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Microbiome
文章数:168篇
短多重区域框架(SMURF)
Microbiome:大幅提高16S菌群分析分辨率的新方法
这是近期发表在Microbiome[IF:8.496]的关于菌群组成分析的方法学文章,介绍的SMURF方法可获得比现有16S法更高的分辨率,且此方法简单、成本低,或可在菌群研究中推广使用,推荐专业人士阅读。
短多重区域框架(SMURF)
16S rRNA基因
16S rRNA gene
High resolution
Microbial profiling
参考数据库
Microbiome:极简主义的大规模微生物数据库
微生物组研究中的数据库作用巨大,但目前整体缺乏统一的微生物参考基因组数据库和用于快速编译的计算工具,Microbiome[IF:8.496]在这篇文章中介绍的两个数据库,或许可以为推动数据共享提高分析效率等作出贡献。这值得专业人士关注。
参考数据库
宏基因组分析
Pan-genome
Reference database
Shotgun metagenomics
菌群管理
Microbiome:耕作方法影响土壤和根系菌群
这是发表在Microbiome[IF:8.496]上关于耕作方法与土壤和作物根系菌群的研究,表明管理类型和耕作强度可影响相关菌群构成,包括可能对作物生长产生影响的细菌/真菌。通过智能农业优化植物生长和可持续性时,或应把菌群因素纳入考虑。推荐专业人士阅读。
菌群管理
智能农业
耕作方法
Cropping practices
Microbial co-occurrence
真菌
Microbiome:真菌在微生物群落稳定性中起重要作用
这是Microbiome[IF:8.496]发表的生物信息学研究,通过分析现有肺部和皮肤微生物组数据,验证了真菌在联通微生态系统中不同物种的关系中发挥重要作用,值得专业人士好好读读。
真菌
微生物生态系统
Gianluca Mauria
Elio Gregory Pizzutilo
Andrea Sartore-Bianchi
耐药基因
Microbiome:靶向性宏基因组分析大幅提高抗性组分析深度
这是Microbiome[IF:8.496]发表的关于利用靶向性宏基因组学研究抗性组的生物信息学方法学研究,值得专业人士重点关注。
耐药基因
宏基因组
16s测序
Microbiome:16S vs 宏基因组,对儿童克罗恩病的诊疗意义各异
这是Microbiome发表的关于利用不同的组学方法(16S rRNA基因测序 vs 宏基因组)对儿童克罗恩病的疾病状态和治疗效果进行分析和分类的研究,很多人对两种重要的测序方法推动菌群用于临床的异同非常关注,这项研究正好关注于此,很值得好好看看哈。
16s测序
宏基因组
儿童克罗恩病
随机森林机器学习
Nicole M Davis
数据共享
Microbiome:需要更好地公开及共享微生物组数据
这是Microbiome[IF:8.496]以社论形式发表的评论性文章,对微生物组研究数据的共享老大难问题进行了分析,并提出解决方案。这值得专业人士好好看看。
数据共享
微生物组
甲型流感病毒
Microbiome:甲流病毒感染可影响菌群致肠道失调
这是Microbiome[IF:8.496]发表的甲型流感病毒对肠道菌群的影响的研究论文,最近流感高发,这篇文章应景,值得特别关注。
甲型流感病毒
肠稳态
下呼吸道菌群
慢性阻塞性肺病(COPD)
Microbiome:慢性阻塞性肺病患者的肺部菌群
这是Microbiome[IF:8.496]发表的轻中度慢性阻塞性肺病患者的肺部菌群研究,推荐专业人士重点关注。
慢性阻塞性肺病(COPD)
链球菌
呼吸道菌群
肺部菌群
Emigration and immigration
生态漂移
肺部菌群可以反映呼吸道菌群
① 样本来自9名患慢性阻塞性肺病患者;链球菌是在口腔、支气管以及肺组织中的优势菌群,也有很多菌群在呼吸道的上端和下端并存;② 患者自身的支气管菌群与肺部菌群更相近,患者间的差距较大;③ 主坐标分析显示,集群取决于取样点,而不是个体;④ 微生物来源分析显示:21.1%来自口腔,8.7%来自鼻腔,70.1%未知;⑤ 群落生态学中性理论分析,结合肺部菌群生态漂移证据,表明:肺部组织菌群可以密切反映支气管、口腔和鼻微生物群。
生态漂移
肺部组织
菌群
肺病
慢性阻塞性
猪
Microbiome:断奶后的粪便菌群组成与猪肉的肥瘦相关
这是Microbiome[IF:8.496]发表的关于断奶后的仔猪肠道菌群组成与猪肉的肥瘦程度的关联的研究,关注点很奇特,很值得认真看看。
猪
背部脂肪厚度
diversity
Fecal microbiome
Genetic parameters
鼻前孔
Microbiome:鼻拭子样本或许久可用于婴儿支气管炎的诊断
这是Microbiome[IF:8.496]发表的一篇有临床指导价值的研究,对比分析了入院治疗的815名支气管炎婴儿的鼻拭子和鼻咽吸出样本中的菌群异同,提出虽然存在差异,但鼻拭子样本的菌群特征依然可用于婴儿支气管炎的诊断。很值得临床专业人士参考,特别推荐。
鼻前孔
支气管炎
鼻咽
Anterior nares
Asthma
植物饲料
Microbiome:饲料中添加丁酸钠改善鱼类的肠道菌群及抗病能力
这是 Microbiome[IF:8.496]发表的关于在真骨鱼的饲料中添加丁酸钠以改善鱼的肠道菌群和抗病能力的研究,值得水产养殖业相关研究和产业人士特别关注。
植物饲料
丁酸钠
真骨鱼
Enteromyxum leei
Intestinal health
红松鼠
Microbiome:环境是影响红松鼠肠道菌群的关键因素
这是Microbiome[IF:8.496]发表的关于野生红松鼠的肠道菌群研究,系统分析了低于、季节(四季更替及因此带来的食物改变)以及宿主和母体对肠道菌群的影响,发现环境因素主要驱动了菌群的变化。值得专业人士关注,特别推荐。
红松鼠
biogeography
dispersal
microbial ecology
Shu-Yong Lin
醌
Microbiome:甲基萘醌是人体肠道菌群的生长因子
这是Microbiome[IF:8.496]发表的一项重要的关注“交叉喂养”的研究,确定出上游(帮手)细菌的甲基萘醌合成途径对下游细菌的生长具有促进作用。类似的研究都值得特别关注,对揭开微生态系统中不同物种的协作机制有很大参考价值。
醌
甲基萘醌
Cultivation
Faecalibacterium
growth factors
磺胺类药物
Microbiome:鉴定出第四类迁移性磺胺类药物耐药基因
这是Microbiome[IF:8.496]杂志发表的鉴定特定耐药基因的方法学研究,值得专业人士特别关注。
磺胺类药物
耐药基因
Bioprospecting
environment
evolution
抗生素耐药性
Microbiome:食物影响肉牛瘤胃菌群的耐药性及致病性基因
这是Microbiome[IF:8.496]发表的针对肉牛瘤胃菌群中“存储”的耐药性及致病性基因的研究,发现不同食物组合会对它们都产生影响。值得专业人士特别关注。
抗生素耐药性
瘤胃菌群
肉牛
饲料
变形菌门
宏蛋白组学
Microbiome:全自动宏蛋白组数据分析平台MetaLab
这是一项重要的方法学研究,研究者开发了直接利用质谱原始数据快速进行微生物蛋白质鉴定和分类分析的全自动分析软件,多位中国年轻学者在美国参与研究和软件开发,他们未来的研究成果值得长期持续跟踪。
宏蛋白组学
Inés Martínez
Jens Walter
鸟类菌群
Microbiome:鸟类菌群受环境的影响较大
这是Microbiome[IF:8.496]发表的针对同区域的木百灵和云雀的共生菌群研究,这是很难得的鸟类菌群研究,取样部位很多样,结果也很丰富,很值得看看。
鸟类菌群
水平获取
Avian microbiota
Horizontal acquisition
Host-microbiome interactions
饮用水
Microbiome:抗生素抗性基因在全球饮用水中普遍存在
这是香港大学研究团队近期在Microbiome上发表的对全球不同城市的饮用水样本中的抗生素抗性基因(耐药基因)的大样本量分析成果,结果很值得关注,尤其是发现中国河南省的相关基因丰度最高,一定程度显示了我国应对抗生素耐药性的严峻形势。
饮用水
水平基因转移
抗性组
抗生素耐药基因
antibiotic resistome
辅助代谢基因
Microbiome:不同膳食如何驱动瘤胃病毒组?
这是针对不同膳食结构对瘤胃病毒组的影响的研究,相关的细菌菌群研究不少,病毒组似乎不多,所以这篇文献值得特别关注。
辅助代谢基因
瘤胃病毒
瘤胃菌群
Auxiliary metabolic genes
Phage ecology
肠道真菌
Microbiome:HMP中健康人样本的肠道真菌群
这是Microbiome[IF:8.496]发表的关于利用人类微生物组计划中317份健康人粪便样本做真菌群分析的研究,实验设计并无太大新意,但样本来源于HMP,一下就高大上了。话说华大基因的同志们,metaHIT里有没有类似的宝贝可以挖挖?[呲牙]
肠道真菌
Raphael Chevre
Raphael Chevre
Oliver Soehnlein
牛
Microbiome:牛的上下呼吸道菌群特征
这是Microbiome[IF:8.496]发表的针对19头皮埃蒙特牛的上下呼吸道菌群的研究。样本数不多,用的16S测序,能发IF 8.5的高分文,值得做类似研究的人参考学习。
牛
呼吸道菌群
16S rRNA gene
bovine respiratory disease
Metabarcoding
16S rRNA 基因
皮埃蒙特牛的上下呼吸道菌群特点
① 样本来自6个牧场的19头断奶皮埃蒙特牛,其中8头临床表现有呼吸疾病,并对上呼吸道(NS)和下呼吸道(TTA)菌群进行16S测序分析;② 结果:29个门共305个菌属被鉴定;支原体占比最大(60.8%),在NS、TTA分别占27.3%、76.7%;其次是莫拉克斯氏菌属,在NS、TTA占16.6%、7.3%;③ NS和TTA中占比最大的分别是嗜冷菌血和多杀巴斯德菌;④ alpha 和beta多样性分析都显示NS和TTA的菌群有显著性的差异;但是牧场和临床症状对NS/TTA菌群似乎没有影响。
16S rRNA 基因
牛的呼吸疾病
呼吸道
呼吸道疾病
菌群
因纽特人
Microbiome:西式饮食↑,因纽特人的菌群季节变化也不明显了
这是对比加拿大因纽特人和城市人口的肠道菌群研究,传统的狩猎人群,菌群因为现代饮食的引入而变得不那么传统了。结果不出人意料,但还是值得关注一下。
因纽特人
西式饮食
16S rRNA gene
Dietary transition
gut microbiome
因纽特人菌群
狩猎民族的肠道菌群受膳食影响而季节性波动
① 研究收集了生活在雷索卢特湾的因纽特人的粪便、厕纸样本以及膳食信息,并与蒙特利尔人(西方饮食)的进行对比,结果并没有发现菌群有特征性不同;厕纸样本带来的菌群变化可以被个体差异、性别和地理位置差异解释;② 然而1年的跟踪试验表明,膳食可以解释所有参与者菌群变化的11%,以及因纽特人菌群17%的特定差异;但是两地的季节波动都不明显;③ 因纽特人个体内的菌群随时间的波动比蒙特利尔人更大,与其更多变和个性化膳食相对应。
因纽特人菌群
16S rRNA 基因
膳食转变
肠道菌群
因纽特膳食
结肠腺瘤
Microbiome:结肠病变患者治疗后的肠道菌群变化
这是对腺瘤、晚期腺瘤、肠道肿瘤等结肠病变患者的肠道菌群的分析,同时,分析了肿瘤治疗前后的患者的肠道菌群,值得特别关注。
结肠腺瘤
结肠癌
colorectal cancer
microbiota
Polyps
艰难梭菌感染
Microbiome:抗生素治疗前的菌群,或可预测CDI复发
这是一项刚刚发表在Microbiome的研究,在专业人士看来,它或许并没有多大新意,跟其他所谓利用菌群预测疾病风险的研究大同小异。不过这项研究值得被注意——利用菌群,面向艰难梭菌感染(CDI)的复发进行预测,这已经开始暗含临床应用可能,毕竟如果能一定程度预测CDI复发概率,或可帮助提前做好临床预防措施,指示性更强时,或可指导提前使用粪菌移植等疗法。很有启发意义的研究,特别推荐。
艰难梭菌感染
抗生素
Vadim Osadchiy
Emeran A Mayer
胰腺囊肿液
Microbiome:胰腺囊肿液中的独特菌群
这是近期Microbiome杂志发出的分析胰腺囊肿液菌群的研究,值得专业人士关注。
胰腺囊肿液
16S rRNA gene
bacterial translocation
Cystic tumors
Fusobacterium spp.
肺部菌群
Microbiome:羔羊的肺部菌群与上呼吸消化道菌群
这是一项针对羔羊的肺部、呼吸道菌群比较研究,值得专业人士关注阅读。
肺部菌群
口咽
瘤胃
羊
上呼吸消化道