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Evan
文章数:147篇
免疫
合理选择的共生菌能够促进肠道成熟,提高机体免疫
肠道微生物群深刻影响正常肠道发育和机体免疫。Microbiome发表的文章,通过在包含12种肠菌的OMM12(Oligo-Mouse-Microbiota)群落中补充2种合理选择的微生物MC2(大肠杆菌+无丙二酸柠檬酸杆菌),进一步增强了肠道发育,并为GF小鼠提供强大的免疫能力。
免疫
肠道菌群
肠道成熟
内皮细胞
血管发育
多重耐药肠杆菌
Nature子刊:乳杆菌如何抑制多重耐药肠杆菌在肠道中的定植?
肠道微生物组可以防止耐药性肠杆菌(MRE)定植,但限制MRE定植的特定肠道细菌和具体机制仍然是未知的。Nature Communications近期发表的文章,通过对住院患者进行多组学的前瞻性研究,结合小鼠实验,发现乳杆菌是限制MRE肠道定植的关键因素:鼠李糖乳杆菌和鼠乳杆菌通过增加梭状芽孢杆菌丰度、提高丁酸盐水平、减少可利用的营养来源,创造了一种不利于MRE的生长环境,从而抑制了MRE生长。这些结果强调了利用微生物群的相互作用来开发预防住院病人感染的有效益生菌的重要性。
多重耐药肠杆菌
乳杆菌
鼠李糖乳杆菌
鼠乳杆菌
梭状芽孢杆菌
肠道发育
罗伊氏乳杆菌代谢产物N-氨甲酰谷氨酸促进肠道发育
关于肠道菌群在早期肠道发育中的调节能力,人们知之甚少。发表在Gut Microbes上的一项研究鉴定了一种新的益生菌菌株——罗伊氏乳杆菌菌株DS0384,其分泌的代谢产物N-氨基甲酰谷氨酸(NCG)可促进肠道干细胞增殖并缓解肠道炎症。该研究提供了益生菌作用机制的新见解,为促进新生儿和婴儿肠道发育以及预防肠屏障功能障碍相关疾病奠定了基础。
肠道发育
罗伊氏乳杆菌DS0384
N-氨基甲酰谷氨酸
后生元
SP140
Cell子刊:SP140突变影响肠道菌群,增加IBD风险
炎症性肠病(IBD)是一类严重影响人类健康的慢性疾病,其发病原因与患者遗传背景、环境因素以及肠道菌群均有密切的关系。此前,针对IBD和另外一种多因素复杂疾病,多发性硬化(MS)的全基因组连锁分析发现,有多个基因座位突变与这两种疾病均有关联关系,提示两种疾病病理机制相近。SP140属于一种染色体阅读器家族蛋白成员之一,参与机体免疫,特别是巨噬细胞的功能的调节。尽管目前对SP140调节巨噬细胞的功能有了一定的了解,但是对于其在机体应对肠道菌群变化的免疫反应中的作用,以及该蛋白突变在IBD和MS中发生的机制尚不明确。近期一篇发表在Cell子刊,Cell Host and Microbe上的一篇论文报道了对SP140研究的最新成果,他们发现sp140缺失导致小鼠巨噬细胞针对杀死细菌相关基因的表达缺陷,但却促进了CD8+细胞在肠黏膜固有层的激活,加重了结肠炎症。进一步发现SP140缺失加重肠炎的表型是依赖于肠道菌群的。这一研究成果进一步揭示了sp140突变导致肠炎的病理机制,为临床治疗IBD和MS提供了重要的科学依据和潜在靶点。
SP140
巨噬细胞
变形菌门
炎症性肠病(IBD)
肠道菌群
宏基因组组装基因组 (MAG)
基于宏基因组组装基因组的泛基因组分析需谨慎
宏基因组分箱作为当下获取微生物基因组资源最火热的手段之一,其产生的宏基因组组装基因组(MAG)数量已经远远超过现有分离株基因组的数量。然而,近期发表于Briefings in Bioinformatics的一项研究发现,MAG固有的基因组不完整性、污染和碎片化严重影响了泛基因组分析,此外,不同的泛基因组分析工具也会影响基于MAG的泛基因组分析结果,但是可以通过降低核心基因分析时的阈值,尽可能多地加入完整分离株基因组,选择合适的分析工具减少核心基因分析的误差。总之,该研究提示我们需谨慎看待基于MAG的泛基因组分析结果,未来也需要开发专业工具弥补MAG在泛基因组分析时的不足。
宏基因组组装基因组 (MAG)
泛基因组
先天免疫
Cell子刊:人类肠道菌群如何塑造先天免疫反应?
目前对于肠道共生细菌如何调节宿主免疫知之甚少。Cell Host and Microbe发表的研究成果,探究了先天免疫系统对277个独特的人类肠道共生菌株的反应。研究表明,肠道细菌类群可被特定的途径感知,并诱导特有的细胞因子反应,进而引起可预测的免疫表型。总的来说,这种高通量的方法提供了对共生微生物如何塑造先天免疫表型的深入了解。
先天免疫
肠道菌群
巨噬细胞
树突状细胞
TLR2
牙周炎
Cell子刊:口腔菌易位增强肠源Th17细胞分化加剧牙周炎
虽然Th17细胞介导的免疫应答在牙周免疫及炎症中发挥重要作用,但Th17型免疫反应在何处发生以及如何被诱导尚不清楚。Cell Reports最新研究发现,致病菌牙龈卟啉单胞菌的肠道易位通过增强肠道Th17细胞分化,从而加剧牙周炎,同时肠道菌群在该过程中起着关键作用。
牙周炎
Th17
研究论文
牙龈卟啉单胞菌
肠道菌群
肠道噬菌体变异
Nature子刊:大规模肠道病毒组变异与其宿主和环境有何关系?
人肠道中噬菌体群落对肠道细菌群落的结构和功能有着巨大的影响,但在群体尺度上病毒群变异尚未被充分研究。近日,早稻田大学研究人员在Nature Communications发表最新研究,纳入日本4198名有深度表型个体的宏基因组数据,发现病毒组多样性与细菌组的抗病毒防御机制高度相关。此外,该研究揭示了新的病毒分枝,病毒群和细菌抗病毒基因间的互作关系,以及与病毒群密切相关的临床因素,进一步扩大了我们对肠道病毒群结构和变异的知识。
肠道噬菌体变异
细菌宿主
研究论文
基础研究
抗病毒防御机制
新冠肺炎
刘洋彧等Nature子刊:利用MAGs剖析人类肠道菌群在新冠中的作用
新冠病毒已席卷全球,目前还缺乏有效的防治措施,患者常伴有胃肠道症状。近日,哈佛大学医学院刘洋彧及团队发表在Nature Communications的最新研究,纳入六个独立队列共514个新冠肺炎相关的鼻咽和粪便样本,通过重建宏基因组组装基因组(MAGs)探究人类肠道菌群在新冠中的作用,获得了11584个MAGs。发现新冠患者多种物种的菌株丰富度显著降低,相关代谢途径和健康个体也不同,值得关注。
新冠肺炎
研究论文
基础研究
肠道菌群
COVID‐19
肠道古菌组
Nature Reviews:一文读懂人体胃肠道中产甲烷的古菌(综述)
古菌是一类非常特殊的微生物,广泛存在于各种生态系统中(多数生活在极端生态环境),古菌具有原核生物的某些特征,也有真核生物的特征。越来越多的证据表明人类疾病与微生物组具有千丝万缕的关联。古菌是人体微生物组中重要的组成部分(如厌氧产甲烷古菌及非产甲烷的噬盐古菌)。近日,奥地利格拉茨医科大学研究人员在Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology发表最新综述,系统的阐述了古菌的特点、产甲烷古菌在人体健康中扮演的角色。目前,古菌研究仍受限于以细菌为中心的方法论、参考基因组较少、与健康表型的关联有限等问题,未来仍需大量的研究去揭开古菌神秘的面纱,为“健康微生物组”增加新角色。
肠道古菌组
产甲烷古菌
综述
基础研究
古菌代谢
Akkermansia muciniphila
Akk菌维持肠道屏障功能的新机制
下一代益生菌中的“明星”—Akk菌可发挥多种健康益处,其免疫调节作用的分子机制揭示是领域内的热点。Gut Microbes上最新发表的研究表明,Akk菌培养上清液具有ADP庚糖的生物学特性,揭示出Akk菌维持肠道屏障功能的新作用机制。
Akkermansia muciniphila
肠屏障功能
研究论文
基础研究
肠道菌群
克罗恩病
多组学尺度研究克罗恩病的位置特异性特征
克罗恩病(CD)可在单独的疾病部位(如回肠或结肠),也可在多个部位(回结肠),目前单独的CD亚型如何影响CD的分子谱至今未知。近日发表在Microbiome的文章,利用宏蛋白质组学、鸟枪宏基因组学、16S rRNA 测序、代谢组学和宿主遗传学等多组学方法并配和临床内镜评估,以区分CD亚型。研究表明不同CD亚型具有显著差异且存在不同的位置特异性的病理特征,利用多组学方法有助于IBD生物标志物的发现。
克罗恩病
肠道菌群
多组学
炎症性肠病
菌群互作
Nature子刊:SECOM-用于评估菌群数据中未描述类群间的互作关系
人类肠道菌群形成了一个微生物相互作用的生态系统,由于复杂的潜在相互作用,一些微生物间可能存在非线性关联。近日,美国国立卫生研究院研究人员在Nature Communications发表最新研究,开发了一种称为Sparse Estimation of Correlations among Microbiomes (SECOM)的方法,用于估计微生物间的线性和非线性关系,同时保持稀疏性。该模型考虑了样本和分类单元的特异性偏差,在真实数据集中表现性能较好,值得相关人员测试。
菌群互作
新方法
研究论文
微生物组数据
基础研究
真菌组
引物选择对高通量测序中人类真菌检测的影响
真菌在菌群生态位中扮演着关键角色,目前已利用各种测序方法揭示真菌群落在健康和疾病中的作用,然而关于各种引物的性能以及各研究间的可比性知之甚少。近日发表在Gut Microbes的这篇文章,通过对18S、ITS区域进行了系统比较,确定各种引物对测序结果的影响,发现地球微生物组项目中使用的引物——EM引物在真菌菌群研究中具有显著优势。
真菌组
细菌相互作用
Science:群落中的细菌很少一起合作(观点)
细菌通常生活在不同的群落中,每个物种都会影响其他物种的生长和生存。这些物种间的相互作用是细菌生态学的核心,对健康、农业和工业有着不同的影响。因此,为了理解和控制细菌群落,了解物种如何相互作用至关重要。发表在Science上的一项观点认为,不同细菌群落中的细菌间存在广泛的负相互作用并占主导地位,并且随着群落中细菌多样性的改变,细菌间的相互作用亦随之改变,并指出细菌种内或种间的相互作用可被合理用作应对抗生素耐药性危机的一种策略。
细菌相互作用
微生物竞争
细菌群落
crAss-like phages
人体肠道中ΦcrAss002噬菌体的分离和特征分析
肠道crass样噬菌体有4个亚科。迄今为止,在纯培养中分离到的具有代表性的噬菌体只有3种:ΦcrAss001和两种密切相关的噬菌体DAC15和DAC17。Microbiome近期发表的文章,首次从人类肠道中分离出ΦcrAss002,该噬菌体可以跟肠道木聚糖溶菌拟杆菌高水平共存。肠道噬菌体的研究有助于了解噬菌体在细菌-肠道稳态中的作用。
crAss-like phages
crAss样噬菌体
Nature子刊:肠道crAss样噬菌体具有独特的基因组特征
crAss样噬菌体是人肠道中丰度最高的病毒,能感染拟杆菌门细菌。Nature Communications发表的文章,从人类肠道宏基因组中鉴定了近600种crAss样噬菌体的基因组,一些crass样噬菌体具有独特的基因组特征,如DNA聚合酶在A和B家族之间频繁的交换,晚期噬菌体基因中替代遗传密码的广泛利用,以及高密度的自剪接内含子和内含肽。对crass样噬菌体的系统基因组研究不仅增加了我们对人类肠道病毒的认识,而且揭示了噬菌体生物学有趣且鲜为人知的一面。
crAss样噬菌体
crAss样噬菌体基因组
人体肠道噬菌体
粪杆菌属
Cell子刊:肠道粪杆菌属细菌的多样性
粪杆菌(Faecalibacterium)属细菌广泛存在于人体肠道中,在开发下一代益生菌(next-generation probiotics,NGPs)或生物治疗药物方面具有广阔前景。但对于其多样性的认识十分有限。发表在Current Biology上的一项研究通过宏基因组组装,系统分析了粪杆菌属细菌在人类肠道中的多样性以及与年龄、地理、疾病等的相关性,极大丰富了对该类细菌的认识。
粪杆菌属
Faecalibacterium prausnitzii
gut microbiome
strain diversity
Pangenome
围产期因素
围产期因素与后代肠道菌群健康(综述)
围产期因素可通过调节母亲和婴儿的肠道菌群,影响后代的长期健康。FEMS Microbiology Reviews发表的综述文章,介绍了产前、分娩和产后的多种关键围产期因素、生命早期的肠道菌群发育特征和来源,以及这些因素对后代肠道菌群和健康的短期和长期影响。
围产期因素
婴儿肠道菌群
prenatal and postnatal factors
gut microbiome
Transmission
益生菌
瑞金医院:益生菌影响CD4+ T细胞分化以调控过敏性疾病(综述)
菌群与免疫功能密切相关,在过敏性疾病中起到重要的调控作用。瑞金医院的许春娣团队在Critical Reviews in Microbiology上发表的一篇综述文章,详细讨论了益生菌在过敏性疾病(包括哮喘,特应性皮炎,过敏性鼻炎,食物过敏,荨麻诊等)中的潜在作用机制,并介绍了在动物及临床研究中,不同益生菌菌株及组合对这些疾病的干预效果。
益生菌
Allergy
probiotics
functional food
CD4+ T cells
母乳寡糖
Nature 子刊:梭菌能代谢母乳低聚糖,并通过交叉喂养方式利用粘蛋白
生命早期人类肠道菌群对宿主的健康产生终身影响,如梭菌目中Roseburia和Eubacterium的早期定植,与预防结直肠癌、免疫和代谢紊乱有关。《Nature Communications》最近发表的文章,通过基因组分析,发现在Roseburia中,HMO利用位点具有多样性并普遍存在;并且在与降解粘蛋白的Akk菌共培养过程中,HMO分解代谢上调,表明该途径在促进交叉喂养和获取粘蛋白o-聚糖方面发挥了额外的作用。本研究结果提示,产丁酸盐的梭菌目细菌对HMOs的分解代谢,可能有助于提高该菌群在断奶引发的菌群成熟过程中的竞争优势。
母乳寡糖
梭菌
宏蛋白质组学
高通量的粪便宏蛋白质组学方法,助力大规模临床研究
mSystems上发表的一项研究,报道了一种高通量的粪便蛋白质组分析流程——SHT-Pro,具有可定量、可重复、高效率等优点,或能助力粪便蛋白质组学在大规模临床研究中的应用。
宏蛋白质组学
Diet
fermented
fiber
high-throughput
猪肠道菌群
赵江潮、王军军等:猪肠道菌群分析及在益生菌和食品安全中的应用
猪不仅仅是主要的食物来源,同样是非常好的生物医学模型。猪肠道菌群的研究已经成为研究热点之一。但是,目前猪肠道菌群的动态分析仍然缺乏。最近阿肯色州大学赵江潮团队和中国农大王军军团队合作在《Gut Microbes》发表一篇论文,发现猪从出生到屠宰其肠道菌呈现显著的动态变化,鉴定了其核心菌群;同时通过粪菌移植和菌群相关性分析,提示可以筛选潜在的益生菌群从而代替抗生素保护养殖猪的健康成长,通过监控菌群变化来评价病原菌的情况,为食品安全、病原菌干预提供重要线索。
猪肠道菌群
Swine gut microbiome
probiotics
core microbiome
food safety
VIBRANT
VIBRANT:宏基因组中自动恢复、注释、管理和评估病毒组群落功能的新方法
本文介绍了VIBRANT,这是第一种利用混合机器学习和蛋白质相似性的方法,该方法不依赖于序列特征来自动恢复和注释病毒,确定基因组质量和完整性以及从宏基因组学装配中表征病毒群落功能。VIBRANT使用蛋白质特征的神经网络和最新开发的v得分指标,该指标可以规避传统界限,以最大限度地识别裂解性病毒基因组和整合前病毒,包括高度多样化的病毒。VIBRANT突出显示了病毒辅助代谢基因和代谢途径,从而成为评估病毒群落功能的用户友好平台。
VIBRANT
基因组序列
神经网络
v-score
微生物群落代谢
肠神经系统
多形拟杆菌如何影响肠神经系统?
多形拟杆菌是一种常见的肠道共生菌,Gut Microbes发表的影响研究表明,这种菌在调节肠神经细胞类群和相关肠道功能(肠道运动)方面有重要作用。
肠神经系统
多形拟杆菌
Bacteroides thetaiotaomicron
gut microbiome
Enteric nervous system
直肠真杆菌
从宏基因组中重构1321个直肠真杆菌基因组,发现了什么?
直肠真杆菌是一种属于毛螺菌科细菌,广泛存在于人类肠道菌群中。《Genome Biology》发表的一项研究,建立了一种宏基因组分析流程,从>6500个粪便宏基因组中重构了1321个高质量的直肠真杆菌基因组,并分析了这种细菌的种群结构和分布。
直肠真杆菌
宏基因组
系统发生生物地理学
人肠道细菌
粪菌移植
口服粪菌移植胶囊或能根除青霉烯酶肠杆菌科
产碳青霉烯酶肠杆菌科(CPE)感染会导致相当大的发病率和死亡率,粪菌移植(FMT)有消除CPE携带的潜力。《Clinical Infectious Diseases》近期发表的文章,利用FMT对15名CPE携带者进行治疗,发现FMT根除成功率为9/15,应答者和失败者的肠道菌群组分和功能变化具有差异,FMT或是一种持续根除CPE的有效策略。
粪菌移植
oral capsulized fecal microbiota transplantation
carbapenemase-producing Enterobacteriaceae
multidrug resistant bacteria
carriers
宏基因组数据库
中山大学:人类肠道宏基因组数据库gutMEGA
为了方便科学家查询和检索已发布的肠道菌群宏基因组测序数据,在这项研究中,中山大学第一附属医院的Xiaoxing Li和中山大学附属肿瘤医院的Ze-Xian Liu与团队,开发了肠道宏基因组图谱(gutMEGA),这是一个注释齐全的综合数据库,用于管理和托管来自人类已发表的肠道菌群定量数据集。通过仔细整理肠道菌群的组成,表型和实验信息,gutMEGA最终在776个条件下整合了7种不同水平(界,门,纲,目,科,属和种)的6457类群的59132个定量信息。此外,通过各种浏览和搜索功能,gutMEGA为用户提供了一种快速简便的方法来获取表型之间肠道微生物的相对丰度。总体而言,gutMEGA是用于肠道宏基因组研究的便捷而全面的资源,可以从 http://gutmega.omicsbio.info 免费访问。
宏基因组数据库
Gut microbiota
human health
metagenomics
database
短链脂肪酸(SCFA)
SCFA和TMAO对血压的调节(综述)
肠道菌群的变化在血压调节中起着关键作用,其中肠道菌群代谢产物的变化可能是一个关键机制。发表在Physiology的一篇综述,对已知的肠道菌群代谢物包括短链脂肪酸(SCFA)和氧化三甲胺(TMAO)在血压调节中的作用进行了概述。指出在未来的研究中,了解除了SCFA和TMAO之外的其他肠道菌群代谢产物如何影响宿主高血压/心血管疾病是十分重要的。
短链脂肪酸(SCFA)
血压调节
G-protein-coupled receptors
blood pressure
gut microbial metabolite
真菌
《科学》疾呼:研究真菌正当时!
真菌覆盖人体的上皮表面,与宿主和其他微生物群相互作用。《Science》最近发表的观点文章,简要介绍了真菌对宿主的影响。一方面,真菌定植能发挥有益的作用,如皮肤中的马拉色霉菌属能利用皮肤脂质作为营养生长,并分泌抑制致病菌的抗菌物质,抵抗病原菌等。另一方面,真菌也对宿主造成不利影响,如引起各种机体感染,并促进胰腺导管腺癌发展等。因此,开展宿主-真菌相互作用的的深入研究,对促进人类健康和治疗疾病具有重要意义。
真菌
真菌-宿主互作
Thomaz F S Bastiaanssen
Thomaz F S Bastiaanssen