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Alice C McHardy
文章数:9篇
抗生素进化适应
Cell子刊:抗生素如何影响肠道菌群的生态?
Cell Host and Microbe近期发表的文章,探讨了多次的抗生素治疗对无菌小鼠肠道微生物组稳定性的影响。研究揭示了复杂的群落动力学、菌株特异性适应、生长速率的改变和原噬菌体活性的变化,表明宿主相关微生物群落在选择性压力下使用不同的策略来保持稳定性。
抗生素进化适应
微生物群落动力学
耐药性
菌群研究
Nature子刊:教你使用 CAMI 基准测试工具包评估宏基因组学软件
计算方法是菌群研究的关键,获得定量且无偏的性能评估对方法开发者和应用研究者很重要。为了在方法之间进行有意义的比较,确定最佳实践和常用示例数据并减少基准测试的计算成本,有必要使用标准化的数据集、过程和度量标准进行评估。在本教程中,作者描述了由较大的研究人员群体共同确定的计算宏组学基准测试中的新兴标准。作者解释了最相关的评估指标,用于评估宏基因组装配/组装,分箱和分析结果,并提供有关如何生成它们的分步说明。本教程将为同行提供参考,并有助于在菌群研究中提供信息丰富且可重复的基准测试。
菌群研究
计算方法
CAMI数据集
软件性能评测
宏基因组
宏基因组学
Cell子刊:人体菌群中天然CRISPR系统和靶标的鉴定
本研究使用2355个宏基因组对整个人体菌群中的CRISPR位点和cas基因进行了分析,通过将间隔区序列与每个样品的宏基因组和相应的基因家族对齐,从而产生了290万个间隔区的功能和分类学概况,进而进行了CRISPR系统的分类和功能表征,与cas基因丰度的定量一起,本文揭示了CRISPR-Cas系统及其靶标的潜在作用,以及细菌与病毒关系的进化特性和原理。该研究也提供了人类菌群中天然CRISPR-cas基因座和靶标的全面数据库。
宏基因组学
CRISPR-Cas
CRISPR系统
噬菌体
小鼠肠道菌群
Cell子刊:小鼠肠道宏基因组包含460万个基因和660个基因组的基因集
通常,参考基因目录的生成涉及特定于样品的组装,基因预测以及基因条目的全数据集聚类,以减少冗余。但是,这种方法导致基因条目的物种分类学分辨率降低。这是由于高度相关但截然不同的基因的聚类以及缺乏高分辨率的分类学信息所致。大规模宏基因组学方法面临的一个具体挑战是将特定的16S rRNA基因序列与MAGs连接起来,这通常导致连接率较低。在这里,作者提出了一种综合的方法和相应的计算流程来构建整合的基因目录,从而显著改善了基因条目的物种分类学分辨率,并将基因链接到MAGs(宏基因组装配的基因组)和重建的全长16S rRNA基因。整合的小鼠肠道宏基因组目录(iMGMC)由298个可公开获得的新测序的宏基因组样本构建而成。此外,本文提出了一组另外的MAGs,它们是从898个宏基因组测序样品的单独单样品组装中获得的,与整合到iMGMC中的MAGs一起组成了1,296种细菌水平的细菌基因组。
小鼠肠道菌群
基因目录
微生物组
宏基因组装配基因组
Mouse gut microbiota
宏基因组
宏基因组仿真数据生成软件:CAMISIM
CAMISIM是特别为生成宏基因组和菌群测序仿真数据而设计的软件。该软件生成的数据集,可用于评测不同宏基因组分析工具的性能,指导软件使用时的参数设置,优化分析流程等。
宏基因组
Benchmarking
CAMI
Genome binning
Metagenome assembly
肠道菌群建立
Nature子刊:人类幼年的肠道菌群基因组和功能具有高度多样性
肠道菌群的早期建立对研究菌群结构和功能具有重要意义。本研究利用DIABIMMUNE研究中从芬兰、爱沙尼亚和俄罗斯收集到的儿童菌群数据数据,研究了微生物基因组多样性对肠道微生物组发育的影响,重点阐释了拟杆菌属、双歧杆菌属的多样性和差异性,在菌株水平拓展了对菌群早起建立的认识,值得参考。
肠道菌群建立
儿童肠道菌群
拟杆菌
双歧杆菌
根瘤菌
Cell子刊:根瘤菌的共生进化史
Cell Host and Microbe上发表的最新研究,对超过1000株根瘤菌目菌株进行了比较基因组学分析,探究了根瘤菌的共生进化史,并鉴定出了不同根瘤菌菌株之间的保守特征及差异。
根瘤菌
共生固氮
Mazen Noureddin
Veronica Wendy Setiawan
定殖抗性
Nature子刊:人工组合10几株菌,就能让小鼠抵抗沙门氏菌
这是最近较为令人震惊的研究,人工组合生成一个最小细菌群落,就可以提供对鼠伤寒沙门氏菌的定植抗性,优化以后,可以有更强的功能。人工设计和组合菌群,会成为未来可靠的感染性疾病应对方法么?
定殖抗性
基因组指导设计
最小细菌群落
Saba Noor
Iqbal Parwez
植物菌群
Nature:拟南芥的叶和根上的菌群
拟南芥,最重要的模式植物,自然成为研究植物菌群的重要模型,这是Nature上去年的一篇文章,关注植物叶和根上的菌群,很值得参考,特别是关注农业、土壤相关菌群的群友,没看过这篇文章的可以好好看看。
植物菌群
拟南芥