小扣啊

心脏代谢疾病与高糖摄入有关，为了提供一种低热量的食品甜味剂替代品，非营养性甜味剂（NNS）被广泛使用，但NNS对人类健康的长期影响，特别是对新陈代谢的影响尚未完全了解。Journal of Clinical Investigation上发表的一篇观点，重点关注NNS对血糖反应的影响，讨论了NNSs对代谢健康影响探索的一些关键考虑和开放问题，同时提出可能应对这些挑战的方法。

非营养性甜味剂葡萄糖耐受不良观点医学研究心脏代谢疾病

超加工食品

少吃超加工食品，应被纳入膳食指南：证据充足（观点）

根据全国代表性饮食调查和长期队列研究的系统回顾和荟萃分析的结果，超加工食品与疾病、慢性病死亡率等有关；并且，文章认为，目前有足够证据证明：降低超加工食品的摄入，可以改善机体健康。因此，降低超加工食品的摄入应被纳入膳食指南。

超加工食品

健康饮食

国内团队：健康饮食或可降低高龄老人的全因死亡率

杜克昆山大学的阎丽静团队在International Journal of Behavioral Nutrition and Physical Activity上发表的一项前瞻性队列结果，对超过3.5万名80岁以上老年人进行多年随访后发现，健康饮食与较低的全因死亡率相关，且在男性中关联更强。

健康饮食研究论文老年人全因死亡率前瞻性队列研究

宏基因组分析工具

一个适用于cfDNA宏基因组测序降噪的R语言工具

无细胞DNA（cfDNA）是溶解在血液、尿液等生物流体中的一些DNA片段，这些片段可以来自于人体自身细胞或者共生的微生物。游离在细胞外的cfDNA可以很容易通过人体的组织或免疫屏障，显现于血液或尿液等生物流体中。cfDNA已经在临床上实现了无创产前诊断的应用。类似的，通过对cfDNA的检测也可以敏锐地获知人体内部细菌和病毒感染。cfDNA样本很容易受到污染或干扰，对背景信号的降噪要求很高。低生物量背景校正（LBBC）工具用流行的 R 语言写成，使用方便，值得一试。

宏基因组分析工具 Cell-free DNA metagenomics Biomarkers infectious disease

宏基因组

Science：倡导建设一个基于生活污水宏基因组测序的抗性基因监测系统

生活污水中的DNA含有很多有用的信息，通过对生活污水取样测序，可以获取社区中抗性基因的含量和变化规律。这种方式无侵入性、灵活性强、成本低廉、可信度高，十分适合开展大范围乃至全球的流行病学调查研究，有望成为未来的大健康基础设施。

宏基因组抗生素抗药性生活污水宏基因组测序

微生物学数据整合分析

Nature子刊：使用MicrobiomeAnalyst分析微生物组数据

Nature protocol的这篇文章介绍了网页分析工具MicrobiomeAnalyst（https://www.microbiomeanalyst.ca/），原文中有详细的使用步骤介绍和故障排除方法，有需要或有兴趣的人士可使用自己或提供的案例数据（https://www.microbiomeanalyst.ca/MicrobiomeAnalyst/docs/Resources.xhtml）进行操作。

微生物学数据整合分析 MicrobiomeAnalyst Dudley W Lamming Maria Mihaylova Maria Mihaylova

加标引物

Nature子刊：低成本的靶向富集病毒的宏基因组测序方法（MSSPE）提高病毒诊断效率

本文开发了带有靶向引物富集（MSSPE）的宏基因组测序，该方法可富集目标RNA病毒序列，同时保留对其他病原体的宏基因组敏感性。本文对14种不同病毒的进行了评估，结果显示，与仅用mNGS相比，其基因组含量增加了10倍，平均值覆盖度增加了47%(±16%)。值得注意的是，利用MSSPE成功富集了未被预先特异性靶向的重新出现和/或共感染病毒(包括Powassan和Usutu)的序列。MSSPE简单，低成本，快速并且可部署在台式或便携式纳米孔测序仪上，从而使该方法直接适用于诊断实验室和现场使用。

加标引物宏基因组测序病毒诊断 mNGS RNA病毒

宏基因组组装基因组（MAGs）

人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的比较宏基因组分析

Genome Biology发表的文章，比较分析了人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的宏基因组，扩展了人类与NHP相关的微生物多样性，能够更好地表征灵长类动物菌群，深入进行人类和NHP的比较研究。

宏基因组组装基因组（MAGs）非人类灵长类动物肠道菌群 metagenomic assembly Non-human primates microbiome Microbiome sharing

宏基因组分析工具

青岛能源所苏晓泉：一种对鸟枪宏基因组进行全面分类和系统发育比较的新方法

目前用于计算微生物鸟枪宏基因组之间距离时使用的方法，常会忽略物种之间的进化关系，进而推算出错误的微生物组β多样性模式。中科院青岛能源所的苏晓泉团队开发了一个新工具——动态Meta-Storms，通过整合分析宏基因组组装与系统进化树，提高了运算速度和分类准确性。软件使用GPL许可发布，可以在GitHub(https://github.com/qibebt-bioinfo/dynamic-meta-storms)获取。

宏基因组分析工具生物信息学算法鸟枪法宏基因组学 Noha H Youssef Casey H Meili

宏基因组

华科宁康等：海洋宏基因组资源促进了对新蛋白质的结构和功能预测

华中科技大学生命学院宁康教授团队，联合软件学院薛志东教授团队和美国密歇根大学计算医学与生物信息系张阳教授团队，在利用微生物组大数据辅助预测蛋白质三维结构领域取得新突破。对于无已知同源蛋白质结构的新型蛋白质，要想预测其结构则需要借助于从头折叠算法。在从头折叠算法中，第一步是明确氨基酸残基之间的“密切接触”关系，这通常需要在很多蛋白质同源序列的帮助下才能得到更好的结果。针对于Pfam中的蛋白质家族，其实仍然有很多蛋白质家族下属的同源序列较少，难以提高从头折叠结构预测的准确性。宁康等认为海洋微生物组包含大量独特的新基因和蛋白质，它们的序列可以用作计算“密接”关系的素材。随后证明了这种方法在预测新蛋白结构上的有效性。

宏基因组海洋宏基因组蛋白质结构预测 Pfam Tara Oceans

数据模型

建模研究单宿主的菌群动态变化

对单一环境下菌群的动态变化的研究现对匮乏。本研究开发了一种可研究单一宿主共生菌群动态变化得到数据模型，发现亲缘关系、环境影响和宿主的迁移情况都会影响共生菌群多样性。该研究为研究菌群进化、菌群-宿主互作都有参考价值，值得专业人士关注。

数据模型菌群动态进化生态学 Dispersal limitation diversity

植物-微生物互作

菌群纵向传播维持植物共生功能体的延续

共生菌群的纵向传播现象也存在于植物中。通过研究共生菌群在无性系植物亲代-子代之间的传递，本研究发现传播菌群具有特定的结构，并且受到环境、生长时间的影响。本研究对于了解植物-菌群互作、植物共生功能体的维持具有重要参考价值，值得专业人士关注。

植物-微生物互作菌群纵向传播 16S/18SrRNA Clonal plants microbiota

黑树莓

Carcinogenesis：黑树莓花青素调菌群并帮助小鼠预防大肠癌

这是Carcinogenesis[IF：5.105]发表的来自辽宁大学生命科学学院团队关于黑树莓花青素的潜在益生元特性的动物模型研究，发现黑树莓花青素可改善失调的菌群并帮助小鼠预防结肠癌。很值得看看，特别推荐。

黑树莓花青素去甲基化 Ting Li Zuyi Yuan

龋齿

ADR：一文读懂龋齿菌群（综述）

这是近期在Advances in dental research发表的关于龋齿菌群的综述文章，或对开展相关临床研究有一定参考意义，值得专业人士关注。

龋齿 Actinomyces Streptococcus mutans Biofilms Microbiology

短多重区域框架（SMURF）

Microbiome：大幅提高16S菌群分析分辨率的新方法

这是近期发表在Microbiome[IF：8.496]的关于菌群组成分析的方法学文章，介绍的SMURF方法可获得比现有16S法更高的分辨率，且此方法简单、成本低，或可在菌群研究中推广使用，推荐专业人士阅读。

短多重区域框架（SMURF） 16S rRNA基因 16S rRNA gene High resolution Microbial profiling

菌群-肠-脑轴

AC：研究肠道菌群与脑代谢组关联的新策略

这是由上海交通大学附属第六人民医院与上海交通大学团队合作发表的关于大鼠肠道菌群与脑代谢组学关系的研究，提出了一种分析菌群-肠-脑轴的新策略，用多组学方法对大脑代谢组和肠道菌群进行分析，找出了代谢物类型与细菌种类的4个配对，有助于进一步理解肠-脑轴的相关机制，推荐阅读。

菌群-肠-脑轴脑代谢组

生物地理学

北大倪晋仁院士等：长江流域的浮游及沉积菌群

这是北大环境科学与工程学院倪晋仁院士与香港大学张彤教授团队合作在Microbiome[IF：8.496]近期发表的对长江流域菌群的研究，首次分析了4300公里长江流域内浮游和沉积菌群的时空分布，值得关注。

生物地理学长江沉积物浮游生物 Bacterial communities

参考数据库

Microbiome：极简主义的大规模微生物数据库

微生物组研究中的数据库作用巨大，但目前整体缺乏统一的微生物参考基因组数据库和用于快速编译的计算工具，Microbiome[IF：8.496]在这篇文章中介绍的两个数据库，或许可以为推动数据共享提高分析效率等作出贡献。这值得专业人士关注。

参考数据库宏基因组分析 Pan-genome Reference database Shotgun metagenomics

菌群管理

Microbiome：耕作方法影响土壤和根系菌群

这是发表在Microbiome[IF：8.496]上关于耕作方法与土壤和作物根系菌群的研究，表明管理类型和耕作强度可影响相关菌群构成，包括可能对作物生长产生影响的细菌/真菌。通过智能农业优化植物生长和可持续性时，或应把菌群因素纳入考虑。推荐专业人士阅读。

菌群管理智能农业耕作方法 Cropping practices Microbial co-occurrence

宏蛋白组学

Microbiome：全自动宏蛋白组数据分析平台MetaLab

这是一项重要的方法学研究，研究者开发了直接利用质谱原始数据快速进行微生物蛋白质鉴定和分类分析的全自动分析软件，多位中国年轻学者在美国参与研究和软件开发，他们未来的研究成果值得长期持续跟踪。

宏蛋白组学 Inés Martínez Jens Walter

结直肠癌

NPJBM：结直肠癌组织中的生物被膜及菌群特征

结直肠癌 Diogo Pratas Diogo Pratas

抗生素耐药基因

EP：冰川土壤、永久冻土及沉积物中的抗生素耐药基因

这是商丘师范大学团队所做的土壤中抗生素耐药基因的分析研究，值得专业人士参考学习。

抗生素耐药基因可移动遗传原件永久冻土冰川沉积物

氧化应激

GM：IBD患者肠道里富集的活泼瘤胃球菌

这是Genome Medicine[IF：7.071]发表的针对IBD患者肠道菌群的分析，明确活泼瘤胃球菌的富集，值得专业人士关注。

氧化应激炎症性肠病活泼瘤胃球菌 Alexander Khoruts Michael J Sadowsky

粪菌移植

BMCG：应如何监管粪菌移植？（必读观点文）

这是BMC Gastroenterology[IF：2.212]发表的针对各国对粪菌移植的监管方法的文章，系统性总结了FMT的已有证据、监管现状及局限性，并提出了作者的建议。这是很值得阅读的文献，IF不高，干货却很足！

粪菌移植艰难梭菌感染监管 C. difficile Infection Faecal microbiota transplantation

饮用水

Microbiome：抗生素抗性基因在全球饮用水中普遍存在

这是香港大学研究团队近期在Microbiome上发表的对全球不同城市的饮用水样本中的抗生素抗性基因（耐药基因）的大样本量分析成果，结果很值得关注，尤其是发现中国河南省的相关基因丰度最高，一定程度显示了我国应对抗生素耐药性的严峻形势。

饮用水水平基因转移抗性组抗生素耐药基因 antibiotic resistome

莱姆病螺旋体

ME：太平洋硬蜱中菌群的水平及垂直传播

这是Molecular Ecology[IF：6.086]发表的针对莱姆病病原体的寄主——太平洋硬蜱的菌群的研究，对掌握病原体在其体内的生存规律有一定意义，推荐专业人士好好看看。

莱姆病螺旋体太平洋硬蜱水平传播垂直传播 Borrelia burgdorferi

条件培养基

SR：利用培养过艰难梭菌的上清培养粪菌的结果

这项研究的实验设计有点新意，意图明确培养过艰难梭菌的上清添加到粪便菌群培养基中会有什么样的结果，发现这样的条件培养基，会抑制掉一部分肠道细菌的生长，其中保护性细菌减少，条件致病菌增加。这样的研究的后续工作值得期待，或许可以发现培养上清中特定的分子组成对粪菌中细菌的抑制或促进作用。

条件培养基艰难梭菌感染 Ying Yang Shichun Zou

分类

ISME：未被培养的微生物也应该有明确分类！

这是The ISME Journal[IF：9.664]上发表的呼吁对未被培养的微生物进行有效分类的观点文章，旗帜鲜明提出应该利用测序所获得的信息，建立起有效的分类规则，对未培养微生物进行分类。很值得读的文献，特别推荐。

分类命名 Elli Leppälehto Elli Leppälehto

结直肠腺瘤

Gut：人工智能，高精确率识别息肉和腺瘤

这是Gut刚刚online的一篇重要文章，研究者开发了基于深卷积神经网络模型的人工智能算法，对临床录制的肠镜视频进行学习，最终实现了高准确率的区分息肉和腺瘤的目标。人工智能用于肠镜检查，不只再是部分人想象中的技术，而是已经真真切切地发展到了临界爆发点。这是最有潜力的医学人工智能方向之一，值得相关人士特别关注。

结直肠腺瘤息肉人工智能深度学习 colorectal adenomas

糖基转移酶

TM：宿主多糖如何影响细菌与病毒感染（综述）

这是Trends in Microbiology[IF：11.020]近期发表的系统性阐述宿主多糖在感染性疾病发生中的重要作用的综述，内容很干，值得精读。

糖基转移酶病毒感染糖基转移酶基因FUT2 FUT2 Glycosyltransferase