功能基因组学

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功能基因组学

文章数：8篇

Nature子刊：利用肠道共生菌介导的RNAi，研究蜜蜂功能基因组学

目前蜜蜂功能基因组学研究主要是利用双链RNA(dsRNA) 注射或喂养来诱导RNAi介导的目标基因敲低，dsRNA注射既费力又有害，而dsRNA喂养价格昂贵，因此急需开发新的方法研究蜜蜂功能基因组学。近日，发表在Nature Protocols上的这篇文章，利用蜜蜂肠道细菌介导的RNAi方法可稳健、持久和系统地抑制蜜蜂基因的表达，本研究为未来研究其他昆虫和动物物种提供了新思路。

工程菌蜜蜂功能基因组学

菌群-宿主互作

功能基因组学结合微流控，高效挖掘微生态功能基因

高效的功能基因组方法，有助于阐释肠道微生物利用肠粘膜多糖的机制。本研究建立了一种高效的微生态功能基因组研究方法，通过建立长片段fosmid文库、微液滴筛选大肠杆菌表达株，可利用常规流式细胞分选仪进行高通量功能基因组筛选，适用于各种基于宏基因组的功能筛选。利用该方法，本研究鉴定了细菌中与IBD相关的粘蛋白聚糖分解酶，有望从菌种特异的功能基因角度阐释IBD患者肠道菌群特点。

菌群-宿主互作 functional metagenomics Droplet microfluidics Human gut microbiota Human glycans

微生物单细胞测序

单细胞功能基因组学捕捉罕见纤维降解细菌

从环境中筛选、鉴定出具有特定功能的细菌对于研究微生态功能具有重要意义。本研究利用底物荧光标记、流式细胞分选和单细胞基因组测序技术，从热泉环境中分离出了多种新的纤维降解细菌和纤维素分解酶。这种基于功能筛选的微生物单细胞基因组测序技术，有望用于阐释复杂微生态体系中的微生物功能，尤其适用于鉴别低丰度、难培养微生物。

微生物单细胞测序功能基因组学研究论文难培养微生物

宿主-菌群互作

功能基因组筛选鉴定出可激活NF-κB信号通路的细菌菌株

来自mBio上发表的一项最新研究，通过将不同人体细菌菌株的基因组导入大肠杆菌中进行功能基因组筛选，鉴定出了来自6种不同的人体细菌菌株中的多种效应基因编码的蛋白可激活NF-κB信号通路。该研究提供了一种深入理解宿主-菌群互作机制的方法。

宿主-菌群互作 NF-κB functional screening human microbiome NF-κB信号通路

人体功能性基因组计划

Cell：基因，是细胞因子和免疫功能差异的基础

① 本研究是人体功能基因组学项目的一部分，旨在研究免疫反应差异性的决定因素；② 对2个群体共700人进行研究，寻找影响对体外刺激源响应以产生细胞因子的基因突变体；③ 遗传因素对细菌、真菌、病毒或非微生物刺激源刺激下的细胞因子产生能力有很大影响；④ 找到17个新的细胞因子QTL，基因突变体影响全血、血液单核细胞、巨噬细胞的6种不同细胞因子；⑤ 这些QTL对应的生物学通路中包含模式识别受体、细胞因子及补体抑制剂、血管舒缓素系统。

人体功能性基因组计划功能基因组学细胞因子 Rheinallt M Jones Rheinallt M Jones

功能基因组学

mBio：如何对微生物基因组进行功能注释？

功能基因组的研究正在火热推进中，对微生物基因组进行功能注释非常必要，关于这方面的进展，这篇文章值得一读。

功能基因组学功能注释微生物基因组 Claudia Carvalho-Queiroz Eva Sverremark-Ekström

功能基因组学

对213株乳杆菌及其相关菌属进行比较基因组学研究扩展乳酸杆菌的生物应用潜力

① 乳酸菌的代谢多样性、种属不明确、与其他重要的乳酸菌之间关系的不确定性，使得开发利用乳酸菌变得复杂，且乳酸菌催化的生物转化能力尚未开发；② 发布213株乳杆菌及其相关菌属的基因组序列，发现73个核心基因，描述修饰碳水化合物和蛋白质的编码基因目录；③ 乳酸杆菌有广泛且多样性的新CRISPR-Cas免疫系统，可用于基因编辑；④ 揭示乳酸杆菌在自然和工业环境的宿主相互作用因子和细菌素的系统基因组学分布，及工艺过程中承受压力的机制。

功能基因组学乳杆菌

实验可重复性

Nature子刊：如何促进宏基因组研究的可重复性？（2012）

又是经典回顾，一堆大佬2012年在Nature Biotechnology上呼吁全世界科学家通力合作，建立起统一的数据标准，是微生物组研究具有可比性。大概大家熟悉的大佬都在作者list里。

实验可重复性比较宏基因组计算生物学和生物信息学环境生物技术功能基因组学