F(KF)的来源——在羽藻细胞内共生的一种特殊细菌cEK。这种细菌作为KF的生产工厂,其基因组严重“缩水”,却通过独特的进化方式能以绕过中心法则的方法合成多种KF多肽,这些KF不仅被羽藻利用,还被吃羽藻的海蛞蝓利用进行防卫,从而形成一种三方共生关系。
共生
海洋生物共生
瘤胃菌群
宿主差异可影响与饲料利用效率相关的瘤胃菌群特征
“牛牛要想长得好,瘤胃菌群少不了”。一项队列研究发现了与饲料利用效率相关的菌群区系和SNP,为未来借助改造瘤胃菌群和提高饲养效率带来了新的可能。
瘤胃菌群
Cattle
Feed efficacy
Heritability
Host genotype
菌群干预
基于菌群的后生元疗法(观点)
基于菌群的干预疗法有不少,除了益生菌、益生元、粪菌移植、噬菌体疗法等,还有后生元(postbiotics)。《mSystems》近期发表的一篇观点文章,主要探讨了后生元疗法的概念、优缺点和未来发展方向,值得专业人士关注。
菌群干预
gnotobiotics
metabolites
metagenomics
Microbiome
菌群内互作
肠道菌群内部互作方式和研究方法(小综述)
研究肠道菌群的动态变化规律,需要了解菌群内部不同微生物之间的互作关系。《Current Biology》近期发表的一篇小综述,从生态学的角度,介绍了肠道菌群内互作的类型、相关研究进展和研究方法,非常值得专业人士关注。
菌群内互作
生态学
Hui Wang
Jianping Ye
Ying Wang
瘤胃菌群
菌群与宿主互作促进羔羊瘤胃壁的发育
本文使用宏基因组测序和转录组测序的方法,研究了羔羊喂食开食料后瘤胃生理指标、菌群活性和瘤胃上皮细胞的基因表达变化。
瘤胃菌群
crosstalk
Lamb
rumen
Starter feeding
阴道菌群
Nature子刊:怀孕塑造母体的阴道菌群(评论)
来自《Nature Medicine》的一篇新闻评论文章,对上个月发表的iHMP中的两项关于孕期女性阴道菌群变化的研究(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1098509300)(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1064943510),进行了简单解读,有兴趣的读者不放回顾一下。
阴道菌群
妊娠期菌群
Fangqing Zhao
Jinfeng Wang
Zhanzhan Li
炎症性肠病
Nature:炎症性肠病肠道微生态系统的多组学分析
《Nature》最新发表来自Curtis Huttenhower和Ramnik J. Xavier团队合作主导的研究,对132名受试者一年内多个时间点的粪便、活检和血液样本,进行纵向多组学分析,全面揭示了炎症性肠病(IBD)相关的肠道菌群及其功能失调,以及宿主和菌群的分子互作关联,对于阐释IBD机制、寻找防治IBD的新靶点有重要价值。
炎症性肠病
CROHN'S DISEASE
Microbiome
Systems analysis
ULCERATIVE COLITIS
断奶仔猪
华中农大郑金水:断奶仔猪的肠道菌群代谢功能
来自华中农业大学的郑金水团队在《Microbiome》上发表的一项最新研究,对断奶仔猪的肠道菌群宏基因组进行分析,鉴定出了菌群中负责代谢各类营养物质(包括淀粉、果聚糖、乳糖等)的酶,对研究肠道菌群功能具有参考作用。
断奶仔猪
Metagenomic
Reconstructions
Weanling pigs
Microbial degradation
昆虫肠道菌群
Nature子刊:肠段结构塑造菌群,为食木甲虫“接力”分解纤维素
共生肠道菌群帮助宿主从食物中获得能量,《Nature Microbiology》发表的一项最新研究,在食木甲虫中揭示了4个消化道区域的菌群接力降解木质纤维素,进而为宿主及其后代提供能量的现象。其中,不同肠段的解剖特征促进了对菌群成员及其代谢途径的选择,提示了宿主肠道结构对应的菌群特化作用对宿主适应特定食物结构的重要性,也为设计特定微生物发酵流程提供参考。
昆虫肠道菌群
木质纤维素
代谢
微生物生态学
微生物发酵
肠道真菌组
Nature Reviews:聚焦肠道真菌组(综述)
肠道真菌对宿主健康和疾病的影响日受关注。《Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology》近期发表综述,系统性总结了目前肠道真菌组研究在真菌-细菌互作、真菌-宿主互作中取得的进展,也指出了目前检测分析技术缺乏标准化等局限性,对于研究肠道真菌组具有重要参考价值。
肠道真菌组
综述
肠道真菌组
Pol Grootswagers
Pol Grootswagers
芳香烃受体
Nature Reviews:芳香烃受体如何调节免疫与神经系统(综述)
芳香烃受体可与来自环境、膳食、微生物代谢的多种信号分子结合,参与靶向调控基因表达。《Nature Reviews Immunology》近期发表综述,总结了目前芳香烃受体调节免疫、神经功能的研究进展,对于研究体外信号因子对免疫、神经系统的影响机制具有重要参考价值。
芳香烃受体
综述
基因表达调控
免疫调节
神经调节
脂代谢
Nature:哺乳动物脂代谢的系统性遗传分析
《Nature》上发表的一项最新研究,对107个不同品系小鼠的肝脏及血液中的脂质进行了全面系统的检测分析,鉴定出了一些肝脏疾病的潜在脂质标志物,以及参与脂代谢的SNP,并鉴定出了一些参与脂代谢调节的蛋白。本文结果对研究脂肪代谢具有重要参考价值。
脂代谢
Metabolism
Systems biology
脂代谢
代谢
菌群研究
Lancet:菌群研究,别忘了3.7亿土著人群
菌群结构受多种人口、社会因素影响。本评论文指出目前的菌群研究缺乏对低收入、少数民族的关注,其结果在全球范围内很可能缺少普适性,并呼吁关注这一人群的健康以及相关科研投入,值得参考。
菌群研究
观点评论
低收入人群
少数民族
George van Aken
生殖道菌群
男女生殖道菌群的异与同(综述)
《Human Reproduction Update》近期发表综述,总结了目前男女生殖道菌群研究的进展,包括多样性、菌群动态、菌群失衡可能带来的影响,并对比了男女生殖道菌群的异同,对于生殖道菌群研究具有参考价值。
生殖道菌群
阴道菌群
精液菌群
阴道病
白色念珠菌感染
色氨酸代谢
Nature Reviews:色氨酸代谢——疾病治疗新靶点?(综述)
《Nature Reviews Drug Discovery》近期发表综述,总结了色氨酸代谢对免疫系统、神经系统的影响及作用机制,强调了该过程在开发针对多种疾病的新型药物中的巨大潜力,值得参考。
色氨酸代谢
芳香烃受体(AHR)
免疫调节
神经调节
肠道内稳态
病毒组
Cell子刊:肠道菌群可预测病毒组结构
人类肠道病毒组具有高度变异性。本研究通过比较同卵成年双胞胎的肠道菌群与病毒组多样性之间的关联,发现尽管病毒组具有高度宿主特异性,其结构和多样性与肠道菌群存在对应关系,并强调了噬菌体在肠道病毒组中的核心作用,值得参考。
病毒组
人体研究
肠道病毒组
同卵双胞胎
肠道菌群
噬菌体-细菌相互作用
Cell子刊:细菌如何抵抗噬菌体?(综述)
细菌为抵抗噬菌体产生了精密而复杂的机制。本综述总结了细菌抗噬菌体机制研究领域的成果,列举了一系列细菌抵抗噬菌体的机制,对研究细菌-噬菌体互作具有重要参考价值。
噬菌体-细菌相互作用
综述
细菌抗噬菌体机制
Qianfei Zhang
Tim F Greten
人肠道细菌
揭秘肠道细菌的硫化氢生成过程
肠道菌群产生的硫化氢对人体健康具有重要影响。本研究阐释了肠道条件致病菌沃氏嗜胆菌中的硫化氢生成途径,坚定了其中的关键酶——羟乙基磺酸亚硫酸盐裂解酶(IslA)。本文结果对调控肠道硫化氢产量、控制沃氏嗜胆菌感染具有参考价值。
人肠道细菌
无氧呼吸
anaerobic degradation
carbon-sulfur bond-cleaving glycyl radical enzyme
human gut microbiome
基因组数据库
Nature子刊:包含近800个肠道菌株全基因组数据的新数据集
Nature Biotechnology上发表的一项最新研究,发布了一个新的人体肠道细菌基因组数据集,包含了来自4个门、31个科、273个种的737个菌株的全基因组数据,这些菌株是从20个成年人的粪便样本中培养并分离的。该数据集使人体胃肠道细菌基因组的数量增加了37%。
基因组数据库
人粪便菌群
宏基因组
培养组学
基础研究
空气菌群
中科院城环所苏建强团队:厦门周边空气菌群的季节性和地区性差异
中科院城环所苏建强研究员日前发表了对厦门周边空气中微生物组的研究结果,发现空气菌群随季节变化,且具有城乡差异。
空气菌群
环境科学
16S扩增子高通量测序
空气污染
空气病原体
环境影响
圈养vs野生环境对鹿鼠肠道菌群的影响
肠道菌群的多样性和组成受多种因素影响,ISME Journal近期发表的一项研究以鹿白足鼠为模型,揭示了生活环境对动物肠道菌群的重要影响作用。
环境影响
动物肠道菌群
微生物生态学
肠道菌群多样性
鹿白足鼠
儿童肠道菌群
学龄儿童可能存在3种肠型特征
Microbiome发表的一项最新研究分析了荷兰10岁以下的学龄儿童的肠道菌群特征,鉴定出3种肠型,与哺乳期长短和学前饮食习惯相关,并分析了每种肠型的组成和功能特征,发现肠型可影响饮食与代谢表型的关联。
儿童肠道菌群
School-age children
Gut microbiota
enterotype
Metabolic phenotypes
菌群研究工具
研究菌群功能活性的新工具
现阶段的菌群研究主要建立在组学数据的分析上,在生理状态下研究特定菌群成员的生化功能,仍有挑战。Journal of the American Chemical Society近期发表一项研究,将活性分子探针与流式细胞技术结合,可鉴定具有特定酶活性的菌群成员。该研究还表明,菌群的代谢功能具有可塑性,在不同宿主个体和扰动情况下,即使菌群组成没有明显差异,发挥特定代谢功能的菌群成员却可能有很大差别。该技术有助于对菌群代谢功能进行深入研究,值得做相关研究的专业人士参考。
菌群研究工具
分子探针
荧光激活细胞分选技术
菌群功能
酶活性