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Katherine P Lemon
文章数:4篇
皮肤菌群
Science子刊:痤疮丙酸杆菌表达抗生素,抑制葡萄球菌在人毛囊中定植
Science Translational Medicine近期发表一项研究表明,常见的皮肤共生菌Cutibacterium acnes(原名Propionibacterium acnes,即痤疮丙酸杆菌)通过产生一种新的抗生素——cutimycin,能特异性抑制葡萄球菌在毛囊中的生长定植,而不影响其它放线菌。cutimycin或者其产生菌,或能用于防治与皮肤菌群失调相关的疾病。
皮肤菌群
抗生素
毛囊菌群
菌群分析方法
构建特定生境的训练集进行16S种水平分类
16S rRNA基因测序的低成本促进了人群规模的分子流行病学研究。现有的计算算法可以将16S rRNA基因序列解析为高分辨率扩增子序列变体(ASVs),这些变体代表了在研究中可比拟的一致标记。将这些ASV分配给种水平的物种分类可增强基于16S rRNA基因的微生物群研究的生态和/或临床相关性,并进一步促进跨研究的数据比较。《Microbiome》上发表的一项研究中,作者提出了一种系统的方法,用于构建基于系统发育的,高分辨率的,特定生境的训练集,该训练集允许将物种/超物种水平的物种分类分配给短读长和长读长的16S rRNA基因衍生的ASVs,这一进步实现了这一目标。
菌群分析方法
Training set
Naïve Bayesian RDP Classifier
Species-level taxonomy
16S rRNA gene
鼻腔
对鼻腔微生物组的新见解
扩展的人类口腔微生物组数据库(eHOMD)是一个综合的微生物组数据库,提供与现有基因组相关的16S rRNA基因参考序列,将菌群分配给呼吸消化道不同部位,包括鼻道,鼻窦,咽喉,食道和口腔。本文揭示了关于鼻腔菌群的四个关键见解。这些见解突出了鼻腔微生物组作为研究种间相互作用和微生物组功能的模型系统的优势。
鼻腔
呼吸道
16S rRNA
鼻腔菌群
COM:人一生中的鼻腔菌群变化(必读综述)
这是Current Opinion in Microbiology[IF:6.635]发表的关于鼻腔菌群的必读综述,系统性总结了针对人一生中不同时间阶段的鼻腔菌群的研究,这是关注鼻腔菌群的人必读的综述,特别推荐。
鼻腔菌群
Neeraj Garg
Louis P Conway
Daniel Globisch