Matthew B Sullivan

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Matthew B Sullivan

文章数：11篇

宏观多样性

MetaPop：探索微生物组宏观和微观多样性的工具

本研究中，作者介绍了 MetaPop，这是一种开源生物信息学流程，其提供了一个单一界面来分析和可视化宏观和微观多样性水平的微生物和病毒群落宏基因组。作者将 MetaPop 应用于接受粪便菌群转移的自闭症儿童及其神经正常同龄人的肠道病毒组，发现仅在宏观层面进行分析可能会遗漏重要的生物学差异。作者表示标准化的种群和遗传变异分析对于最大限度地进行生物学推断是非常宝贵的，而 MetaPop 提供了一个方便的工具包来探索菌群中宏观和微观多样性的双重影响。

宏观多样性可视化生物信息学肠道病毒组自闭症儿童

脊髓损伤改变小鼠肠道细菌及病毒的组成及功能

来自mSystems上发表的一项最新研究发现，脊髓损伤可能通过影响肠道交感神经，改变小鼠的肠道细菌及病毒的组成及功能。

肠-脑轴研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）脊髓损伤

VirSorter2：病毒组鉴定软件升级版发布

本文介绍了VirSorter2，这是一种DNA和RNA病毒识别工具，可利用自定义自动分类器集合中的基因组信息数据库更新来提高病毒序列检测的准确性和范围。通过多分类器和模块化设计，VirSorter2展示了主要病毒组之间更高的整体准确性，并将提高我们对各种生态系统中的病毒进化，多样性和病毒-微生物相互作用的了解。VirSorter2可以对测序数据中的所有类型的病毒进行可靠的检测并可以在大规模数据集中轻松检测到新的病毒多样性。这将使研究人员能够调查所有病毒在地球生物群系中所扮演的角色，并更好地了解这些病毒是如何限制基本微生物过程的。VirSorter2的源代码可以免费获得(https://bitbucket.org/MAVERICLab/virsorter2)。

RNA病毒分类器病毒组 DNA病毒软件

人类肠道病毒组

Cell子刊：研究人肠道病毒组的重要新资源

目前关于人肠道病毒组的研究至少发表了32项，但不同研究之间存在不一致的结果。Cell Host and Microbe发表的一项新研究中，美国俄亥俄州立大学的研究者对这32项研究的数据进行了整合，构建了一个系统性的人肠道病毒组数据库，用其评估了这些研究的偏倚性和不同研究方法对病毒数据的影响，并分析了人一生中的病毒组演变规律。该研究为今后的肠道病毒组研究提供了重要资源。

人类肠道病毒组 gut microbiome Virome database Bacteriophage

微生物组功能注释和结果优化工具DRAM

微生物(含病毒)群落改变了地球化学生态系统，但是由于缺乏可扩展的、分解代谢的注释软件，这些生物催化的特定反应难以解读。本文介绍了DRAM（新陈代谢的精炼注释），一个将海量的微生物基因组信息转化为微生物性状集的框架，本文表明，DRAM精确地分配了微生物对地球化学循环的贡献，并在底物水平自动划分肠道微生物碳水化合物代谢。作为DRAM的病毒模式，DRAM-v建立了识别病毒编码的辅助代谢基因(AMGs)的规则，从而对来自土壤和肠道的数千个假定的辅助代谢基因进行了代谢分类。DRAM和DRAM-v一起提供了关键的代谢谱分析功能，这些功能可用于破解微生物组功能。

DRAM 碳水化合物代谢 AMGs 数据库功能基因注释

海洋宏基因组

Cell：全球海洋微生物群落的宏转录组

Tara Oceans 项目组在之前介绍海洋微生物群落的分类学和基因组组成方面结果的基础上（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1074539881），近日又推出了海洋宏转录组在全球范围内如何变化的研究成果。这项发表在 Cell 杂志上的论文向我们展示了来自全球分布的 126 个采样站的 187 个转录组和 370 个基因组的数据集，包括 4,700 万个基因的资源。研究主要基于维度（极地到非极地）和深度差异，发现了海洋微生物群落的演替和微生物转录组变化的多样性差异。总的来说，全球气候变暖能够驱动海洋微生物群落转录组的变化，直至出现群落更替的现象。

海洋宏基因组宏转录组海洋菌群宏基因组测序气候变暖

瘤胃微生物

Nature子刊：驼鹿瘤胃菌群通过互营养谱写碳代谢乐章

瘤胃菌群具有很强的植物多糖降解与利用能力。多组学分析发现，在驼鹿瘤胃菌群中，主要参与植物多糖碳代谢的物种来自于拟杆菌门，编码了 91% 的糖苷水解酶基因。特别是该门下所属的 RC9 肠道菌群体和普氏菌属微生物编码了一半以上的多聚糖利用位点。不同物种之间团结协作，最终完成了分解植物纤维的任务。

瘤胃微生物瘤胃代谢瘤胃病毒宏基因组宏蛋白组学

土壤病毒组

Nature子刊：土壤病毒组影响碳循环

土壤病毒组影响土壤细菌的动态变化、代谢状况和生化功能。本文通过研究永久冻土不同解冻层次中病毒组信息，发现土壤病毒组不仅影响细菌宿主对气候变化的适应性，并可能通过编码特定酶直接参与对碳循环的调节，从而影响土壤细菌在气候调节中的作用，对研究微生物与气候变化的关系具有参考价值，值得专业人士关注。

土壤病毒组碳循环土壤细菌气候变化 Heinrich Jasper

辅助代谢基因

Microbiome：不同膳食如何驱动瘤胃病毒组？

这是针对不同膳食结构对瘤胃病毒组的影响的研究，相关的细菌菌群研究不少，病毒组似乎不多，所以这篇文献值得特别关注。

辅助代谢基因瘤胃病毒瘤胃菌群 Auxiliary metabolic genes Phage ecology

Autism spectrum disorders (ASD)

Microbiome：粪菌移植显著改善自闭症儿童症状

最近备受关注的一篇日报分享文章，针对18名自闭症儿童的粪菌移植疗法取得很好效果，再次推荐阅读。

Autism spectrum disorders (ASD) clinical trial Fecal microbiota transplant (FMT) gut bacteria Gut bacteriophage

Nature Reviews：宏基因组时代的病毒分类

我们关注菌群，很多时候主要指的是细菌，但对病毒的研究和分类决不能忽视，这篇文章，一定可以好好读读。

病毒组分类学国际病毒分类学委员会 Shanti L Eswaran Kenya Jackson