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Lucas Paoli
文章数:3篇
海洋菌群
Nature:深挖海洋菌群的生物合成潜力
Nature最新发表来自瑞士苏黎世联邦理工学院的研究,从世界各地1000多个海水样本中,通过宏基因组组装构建了大约2.6万个海洋微生物基因组。对这一资源的挖掘鉴定出近4万个生物合成基因簇,并发现了一个在生物合成上很有“天赋”的新菌科,以及新的酶和天然产物。该研究为深入挖掘海洋微生物组及其生物合成潜力,提供了重要资源。
海洋菌群
生物合成基因簇
海洋宏基因组
Cell:全球海洋微生物群落的宏转录组
Tara Oceans 项目组在之前介绍海洋微生物群落的分类学和基因组组成方面结果的基础上(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1074539881),近日又推出了海洋宏转录组在全球范围内如何变化的研究成果。这项发表在 Cell 杂志上的论文向我们展示了来自全球分布的 126 个采样站的 187 个转录组和 370 个基因组的数据集,包括 4,700 万个基因的资源。研究主要基于维度(极地到非极地)和深度差异,发现了海洋微生物群落的演替和微生物转录组变化的多样性差异。总的来说,全球气候变暖能够驱动海洋微生物群落转录组的变化,直至出现群落更替的现象。
海洋宏基因组
宏转录组
海洋菌群
宏基因组测序
气候变暖
微生物分类
Nature子刊:用单拷贝基因系统发育方法分析OTU
16S rRNA基因用于系统分类学研究的地位已经不稳了。之前就有研究人员通过单拷贝基因构建了新的生命之树(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1087194889),发现有明显优势。《Nature Communications》近期发表研究,又进一步基于新的生命之树开发了mOTUs2菌群分析工具。随着宏基因组测序的不断发展,这种分析方法或许将成为菌群结构分析的标准动作之一,非常值得关注!
微生物分类
菌群结构
生物信息学工具
宏基因组学
生物信息学数据库