DNA提取方法

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DNA提取方法

文章数：9篇

为微生物组领域制定全细胞DNA提取标准

在微生物组领域制定有效标准对于促进全球转化研究和增加微生物组研究的可重复性至关重要，Gregory C A Amos等人先前就为微生物组分析制定了标准的DNA样本和评估框架，开发了NIBSC参考菌群DNA Gut-Mix-RR和Gut-HiLo-RR，以及用于评估生物信息学工具和流程偏差的四项措施框架。近日，该团队在Microbiome又发表了新的标准，即为微生物组领域制定全细胞标准，他们利用20株常见的肠道微生物菌株，开发了全细胞参考试剂（WC-Gut RR）用于微生物组研究中以评估DNA提取过程，还提供并测试了两步报告框架，使研究人员能够准确地验证DNA提取、快速选择测序和生物信息学管道，值得相关人员关注。

微生物组 WC-Gut RR 研究论文基础研究 DNA提取方法

微生物组学研究难重复？可能是你的提取方法不对（综述）

最近的技术发展使得人类微生物组的研究以前所未有的速度进行。然而，方法上的差异可能对获得的结果产生相当大的影响，这可能是微生物组学研究实验难以重复的重要原因。发表在《Cardiovascular Research》上的一项研究比较了不同的粪便收集和DNA提取方法对肠道菌群特征的影响。结果显示，DNA提取方法对观察到的肠道菌群组成和多样性的影响最大，使用不同的提取方法获取的结果可能会得出相反的结论，而粪便收集方法的影响则非常小。因此，在进行任何宏基因组比较分析时要谨慎，尤其是要确保DNA提取方法保持不变，以获得可靠结果。

肠道菌群 16S rRNA 多样性分析研究方法与技术 DNA提取方法

Nature子刊：超长DNA片段提取助力纳米孔测序对复杂环境单菌基因组的组装

基于二代测序让我们对复杂环境微生物群落组成和功能有了进一步的认识，然而更深层次的研究就需要从复杂环境中组装得到完整基因组，虽然三代测序准确率有待提升，但是却帮助我们将序列读长扩展到足够用的地步，可我们却还是无法从复杂环境中得到可用于三代测序的大片段DNA。因此，从复杂环境中组装完整基因组的工作，从样本提取就开始困难重重，本文提出了一整套方案，从样本提取到下游的生物信息学分析，带我们跨越障碍，组装高质量基因组。

三代测序纳米孔测序技术 DNA提取方法长片段DNA提取混合组装

SR：样本收集、存储、DNA提取与测序技术对菌群研究的影响

在人体肠道菌群研究中，涉及到样本的收集、储存、DNA提取、高通量测序分析等步骤，每个步骤都有不同的方法。这项研究对比了不同的粪样采集/贮存方法、细菌DNA提取方法、二代测序平台对实验结果的影响。在具体的实验设计中，应考虑实际的需求精心合适的方法选择。

样本收集样本储存 DNA提取方法 Naotsugu Haraguchi Mitsunobu Takeda

DNA提取方法

AMB：DNA提取方法影响肠道菌群研究

这是一项比较利用两种不同的DNA提取试剂盒进行16S rRNA测序的研究，值得专业人士阅读，特别推荐。

DNA提取方法 Contaminants DNA reads Gut microbiota Microbiome

标准化方法

NBT：处理人类粪便样本的标准方法

这是Nature Biotechnology[IF：41.667]最新发表的重磅文献，国际人类微生物组标准（IHMS）计划发表了经过广泛实验和慎重比较后的人类粪便样本DNA提取标准方法。我们熟悉的N位微生物组研究大牛（包括上海交大赵立平教授）都在作者名单中，阵容豪华，内容极重要，将会对未来的微生物组研究提供坚强指导，推动研究数据的可重复和可比较性。重磅文献，必须阅读、收藏和分享。

标准化方法 DNA提取方法 Guillaume de Lartigue Scott E Kanoski Andrea N Suarez

SR：采样及DNA提取方法不影响唾液菌群的分析

这是一项针对不同的口腔采样和DNA提取方法对唾液菌群分析的影响的方法学研究，推荐专业人士阅读。

唾液菌群样本采集 DNA提取方法 Shiho Fujisaka C Ronald Kahn

三维空间群落结构

黄鹤等：有利于分析三维空间菌群群落结构的模型

中国学者做的方法学研究，很值得一看。

三维空间群落结构 IBD 取样样本处理 DNA提取方法

JMM：不同方法分析不同尸体器官的微生物，有差别么？

① 研究人类尸体中脾脏、肝脏、大脑、心脏和血液中的死亡微生物组；② 同一具尸体中，不同器官的死亡微生物组很相似；不同尸体之间因死亡时间、死亡和/或环境因素不同，死亡微生物组不尽相同；③ 对两种不同的16S rRNA基因扩增方法进行比较，并对四具尸体来源的扩增子进行测序；④ 传统DNA提取方法可得到更多的扩增子，两种提取方法间16S rRNA基因的物种多样性指数则无显著区别；⑤ 尸体中梭菌占优的组织器官有更长的降解期。

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