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Phylogeny
文章数:6篇
Eubacterium
真杆菌属细菌与人类健康(综述)
在过去的二十年里,我们对肠道菌群及其对健康和疾病的贡献的理解已经发生了转变。在已经被认可的潜在有益微生物的新成员中,有真杆菌属(Eubacterium)的成员,它们构成了人类肠道核心菌群的一部分。发表在Gut Microbes上的一篇综述文章对真杆菌属(Eubacterium),从系统发育的角度概述了真杆菌属细菌的种类,描述了它们如何随着饮食和年龄而改变,并总结了它们与人类肠道和各种健康状况的关系。
Eubacterium
肠道菌群
Gut microbiota
short-chain fatty acids
Eubacterium hallii
微生物组
微生物组数据预测建模的的深度学习新方法
基于微生物组数据建立临床结果的预测模型是必不可少的,系统发育树代表了微生物组的一种独特的相关结构,是提高预测性能的重要前提。然而,以有效且严格的方式考虑系统发育树的预测方法还不成熟。本研究开发了一种新颖的深度学习预测方法MDeep(基于微生物组的深度学习方法)来预测连续和二元结果。从概念上讲,MDeep设计卷积层以在每个卷积层上使用多个卷积过滤器模拟分类等级,以捕获局部接受域中微生物物种之间的系统发育相关性,并通过特征映射保持不同卷积层之间的相关性结构。总而言之,卷积层及其内置的卷积过滤器可捕获不同分类级别的微生物信号,同时促进局部平滑化并保留系统树诱导的局部连通性。本研究使用模拟研究和实际数据应用程序来证明MDeep在回归和二元分类方面优于其他竞争方法。
微生物组
系统发育
深度学习
机器学习
预测
银屑病性关节炎
AR:肠道菌群与遗传因素对银屑病关节炎的影响(综述)
银屑病性关节炎的发生及发展与肠道菌群、环境因素、遗传因素均有关联,这篇综述介绍了菌群、免疫相关基因、免疫细胞在银屑病性关节炎中的潜在作用机制,值得专业人士读读。
银屑病性关节炎
牛皮癣
银屑病
Genetic markers
microbiota
小鼠模型
CMLS:利用小鼠模型研究人体菌群,可能并不可靠(综述)
这是Cellular and Molecular Life Sciences[IF:5.788]发表的一篇不仅值得菌群研究和转化领域的人关注的文章,观点鲜明地提出要特别注意由于小鼠模型的不可控性,会造成在其上进行的人体菌群研究不可靠,实验不可重复。这篇文章值得所有研究者必读,所有产业界人士警惕。
小鼠模型
人体菌群
Diet
metagenome
Microbiome
功能基因组
CG:全球宏基因组研究现状(综述)
一篇系统总结全球范围内宏基因组研究现状的综述,写得很全面,特别推荐。
功能基因组
高通量测序
宏基因组
系统发生
16S rRNA
核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA)
书籍章节:一文读懂宏基因组学中的PCR
来自书籍 Methods in Molecular Biology 中对应用于宏基因组研究的PCR方法的详细介绍,是值得收藏并随时用来指导研究的实用文献,必须好好读读。
核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA)
菌落PCR
宏基因组文库
宏基因组学
系统发育