Gwen Falony

炎症性肠病（IBD）肠道菌群失调生物治疗

在培养组学研究的样品收集阶段，粪样保存的最佳条件对于后期尽可能覆盖和恢复肠道微生物组的多样性至关重要。Microbiome最新发表的文章对不同的低温保存方法进行了探索。

低温保存方法肠道菌群培养组研究论文

发表在《PNAS》上的一项针对健康新生儿的长期随访研究发现，新生儿肠道病毒组变化具有一定的规律。既往的研究更多关注的是细菌组，而忽略了真菌和病毒的存在。这项研究为揭示健康婴儿肠道菌群变化规律，为进一步研究婴儿肠道微生物群变化的影响因素提供有价值的科学数据。

肠道病毒组学研究论文新生儿

肠道菌群儿童菌群演变

Gut上发表的一篇letter，报道了人体BMI和肠道生理情况（小肠和大肠的运输时间、小肠pH等）与粪便菌群组成的关联。

肠道菌群肠型

肥胖

为何有的胖小鼠更易得糖尿病？与菌群及其代谢物等有关

ob/ob小鼠和db/db小鼠都是瘦素通路的缺陷型小鼠，尽管二者都会发展为严重肥胖，但db/db小鼠更容易发生糖尿病。Microbiome近期发表的一项研究通过对这两种小鼠模型进行比对分析，表明二者的代谢表型差异与特定的炎症调性、血清LPS浓度、胆汁酸代谢、短链脂肪酸谱和肠道菌群组成有关。

肥胖糖尿病瘦素信号通路肠道菌群 LPS

采样深度

Nature子刊：基准菌群转换有利于解决组成性和采样深度偏差的实验定量方法

宏基因组测序中，由于序列矩阵的稀疏性和组成性，菌群数据的下游分析和临床解释仍然具有挑战性，在本研究中，作者对一系列广泛的可用计算和实验转换方法的优点和局限性进行了系统评估，这些方法已被提议用于处理序列数据分析中的组成性和采样深度变化。作者的基准证明了定量方法在报告样本丰富度以及准确恢复真正的分类单元，分类单元和分类单元间，分类单元与元数据关联方面优于其他计算方法的性能，同时最小化了假阳性关联的检测。

采样深度组成性基准菌群转换稀疏性宏基因组测序

代谢健康

一种宿主+菌群的共代谢产物，或对代谢健康有关键影响

肠道菌群产物参与调控宿主代谢，马尿酸是一种菌群和宿主的共代谢产物，此前研究表明马尿酸与健康的代谢表型相关。Gut近期发表的一项研究，通过人体研究揭示了尿液马尿酸、肠道菌群、饮食和代谢健康之间的关联，并在动物实验中检验了马尿酸与糖稳态调节的因果关系，表明马尿酸不仅可作为代谢健康的标志物，还在宿主代谢健康中起到重要的介导作用。

代谢健康肠道菌群-宿主共代谢物马尿酸

糖尿病

Nature子刊：不健康饮食相关的一种菌群代谢产物，与糖尿病存在关联

丙酸咪唑（ImP）是新发现的肠道细菌代谢组氨酸的产物。小鼠的研究发现ImP可以通过MAPK通路破坏葡萄糖代谢。但ImP在患者中与疾病的相关性并没有研究。近期一篇发表在Nature Communications的多中心队列分析发现，血清中丙酸咪唑上升与前驱糖尿病和2型糖尿病显著相关，与肠道菌丰度下降，和拟杆菌2肠型显著相关，与系统性炎症显著相关。丙酸咪唑的上升与不良的饮食习惯相关，但与组氨酸摄入量无关。因此对于前驱糖尿病和2型糖尿病患者的治疗应当考虑个性化膳食以抑制细菌组氨酸代谢的途径。

糖尿病肠道菌群代谢产物丙酸咪唑肠道菌群前驱糖尿病

肠道菌群失调

Nature：他汀类药物或能帮助改善肥胖者的肠道菌群健康

此前研究表明，人的肠道菌群或能根据优势细菌的种类，划分为4种肠型。其中Bact2肠型以拟杆菌属占比高、粪杆菌属占比低、微生物密度较低为特征，与系统性炎症和便溏（稀便）存在关联，是潜在的菌群失调肠型。Nature发表的一项最新研究，对欧洲BMIS队列参与者进行了横断面相关性分析，发现Bact2肠型在肥胖人群中明显更加普遍，但在服用他汀类药物（降胆固醇药）的肥胖者中，这一比例从17.7%降到了5.9%。未来需开展随机对照试验，来检验他汀类药物对菌群的组成和健康是否具有调控作用。

肠道菌群失调 Clinical microbiology Metabolic syndrome metagenomics Microbiome

AKK菌

Nature子刊：补充Akk菌可改善胖人代谢，死菌效果好

Akk菌（嗜黏蛋白阿克曼菌）的丰度与肥胖、2型糖尿病和高血压负相关，《Nature Medicine》最新发表了来自比利时鲁汶大学Patrice D Cani团队的Akk菌干预的首次临床试验结果。继该团队之前的动物研究（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1074867072），这项最新的人体研究同样表明，补充灭活的Akk菌可显著改善超重/肥胖的胰岛素抵抗者的多项代谢指标，且安全性良好，而补充Akk菌活菌则没有太明显的益处。这些发现为后续的大规模临床试验奠定了良好的基础，而死菌优于活菌背后的生物学机制也很值得深挖，或能为益生菌等干预研究带来新启示。

AKK菌随机双盲对照试验 Akkermansia muciniphila 超重/肥胖胰岛素抵抗

脑-肠-菌群轴

Nature子刊：肠道菌群如何影响心理健康？

肠道菌群在肠脑轴中具有重要作用。近期发表在Nature Microbiology的一项人群队列研究显示，粪杆菌属、粪球菌属和小杆菌属等肠道细菌以及肠道菌群的丁酸代谢、多巴胺代谢等过程可能与心理健康相关，从人群层面一定程度上揭示了肠道菌群与心理健康的关联性，值得参考。

脑-肠-菌群轴队列研究心理健康欧洲人群抑郁

肾病晚期

肾病末期患者的肠道菌群

来自Gut的一篇通讯短文，对17例肾病末期患者的肠道菌群组成进行纵向追踪分析，发现患者的菌群组成缺少共性特征，但特定尿毒症毒素水平与特定肠道菌存在关联，特别是对甲酚偶联物（pC）和硫酸吲哚酚（IxS）。对比pC高而IxS低的患者与pC低而IxS高的患者，发现二者菌群存在显著差异，说明肾病患者的菌群比较多变，或许不易找到通用的菌群干预疗法。

肾病晚期 INTESTINAL BACTERIA INTESTINAL MICROBIOLOGY 肠道菌群 Junjun Wang

低谷蛋白饮食

Nature子刊：低麸质饮食怎样影响健康人的肠道菌群和代谢？

越来越多的人开始尝试低谷蛋白饮食，但其对健康人的影响尚未明确。Nature Communications上发表的一项最新研究，在60名健康中年人进行了一项随机对照交叉试验，发现低谷蛋白/麸质饮食可改变肠道菌群，减少氢气呼出量并改善腹胀，降低体重并减少炎症小体激活。

低谷蛋白饮食 Shahrad Taheri Hadeel Zaghloul Odette Chagoury

寄生虫

IBD患者的芽囊原虫携带率较低

在人体肠道菌群的研究中，常常忽略了对单细胞真核生物（例如芽囊原虫）的关注。来自Gut上发表的一项最新研究发现，IBD患者中芽囊原虫的携带率较低，而芽囊原虫亚型与肠道菌群的组成有着显著关联。研究结果提示，芽囊原虫的携带及其亚型可能与人体健康相关，在粪菌移植时或应关注其影响。

寄生虫炎症性肠病寄生虫芽囊原虫 Gustavo Mostoslavsky

粪便菌群

Nature子刊：粪菌丰度作为健康指标，合适吗？

粪便是人体肠道菌群研究的主要材料，目前普遍认为粪菌丰度是反映肠道健康和稳定性的一个主要指标。Nature Microbiology本周上线的一篇评论文章从生态系统演化的角度，重新思考粪菌丰度的生理意义，提出了与主流观点不太一样的想法，供菌群研究人员参考。

粪便菌群肠道生态粪菌丰度 Faecal microbiota gut ecology

麦麸

FM：不同形式的麦麸如何改变菌群

这是Frontiers in Microbiology[IF：4.076]发表的在体外全面评估不同形态麦麸对粪菌的影响的研究，关注全麦、全谷物的专业人士必须好好看看，对研究和产业转化都有一定启发意义。

麦麸益生元 Stephanie E Ander Carolyn B Coyne

量化分析

Nature：测序+流式细胞术，真正靠谱地量化分析菌群！

这是刚刚发表在Nature的提示要充分改变菌群分析游戏规则的研究，说明结合测序和流式细胞术计数的菌群量化分析方法，才能充分避免相对值分析的局限性。这是值得所有专业人士认真看看的文章，强烈推荐！

量化分析微生物载量流式细胞术 Christiane Sokollik Bahtiyar Yilmaz

菊粉

Gut：菊粉改变什么肠道细菌并改善便秘？

昨天Online，今天日报里备受关注的文献，特别推荐。

菊粉 inulin 研究论文以人为对象的临床试验随机双盲对照实验（RCT）

菊粉

Gut：菊粉改变什么肠道细菌并改善便秘？

昨天Online，今天日报里备受关注的文献，特别推荐。

菊粉益生元代谢组便秘 Anaerostipes

血清代谢组学

Nature：两种肠道细菌改变血清代谢组，增加糖尿病风险

血清代谢组学胰岛素抵抗支链氨基酸转运蛋白葡萄糖不耐受

物种-功能关系

Nature微生物学：菌群结构不同，生态学功能各异

关于菌群中物种与其功能间关系的Nature Microbiology杂志最新文章。

物种-功能关系生态学特性细菌生存策略代谢一致性厚壁菌

肠道菌群

原发性硬化性胆管炎患者的肠道菌群失调，但与炎症性肠病无关

① 原发性硬化性胆管炎（PSC）是一种慢性淤胆型肝病，有时伴有炎症性肠病（IBD）；② 分析52位PSC患者、52位健康人及43位IBD患者的粪便样品，发现PSC患者肠道菌群多样性降低，肠球菌属、梭杆菌属及乳酸杆菌属比例增加；③ 肠球菌属丰度与血清中碱性磷酸酶（疾病严重程度的标志物）水平呈正相关；④ 肠道菌群可能是PSC发病的一个促进因素，但与IBD的共患病无关，；⑤ 通过饮食、粪菌移植、抗生素或益生菌调节肠道菌群可用于治疗或预防PSC。

肠道菌群原发性硬化性胆管炎

健康人菌群

Science：健康人的菌群长啥样？

① 整合分析比利时佛兰德斯肠道菌群计划（FGFP）、荷兰LifeLines-DEEP研究计划数据和全球数据库，共3948份健康人群粪菌数据；② 总共发现664属，其中Alistipes，梭菌属IV，副拟杆菌属和来自于放线菌门的14个菌属为核心菌群；③ 69个临床和问卷调研的协变量被发现与微生物组成变化相关：大便性状对菌群影响最大，药物治疗是影响粪便菌群发生变化最大因素；④ 出生方式等幼年期事件不影响成年菌群组成；⑤ 发现了一些能作为疾病生物标记的细菌属。

健康人菌群正常菌群核心菌群疾病指针 Chenhong Zhang

二甲双胍

Nature：二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响？

去年Nature上的重量级研究，证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸，并增加埃希氏杆菌达成的。强烈推荐重温经典。

二甲双胍二型糖尿病短链脂肪酸埃希氏杆菌 Grace Hewon Shin

组学

通过组学数据进行生物群落特异性分析

① 微生物生态学在近年来飞速发展，海量数据的产生让计算方法成为了科学的瓶颈； ② 现有的分析方法大多是基于针对单基因组方法发展出来的，这样的分析应用于生态系统中时可能导致偏向于真核生物及模式生物的结果； ③ 越来越多生物群落特异性的分析方法被开发出来。

组学生物群落 Xiang-He Lei Xiang-He Lei