Frederic D Bushman

肠道病毒组学综述儿童

Nature Reviews Microbiology近期发表的综述中，概述了人类病毒组的组装、组成和动态，以及宿主病毒组在健康和疾病中的相互作用。推荐专业人士阅读！

人噬菌体

非洲人的基因组、表型及文化多样性为研究宿主-菌群共进化及其对适应性表型的影响提供了一个独特的机会。Genome Biology上发表的一项最新研究，通过分析对比不同种群及不同生活方式的喀麦隆人的肠道菌群、肠道寄生虫及免疫指标，发现生活方式及肠道寄生虫的存在显著影响了菌群的组成与多样性，并对宿主免疫应答产生显著影响。

宿主-菌群互作 gut microbiome hunter-gatherers parasites helminths

婴儿肠道菌群

Nature：婴儿肠道病毒组定植分两步，母乳喂养保护作用显著

建立正常的肠道菌群对于婴儿的健康发育有重要意义，目前相关研究大多聚焦肠道细菌，人们对婴儿肠道病毒组还所知有限。Nature发表的一项最新研究，分析了20名婴儿出生、1月龄和4月龄时的粪便病毒组及其影响因素，并在另外2个超过百人的婴儿队列中进行验证。该研究发现，婴儿肠道病毒组的定植可分为2个阶段：早期以先锋细菌诱导的温和噬菌体为主，之后逐渐出现可感染人体细胞的病毒，而这些病毒在母乳喂养的婴儿中明显较少。这项研究不仅揭示了生命早期肠道病毒组的发展规律，也为母乳喂养的积极作用提供了新的见解。

婴儿肠道菌群病毒组 Microbiome Virology 喂养方式

新生儿肠道代谢组

Nature子刊：细菌定殖重组新生儿肠道代谢组

Nature Microbiology的这篇文章介绍了非裔美国新生儿在生命初期肠道菌群定殖及相关代谢物的变化特点。该研究的亮点包括使用了包括基因组、蛋白组和代谢组在内的多组学研究，认为大肠杆菌虽是兼性厌氧菌，但在新生儿出生后仍处于厌氧环境中生长，暗示新生儿的大肠环境本就是无氧的，而非通常认为的通过兼性厌氧菌消耗氧气促进严格厌氧菌的后续定殖。

新生儿肠道代谢组细菌定殖 metabolomics metagenomics Microbiome

人群肠道菌群结构

非洲农村地区人群的肠道菌群结构

Genome Biology上发表的一项最新研究，对博茨瓦纳和坦桑尼亚的农村地区人群的肠道菌群结构进行了分析，并与工业化地区人群进行了对比。

人群肠道菌群结构 adaptation Agropastoralists Diet Genetics

胎盘菌群

胎盘菌群可能并不存在

一直以来人们以为子宫内是无菌环境，但近年来这一认知受到挑战，一些研究指出，胎盘中可能存在菌群——尽管含量很低。Microbiome近期发表的一项研究，通过多种方法分析早产和足月生产的人体胎盘样本，并设计了严格的阴性和阳性对照，发现胎盘菌群与阴性对照没有明显差异。

胎盘菌群 16S rRNA gene Microbiome Placenta preterm birth

肠型

Nature子刊：利用“肠型”对肠道菌群进行分类

这是Nature Microbiology发表的重要文献，包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家，针对“肠型”这个概念进行了新的探讨，以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖，我们仅简要介绍。特别推荐！

肠型 Trevor Beaudoin Charles M Deber

生物钟

SR：“时序组”或可正式走上舞台

这是 Scientific Reports[IF：4.259]发表的明确提出“时序组（Chronobiome）”的研究，通过对包括菌群在内的指标的研究分析，认为针对人类疾病治疗，要考虑随着时间的发展各种指标均会出现变化，要针对时间变化制定出相应的应对措施，而不同的与时间有关的监控信息组合在一起即形成“时序组（Chronobiome）”。很有意思的概念和研究，特别推荐阅读，可涨知识哦。

生物钟 Andrew H Moeller Andrew H Moeller

脲酶

STM：细菌脲酶引起肠道菌群失调并恶化IBD

这是Science Translational Medicine[IF：16.796]最新发表的关于表达脲酶的大肠杆菌如何通过引起肠道菌群的有害变化从而恶化小鼠炎症性肠病的研究，值得专业人士好好看看。

脲酶克罗恩病 Ellen Blaak Dorien Reijnders

母乳菌群

JAMA子刊：满月婴儿，38%肠道菌群来自母乳和乳晕！

这是一项很重要的研究，第一次解答了一个很多人会关心的问题，那就是母乳喂养的婴儿肠道里的菌群，有多大比例来自于母亲，平均为38%（27.7%来自母乳，10.3%来自乳晕）！这个数字恐怕会被很多人很多次引用的。强烈推荐！

母乳菌群乳晕皮肤菌群

宏基因组学

Microbiome：在微生物组研究中优化方法和规避误区（必读综述）

这是关注菌群研究的人必读的方法学综述，强烈推荐。

宏基因组学 “猎枪”宏基因组环境污染方法研究设计

胎盘

Microbiome：正常胎盘里有微生物？可能是扯淡！

健康发育的胎盘里到底有没有微生物？大家什么意见？

胎盘胎盘微生物 16S rRNA 低含量样本试剂污染

抗生素

Cell子刊：炎症/抗生素/饮食如何改变克罗恩病儿童的菌群？

① 跟踪接受肠内营养或抗TNF-α治疗的克罗恩病儿童，并分析其粪便中细菌、真菌、古细菌和病毒的动态变化；② 肠道菌群的变化与炎症、抗生素的使用和治疗独立相关，抗生素的使用与细菌失调和真菌增加有关，而肠道炎症的减少可改善这种紊乱，此外，真菌比例还随病情进展而增加；③ 饮食对肠道菌群组成有独立而快速的影响，且不同于其他应激引起的变化，可有效降低炎症；④ 炎症、饮食和抗生素对菌群紊乱的影响可为儿童克罗恩病的治疗提供思路。

抗生素儿童克罗恩病饮食疗法

Bmal1基因

PNAS：肠道菌群的节律性受性别及生物钟调节！

① 小鼠粪便细菌绝对数量及拟杆菌门的相对丰度呈现生理节律性； ② 这种周期节律在雌性小鼠中更为明显； ③ 生物钟相关基因Bmal1敲除导致雄性与雌性小鼠粪便菌群节律性丧失； ④ Bmal1敲除诱导粪便细菌相对丰度的改变，且对不同性别小鼠的影响不同。

Bmal1基因生物钟生理节律性别差异拟杆菌门

生物钟

Cell：打乱生物钟，引起肠道菌群失调和肥胖！

① Thaiss等人报道了肠道菌群的组成及功能会经历昼夜周期变化，打乱宿主的生物钟会引起肠道菌群失调；② 宿主主要通过维持摄食节律来控制菌群的周期变化；③ 将受时差影响的两人的肠道菌群移植给小鼠，发现时差调整期间的菌群使小鼠体重和脂肪含量增加，控制血糖能力下降；④ 因此，在菌群研究中需将时间作为一个重要变量去考虑，还需设计足够有说服力、对照良好、随机的转化研究，以评估小鼠中的观察结果与人类生物学和疾病的相关性和重要性。

生物钟昼夜节律代谢紊乱减肥肥胖

微生物组学

Microbiome：人体微生物组学的未来在哪里？

① 2013年7月24日至26日在美国马里兰州的贝塞斯达召开了题为“人类微生物组学:憧憬未来”的学术会议；② 会议汇集了人类微生物组研究领域的专家，旨在全面介绍微生物组研究的现行状态，但更重要的是确定并讨论这个新兴领域研究的不足，挑战和机遇；③ 本报告将总结一下专家演讲报告，并阐述了在继续推动并提供医学转化应用方面，人类微生物组该做什么样的研究。

微生物组学 Jing Sun Jiaming Liu