The ISME Journal

分类命名 Elli Leppälehto Elli Leppälehto

古细菌 Tadayasu Ohkubo Hiroya Oki Kazuki Kawahara Shota Nakamura

这是一项在鱼身上做的肠道菌群如何受到食物的影响而产生趋同进化的研究，在鱼这个很好的模型上，明确了可以通过肠道菌群确认和预测饮食习惯，这对其他动物模型乃至人的研究具有启发意义。结合之前在Cell上发表的非常火热的个体化营养的研究（http://www.xunludkp.com/papers/read/1053870848）来阅读，必有收获。

慈鲷鱼适应辐射趋同进化 Bas Oldenburg Joren R Ten Hove

芽囊原虫属

ISME：芽囊原虫属的比较宏基因组学

这是针对人类肠道菌群常见成员--芽囊原虫属的比较基因组学研究，值得专业人士关注。

芽囊原虫属比较宏基因组 Marianne De Paepe Jeffrey K Cornuault

家养动物

ISME：除了人，其他动物的肠道菌群研究都关心啥？（综述）

这是一篇定位很特别，有趣但又很重要的综述，对非人类的动物肠道菌群研究进行了系统性总结和分析，能让我们整体概览相关领域的研究进展，很值得深度，强烈推荐。

家养动物模式动物野生动物 ZunGuo Du XiuJuan Liu

气候变暖

ISME：气候变暖改变土壤菌群，促进有机碳分解

这是一大堆中国人参与的重要的土壤微生物宏基因组研究，由美国俄克拉荷马大学的周集中教授领衔，特别推荐给大家！

气候变暖土壤有机质碳循环 Lei Wang Chao Li

宏基因组

ISME：大幅度提高基因组复原效率的新方法

这是重要的宏基因组方法学突破，特别推荐给大家！

宏基因组去重复 Yinghua Zha Yinghua Zha

冻土菌群

ISME：古老菌群如何在冻土中生存数千年？

这是一项针对永久冻土中生存了数千年的菌群的宏基因组学研究，题目就很吸引人，结果也很有料，特别推荐！

冻土菌群 D Betty Lew D Betty Lew

宏基因组学

ISME：1500米深地下水里有什么细菌？靠什么维持生命？

这是对深层地下水中菌群的研究，采样不容易，特别建议你读一读。

宏基因组学自养碳固化地下水菌群

海洋衣原体

ISME：人类可能低估了衣原体的潜能

衣原体是专性细胞内细菌，是重要的病原体和原生共生体，但人类以往对它的了解非常有限。这项研究对海洋衣原体进行了深入研究，发现了一些以往人类未曾注意到的特征。特别推荐！

海洋衣原体鞭毛 Robert P Dickson Robert P Dickson

三甲胺

ISME：肠道菌群中可利用三甲胺的古细菌

① 近期研究报道了对Methanomassiliicoccales的基因组及生化分析——一个新的存在于土壤及动物消化道中的产甲烷古细菌目；② 该古细菌目中有5个代表性OTU，在系统发生学上可分为2个进化枝；③ 在6个新的Methanomassiliicoccales基因组中，有4个拥有利用三甲胺（TMA）的基因；④ 可利用TMA的Methanomassiliicoccales的丰度与TMA生成相关的细菌基因正相关，与粪便TMA浓度负相关；⑤ 2个Methanomassiliicoccales进化枝与宿主健康状态的关联相反。

三甲胺产甲烷古细菌

微生物生态学

ISME：原位捕捉生态环境中的活性微生物（综述）

① 核酸测序可补足微生物生态学研究的数据容量，以捕获微生物多样性和大环境的动态变化；② 区别活性、无活性和死亡的微生物细胞非常重要，实验设计应能敏感地捕捉群落的复杂性和活性的变化，以及加工速度的时空规模；③ 原位微生物活性的新发现，依赖于特异性地捕获环境中的活性微生物的技术；④ 本综述介绍了目前使用的活性为基础的方法，包括可与核酸测序联用的单细胞技术，评估其在生态学研究中的优势，讨论将来的方向。

微生物生态学核酸测序单细胞技术

吸烟

ISME：吸烟、糖尿病与牙龈菌群的关联

① 牙周健康非糖尿病的吸烟者的牙龈菌群与疾病相关的菌群相似；② 糖尿病患者的主要菌群共10个菌属，基于HbA1c水平表现出明显集群；③ 患牙周炎的吸烟者主要菌群为厌氧菌，糖尿病患者和糖尿病吸烟者菌群为兼性厌氧菌；④ 吸烟者菌群同现网络稀疏且菌群同属，糖尿病患者和糖尿病吸烟者菌群不同属；⑤ 吸烟和糖尿病通过不同方式影响牙龈菌群，两者同时作用比单独作用之和的影响更大；⑥ 早期干预对高危人群维持健康菌群有重要作用。

吸烟糖尿病牙周炎牙龈菌群

减肥外科手术

ISME：胃旁路术改变fa/fa大鼠的糖尿病相关菌群

新的一项胃旁路手术改变大鼠肠道菌群的研究，值得读一读。

减肥外科手术糖尿病胃旁路术

集合群落

ISME：菌群群落类型的多稳定性与起源

微生态学文献一篇，值得认真体会阅读。

集合群落 toy模型多稳定性

柔嫩梭菌群

ISME：柔嫩梭菌群改善小鼠的肝脏健康并减少脂肪组织炎症

① 研究口服柔嫩梭菌群对高脂饮食小鼠的影响；② 与高脂饮食对照小鼠相比，高脂饮食+口服柔嫩梭菌群的小鼠肝脏脂肪含量、天冬氨酸转氨酶及丙氨酸转氨酶降低，肝脏内脂肪酸氧化及脂联素信号增强；③ 柔嫩梭菌群可降低小鼠肝脏中的几种三酰基甘油、磷脂、胆固醇酯；④ 内脏脂肪组织中脂联素表达上调，皮下及内脏脂肪组织对胰岛素敏感性增加且炎症减少；⑤ 柔嫩梭菌群增加肌肉质量，与线粒体呼吸增强、肠道菌群组成改变及肠道完整性增加相关。

柔嫩梭菌群肝脏脂肪组织

宏基因组

ISME：宏转录组学揭示海绵共生菌群的整合代谢

这篇文献的研究对象为海绵，但对其他微生态系统也有启发意义，利用宏转录组研究整合代谢，大有可为！

宏基因组硅藻类异养化能自养生物共生固碳

生物多样性

ISME：菌群多样性越高，改善群落生产力的细菌越给力！

这是研究驱动菌落生产力的关键性菌种的论文，特别推荐。

生物多样性木质纤维素功能特性生态系统功能群落生产力

高分子量多糖

ISME：海洋细菌摄取多糖的新机制

这是一项针对海洋中细菌如何利用高分子量多糖的研究，很有意义，特别是最后通过培养发现，海洋里的一种细菌，利用大分子多糖的机制跟肠道菌群中同为拟杆菌门的一种细菌类似。从海洋到肠道，可以给你点什么启发？

高分子量多糖超分辨率结构照明显微技术荧光原位杂交尼罗红染色拟杆菌门

辅酶因子

ISME：菌群中的辅酶因子共生代谢

① 许多微生物无法从头合成必需的维生素B相关辅酶因子，却能在多菌种群落中存活，其机制尚未知；② 除了盐单胞菌和蓝藻，所有的微生物都存在至少一个辅酶因子缺陷；③ 多种辅酶因子（包括光分解辅酶因子）的补救合成途径是镶嵌分布的；④ 在原生生物中有潜在的双向转运体，暗示存在一种受调控的前体物质释放机制；⑤ 深海盐单胞菌不需要也不控制合成钴胺素，这一发现支持了其过度生产并输出维生素的假设；⑥ 菌群的生存依赖于辅酶因子的共生代谢。

辅酶因子 B族维生素

生物碳

ISME：生物碳表面的细菌和它们的固碳作用

这是热心肠菌群 #2 群的群友，来自澳大利亚新南威尔士大学的叶俊博士作为第一作者在ISME上发表的关于生物碳表面细菌的研究。生物碳，是近些年备受关注的领域，有兴趣的人可追随这篇文献去涨知识。

生物碳细菌基因组化能无机过程固碳 Yuxi Zhang

瘤胃菌群

ISME：瘤胃菌群的基因组特征及生态位特化

为什么普氏菌更能降解半纤维素，而梭菌降解纤维素？对瘤胃菌群的基因组特征和生态位特化做研究，发现了一些规律。这个研究方法值得学习。

瘤胃菌群生态位特化功能亚型 Quanjiang Dong Shiying Xuan

early life

ISME：生命早期的特定肺部菌群对哮喘至关重要

生命早期，怎样的细菌会对哮喘产生决定性作用？至少在这个小鼠实验中发现：鼻腔内接种肺部细菌影响过敏性哮喘发展的结果，菌株CNCM I 4970加剧某些哮喘特性，而pro-Th1菌株CNCM I 4969却有保护作用。很重要的研究，推荐给大家。

early life allergic asthma lung microbial components susceptibilities Hamed Khalili

ISME：寄生虫显著影响野生宿主胃肠道菌群

寄生虫是胃肠道里不可或缺的角色，它们与肠道菌群存在密切的关系，这篇研究关注于此，是近期相关研究中水平较高者，值得一读。

Niels van Best Jeroen A van de Pol John Penders

抗生素耐药性

ISME：抗生素耐药与金属抗性基因的共同出现

环境中广泛传播的金属压力可能通过共同选择抗生素耐药性基因及金属抗性基因，促进抗生素耐药性的出现，这篇文章关注抗生素耐药与金属抗性基因的共同出现，值得读一读。

抗生素耐药性金属抗性 Alessandro Tanca Sergio Uzzau

土壤微生物组

ISME：如何改善土壤微生物组参考数据库？

人类只了解了土壤微生物组中一小部分的生物多样性，需要有更多投入来丰富相关数据库，ISME特别发出这篇文章，值得看一看。

土壤微生物组参考数据库 Theresa A Laguna Theresa A Laguna

呼吸道菌群

ISME：2-3-丁二醇增强病原体定殖和毒力并改变肺部菌群

细菌的发酵产物对病原菌毒力、菌群都有直接影响，本研究为此专门关注2-3-丁二醇对铜绿假单胞菌毒力、细胞因子反应和肺部菌群的影响，值得一读。

呼吸道菌群 2-3-丁二醇铜绿假单胞菌菌群多样性炎症反应

微生物扩散

ISME：环境中传播的微生物显著影响小鼠代谢表型

一项在不同环境中饲养移植了人类粪菌的小鼠的研究，发现不同环境中的小鼠彼此交叉不同的细菌，并带来表型的区别，很有意义的研究，值得学习。

微生物扩散代谢表型发育 Ashley Shade Ashley Shade

宿主血粉

ISME：蜱虫的微生物组如何影响莱姆病病原体传染性？

蜱虫是莱姆病的传播者，它的微生物组组成对于莱姆病病原体的传播有很大影响，本研究特别研究了蜱虫微生物组，值得一看。

宿主血粉蜱虫微生物组病原体获取莱姆病

ASF模型

ISME：改进型肉汤菌群如何模拟肠道菌群？

介绍一种神奇的培养基，推荐阅读。

ASF模型肠道菌群宏基因组代谢分析菌群培养