unannotated

几十年来，16S核糖体RNA基因测序已成为鉴定样品中未知组成的细菌种类的主要手段。目前，用于此目的的最广泛使用的工具很多，为了对每种工具进行全面评估，作者比较了QIIME 2的q2-特征-分类器、Kraken 2和Bracken在生成三个主要的16S rRNA数据库（Greengenes，SILVA和RDP）中的计算资源和速度。为了评估准确性，作者使用从人类肠道，海洋和土壤宏基因组中获得的相同的模拟16S rRNA读长评估了每种工具，这些读长先前用于比较QIIME，MAPseq，mothur和QIIME2。作者根据每个工具分配的最终属读长计数的准确性来评估准确性。由于Kraken 2是唯一提供按每一读长分类分配的工具，因此作者评估了Kraken 2每一读长分类的敏感性和准确性，最终得出结论：Kraken 2和Bracken为16S rRNA宏分类数据分析提供了非常快速、高效和准确的解决方案。

Kraken2 16S rRNA微生物组 QIIME2 宏基因组测序物种分类

新冠病毒

仁济医院：中国人肠上皮细胞中的新冠病毒入口基因表达情况

上海交通大学医学院附属仁济医院的房静远、洪洁和团队，在《Signal Transduction and Targeted Therapy》发表文章，纳入中国的健康对照、结直肠腺瘤和结直肠癌患者各2名，利用单细胞RNA测序技术分析结肠组织的转录组，绘制出中国人的肠道基因表达谱。揭示出肠道上皮细胞富集表达新冠受体基因ACE2等，并同步上调病毒感染、炎症和细胞因子等通路基因。

新冠病毒单细胞RNA测序结肠组织新冠感染细胞因子

微生物组

为微生物组分析定制的标准DNA样本和评估框架

本研究中，作者开发了NIBSC参考菌群DNA Gut-Mix-RR和Gut-HiLo-RR，以及用于评估生物信息学工具和流程偏差的四项措施框架。使用这些参考菌群和报告系统，作者通过分析由Gut-Mix-RR和Gut-HiLo-RR生成的鸟枪测序和16S rRNA测序数据，对各种生物信息学工具进行了独立评估，并证明，大多数生物信息学工具极大地夸大了微生物组健康的关键指标，例如多样性估计。在所有测试的工具中，都存在偏差，最终数据集中的敏感性和假阳性的相对丰度之间存在明显的权衡。最终展望未来，作者建议领域内使用高度复杂的特定于本领域的菌群，以确保流程基准测试适用于特定目的。

微生物组鸟枪测序生物信息学工具假阳性丰度参考菌群DNA

微生物组

微生物组样本比较的方法与计算挑战（综述）

微生物群落的研究在很大程度上依赖于宏基因组学下一代测序数据集的比较，近年来已针对该数据集设计了多种方法。本文回顾了比较此类数据集的三个主要挑战：物种识别和定量，宏基因组样本之间距离的有效计算以及与表型（如疾病状态）相关的宏基因组特征的识别，考虑到依赖于参考基因组数据库的基于有参的方法和直接基于样品中所有测序读长的无参方法，作者提出了应对此类挑战的当前解决方案。

微生物组宏基因组 Microbiome metagenomics next-generation sequencing

种内多样性

Nature Reviews：定义微生物组的种内多样性-菌株（综述）

传统意义上，研究种内变异仅限于可培养的细菌分离株和低分辨率微生物群落指纹图谱。宏基因组测序技术的进步使不依赖于培养的、高分辨率菌株和亚种的分析在高通量和复杂环境下成为可能。这具有巨大的科学前景，但也导致了描述亚种间变异的大量方法和术语。来自EMBL引用超20万的超级大牛Peer Bork撰写了本综述，旨在通过关注微生物学背景下细菌和古细菌物种内的多样性来阐明这些进展。本研究涵盖了与种群遗传学相关的基本微进化概念，并总结了如着重利用宏基因组学在微生物群落中直接研究和分类物种内的变异。文章还描述了如何使用宏基因组学数据实现种内变异的常见应用。本文为指导研究人员选择合适的术语和分析方法，以方便从日益增多可用的、高分辨率微生物组基因测序数据中获益提供便利。

种内多样性宏基因组种内变异菌株亚种

芽孢杆菌

SR：不同芽孢杆菌的基因组分析

这项基因组研究，对比了5个种238个芽孢杆菌菌株的基因组，很值得专业人士关注，特别推荐！

芽孢杆菌泛基因组食品微生物物种核心基因发酵食品

宏基因组分析

Microbiome：整合不同宏基因组分析工具的新方法

宏基因组的分析方法和工具有很多，分析结果往往存在差异，如何尽可能减少这些差异呢？看看这个新方法。

宏基因组分析 Binning metagenomics Pipeline Taxonomic profiling

茅台酱香型白酒

FM：酱香茅台，何菌发酵？

茅台酱香型白酒宏转录组裂殖酵母乳酸菌 Teerapong Yata

森林生态系统

COM：森林土壤中的微生物群落（综述）

这是全面介绍森林土壤菌群的必读综述，值得精读，特别推荐。

森林生态系统土壤菌群植物生物量氮循环降解

错误发现率

Bioinformatics：控制错误发现率结合进化树可增加宏基因组水平的多重检验能力

① 整合进化树分析可提高宏基因组关联分析的检测能力，但涉及到进化树相关的多重检验校正，目前研究考虑较少；② 我们提出新的错误发现率（FDR）控制流程，它基于一种层次模型，可借用邻近物种信息提高统计能力；③ 在进化树信息错误或无用时，我们的方法与传统方法的检验能力相近；④ 在论文中的模拟数据和真实数据上，我们的方法相比于传统方法可获取更多信息；⑤ 相关R包StructFDR已发布并可供使用。

错误发现率多重检验校正进化树系统发育树统计分析

早产儿

FN：医院环境影响早产儿的胃部菌群

分析住院早产儿的胃部菌群的一项研究，很有意义，特别推荐。

早产儿胃内容物菌群肠内营养管母乳高危细菌克隆

青少年糖尿病

NEJM：美国青少年糖尿病发病率呈上升趋势

NEJM权威数据发布，值得收藏。

青少年糖尿病糖尿病发病率 1型糖尿病 2型糖尿病年增长率

土壤菌群

SR：青藏高原的土壤菌群

来自中科院土壤科学研究所的研究，对青藏高原的土壤菌群进行了一定的研究，值得看看。

土壤菌群水平衡环境土壤水分青藏高原古细菌

鱼油

肠道菌群新视角：鱼油并非全优生

① 对12个月大的大鼠分别喂食大豆油、猪油或鱼油3个月后，研究其肠道菌群组成。② 在体内和体外研究中，鱼油组的大鼠肠道菌群结构与大豆油和猪油组的差异显著。③ 鱼油组大鼠肠道变形菌门和脱硫弧菌属的相对丰度最高；炎症标志物的mRNA水平最高；脂质代谢相关微生物DNA丰度也最高。④ 本研究从新的视角，分析了鱼油饮食相对于豆油和猪油饮食，对中年群体健康的潜在负面影响。

鱼油炎症标志物脂质代谢肠道菌群大鼠

鱼油

SR：对中年大鼠来说，鱼油或不如猪油和大豆油健康

这篇文章，在朋友圈传播很多，备受关注。研究设计本身不难，但结果出乎一些人的意料。对关注营养学的人来说更有启发意义，值得认真读。

鱼油中年群体大鼠肠道菌群炎症标志物脂质代谢

儿童急性病毒性肠胃炎

SR：病毒性胃肠炎儿童的肠道菌群

这项研究关注病毒性胃肠炎儿童的肠道菌群特征，有一定的临床意义，值得读一读。

儿童急性病毒性肠胃炎菌群多样性轮状病毒诺瓦克病毒

婴儿粪便菌群

FM：出生第一年，婴儿肠道古细菌/细菌/真菌有何特征？

婴儿出生后，肠道里的各种微生物都会有什么特征，特别是除了细菌，古细菌、真菌等呈现什么样的状态？这项研究给出了一部分答案。

婴儿粪便菌群剖腹产顺产古细菌真核微生物

婴儿肠道菌群

Microbiome：带毛宠物如何影响婴儿肠道菌群

这篇文章与我们之前翻译的一篇文章（https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3NDg5NzM1Ng==&mid=2649408795&idx=1&sn=bda8acfb4bd4c239e231d23ccc3ad015&chksm=8766a7b8b0112eaef74021969f1babe984d1493d7c8ed5bcf0e9a94c3da5679ee41d4cbc862a）结合起来看，效果最佳！

婴儿肠道菌群带毛宠物儿童过敏颤螺菌属瘤胃球菌属

鹅盲肠菌群

SR：木薯叶影响中国鹅盲肠菌群多样性

中国热带农业科学院和西北农林大学团队的合作成果，推荐阅读。

鹅盲肠菌群木薯叶饲料厚壁菌门拟杆菌门

微生物谱

SR：胶束PCR定量测定微生物谱

新的方法学，值得特别关注。

微生物谱胶束PCR 操作分类单位绝对丰度 DNA污染

麝香鹿菌群

FM：对林麝菌群和高山麝菌群的比较

北京林业大学团队的研究，推荐阅读。

麝香鹿菌群林麝高山麝 16s rRNA测序厚壁菌门

小菜蛾

FM：小菜蛾的肠道菌群具有对植物防御物质进行解毒的功能

福建农林大学团队对害虫小菜蛾肠道菌群的研究，值得一读。

小菜蛾食草动物共生体植物细胞壁分解植物酚类脱毒

皮肤菌群

SR：农村和城市的青少年儿童皮肤菌群的差异

这项研究，对比农村和城市青少年和儿童皮肤菌群的差异，很值得看一看。

皮肤菌群手臂婴幼儿青少年农村

心血管疾病

【健康漫谈】肠道菌群影响心血管健康的几个原因

① 本章介绍肠道菌群及其代谢产物与心血管疾病之间复杂的相互作用，包括：动脉粥样硬化、高血压、心力衰竭、肥胖及2型糖尿病、慢性肾病等。② 肠道菌群影响心血管疾病发生发展的因素包括：菌群组成；产生影响宿主生理健康的生物活性代谢物（如：短链脂肪酸、氧化三甲胺、硫酸吲哚酚等），通过多种途径与宿主相互作用；其他与代谢无关的过程。③ 微生物未来可作为疾病治疗的介导和潜在药理学目标，但还需要进一步研究其具体机制。

心血管疾病菌群代谢宿主交互高血压心力衰竭

心血管疾病

CR：心血管健康和疾病中的肠道菌群（必读综述）

来自克利夫兰医学中心的重量级综述，懂行的人知道份量哦[呲牙]

心血管疾病菌群代谢宿主交互动脉硬化高血压

蜜蜂菌群

Science子刊：蜂群的菌群动态进化

这项研究采集来自四大洲多个区域的蜜蜂、熊蜂、无刺蜂样本，试图揭示他们的菌群动态进化历史，样本地理跨度大、数量也大，所以发了Science子刊，值得借鉴学习。

蜜蜂菌群熊蜂菌群进化地理差异特异化菌群

盲肠菌群

SR：乳酸杆菌或可提升鸡饲料效率

中国农业大学团队的研究，关注乳酸菌对鸡饲料效率的影响，值得认真看看。

盲肠菌群鸡饲料效率乳酸杆菌十二指肠

慢传输性便秘

李宁团队：便秘患者的肠道菌群改变小鼠的胃肠蠕动

南京军区总医院李宁团队的研究，特别推荐。

慢传输性便秘粪菌移植(FMT) 无菌小鼠胃肠动力菌群代谢

系统性红斑狼疮

Microbiome：系统性红斑狼疮患者的龈下口腔菌群特征

关于系统性红斑狼疮患者口腔菌群的文章，推荐阅读。

系统性红斑狼疮口腔微生物牙周疾病龈下牙斑 Cytokine

序列杂交捕获

Microbiome：长DNA片段杂交捕获技术揭示宏基因组的长区域序列

重要的方法学文章，一定程度上突破了现有NGS短读长的局限性，有助于探索复杂基因组，更好的识别环境中的微生物种类及其功能。

序列杂交捕获基因组长区域重建生物修复复杂基因组区域六氯环己烷