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Elhanan Borenstein
文章数:10篇
数据库
用于识别菌群和代谢物间关联的数据库
对人类粪便样本中获得的菌群和代谢物数据进行综合分析,可更好地了解人体肠道细菌和代谢物间的关联,以及其在健康和疾病方面的作用。近日,以色列特拉维夫大学研究人员在NPJ Biofilms and Microbiomes发表最新研究,通过14项人类成对的肠道菌群-代谢组数据构建数据库,发现通过菌群组成可较好预测97种代谢物,还识别多种菌属和代谢物间的关联(尤其是颤杆菌属及另枝菌属为高代谢物关联菌属),在肠道生态系统中可能发挥重要作用。总之,该研究为未来进一步探究菌群和代谢物间的联系提供了新视角。
数据库
菌群-代谢物
荟萃分析
基础研究
随机森林模型
肠道微生物组-代谢组
肠道微生物组-代谢组结果的稳健性和普适性(综述)
近年来,关于肠道菌群的微生物组-代谢组研究越来越多,但是对其结果的分析并不一致。单一实验鉴定出的代谢物是否能够迁移至其他实验尚不可知。本研究就此问题进行了系统的综述。分析结果初步表明,不同研究鉴定出的菌群-代谢物数据可供其他研究参考。
肠道微生物组-代谢组
食物过敏
食物过敏患者的肠道菌群变化
Genome Medicine上发表的一项队列研究结果,对比分析了233名食物过敏患者(包括牛奶、芝麻、花生及坚果过敏)及58名对照的肠道菌群多样性、组成及功能差异,发现对不同类型食物过敏的患者有着特定的肠道菌群组成及功能。另外,基于菌群差异可显著区分食物过敏患者及对照,并可区分不同类型的食物过敏患者。
食物过敏
food allergy
microbiota
P. copri
SCFA
妇科肿瘤
肠道菌群可预测化疗后体重增加?
辅助化疗导致大约三分之一的女性患者体重增加、葡萄糖不耐受和高血压,而这些事件背后的机制还不清楚。发表在BMC Medicine的研究评估接受辅助化疗的乳腺癌和妇科癌症患者的微生物组和体重增加之间的关系。该研究发现,患者粪便微生物组与辅助化疗后体重增加相关,且影响无菌小鼠代谢,目前仍需大规模队列研究验证该结论。
妇科肿瘤
Microbiome
Weight gain
Adjuvant chemotherapy
Cancer
囊性纤维化
Nature子刊:囊性纤维化患儿生长迟缓或与肠道菌群失调有关
大多数囊性纤维化患儿的胰腺外分泌不足,导致营养吸收不良,需要口服胰酶。通过营养干预和口服胰酶替代,大多数囊性纤维化患儿12个月时能达到标准体重。但是,大多数囊性纤维化患儿在生命的第一年仍然有较差的线性生长,其原因尚不清楚。研究表明,囊性纤维化患儿胃肠道往往伴有炎症、消化和吸收不良,这可能会促进肠道菌群失调。由于胃肠道微生物组的活动可影响内分泌功能,囊性纤维化患儿的肠道微生物组也可能影响自身生长。Nature medicine 最近发表的研究,分析了25名健康婴儿和207名囊性纤维化患儿粪便菌群组成,发现囊性纤维化患儿肠道菌群(粪便菌群)组成改变、菌群发育延迟,并且,与囊性纤维化患儿中正常体长个体相比,体长较短的患儿菌群失调更严重。这些失调的肠道菌包括对胃肠道健康、营养获取和生长激素信号的有重要功能的微生物群。本研究结果提示,胃肠道菌群或可作为改善囊性纤维化患儿低线性生长的潜在治疗靶点。
囊性纤维化
婴儿肠道菌群
早期线性生长
拟杆菌门
变形菌门
菌群内互作
Nature:肠道细菌攻防战中的防御系统
除了饮食和宿主免疫等菌群外部因素,肠道菌群的组成还受到菌群内成员之间互作的影响,其中很关键的一部分,是由细菌接触引发的细菌间的拮抗作用,比如拟杆菌目的多个成员表达的VI型分泌系统(T6SS),可将毒素蛋白输送进邻近的细菌中,从而杀死对方。细菌如何抵抗这种来自其它细菌的恶意攻击呢?Nature发表的一项最新研究发现,肠道拟杆菌目细菌广泛含有一套抵抗T6SS毒性作用的免疫机制,这种细菌免疫主要由一类称为“获得性细菌间防御”(AID)的基因簇来编码,不仅如此,AID基因簇还可在细菌之间转移,使得受体细菌也能得到保护。看来肠道细菌之间不光有“你死我活”般的竞争,也有“好东西大家分享”式的友爱互助。这项研究也说明,细菌虽小但也有不简单的免疫系统:抵抗噬菌体有CRISPR-Cas系统,抵抗细菌的T6SS毒素有AID系统。
菌群内互作
Bacterial evolution
Bacterial secretion
Microbiome
VI型分泌系统
方法学
Cell子刊:去除人体及细胞外DNA感染的新方法
《Cell Reports》上报道的一种在宏基因组分析中去除人体DNA及细胞外DNA的新方法,通过低渗作用溶解真核细胞,并利用核酸内切酶降解细胞外的DNA,可有效去除唾液样本中的人体细胞DNA及来自细菌或细胞的细胞外DNA,提升宏基因组分析的准确性。
方法学
clinical samples
cystic fibrosis
extracellular DNA
human DNA
竞争性彩票模型
肠道菌群中存在基于竞争性彩票模型的组装模式
竞争性彩票模型认为来自区域物种池的不同生物群能够在相同的生态位定殖,且第一个到达的物种将占据整个生态位并排除其它群体成员。对于进化关系较近的同一属的细菌来说,因其具有类似的代谢能力,可能更契合这一模型。
竞争性彩票模型
菌群组装
Competitive lottery model
Computational modeling
ecology
功能改变
Cell子刊:哪些成员驱动菌群功能失衡?超级分析工具来了!
菌群结构发生改变,往往带来功能的改变,并促进一些疾病的发生,但我们对什么样的变化驱动菌群功能改变知之甚少,这个重要研究发布了全新的分析工具,有助于我们了解菌群分类和功能变化之间的关系。必读文献,强烈推荐。
FishTaco
功能改变
功能失衡
生物信息学
Anna Tagliabue
肠道菌群
Nature子刊:小鼠生命早期,什么因素对菌群和代谢组影响最大?
近期Nature Microbiology上关于小鼠在生命早期的暴露、宿主遗传及饮食对肠道菌群及代谢组的影响的文献,转需。
肠道菌群
代谢组
饮食
遗传
Bethany Warren