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菌株水平差异
文章数:2篇
16s
哈佛Huttenhower组综述菌群的株水平研究
本文是宏基因组菌株研究系列软件开发团队、iHMP项目数据整合分析负责人Huttenhower课题组撰写的综述,回顾了菌株的操作定义(例如遗传和结构变异),使用不同的高通量技术(通常为不依赖于培养的技术)从微生物群落中鉴定出菌株。作者总结了菌株在人体的分布和多样性,以及它们与健康维护、疾病风险和进展的新联系,以及对饮食或药物等扰动的生化反应。文中列出了利用高通量测序以及其他分子和“培养组学”技术鉴定,定量和追踪菌株的方法,最后作者讨论了人口群体水平中实验研究缺乏的现状,以及更好地了解菌株对人类微生物组健康影响方面的意义。
16s
微生物菌株
微生物群落
微生物组
宏基因组学
生态学原理
赵立平:微生物组大数据分析中的生态学原理分析
上海交通⼤学微生物学特聘教授、美国罗格斯大学应用微⽣物学冠名讲席教授赵立平博⼠,发表题为《微生物组大数据分析中的生态学原理分析》。指出需要用⽣态理论指导菌群研究,重视不同细菌类群间的联系。
生态学原理
菌群分析方法
物种间互作
菌株水平差异
因果性研究