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Joseph C Devlin
文章数:4篇
草酸盐代谢
肠道菌群如何降解草酸?
草酸在人体内的过度积累可导致肾结石和肾钙质沉着。人类缺乏内源性草酸降解途径(ODP),而肠道菌群可以使用多种ODP来降解草酸,从而减少草酸对宿主造成的毒性作用。但肠道菌群中降解草酸的微生物类群及其使用的ODP还缺乏研究。eLife近期发表研究,首次对人肠道菌群中降解草酸的微生物进行了综合性研究,通过对比宏基因组和宏转录组数据,揭示出在草酸降解方面起主导作用的肠道细菌。
草酸盐代谢
肠道菌群
产甲酸草酸杆菌
溃疡性结肠炎(UC)
绘制溃疡性结肠炎病人回肠肛袋的免疫细胞转录图谱
回肠袋肛管吻合术是治疗难治性溃疡性结肠炎的一种手术方法。贮袋炎是保留肛门的大肠全切术术后最常见的并发症,是不明原因的炎症。Gastroenterology近期发表的文章,对溃疡性结肠炎病人的回肠肛袋的免疫细胞进行scRNA-seq,发现贮袋炎和溃疡性结肠炎的肠道炎症特征具有相似性,或对贮袋炎的治疗有临床意义。同时鉴定出两群细胞亚群或可用于区分贮袋炎的炎症,以及解释对抗整合素治疗的没有反应。scRNA-seq可将多个研究进行荟萃分析,有助于鉴定出炎症性肠病患者进行个性化治疗的生物标志物。
溃疡性结肠炎(UC)
单细胞RNA测序
免疫细胞
免疫应答
Cell子刊:个体免疫应答中,环境和遗传因素各有什么影响?
免疫反应在不同个体间可以存在很大差异,受到遗传和环境等多方面因素的影响,Cell Host and Microbe近期发表的一项研究,将携带炎症性肠病(IBD)易感基因的实验小鼠放到室外围栏,分析野生化后小鼠免疫指标的变化,并通过多组学的机器学习建模,鉴定出环境特异性和遗传特异性的影响。该研究发现,暴露于环境微生物能促进小鼠免疫细胞群的个体差异,而由微生物刺激引起的细胞因子应答,则在更大程度上受到遗传易感性的影响。这些发现对于进一步研究免疫的个体差异,很有参考价值。
免疫应答
rewilded mice
machine learning model
multi-omic data integration
immune variation
菌群-免疫互作
Cell子刊:实验室小鼠“野生化”后的免疫应答变化与真菌定殖相关
自然环境中的野生小鼠与人工饲养的实验室小鼠表现出更高的免疫激活能力,部分可归因于微生物的暴露。Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究,发现将实验室小鼠释放至自然环境中“野生化”后,可增强T细胞活化并增加循环粒细胞数量,而“野生化”后的真菌定殖增加可能导致了相关的免疫系统变化。
菌群-免疫互作
Granulocytes
Mycobiota
microbiota
Fungi