DNA甲基化

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DNA甲基化

文章数：8篇

免疫特征基因甲基化，可以辅助肿瘤诊断

① 选取布鲁塞尔朱勒博尔代研究所的3个乳腺癌队列以及肿瘤基因组图谱（TCGA）其他肿瘤；② 与组织病理学评估的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）或基因表达基础上的免疫标志物相比，TIL甲基化（MeTIL）特征检测的TIL以敏感性方式分布的患者生存期长、化疗疗效佳；③ 对石蜡固定、福尔马林包埋的肿瘤组织的少量DNA进行亚硫酸氢焦磷酸测序，可确定MeTIL标志，支持该方法在临床的应用；④ DNA甲基化可评估肿瘤免疫应答，改善乳腺癌等恶性肿瘤诊疗。

DNA甲基化肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）肿瘤浸润淋巴细胞甲基化

原发灶不明恶性肿瘤

原发灶不明恶性肿瘤：基于表观遗传学的精准治疗

① 某些肿瘤患者组织学起源不明，或同一组织学类型和基因学特征，具有完全不同的行为，即表观遗传学背景不同所致；② 鉴定原发灶不明恶性肿瘤（CUP）的组织学起源，是表观基因组学在临床情境下解决诊断和治疗需求的实例，传统诊断程序仅能明确30%CUP的组织学起源，EPICUP可提高到87%；③ 表观遗传学指导的组织起源的预测可更准确地诊断CUP；④ 组织起源的预测提供的初步数据提示存在特定的遗传学改变，可用于特异性治疗，即可用于药物的靶点。

原发灶不明恶性肿瘤表观基因组学 DNA甲基化

急性淋巴细胞白血病(ALL)

早期疗效评价，随后分层治疗：改善T-ALL预后

① 213例成人T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）包括47例早期胸腺前体（ETP）-ALL，参与GRAALL 2003和GRAALL 2005研究；② 靶向二代测序揭示，成人T-ALL中，细胞因子受体和RAS信号传导通路突变率62.2%、造血发育突变率29.7%，组蛋白化学修饰突变率48.6%；③ 早期骨髓化疗耐药水平高达87%，GRAALL方案治疗的ETP-ALL成人疗效不优于非ETP-ALL患者，同种异基因干细胞移植对患者有效；④ 疗效基础上的风险分层和强化治疗可改善成人ETP-ALL的不良预后。

急性淋巴细胞白血病(ALL) 早期胸腺前体(ETP)-ALL RAS信号传导通路组蛋白化学修饰 DNA甲基化

髓母细胞瘤：肿瘤异质性

① 分子分组彻底改变髓母细胞瘤的分类，亚组内异质性的程度不明；② 将763例原发肿瘤的相似网络融合（SNF）应用于全基因组范围DNA甲基化和基因表达数据，鉴定出非常均质的患者群，支持存在髓母细胞瘤亚型；③ 整合体细胞拷贝数变化和每一亚组特异性临床特征之后，鉴定出12个髓母细胞瘤亚型，应用SNF进行整合分析后，又进一步将3组和4组髓母细胞瘤区分开来；④ 鉴定出两个明确的具有不同预后和生物学特征的Sonic Hedgehog婴儿髓母细胞瘤亚型。

全基因组髓母细胞瘤 DNA甲基化拷贝数 copy number

人类乳头瘤病毒（HPV）

HPV-DNA甲基化预测CIN3级治疗反应

① 咪喹莫特和西多福韦治疗外阴上皮内瘤变（VIN）的反应率分别是57%和61%，临床因素不能预测治疗反应；② 对RT3 VIN临床试验的167例VIN 3进行评估，鉴定HPV阳性病例，并在E2，L1/L2和启动子三个区域中评估HPV DNA甲基化状态；③ E2区域甲基化与治疗反应有关：西多福韦反应者的甲基化水平明显升高，以>4%预测治疗反应的敏感性为88.2%、特异性为84.6%；④ 咪喹莫特反应者的甲基化水平较低，以<4%预测治疗反应的敏感性为70.6%、特异性为62.5%。

人类乳头瘤病毒（HPV） DNA甲基化咪喹莫特西多福韦外阴上皮内瘤变（VIN）

铂类药物化疗

铂类药物导致患者血液DNA甲基化改变：还和生存期相关

① 铂类药物化疗后，DNA损伤修复可能会引起异常的DNA甲基化；② 247例卵巢癌患者与46例首次卵巢癌复发患者参与实验，采用450K甲基化芯片和亚硫酸盐测序检测患者血液DNA；③ 铂类药物化疗后，复发患者血液出现的特定CpG岛甲基化与患者生存相关，风险比：3.7（1.8 - 7.6），复发卵巢癌肿瘤内也有类似的变化，风险比：2.6（1.0–6.8）；④ 卵巢癌细胞系模型中，出现类似变化；⑤ 血液DNA甲基化检测可以提供一种非侵入性的方法检测患者表观遗传反应。

铂类药物化疗卵巢癌(OC) DNA损伤修复 DNA甲基化表观遗传

内源性反转录病毒（ERV）

引蛇出洞，借刀杀人：甲基转移酶抑制剂，原来是这样抗癌的

① 内源性反转录病毒（ERV）约占人类基因组的8%，是由几百万年前外源性反转录病毒感染而来；② 正常情况下ERV的启动子区域处于甲基化状态，是没有功能的；③ 本文发现用DNA甲基转移酶抑制剂（DNMTi）处理肿瘤细胞可以引起ERV启动子区域去甲基化，从而起始ERV的转录，并折叠成dsRNA结构；④ dsRNA作用于胞内受体从而激活抗病毒通路，产生的I型干扰素会作用于其它肿瘤细胞；⑤ DNMTi可以促进肿瘤对免疫检查点阻断剂的敏感性，提高抗肿瘤效果。

内源性反转录病毒（ERV） DNA甲基化抗病毒反应

表观遗传学

破解肿瘤表观遗传奥秘的“神器”：化学探针（综述）

① 动态和复杂的表观遗传学环境背景下，转录程序是肿瘤细胞特征的基础；② 染色质修饰的体细胞改变，是最常见的肿瘤扰动，急需靶向化学探针以解析这些复杂的、相互关联的基因调控回路；③ 有效的化学探针促进机制研究，同时为药理学提供概念验证，将药物衍生物转化为抗肿瘤药物；④ 开发与肿瘤病理发生相关联的表观遗传学效应蛋白的化学探针，如组蛋白甲基化探针、组蛋白乙酰化探针、DNA甲基化探针；⑤ 表观遗传学工具箱在研发领域应用广泛。

表观遗传学染色质修饰化学探针组蛋白甲基化组蛋白乙酰化