抗生素

异体造血干细胞移植（allo-HSCT）后发生的移植物抗宿主病（GVHD）与肠道菌群存在密切关系，广谱抗生素如碳青霉烯类药物会增加肠道GVHD的风险，但其机制尚不清晰。Cell最新发表了德州大学安德森癌症中心Robert Jenq团队的研究，在allo-HSCT小鼠模型中发现，allo-HSCT患者常用的美罗培南（碳青霉烯类药物）能改变肠道菌群组成，引起肠道环境变化（如木糖减少），这使得菌群中的多形拟杆菌转向降解黏液层、破坏肠屏障，从而加剧GVHD。这些发现表明，特定的营养补充（如木糖）或能用于改善抗生素相关GVHD。

移植物抗宿主病肠屏障肠道菌群肠道黏液层多形拟杆菌

抗生素

婴儿暴露抗生素的影响或有性别差异

本研究首次证明新生儿抗生素暴露对肠神经系统、肠道菌群和粘膜血清素水平的长期影响，这对研究宿主的肠道功能和其他生理系统改变具有重要意义。

抗生素肠道菌群肠神经系统粘膜血清素研究论文

抗生素

饲粮添加抗生素对鸡肠道菌群组成及功能有何影响？

养殖业常使用抗生素预防或治疗细菌感染性疾病、以及作为饲料添加剂促进动物生长。但抗生素耐药性问题日渐突出，严重威胁着人类健康。目前，围绕抗生素对家禽肠道菌群的相关研究主要局限于采样位点单一、时间跨度短、测序手段不一致，进而造成研究结果差异较大。近日，加拿大多伦多大学研究人员在Microbiome发表最新研究，利用多组学系统探究了抗生素对鸡肠道菌群（涉及多采样点、长时间跨度）组成和功能的影响，发现饲粮添加抗生素改变了多种微生物通路的表达，但对菌群结构的影响较小。总之，该研究对开发针对肠道健康和家禽生产的下一代饲料添加剂提供了新参考。

抗生素鸡肠道菌群研究论文基础研究动物实验

益生菌

服用益生菌发酵乳改善抗生素治疗后的菌群恢复，益生菌贡献几何？

一些益生菌可改善口服抗生素治疗引起的胃肠道不良反应，但其背后的作用机理尚不完全清晰。Gut Microbes近期发表的一项研究对这一问题进行了探索，表明服用含特定益生菌的发酵乳，对抗生素治疗后的肠道菌群恢复有虽小但可见的益处，这与特定益生菌株的存在情况和复制（反映代谢活性）有关。

益生菌抗生素肠道菌群恢复发酵乳制品

抗生素

产前抗生素暴露或增加后代多动症风险（荟萃分析）

本研究综合了来自于人群和动物实验的研究证据，表明产前抗生素暴露可能增加后代注意力缺陷多动障碍的风险，但是在产后2年内使用抗生素并没有观察到该关联。通过动物实验表明，这种关联可能受肠道菌群改变的影响。应该减少围产期/儿童抗生素滥用的现象，但同时，未来的研究应该进一步讨论围产期抗生素使用的利弊，从而为进一步的指南更新提供科学依据，切不可因噎废食。

抗生素儿童肠道菌群注意力缺陷/多动症

药物递送系统

朱书+王育才Nature子刊：新型口服递送载体，防止抗生素“误伤”肠道菌群

抗生素是人们应对细菌感染的有效武器，然而，频繁使用口服抗生素可引起肠道菌群失调，菌群多样性丧失，从而增加多种疾病风险以及耐药细菌的出现。如何能够避免抗生素对正常肠道菌群的“误伤”，是亟需解决的重大课题。Nature Biomedical Engineering最新发表了来自中国科学技术大学生命科学与医学部朱书教授与王育才教授团队的研究成果，设计合成了一种新型口服递送载体，并在小鼠中证实这种载体能促进抗生素在小肠中高效吸收，增强药物疗效，有效防止抗生素进入大肠，大大降低对肠道菌群的破坏作用以及由此造成的疾病风险和抗生素耐药基因的积累。该成果具有很强的转化前景，期待早日实现临床应用。

药物递送系统 antibiotics Dysbiosis Nanoparticles 抗生素

抗生素

孕期抗生素暴露，对后代的影响没有那么可怕

随着肠道菌群研究的增多，越来越多的证据表明孕期抗生素暴露可能通过破坏后代婴儿的肠道菌群而增加炎症性肠炎的风险。然而，本研究通过真实世界证据的分析发现，1~2个疗程的抗生素暴露并不会导致包括克罗恩病、溃疡性结肠炎等在内的疾病风险增加。仅≥3个疗程抗生素暴露者溃疡性结肠炎的风险有微弱的增加。

抗生素研究论文儿童炎症性肠炎克罗恩病（CD）儿童溃疡性结肠炎

抗生素

抗生素用于诱导及维持溃疡性结肠炎的缓解

Cochrane Database of Systematic Reviews上发表的一项荟萃分析结果，总结了12项随机对照试验（共847名患者）的数据后发现，在诱导溃疡性结肠炎的临床缓解方面，抗生素与安慰剂相比在短期内无显著差异，但干预12个月后抗生素诱导的临床缓解率更高。

抗生素荟萃分析溃疡性结肠炎

抗生素

Cell子刊：抗生素暴露抑制抗真菌免疫应答，导致真菌感染风险增加

抗生素是院内真菌感染的主要风险因素之一。Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究结果，发现抗生素处理可通过菌群依赖性方式抑制小鼠肠道Th17细胞的增殖及RORγt表达，以降低IL-17A及GM-CSF介导的肠道抗真菌免疫应答，并促进肠道细菌易位，从而增加真菌与细菌共感染的风险。在住院患者中，也可观察到广谱抗生素暴露与侵袭性念珠菌感染及死亡风险增加相关。

抗生素研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）菌群-免疫互作

肠道菌群

Cell子刊：婴儿肠道菌群的抗生素耐药问题（综述）

随着抗生素使用的增加，抗生素耐药的问题使人们担心“超级细菌”的诞生。人们对婴儿肠道菌群中的耐药基因和耐药菌的认识不足。除了抗生素暴露的因素外，似乎婴儿肠道菌群中“天然”会出现耐药菌，这种菌的存在对婴儿生长发育的长期影响也未被阐明。本综述关注这个话题，并对此进行总结，是进一步开展相关研究的基石。

肠道菌群综述耐药菌抗生素抗生素耐药组

肠道菌群发育

湘雅医院：生命早期的抗生素治疗增加小鼠对DSS诱导结肠炎的敏感性

中南大学湘雅医院的殷亚妮团队在Microbiology spectrum上发表的一项最新研究结果，通过研究小鼠不同生命早期阶段（围产期、哺乳期和断奶后营养期）肠道菌群发育及其对DSS诱导结肠炎的敏感性，发现早期抗生素的暴露加剧小鼠肠道菌群的变化和DSS诱导结肠炎的敏感性，同时证实小鼠出生前胃肠道中就存在细菌，且哺乳期在为肠道菌群发育中具有重要作用。

肠道菌群发育结肠炎研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）

抗生素

Cell子刊：抗生素或对健康成人的肠道菌群具有持续影响

抗生素被用于对抗细菌病原体，但是它们是靶向保守的微生物过程，这意味着抗生素的使用会干扰共生菌群。Cell Reports近期发表的文章，招募20名健康受试者分别接受4种抗生素的短期治疗，观察肠道菌群和耐药性基因的变化。结果显示，短期使用抗生素会导致菌群多样性降低，耐药性增加。部分受试者的肠道菌群多样性会持续性减少，与ICU 患者菌群组成相似，提示我们需要谨慎对待抗生素的使用。

抗生素肠道菌群耐药性

工程菌

Nature子刊：用工程菌预防抗生素引起的肠道菌群失调

抗生素引起的肠道菌群的改变与多种代谢和炎症性疾病有关，增加了继发感染的风险，并促进了抗生素耐药性的出现。Nature Biomedical Engineering近期发表了合成生物学家James Collins团队的新研究，构建了能用于降解肠道内抗生素的工程菌，或能减少抗生素治疗对肠道菌群的伤害和相关疾病（如艰难梭菌感染）的发生。

工程菌抗生素肠道菌群失调活菌制剂

神经退行性疾病

菌群与小胶质细胞的互作可影响渐冻症

此前研究显示，抗生素可能对一些神经退行性疾病模型小鼠有改善作用，但对肌萎缩性侧索硬化症（ALS）的SOD1模型小鼠而言，抗生素反而会加重疾病。Microbiome近期发表的一项研究以此为出发点，探索了肠道菌群在ALS中的作用。结果表明，在SOD1小鼠中，菌群可能通过抑制小胶质细胞（中枢神经系统中的主要免疫细胞）从正常向致病转变，来发挥对疾病的保护性作用，提示菌群与小胶质细胞的互作可影响ALS疾病进展。

神经退行性疾病肠道菌群小胶质细胞抗生素肠-脑轴

药物研发

王军+陈义华NBT突破：用人工智能大规模挖掘人肠道菌群中的抗菌肽

抗生素耐药菌（特别是多重耐药菌）对人类健康造成严重威胁，亟需开发新的抗菌药物。生物体（包括肠道微生物）产生的抗微生物肽（AMP）是研发新型抗菌药物的弹药储备库，但受限于已有技术，仍有大量AMP尚未被挖掘出来，人工智能（AI）算法在该领域中有很大的应用潜力。中国科学院微生物研究所王军团队与陈义华团队合作在Nature Biotechnology发表最新研究，结合多种自然语言处理神经网络模型，建立了能自主学习AMP序列特征从而挖掘鉴定新型AMP的AI方法，并用该方法从人肠道微生物组数据中挖掘出181个新型AMP，包括能在体内外有效抑制多重耐药菌的强效AMP。总之，这项概念验证研究不仅为研发抗菌药物提供了大量的候选AMP，也为利用AI从宏基因组数据中挖掘功能肽提供了一个优秀的范例。

药物研发抗菌肽人工智能深度学习宏基因组

肠道菌群

肠道菌群调控胰腺生长和功能

肠道菌群在调节机体物质能量代谢等各个方面都发挥着重要的作用。而胰腺是参与机体能量代谢最重要的器官之一，肠道菌群与胰腺发育和功能之间的关系上仍有待深入的探究。近期一篇发表在Diabetes上的研究论文，通过正常饮食、高脂饮食以及高脂饮食联合抗生素建立小鼠模型，探究了肠道共生菌与胰腺发育、功能和肠道激素水平之间的关系。结果显示，高脂饮食可以导致胰脏发育和功能的一系列的改变，这些改变依赖于肠道共生菌的存在。这些研究结果提示肠道菌群的改变可以导致胰腺生长、外分泌功能和肠道内分泌功能的变化，这可能是肥胖和糖尿病发生的原因之一。

肠道菌群胰腺生长胰腺外分泌功能肠道激素高脂饮食

抗生素

Nature子刊：抗生素如何影响婴儿的肠道菌群及耐药组

Nature Communications上发表的一项最新研究结果，在147名早发型新生儿败血症（sEONS）患儿及80名未使用抗生素的健康婴儿中，对比分析了不同抗生素组合对婴儿肠道菌群及耐药组的影响。

抗生素研究论文随机对照试验婴儿耐药组

人肠道菌群

Nature子刊：抗生素用药史影响菌群-疾病关联

Nature Communications近期发表来自爱沙尼亚微生物组队列的研究，结合宏基因组和电子健康数据分析，扩展了人们对于菌群-宿主互作的认知，特别是抗生素使用史对于肠道菌群与疾病关联的影响，强调了纵向的长期健康数据记录对研究菌群-疾病关联的重要性。

人肠道菌群标志物菌群-疾病关联性抗生素

肠道菌群

Cell子刊：构建体外微生物群落，助力肠道菌群研究

研究病人来源的细菌群落的系统模型，有助于探究肠道微生物群在疾病中的作用。Cell Host and Microbe发表的文章，通过体外培养不同来源的粪便样本，构建了体外菌落（SICs）。SICs保留了其粪便来源的分类学多样性，再现了微生物群对病原体入侵和抗生素治疗的反应，提示利用SICs可以对肠道微生物群进行低成本、定量和高通量实验研究。

肠道菌群环丙沙星培养组学抗生素微生物生态

肠道菌群恢复力

短期抗生素治疗后，菌群的损失和恢复情况

抗生素可引起肠道菌群失衡，但菌群的损失和恢复规律尚不清晰。Microbiology spectrum发表的这项研究，以移植了人类肠道菌群的小鼠为模型，发现短期抗生素治疗后，菌群整体的机构和功能可快速恢复，但有约1/3的菌群物种无法恢复，受影响的基本是低丰度菌。

肠道菌群恢复力基础研究抗生素菌群失调

粪菌移植

抗生素预处理减少粪菌移植后的细菌植入

粪菌移植 IBS-D 研究论文随机对照试验细菌植入

抗生素

Science子刊：抗生素治疗后的皮肤菌群变化

Science Translational Medicine上发表的一项最新研究结果，对14名健康志愿者接受系统性抗生素治疗前、治疗期间及治疗后的皮肤、口腔及粪便菌群进行对比分析，发现抗生素可对皮肤菌群的组成造成显著及持续的影响，且可能导致抗生素耐药菌在皮肤菌群中的扩增。

抗生素皮肤菌群抗菌素耐药性研究论文基础研究

粪菌移植

粪菌移植治疗难治性肠道移植物抗宿主病

Therapeutic Advances in Hematology上发表的一项前瞻性队列研究结果，在9名严重难治性胃肠道移植物抗宿主病（GvHD）患者中进行粪菌移植治疗，4名患者应答且总生存期延长，广谱抗生素使用与粪菌移植失败相关。另外，患者对粪菌移植治疗的临床应答与回肠结肠免疫细胞浸润的特征变化相关。

粪菌移植研究论文前瞻性队列研究胃肠道移植物抗宿主病抗生素

抗生素

抗生素或增加早发性大肠癌风险

British Journal of Cancer上发表的一项病例-对照研究，分析了近8000名结直肠癌患者及超过3.5万名对照的数据后发现，口服抗生素的暴露时长与结肠癌（尤其是早发性结肠癌）风险呈显著正相关，而与直肠癌风险无显著关联。

抗生素研究论文病例-对照研究早发性结直肠癌

肠-脑轴

方鑫+陈廷涛：头孢曲松钠调节菌群及炎症以缓解小鼠帕金森病

南昌大学第一附属医院的方鑫团队与南昌大学的陈廷涛团队在Oxidative Medicine and Cellular Longevity上发表的一项最新研究结果，发现在MPTP诱导的帕金森病小鼠模型中，头孢曲松钠可能通过调节肠道菌群组成、增强肠道屏障功能、降低全身及神经炎症，从而缓解行为及神经病理表现。

肠-脑轴头孢曲松钠研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）

剖腹产

剖腹产期间使用抗生素的时机，对婴儿菌群有何影响？

现行的NICE剖腹产指南建议产妇在剖腹产前（皮肤切开前）而不是在脐带夹闭后进行预防性抗生素治疗，这可以减少剖腹产产妇的感染风险，但可能使婴儿在产前就暴露于抗生素，从而可能影响婴儿肠道菌群的建立。Gut发表的一项最新随机对照试验，研究了剖腹产过程中给产妇使用抗生素的时机对婴儿肠道菌群定植的影响，表明产妇在剖腹产前使用抗生素不会对婴儿菌群造成额外的不良影响，而剖腹产本身会影响婴儿菌群的早期发育，但似乎不会影响长期健康。

剖腹产婴儿肠道菌群抗生素随机对照试验

靶向基因组挖掘

ARTS-DB：抗生素抗性靶标数据库

本文中作者展示了抗生素抗性靶标搜寻器（ARTS）数据库，这是一个综合性存储库，包含来自 NCBI 的 RefSeq 和 GEM 目录的高质量细菌基因组集，并使用靶向基因组挖掘（TDGM ）策略进行处理。ARTS 数据库允许研究人员快速访问预先计算的 ARTS 结果并通过更广泛的视野探索细菌界。作者相信 ARTS 数据库将成为寻找新型天然产物的重要资源。ARTS 数据库可在 https://arts-db.ziemertlab.com/ 上在线公开访问，没有访问限制。

靶向基因组挖掘 ARTS 数据库生物合成基因簇宏基因组组装基因组抗生素

抗生素

Lancet子刊：相比头孢噻肟，替莫西林治疗发热性尿路感染对肠道菌群的影响更小

三代头孢菌素（头孢噻肟等）可能增加抗生素耐药风险。The Lancet Infectious Diseases上发表的一项4期临床试验结果，在152名发热性尿路感染患者中对比了三代头孢菌素（头孢噻肟）与其替代抗生素（替莫西林）的疗效、安全性及对肠道菌群的影响，发现替莫西林与头孢噻肟的疗效及安全性相似，且对肠道菌群的影响更小。

抗生素研究论文医学研究 4期临床试验发热性尿路感染

抗生素

肠道菌群对抗生素的个体化反应

抗生素对菌群的扰动程度因人而异。有假说认为，这种个体化的反应与治疗前的菌群组成有密切关系。然而，这一假说还需要更多人体研究数据的支持。Microbiome近期发表的一项研究，在一个小型的临床队列中进行了分析，表明治疗前菌群中的特定细菌类群可预测抗生素对菌群的扰动程度。因此，针对治疗前菌群的精确干预，或能减少抗生素引起的菌群失调及其不良影响。

抗生素肠道菌群个体化干预

肠神经系统

破坏肠道菌群，肠神经系统也受累？

肠道菌群与肠神经系统的互作，一定程度上介导了菌群对肠道生理的调控。Microbiome发表的一项最新研究，以抗生素处理的小鼠为模型，研究了肠道菌群的耗竭和自发恢复对肠道生理和肠神经系统的影响，表明肠道菌群可通过其产生的脂多糖（LPS）和短链脂肪酸（SCFA）等物质，来增强肠神经元存活和促进神经生成，从而维持肠神经系统的完整性。

肠神经系统小鼠抗生素肠道菌群