生物标志物

Jeffrey Gordon团队近年来在用菌群导向性食物（microbiota-directed food）治疗儿童营养不良方面进行了持续的深入研究（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1035071826）。他们在New England Journal of Medicine上发表了一项最新临床试验结果，表明相较于对照辅食，为期3个月的菌群导向性辅食干预能更好的改善中度急性营养不良患儿的体重增长和与骨生长、神经发育和炎症相关的血浆蛋白质水平，对肠道菌群群的“修复”作用也更完整。该研究为靶向菌群以改善儿童营养不良提供了进一步的支持性证据，也为其背后的生物学机制提供了新见解。

菌群导向性食物随机对照试验儿童营养不良血浆蛋白肠道菌群

结直肠癌筛查

粪便菌群筛查大肠癌的研究新进展

Clinical Cancer Research上发表的一项最新研究，纳入2252名接受粪便隐血检测的受试者，基于其粪便菌群、粪便隐血检测结果、结肠镜检查结果等数据建立随机森林模型，发现粪便菌群或可作为一线（在粪便隐血检测前使用）或二线（在粪便隐血检测阳性后使用）筛查手段，较准确地鉴定出结直肠癌患者或结直肠癌+腺瘤患者。

结直肠癌筛查研究论文生物标志物粪便隐血检测基础研究

结直肠癌

微卫星稳定结直肠癌的两种分子亚型

约15%的结直肠癌为微卫星不稳定（MSI）型，这部分患者有着更好的生存率，且对免疫治疗更加敏感。微卫星稳定（MSS）的结直肠癌患者是否可进一步分为不同亚组尚未明确。Cancer Research上发表的一项最新研究发现，根据是否携带Chr20q扩增，可将MSS结直肠癌可分为两种不同分子亚型，这两种分子亚型对应着不同的预后、染色体稳定性、肿瘤微环境及驱动基因突变。该研究结果提示，对MSS结直肠癌患者进行进一步分组，可更好地制定精准治疗方案。

结直肠癌研究论文基础研究微卫星稳定 Chr20q扩增

胃癌

中国医科大学附属第一医院：胃癌诊断的潜在生物标志物

中国医科大学附属第一医院的王振宁团队在Genomics, Proteomics and Bioinformatics上发表的一项最新研究，通过无标记蛋白组分析，鉴定出了537个在胃癌组织及健康组织中差异化表达的蛋白。基于随机森林模型挑选其中4个蛋白作为诊断特征，可在不同队列中较准确地区分胃癌及健康对照。

胃癌研究论文基础研究生物标志物蛋白组学

免疫检查点治疗

免疫治疗对哪些患者无效？新方法鉴定肠道菌群标志物

尽管免疫检查点抑制剂（ICI）通过产生持久的抗肿瘤反应而彻底改变了癌症的治疗，但只有10-30%的患者有反应，并且较难预测患者的临床益处。研究表明肠道微生物组可能是一个新的肿瘤反应率的生物标志物，但影响ICI反应的特定细菌或细菌群落在研究人群中是不一致的。Clinical Cancer Research近期发表的文章，通过设计一种新的综合分析方式，揭示出对ICI无反应的患者的肠道菌群生物标志物，或提出一种新的方法来确定哪些患者将受益于肠道菌群干预措施，提高ICI反应率。

免疫检查点治疗肠道菌群生物标志物

肠-脑轴

肠道菌群失调相关标志物或可诊断精神疾病及慢性疲劳（综述）

Molecular Psychiatry上发表的一项荟萃分析结果，对19项研究的数据进行总结后发现，严重精神疾病（包括抑郁、双相障碍、精神分裂症）及慢性疲劳患者的多种肠道菌群失调相关生物标志物（包括连蛋白、sCD14、LPS、LPS结合蛋白、抗内毒素抗体、α1-抗胰蛋白酶）的水平显著高于对照。

肠-脑轴生物标志物荟萃分析精神疾病抑郁

溃疡性结肠炎

直肠粘膜菌群或可检测亚临床溃结

肠道菌群参与溃疡性结肠炎（UC）的发病机制，但其在UC缓解过程中的变化尚未明确。Gut Microbes上发表的一项队列研究结果，发现相比于健康对照，亚临床UC患者的直肠粘膜相关菌群（而非粪便菌群或盲肠粘膜相关菌群）的多样性、组成及功能发生显著变化。该研究结果提示，相比于粪便菌群，直肠菌群更适合作为鉴别及监测UC患者的生物标志物。

溃疡性结肠炎研究论文队列研究生物标志物

液体活检

国内团队：ctDNA甲基化检测或可用于大肠癌诊断及术后监测

来自温州医科大学的丁春明团队、金胜男团队及温州医科大学附属第一医院的徐昶团队在PNAS上发表的一项最新研究，开发了一种利用qPCR定量分析DNA甲基化的ctDNA检测方法，能够以超过80%的灵敏度及特异性诊断结直肠癌，并可有效地预测患者的术后复发。

液体活检研究论文基础研究结肠癌生物标志物

低FODMAP饮食

肠道菌群代谢功能或可用于预测IBS患者对低FODMAP饮食的应答

Clinical Nutrition上发表的一项最新研究，通过对接受低FODMAP饮食干预的IBS患者的数据进行整合分析后发现，干预前的肠道菌群中甲烷及脂肪酸代谢通路富集的患者，对低FODMAP饮食有更好的应答。

低FODMAP饮食 IBS 研究论文生物标志物基础研究

菌群-药物互作

肠道菌群影响甲氨蝶呤对RA患者的疗效

约50%的类风湿关节炎（RA）患者对甲氨蝶呤治疗不产生充分的应答，但缺乏可预测患者应答的预后标志物。Arthritis and Rheumatology上发表的一项最新研究，对比分析了对甲氨蝶呤治疗应答及不应答的RA患者在治疗前的肠道菌群差异，发现基于菌群建立的模型可较准确地预测患者对甲氨蝶呤治疗的应答。另外，体外共培养肠道菌群与甲氨蝶呤的结果表明，肠道菌群对甲氨蝶呤的代谢或清除可能抑制甲氨蝶呤的治疗效果。

菌群-药物互作研究论文基础研究队列研究类风湿关节炎

溃疡性结肠炎

粪便蛋白水解活性或可作为溃疡性结肠炎的新型生物标志物

溃疡性结肠炎生物标志物研究论文基础研究弹性蛋白酶

胃肠道癌症

新兴的消化道癌症标志物——表观遗传改变（综述）

表观遗传改变已成为强大的癌症生物标志物，并成为越来越多癌症筛查和监测的临床试验基础。最新发表在Gastroenterology的综述总结了胃肠道中的表观遗传改变及其作为生物标志物在癌症诊断、检测、预后、预测等方面的应用。

胃肠道癌症综述医学研究基础研究 DNA甲基化

肠道真菌组

天津总医院：肠道真菌组或是大肠癌治疗的新靶点（综述）

人类的肠道菌群主要由数量惊人且丰富的细菌和真菌组成。肠道菌群失调被认为是结直肠癌（CRC）发展的关键因素。最近，越来越多的动物或临床研究证据表明，肠道真菌失调也有助于CRC的发展。天津医科大学总医院曹海龙团队发表在Biochimica et Biophysica Acta-Reviews on Cancer上的一项综述文章总结了肠道真菌在CRC发展中的作用，着重介绍了真菌潜在的致癌机制，并对真菌标志物和结直肠癌的治疗策略进行了讨论。这将有助于更好地理解肠道真菌与结直肠癌的相关性，而调节真菌群落将是预防和治疗结直肠癌的一个潜在靶点。

肠道真菌组结直肠癌肠道菌群与疾病疾病诊断生物标志物

减重反弹

减肥不成功？胃饥饿素的升高或是预兆

DiRECT是一项评估减重对2型糖尿病患者的影响的随机临床试验。Diabetes, Obesity and Metabolism上发表的一项最新研究，对DiRECT试验的结果进行了重新分析，发现在147名接受减重干预的患者中，相比于干预5个月后，干预12个月及24个月后出现体重反弹现象。进一步分析发现，患者的空腹血浆胃饥饿素浓度越高，体重反弹越多。

减重反弹胃饥饿素生物标志物研究论文

口腔菌群

口腔微生物与宿主健康（综述）

口腔微生物群由超过700种细菌组成。大量临床研究显示，口腔微生物群与人体常见口腔疾病——龋病、牙周病甚至口腔癌有着密切的关系。发表在Trends in Microbiology上的一篇综述文章回顾了人类口腔微生物群的研究现状及其与宿主天然免疫及宿主健康的关系，目的是将这些信息用于疾病预测，并设计新的治疗局部和系统微生态失调的方法。

口腔菌群口腔疾病微生物-宿主互作生物标志物疾病影响因素

酒精性肝炎

肠道菌群变化或可预测重度酒精性肝炎

Alimentary Pharmacology and Therapeutics上发表的一项病例-对照研究，对比分析了重度酒精性肝炎患者与健康对照的粪便菌群及细菌胞外囊泡菌群的多样性及组成，以及患者接受利福昔明治疗后的菌群组成变化。该研究结果提示，特定细菌分类群或可作为重度酒精性肝炎的诊断标志物及潜在治疗靶点。

酒精性肝炎生物标志物研究论文基础研究病例-对照研究

移植物抗宿主病

肠道菌群变化或可用于预测急性移植物抗宿主病的风险

来自Blood上发表的一项前瞻性观察性研究，在100名接受同种异体造血干细胞移植（allo-HSCT）的患者中发现，粪便菌群的α-多样性及组成的特定变化与急性移植物抗宿主病（GvHD）的风险显著相关，提示粪菌移植等菌群干预手段或可用于预防急性GvHD的发生。

移植物抗宿主病急性移植物抗宿主病同种异体造血干细胞移植生物标志物研究论文

外科手术

检测粪便菌群或能评估外科手术预后

在外科手术前，通常要进行预防性抗生素用药和短时间禁食等准备工作。此前研究发现，以西式饮食（WD）喂养的小鼠，在进行这些术前准备步骤和后续的手术操作后，生存率较低（29%），可能与WD对肠道菌群的不良影响有关；而以低脂高纤维饮食（SD）喂养的小鼠，其术后生存率可达100%。Annals of Surgery近期发表的一项后续小鼠研究发现，WD饮食对菌群和手术预后的不良影响，可通过在术前进行一段时间的SD预康复所逆转。粪便菌群组成以及菌群产生的丁酸，或能作为无创的生物标志物，用于评估患者身体对手术的准备程度，预测手术预后。

外科手术生物标志物预康复饮食干预粪便菌群

儿童肠道菌群

室内半挥发性有机化合物影响儿童肠道菌群？

由于半挥发性有机化合物（SVOCs）经常用于建筑材料、纺织品、家具、电子产品和其他消费品，因此在许多室内环境中被广泛检测到，其对敏感人群的影响尚不明确。最新发表在Environmental Science & Technology Letters的一项研究旨在阐明肠道微生物组成熟和长期暴露于复杂化学混合物之间的动力学。

儿童肠道菌群研究论文基础研究室内半挥发性有机化合物生物标志物

循环肿瘤DNA

中山大学附属肿瘤医院：ctDNA或可预测胃癌免疫治疗效果

中山大学附属肿瘤医院的张东生团队与徐瑞华团队在Molecular Cancer上发表的一项最新研究，在46名接受PD-1单抗治疗的胃癌患者中发现，循环肿瘤DNA（ctDNA）的数量、突变频率及特定基因的突变状态可能影响患者的无进展生存期（PFS）及应答率，另外，ctDNA中特定基因的突变可能影响免疫相关不良事件发生率。

循环肿瘤DNA 研究论文医学研究免疫检查点抑制剂肿瘤免疫治疗

癌症免疫疗法

微生物代谢组或可作为癌症免疫治疗效果的预测指标（观点）

近年来，癌症的免疫疗法取得了突飞猛进的发展。目前位于免疫疗法尖端的“免疫检查点阻断剂”对于很多癌症，尤其是恶性且化学药物耐受性癌症的治疗中有着明显的效果。其中，效果最显著的是“cytotoxic-T-lymphocyte-associated protein 4 （CTLA-4）”以及“programmed cell death 1 （PD-1）”两类免疫检查点阻断剂。尽管免疫检查点阻断癌症疗法已成为许多癌症类型护理治疗的标准，但缺乏强有力的预测性生物标志物。发表在Journal for ImmunoTherapy of Cancer上的一项观点文章认为，微生物代谢组或可作为癌症免疫疗法的预测性生物标志物及调控靶点，从而更好地对该疗法进行效果评价以及进行有效治疗。

癌症免疫疗法微生物组-代谢组免疫检查点阻断代谢产物与疾病生物标志物

乳糜泻

乳糜泻诊断的潜在生物标志物

谷蛋白摄入被用于诊断乳糜泻，但诊断依赖于谷蛋白诱导的组织学变化。Gastroenterology上发表的一项随机双盲试验，14名通过活检样本确诊的乳糜泻患者每天分别摄入3g或10g谷蛋白，发现谷蛋白摄入可引起包括CD8+ T细胞、CD4+ T细胞、IL-2等多种标志物的变化，基于这些标志物，通过低剂量、短时长的谷蛋白摄入进行非侵入式的乳糜泻诊断成为可能。

乳糜泻 Celiac disease Gluten challenge Biomarkers T cells

IBD治疗

预测停用英夫利昔单抗后的克罗恩病复发风险

英夫利昔单抗停药后，一部分克罗恩病（CD）患者可经历中/长期缓解。来自Gut上发表的一项最新研究，通过对血清蛋白组学进行分析，鉴定出了一系列与停用英夫利昔单抗后的CD短期或中/长期复发风险相关的蛋白，基于新鉴定出的潜在生物标志物的组合，可比C反应蛋白或粪便钙卫蛋白更好地预测患者的复发风险。

IBD治疗生物标志物研究论文英夫利昔单抗克罗恩病

胃癌

miRNA标志物探测胃癌高危人群

胃癌研究论文医学研究 microRNA 生物标志物

胃癌

Nature子刊：ctDNA基因分型或能助力晚期胃肠道癌症的精准医疗

精准肿瘤学的创新受各种条件限制，如符合试验条件的患者可能占比较小，意味着参加一项研究，必须筛选数百甚至数千名病人。此外，筛选期过长、筛选人群接触有限、需要重复组织活检和测试时间过长，都限制了符合条件患者的登记率。为加速创新，研究者展开GI-SCREEN研究，一项在日本范围内的胃肠道癌（GI）生物标志物筛选项目。该研究结果发表在Nature Medicine杂志，纳入SCRUM-Japan GOZILA试验（一项基于循环肿瘤DNA（ctDNA）的观察性筛查研究）中的1687名晚期GI患者。为评价ctDNA基因型分型的应用，对比了ctDNA和肿瘤组织测序在试验登记中的应用。该研究发现ctDNA基因型分型有潜力加速精准医疗的创新，并将其应用于个体患者。

胃癌研究论文医学研究循环肿瘤DNA（ctDNA）试验资格

IBD

南京大学：IBD患者的口腔菌群失调

南京大学医学院汪芳裕团队在Genomics上发表文章，发现唾液菌群失调参与了IBD的发生，口腔菌群或可为IBD的无创性诊断提供一定的参考依据。

IBD 16S rRNA sequencing Oral microbiota Dysbiosis INFLAMMATORY BOWEL DISEASE

结直肠癌

T细胞浸润或可作为微卫星稳定的II期结直肠癌的预后标志物

约20%的II期结直肠癌患者术后复发，但目前尚无有效的预后生物标志物。PLoS Medicine上发表的一项回顾性研究，纳入640名II期结直肠癌患者，发现在微卫星稳定的患者中，更多的肿瘤浸润T细胞数量及更高的T细胞克隆多样性，与更好的预后相关。

结直肠癌研究论文回顾性研究淋巴细胞浸润微卫星稳定

生物标志物

Nature子刊：或可预测健康状态的肠道菌群健康指数

用肠道菌群作为标志物进行疾病检测，是菌群转化研究的热点之一。Nature Communications发表一项来自美国梅奥诊所的新研究，基于对4000多个人粪便宏基因组的整合分析和数学建模，构建了一个可用于独立预测健康状态的肠道菌群健康指数。这项研究进一步拓展了人们对于“健康的肠道菌群”的认知，或有转化应用潜力。

生物标志物 Biomarkers Genome informatics Microbiome 粪便宏基因组

药物-菌群互作

成都中医药大学：靶向肠道菌群以实现精准医疗（综述）

肠道菌群可能影响药物的疗效与毒性，个体间菌群组成及功能的不同可能导致的药物应答的差异。成都中医药大学的彭成团队在Theranostics上发表的一篇综述文章，详细讨论了以下几个方面：肠道菌群影响药物疗效及毒性的机制、肠道菌群变化导致的药物应答差异、基于肠道菌群的生物标志物用于患者分层及治疗决策、个性化调控肠道菌群以改善药物应答的策略。

药物-菌群互作 Gut microbiota Precision Medicine drug toxicity Drug Efficacy

慢性肾病

国内团队：慢性肾病患者的肠道菌群变化

浙江大学医学院附属第一医院的李兰娟院士团队与郑州大学附属第一医院的余祖江团队、刘章锁团队及吴歌在Advanced Science上发表的一项队列研究，对比分析了110名慢性肾病患者及210名健康对照的肠道菌群，鉴定出了患者的菌群多样性、组成及功能的变化，并利用5个OTU作为非侵入性标志物很好地区分了患者与对照。

慢性肾病研究论文生物标志物队列研究肠道菌群