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Akintunde Emiola
文章数:2篇
细菌生长速率
Science子刊:基于宏基因组推断菌株原位的生长速率
细菌生长速率的计算是宏基因组研究中的热点问题,之前报导过2018年《Nature Communication》发表的GRiD方法(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1096045434)和《Nature Methods》发表的DEMIC方法(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1042256665),最近Science子刊提出的SMEG方法 https://github.com/ohlab/SMEG 可以更好的计算菌株的原位生长速度,软件提供Github源代码和Bioconda的安装方式,方便用户使用。
细菌生长速率
宏基因组分析工具
生物信息学
分析流程
Yufeng Jane Tseng
宏基因组分析方法
基于宏基因组数据对菌群中低丰度细菌的生长速率进行原位测量
与现有的细菌生长速率测定软件相比,GRiD方法既不需要完整的基因组信息,也不需要微生物组成信息。由于其能够在极低测序覆盖度的条件下测量微生物生长速率,所以特别适合分析低丰度物种。点击查看另一个同类工具(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1042256665)。
宏基因组分析方法
生长速率
生物信息学工具
皮肤菌群
牛皮癣