陈绮翎

近些年火热的菌群-肠-脑轴研究使得人们认识到肠道菌群与大脑之间的双向交流，涉及了神经、免疫和内分泌等系统，影响人们的生理心理健康。社会政策旨在改善社会福利，因此菌群-肠-脑轴可影响社会政策的制定。Trend in microbiology的这篇文章介绍了对菌群-肠-脑轴社会政策的影响，为菌群研究成果服务大众提供了思路。

microbiota gut–brain axis neuroscience Microbiome urban microbiome

Lancet子刊：饮食偏方抗癌不可取（观点）

癌症病人往往是身心脆弱的人群，容易被一些无相关科学依据的抗癌饮食疗法忽悠。The Lancet Oncology的这篇文章介绍了常见的“抗癌饮食疗法”以及它们的由来，并呼吁相关研究机构禁止针对癌症病人推荐无科学依据的极端饮食。

Nature子刊：如何量化微生物互养关系？

虽然人体肠道菌群功能的高度冗余体现了其强大的适应性，但人身体状态对代谢关系的冗余的影响仍然未知。Nature Communication这篇文章提出使用代谢物交换值MES来量化人体微生物的互养关系，并通过2个例子来证明了该量化的准确性和可靠性，为未来靶向针对特定菌株或代谢物的治疗手段提供了希望。

Science：用噬菌体治疗慢性疾病（观点）

噬菌体是一种可裂解细菌的病毒。因其针对细菌的特异性，即不影响真核细胞，被认为是继抗生素之后又一有效的治疗细菌感染的手段。近年来随着微生物在非传染性疾病（包括炎症性肠病、神经系统紊乱、自身免疫疾病、心脏病、糖尿病、癌症和肥胖）的重要角色，噬菌体有望成为精准干预相关菌群的重要手段。Science的这篇综述介绍了噬菌体疗法在治疗非传染性疾病的研究进展，并提出了噬菌体疗法面临的挑战。

纯素饮食到底好不好？

随着世界范围内越来越多的人开始进行纯素饮食(vegan，只吃植物来源的食物)，关于纯素饮食的研究逐渐增多，但是大多与无肉饮食（vegetarian，吃蛋和奶等）的研究混在一起。Critical Reviews in Food Science and Nutrition的这篇伞形综述对纯素饮食的研究进行了归纳分析，得出纯素饮食对健康指标的影响，并呼吁更多关于纯素饮食长期队列的初级研究。

胃袖状切除术

胃袖状切除术对肠激素的影响：系统性综述和整合分析

Annals of Surgery的这篇综述是目前唯一对减重手术--袖状胃切除术（SG）前后4种肠道激素变化进行整合性分析的文章。目前对RYGB手术术后激素水平变化研究较多，而对另一种常见的手术SG研究较少。本篇综述本着筛选关于人的随机对照实验（RCT）和观察性研究进行整合性分析，但RCT研究数量少，未来需更多研究投入。

胃袖状切除术肠道激素 Bariatric surgery ghrelin GIP

饮食营养组

Nature子刊：营养组-代谢组关系展现饮食摄入和代谢

营养学研究通常依据受试者自行提供进行研究，因此经常出现不准确甚至导致错误预测饮食相关疾病的风险。通常来讲，对同一人群进行多次饮食记录可提高准确率，而Nature Food的这篇文章通过对比4次面试饮食记录和相应多次的尿样代谢组检测，证明尿液代谢表型可以稳定提供饮食习惯的信息。本文使用美国人群进行研究，英国人群进行验证，加强了实验结论的可靠性，但因为饮食记录和尿样采集均于特定日前或后24h，因此可能忽略了需 ≥24h排出体外的营养相关代谢物。

饮食营养组尿液代谢组

菌群-代谢物

东非狒狒不同肠段菌群和代谢物的组成

目前关于不同肠段菌群组成的研究主要集中在老鼠、鸡和狗等动物模型，而对人体或非人类灵长类动物的研究较少。《mSystems》的这篇文章介绍了关于和人类同属灵长类的东非狒狒的研究。相比人类，对东非狒狒的研究避免了取样前的肠道准备工作，因此能保证肠道菌群组成不被影响。该研究发现东非狒狒大肠段关于癌症相关的代谢途径多余小肠，或许能解释人了大肠癌发的概率高于小肠癌发的概率，另外也发现芸苔属蔬菜与肠道有益菌群有关，认为其可作为益生元的候选。

菌群-代谢物 microbiota metabolome Host-Microbiota Interactions nonhuman primate

空气污染

空气污染物或可通过肠道菌群影响肥胖和2型糖尿病风险

Gut Microbes的这篇文章通过在PubMed和ProQuest搜索关键词的形式，归纳了研究空气污染对患肥胖症和T2D风险可能的影响的文章，提出以小颗粒物质为代表的空气污染物，可被呼入或摄入宿主体内深至到胃肠道，从而影响肠道菌群和肠道健康，进而影响肥胖和T2D的患病风险。然而，关于这个观点的人类研究至今只有2份，且无长期研究结果，未来还需进一步研究。

空气污染肥胖肠道菌群 2型糖尿病 Air pollution

短链脂肪酸（SCFA）

Nature子刊：短链脂肪酸或可调节骨骼肌代谢和功能（综述）

Nature Metabolism的这篇综述讨论了肠-骨骼肌轴的可能性。目前关于肠道菌群产物SCFAs（乙酸、丙酸和丁酸）主要集中于探究其与肝脏、大脑、脂肪组织和胰腺的关系中，而骨骼肌是人体最大的器官，存在大量的SCFAs靶点（如GPR41和GPR43），并且现已有小鼠实验证明干预肠道菌群可影响骨骼肌的生理功能。尽管如此，关于SCFAs对骨骼肌影响的研究仍处于早期阶段，研究结果大多基于小鼠模型和单一细胞株研究，未来需开展更多基于人体的原理研究。

短链脂肪酸（SCFA）骨骼肌 fatty acids Gastroenterology Metabolism

血液菌群

与糖尿病和心血管疾病相关的血液菌群及其代谢物（综述）

Trends in Endocrinology & Metabolism的这篇文章总结了关于血液菌群及其代谢物与糖尿病和心血管疾病之间关系的研究。随着测序技术和代谢组学技术的发展，现在健康人血液中也检测出了以变形菌门为主的遗传物质，诸多菌群代谢物也被发现与与人体疾病的息息关系，菌群及其代谢物均有望成为糖尿病和心血管疾病的生物标记，并成为新的治疗靶点。

血液菌群糖尿病心血管疾病

肠道菌群

Science新闻：肠道微生物预测你在15年内死亡的可能性

这是Science的一位科学记者主要根据今年1月预印的两份研究报告撰写的新闻稿。第一份（https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2019.12.31.891978v1）比对了菌群基因组和人体自身基因组预测受环境影响巨大的复杂疾病（如结肠癌、高血压和肥胖等），发现只有1型糖尿病是唯一一种人体自身基因组预测能力高于肠道菌群基因组预测能力的疾病。第二份（https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2019.12.30.19015842v2）发现不同地区的7211名芬兰人（包括不同的基因背景、生活方式和死亡率）中粪便的菌群组成肠杆菌门可预测人15年内死亡的概率。虽然这两份报告显示肠道菌群具有潜在预测疾病与死亡的能力，但仍未通过同行评议，因此仅供新闻观点阅读，不具备临床指导能力。

肠道菌群预测死亡 Dangdang Wang Le Luo Guan Shengru Wu

减肥手术

多时间点分析减肥手术史对孕妇代谢水平和菌群成分以及胎儿的影响

有减肥手术史的孕妇孕期患孕期糖尿病和生产大于胎龄儿比例降低，但部分孕妇与与其身高体重比（BMI）相当的肥胖孕妇比生产小于胎龄儿和早产比例增加。Gut的这篇文章通过对限制型手术、混合型手术和无减肥手术史的BMI相当的孕妇进行代谢组和肠道菌群基因组研究，探究减肥手术对孕妇孕期表型及胚胎发育的影响，发现混合型即胃绕道手术对孕妇孕期代谢组和肠道菌群组成有影响，对胎儿代谢组有负面影响，但限制性手术没有。本文提醒了减肥手术虽治疗代谢疾病效果显著，但适育女性仍需慎重。

减肥手术肥胖孕妇 Quanming Zou Yuan Zhuang Yongsheng Teng

T2D

肠道菌群在2型糖尿病发病机制中的作用（系统综述）

鉴于诸多肠道菌群和T2D研究结果混乱的现状，EBioMedicine的这篇综述总结归纳了结果重复性高的结论，并提出了对未来研究的几点期望：1）根据临床表现和遗传背景等细分T2D患者进行细分；2）发展采集除粪样之外的非侵入性方法搜集如肠容物的样本；3）关注个人菌群；4）从功能角度细分菌群；5）关注药物-菌群互作。编者希望这篇综述关于未来肠道菌群研究方向的探讨可以对相关研究人员有所启发！

T2D 肠道菌群 type 2 diabetes microbiota 16S rRNA

肠道菌群

Nature子刊：肠道菌群和血液代谢物的关系

Nature Communication的这篇文章通过合并两个大型队列研究的粪便菌群成分和血液代谢组成分数据，进行线性回归分析并纠正混淆因子得到可靠的相关性结论。此外，文本的另一研究亮点之一在于进行了菌群成分与脂质成分较为细致的相关性分析，菌群已被证明与肥胖和糖尿病相关，也有一些研究证明肠道菌群是血液脂质含量的重要影响因子，因此有必要进行进一步研究。文章最后作者提及粪便菌群成分不能完全代表肠道菌群成分，因此未来需从肠道多部位多次取样，且本研究的代谢组分析完全基于核磁1H NMR数据，因此之后还需多平台进行分析。

肠道菌群血液代谢物 Sandi M Azab Sonia S Anand

2型糖尿病

Nature：2型糖尿病的整合生物学研究（综述）

这是一篇关于2型糖尿病发病机理的综述，通过总结近期关于人体和动物的实验发现，空腹和餐后高血糖可能是由WAT脂解异常后通过二酸甘油酯（DAG）和新型蛋白激酶C（PKCε）途径影响肝脏糖原生成。作者最后提出和脂肪细胞功能异常、脂肪组织异常堆积和脂肪调控因子机制有待未来验证，也提出多组学研究在胰岛素信号研究中的应用前景。

2型糖尿病 Lingjun Tong Sitong Zhang Huaxi Yi Jiong-Wei Wang

代谢弹性

无法快速代谢过度高脂饮食可预测健康成人的体重增长

本文作者评估了健康人群对氧化饮食中不同营养成分的能力，在进行24小时的饮食干预后检测其能量代谢，并对照受试者半年和一年后的体重变化，发现如果个体对过度高脂饮食的代谢弹性低，其更容易在自然生活的状态下大幅度增加体重，而这个代谢弹性是个体天生的代谢特点，作者建议未来可针对代谢弹性这个表型来调控体重，但编者对此保持观望。

代谢弹性高脂饮食 Xiaolei Zhu Shinji Sakamoto Atsushi Kamiya

微生物-代谢物互作

mmvec神经元网络算法评估微生物-代谢物的互作

Nature Methods的这篇文章介绍了神经元网络mmvec在多组学研究中的使用。传统的统计学方法过度简化数据，容易造成大量假阳性结果，而微生物组和代谢组数据均为成分性数据，更加剧了分析误差的可能性。作者Rob Knight团队提出的mmvec神经元网络能够通过学习代谢物和微生物同时出现的概率，对代谢物与微生物互作进行评级，并可视化显示分析结果。作者随后对mmvec进行使用验证，证明mmvec在分析效用上显著优于目前常用方法。推荐需要多组学分析研究的读者尝试（https://github.com/biocore/mmvec）！！

微生物-代谢物互作神经元网络算法mmvec I M Moreno I Martín-Carrasco

琥珀酸

琥珀酸：我们是朋友还是敌人？

本文是一篇关于宿主和菌群“交流”信号--琥珀酸的综述，介绍了琥珀酸的多种功能、来源和其与健康/疾病的关系。人们通常认为琥珀酸与炎症和疾病相关，是毒性因子的，但近期研究发现琥珀酸作为肠道菌群产物也可保护人体肠道健康，如保护新生儿肠道不受腹泻致病菌定植。尽管已有益生菌产琥珀酸促进实验鼠血糖水平改善，但其效果可被其它菌株的共同定植限制。琥珀酸是敌是友暂时无法轻易判断，其未来的临床应用应建立在对其功能和作用机理深度了解的情况下进行。

琥珀酸肠道菌群 succinate microbiota Metabolism

代谢组学

代谢组学分析流程的发展近果

代谢物自身具有不同的生化性质和浓度范围，因此分析方法对代谢组分析的结果影响巨大。本文主要介绍了代谢组学研究方法（尤其是质谱法）发展的三个方面：1）样品搜集和处理；2）分析工具的发展；3）数据挖掘方法和物质鉴定的未来发展趋势。

代谢组学综述

青少年肥胖

JAMA：青少年肥胖知多少

青少年期在个人成长发育过程中占有重要地位，也是管理体重的黄金时期，因此青少年肥胖症不容忽视。目前全球有大约900万青少年肥胖症患者，当BMI在同性别的同龄人中高于第95个百分位时为青少年肥胖。类似于成年人肥胖治疗方案，生活习惯干预（如少食精加工食品和多食蔬菜）、药物治疗和减肥手术均为备选方案，后两者是病态肥胖患者的选择。值得注意的是，除了物理治疗外，由于青少年期的特殊性，也要关注患者的心理状态！

青少年肥胖综述 Ken Nally Valerio Rossini Sreeram Udayan

脑肠轴

闲谈：触及人脑的肠道菌群信号

肠脑轴是肠道和中枢神经系统双向交流网络，不少菌群代谢物在其中起到重要作用。本篇综述选择介绍了其中的短链脂肪酸（主要源于肠道菌群碳水发酵），次级胆汁酸（依赖于肠道菌群转化形成），神经递质及其前体（可由菌群产生和利用），以及其它的活性物质如脂多糖和糖脂（革兰氏阴性菌外膜成分）、胆碱（自身及其肠道菌群代谢物）和乳酸（可由乳酸菌、双歧杆菌和变形菌纤维发酵形成）。本文适合对脑肠轴感兴趣的入门读者阅读。

脑肠轴菌群代谢物综述 Christopher M Dekaney Breanna J Sheahan

肠道菌群

Nature新闻：微生物化学成分分析

这是Nature的一篇新闻，介绍了近期颇受关注的针对菌群的代谢组学。代谢组学是多组学研究中较为新兴的领域。基因组学分析让人们了解人体肠道组成，而代谢组学分析从菌群与人体互作的功能性产物入手，让人们从了解“谁”到了解“谁到底做了什么”。质谱和核磁是目前较为主流的两种代谢组学分析手段，但其后的分析往往耗时长，文中介绍了几种质谱数据库和数据挖掘工具可以加速分析。

肠道菌群代谢组学新闻报道 Kali M Pruss Justin L Sonnenburg

肠道菌群

肠道菌群与习得性无助

现越来越多的证据显示异常的肠道菌群组成与压力相关疾病有关。鉴于只有60-70%的大鼠在对习得性无助敏感，因此对敏感型和耐受型老鼠粪样进行菌群和代谢物分析可帮助了解菌群在习得性无助中的作用。本文通过分析无法回避的电击压力实验下敏感型和耐受型老鼠粪便菌群组成及其菌群主要的挥发性脂肪酸产物--乙酸、丙酸和丁酸的含量，得出乳杆菌属及其产物乳酸在压力反应中的作用。

肠道菌群习得性无助大鼠 Tim Raine Tim Raine

菌群-肠-脑轴

精神疾病治疗的新思路：菌群-肠-脑轴

这是一篇关于“菌群-肠-脑轴”转化应用的综述，重点关注的是中枢神经系统疾病。原文作者想表达两点：1）传统的药物学和毒理学在评估候选药物时需考虑肠道菌群对实际药效的影响，2）基于菌群及其产物的药物研发或许能为神经系统疾病的治疗打开新局面。考虑菌群因素或许能帮助缓解“同药不同效”的问题，并促进个性化医疗的发展，以此也可见基础研究对临床应用和产业转化的重要性。编者个人很喜欢原文作者提到并使用的"psychobiotics"（精神益生菌）一词，它将"psychology"（心理学）和“biotics”（生物因子）结合在一起，强调了肠道菌群与人心理精神的互动。

菌群-肠-脑轴精神疾病 Microbiota-gut-brain axis Psychobiotic Probiotic

Wistar大鼠

同厂家不同批次的实验大鼠，可得出不同的代谢和菌群结论

啮齿动物是医学研究领域常见的实验动物。长久以来，人们认为只要控制好同种实验动物的育种和饲养条件，它们的代谢组就具有相似性，其实验具有重复性。但本实验的结果显示，装运批次对大鼠的尿液代谢成分和肠道菌群有显著影响，甚至高于尿毒症。基于不可避免的装运批次差异，原文作者建议详细记录动物购买和饲养等细节，并使用主成分分析法(PCA)，标清出所有变量，以便评估实验结果是否具有普遍性，是否是假阳性结果。这也许也是诸多动物实验结果无法迅速直接应用到人类疾病中的原因之一。

Microbiome Urinary metabolome 1H-NMR spectroscopy Uraemia Batch effect

肠道菌群干预

Lancet子刊：重塑肠道菌群，解决营养过剩和营养不良问题（评论）

The Lancet Diabetes and Endocrinology近期发表的一篇评论短文，对上个月发表的两项重磅菌群干预研究进行解读（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1035071826）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1035372417），认为补充特定微生物和膳食干预等菌群导向的干预方法，在改善营养过剩和营养不良相关的健康问题上，具有转化应用前景。

肠道菌群干预代谢疾病营养不良 Matilda van den Bosch Ingrid Jarvis

肥胖管理

对肥胖进行个性化管理（综述）

Trends in Endocrinology and Metabolism近期发表综述，讨论了儿童和成人肥胖的管理方法，包括减肥手术（胃旁路术、袖状胃切除术等）、药物治疗、饮食行为干预等，并提出对患者肥胖表型的鉴定有助于进行肥胖个性化管理，值得专业人士参考。

肥胖管理减肥肥胖 Bruno C Trindade Simona Ceglia

IBD

Nature Reviews：通过多组学研究发现IBD的生物标志物

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一篇News&View，介绍了Nature最新发表的一项研究：Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel disease，该研究通过多组学分析鉴定出了多种IBD的潜在生物标志物。

IBD 多组学研究 IBD 生物标志物

肠道菌群

屎尿也有戏：肠道菌群、饮食和人体代谢

Scientific Reports这篇文章是代谢组学方法应用在肠道菌群研究应用的一个代表。粪便中含有大量人体细胞和肠道菌群的代谢产物，而尿液也因具备疾病诊断的特点被纳入本研究范围。研究人员优化了气相色谱非靶向技术，再结合液相色谱技术，共发现了60种代谢物同时存在于粪便和尿液中，暗示尿液也可能是检测肠道菌群功能性产物的样本。饮食和种族都是影响代谢物的重要因素，但本研究样本量小且未排除其它可能的影响因子，如基因、生活习惯和地理位置等。尽管如此，基于其多组学（16s rRNA测序和代谢组学）的结果一致，结论仍然可信，并且本研究证明代谢组学可以与测序技术配合使用，解读真实的菌群活动。

肠道菌群代谢组分析 Jia Sun Julien Diana Wenjie Liang