核心菌群

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核心菌群

文章数：12篇

国内团队：啮齿动物肠菌结构特征可反映宿主进化关系

宿主系统发育和环境与哺乳动物肠道微生物群和宿主代谢特征的形成有关。然而，很少有研究同时评估系统发育相关的微生物组装和宿主代谢可塑性以及它们在短期和进化时间尺度上的关系。近日，山东大学王德华、深圳先进院John R Speakma、中科院动物所张学英及团队在National Science Review发表最新研究，收集草原7种啮齿动物物种，探究不同饲养模式、饲料或空气温度下，肠菌差异与物种系统发育间关系，发现饲养模式、饲料或空气温度驯化引起肠道微生物群落的改变，但不能在塑造微生物群落的过程中超越宿主的系统发育。不同时期不同物种间代谢性状的相似性与系统发育距离无关，肠道微生物组合与宿主系统发育具有很强的一致性，并可能受到环境变量的影响，而宿主代谢特征似乎与系统发育无关，值得关注。

代谢弹性肠道菌群研究论文基础研究菌群宿主互作

Nature子刊：如何更好地衡量健康衰老的菌群特征？

健康微生物组可传递环境信号、塑造机体免疫、代谢和神经功能，降低年龄相关疾病风险，一些指标，如多样性和独特性被认为是健康衰老的标志，但目前对这些标志和衰老间具体关联仍不够精确。近日，爱尔兰国立大学研究人员在Nature Aging发表最新研究，通过分析2.1万个粪便样本的菌群多样性和四种微生物组独特性（3个距离指标和1个Kendall系数）指标，以了解它们与衰老和健康的关系。不同的独特性衡量方法显示出与多样性及与健康/疾病标志物的不同关联，发现核心微生物组结构（特别是核心菌群的功能谱）的丧失和与疾病相关菌群特定功能类型增加一致，他们是一般衰老和不健康衰老相关的肠道菌群改变的共同特征。总之，该研究表明对肠道菌群多样性或独特性的单一时间点测量不会提供可操作的信息，相反，与疾病/健康相关的分类群比例可能是一个更好的治疗目标和临床状态衡量标准。

衰老菌群指标研究论文基础研究核心菌群

核心菌群定义和量化的挑战与前景

在过去十年中，“核心菌群“一词已广泛用于微生物生态学，尽管这个术语很受欢迎并且使用越来越多，但对于在实践中应该如何量化核心菌群还没有达成共识。本研究作者对文献的综述表明，“核心菌群”一词对不同的研究人员代表不同的事物，这使得跨宿主和环境的核心菌群的比较分析和元分析非常困难。然单一指标不太可能涵盖核心菌群的所有不同方面，作者希望所提供的信息是开发核心菌群测量的有用起点，这些测量对采样、测序深度和此处讨论的其他问题具有鲁棒性，作者指出这些指标不仅对于测试有关核心菌群的功能和生态作用的特定假设是必要的，而且对于了解核心菌群的一般性质以及在某些微生物与其宿主之间产生和维持这些稳定关联的生态和进化过程也是必要的。最后，作者提供了一组建议，可以作为实现这一目标的起点。

核心菌群微生物分类群扩增子序列变异 (ASV) 宏分析生态作用

植物微生物组

Nature Reviews：一文读懂植物-微生物组互作（综述）

本文作者在群落水平总结了植物微生物组的最新进展，探索了植物微生物组研究如何揭示植物、相关微生物群落和环境之间遗传、生化、物理和代谢相互作用的复杂网络。特别是，通过借鉴前瞻性遗传方法和比较基因组以及大型植物基因组和宏基因组数据集的计算分析，讨论了对植物相关微生物群落的组成，组装和动力学及其提供的宿主功能的当前理解，以及突出知识漏洞和未来方向。

植物微生物组核心菌群植物防御抗逆性营养获取

微生物生态学

Nature子刊：鱼肠道的核心菌群

Nature Microbiology发表研究，以欧洲鲈鱼的肠道为模型，研究不同生境（不同肠道部位）和不同饮食因素对核心菌群的影响，发现核心微生物的种间协同作用，以及种内多样性，是维持核心菌群稳定存在重要内在原因。

微生物生态学鱼肠道菌群核心菌群 Marta Guasch-Ferré Marta Guasch-Ferré

FM：地理、种族及生活方式如何影响人体肠道菌群（综述）

这是一篇阶段性总结影响人体肠道菌群的关键性因素的文章，内容全面，数据丰富，值得大读特读多次读，读完要分享！

地理种族生活方式核心菌群 Marta Olivares

Microbiome：木虱内共生菌的群落动态

这是在木虱中所作的菌群生态学研究，推荐专业人士阅读。

核心菌群木虱内共生菌 core microbiota symbiosis

FM：大西洋西部的石珊瑚的核心菌群

① 在大西洋西部四个地点采集石珊瑚（Lophelia pertusa）样品；② 珊瑚菌群中，变形菌门占主导地位；③ 墨西哥湾和大西洋的珊瑚菌群表现出明显区别，但珊瑚菌群组成并不受到强烈的特定位点影响；④ 核心菌群（在所有样品中均保守）以新鞘脂菌属和假诺卡氏菌属为主，两者都是芳香烃降解者；⑤ 另一核心菌群的成员丙酸杆菌同样存在于其它采样地点的珊瑚菌群中。⑥ 墨西哥湾的珊瑚被确定的保守核心序列主导，开放的大西洋珊瑚中本地细菌比例较高。

核心菌群珊瑚菌群 16S rRNA

综述在可持续农业中利用植物菌群的研究重点

要在气候变化中养活不断增长的世界人口，需要优化粮食生产的可靠性、资源利用和环境影响。协助实现这些目标的一种方法是将有益的植物菌群整合到农业生产中。这种整合将需要各行各业大规模的努力，以了解和管理现代农业系统中植物-菌群的相互作用。本文概述了该领域的五个关键研究重点，通过鼓励实现这些目标，旨在加快农业菌群操纵和管理策略的发展，从而提高全球农业的可持续性和生产力。

核心菌群装配可持续性宏基因组植物表型

AEM：美洲蟑螂的核心肠道菌群非常稳定

美洲蟑螂的不同个体之间、单个个体发生食物变化后，肠道核心菌群都很稳定，真是种神奇的蟑螂[呲牙]感兴趣的人可以看一看。

美洲蟑螂核心菌群 Milena Bogunovic Milena Bogunovic

Bioinformatics：发现并可视化核心菌群的新平台

随着宏基因组研究的推进，新的软件和方法涌现，这篇文章介绍的MetaCoMET，值得大家看看。

MetaCoMET 生物信息方法学核心菌群

健康人菌群

Science：健康人的菌群长啥样？

① 整合分析比利时佛兰德斯肠道菌群计划（FGFP）、荷兰LifeLines-DEEP研究计划数据和全球数据库，共3948份健康人群粪菌数据；② 总共发现664属，其中Alistipes，梭菌属IV，副拟杆菌属和来自于放线菌门的14个菌属为核心菌群；③ 69个临床和问卷调研的协变量被发现与微生物组成变化相关：大便性状对菌群影响最大，药物治疗是影响粪便菌群发生变化最大因素；④ 出生方式等幼年期事件不影响成年菌群组成；⑤ 发现了一些能作为疾病生物标记的细菌属。

健康人菌群正常菌群核心菌群疾病指针 Chenhong Zhang