Till R Lesker

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Till R Lesker

文章数：6篇

Cell子刊：产酸克雷伯菌抵抗多重耐药肺炎克雷伯菌定植

多重耐药（MDR）细菌的肠道定植增加了易感个体的血液感染风险。Cell Host and Microbe发表的这项研究，鉴定出能保护宿主抵抗MDR肺炎克雷伯菌定植的肠道共生菌——产酸克雷伯菌，或能作为下一代益生菌用于清除MDR细菌，并揭示了其发挥定植抵抗作用的机制。

定植抵抗多重耐药菌产酸克雷伯氏菌肺炎克雷伯氏菌肠道感染

Nature子刊：猪肠道细菌集合的分析鉴定

Nature Communications上发表的一项最新研究，对猪的肠道细菌进行培养，在分离出的117个菌株中，鉴定出16个新的菌属及22个新的菌种，并发现了一些新的有趣的菌群功能，包括Clostridium porci的基因组中编码的岩藻糖转移酶等。该研究鉴定出的“猪肠道细菌集合”（PiBAC）已公开，有助于进一步深入了解猪肠道菌群的功能。

猪研究论文基础研究

菌群-免疫互作

特定普氏菌属成员的定殖破坏菌群稳态以增加小鼠结肠炎易感性

Mucosal Immunology上发表的一项最新研究，发现普氏菌属中的一个新菌种——Prevotella intestinalis的定殖可通过改变肠道菌群组成，减少乙酸盐等短链脂肪酸的产生，从而降低肠道IL-18的水平，以增加小鼠对DSS诱导结肠炎的易感性。

菌群-免疫互作菌群-免疫互作普氏菌属 IL-18 短链脂肪酸

小鼠肠道菌群

Cell子刊：小鼠肠道宏基因组包含460万个基因和660个基因组的基因集

通常，参考基因目录的生成涉及特定于样品的组装，基因预测以及基因条目的全数据集聚类，以减少冗余。但是，这种方法导致基因条目的物种分类学分辨率降低。这是由于高度相关但截然不同的基因的聚类以及缺乏高分辨率的分类学信息所致。大规模宏基因组学方法面临的一个具体挑战是将特定的16S rRNA基因序列与MAGs连接起来，这通常导致连接率较低。在这里，作者提出了一种综合的方法和相应的计算流程来构建整合的基因目录，从而显著改善了基因条目的物种分类学分辨率，并将基因链接到MAGs(宏基因组装配的基因组）和重建的全长16S rRNA基因。整合的小鼠肠道宏基因组目录（iMGMC）由298个可公开获得的新测序的宏基因组样本构建而成。此外，本文提出了一组另外的MAGs，它们是从898个宏基因组测序样品的单独单样品组装中获得的，与整合到iMGMC中的MAGs一起组成了1,296种细菌水平的细菌基因组。

小鼠肠道菌群基因目录微生物组宏基因组装配基因组 Mouse gut microbiota

揭秘S24-7科细菌

S24-7这个名字对于研究肠道菌群研究的人而言可能并不陌生，它是小鼠肠道内拟杆菌目的一个优势菌科，但是其分类和序列数据注释仍存在模糊之处。《Microbiome》近期发表一项研究，从16S rRNA、细菌基因组、宏基因组学、分离培养等技术层面，对S24-7科细菌的多样性、生态学、功能潜力、种系发生等问题和特征进行分析和描述，并建议将其命名为Muribaculaceae。

肠道细胞 Bacterial diversity Bacteroidetes Cultivation Family S24-7

宏基因组仿真数据生成软件：CAMISIM

CAMISIM是特别为生成宏基因组和菌群测序仿真数据而设计的软件。该软件生成的数据集，可用于评测不同宏基因组分析工具的性能，指导软件使用时的参数设置，优化分析流程等。

宏基因组 Benchmarking CAMI Genome binning Metagenome assembly