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二代测序(NGS)
文章数:6篇
数据库
哈尔滨医科大学:人和小鼠肿瘤组织中微生物组的综合数据库—microbioTA
研究已经发现各种微生物在癌症组织中定植,并在癌症诊断和预后中发挥着重要作用,许多研究致力于开发更好的癌症相关微生物组数据。然而,目前还没有独立、全面的开放资源对癌症相关微生物组数据进行编目,这限制了对微生物与癌症进展间关系的探索。近日,哈尔滨医科大学研究人员Liang Cheng、Lei Shi、张学及团队在Nucleic Acids Research发表最新研究,开发了人和小鼠肿瘤组织中微生物组的综合数据库—microbioTA(http://bio-annotation.cn/microbiota),该数据库允许用户浏览、搜索、可视化和下载各种组织的微生物数据及相关分析结果,值得关注。
数据库
组织微生物
研究论文
基础研究
生物信息学平台
结直肠癌诊断
检测结直肠癌微卫星不稳定性的二代测序新方法
二代测序广泛应用于癌症相关突变位点检测,Gastroenterology近期发表的研究对比了新老两种检测结直肠癌微卫星不稳定性的二代测序分析方法,发现新开发的MSICare分析方法在检测阳性率方面优于被FDA批准的MSISensor方法。该结果对于优化结直肠癌诊断具有参考价值。
结直肠癌诊断
微卫星不稳定性(MSI)
二代测序(NGS)
严格限饲
南京农业大学团队:孕期营养不良对反刍动物瘤胃菌群的系统性影响
营养不良在大动物生产中仍是普遍、常发情况。来自南京农业大学毛胜勇团队近日发表的文章采用怀孕母羊作为实验模型研究营养不良对瘤胃平衡的各方面影响。严格限饲导致的营养不良刺激瘤胃上皮单糖、脂肪酸分解代谢进行能量补偿,抑制上皮细胞增殖、改变其信号通路,导致瘤胃挥发性脂肪酸、蛋白含量下降,而这一切或许都能在瘤胃菌群的改变中找到答案。
严格限饲
瘤胃菌群平衡
Ruminal homeostasis
Ruminal microbiota and epithelium
energy metabolism
结直肠癌
Nature Reviews:应充分结合测序技术建立大肠癌诊疗方法
现在认为大约10%的结直肠癌(CRC)病例(根据美国的数据)是由遗传基因缺陷引起。因此,对所有年龄在50岁以下的CRC患者进行NGS是一种经济有效的策略,可以为患者和家属提供个性化的治疗方法。最新发表在Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology的评论文章简要回顾了遗传性CRC诊疗方法的发展,并提出充分利用NGS技术对CRC进行早期筛查具有重要临床意义。
结直肠癌
癌症筛查
个性化治疗
遗传突变
二代测序(NGS)
二代测序(NGS)
1万例肿瘤患者基因测序:都发现了啥!
① 10945例晚期肿瘤患者,有临床和病理参数,肿瘤和配对正常组织标本,采用全面的杂交捕获基础上的二代测序方法MSK-IMPACT,建立一个大规模的前瞻性临床测序计划;② 鉴定出有临床意义的体细胞突变、激酶融合与重排、新的非编码改变、常见和少见肿瘤之间共享的突变信号、体细胞超突变;③ 11%患者参与遗传学匹配的临床研究,但需要系统性研究分析肿瘤基因组学对患者预后的长期作用;④ 为发现新的生物标志物和深化研究,所有结果可公开访问。
二代测序(NGS)
生物标志物
体细胞突变
Hailong Cao
Kui Jiang
转移性结肠直肠癌
非V600 BRAF突变的肠癌:临床分子特征
① 共有9643例转移性结直肠癌(CRC)患者进行了二代测序(NGS)检测;② 确定了208例非V600 BRAF突变患者,占所有测试者的2.2%,所有BRAF突变的22%;③ 与具有V600E BRAF突变的癌症相比,非V600 BRAF突变癌症多发于年龄较小患者,高级别肿瘤较少的患者或右侧原发性肿瘤患者,女性患者较少;④ 与V600E BRAF突变型和野生型BRAF转移性CRC患者相比,非V600 BRAF突变患者的中位总生存期显著延长;⑤ 非V600 BRAF突变与改善的总生存率独立相关。
转移性结肠直肠癌
二代测序(NGS)
非V600 BRAF突变
V600E BRAF突变