16S rRNA amplicon

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16S rRNA amplicon

文章数：3篇

同厂家不同批次的实验大鼠，可得出不同的代谢和菌群结论

啮齿动物是医学研究领域常见的实验动物。长久以来，人们认为只要控制好同种实验动物的育种和饲养条件，它们的代谢组就具有相似性，其实验具有重复性。但本实验的结果显示，装运批次对大鼠的尿液代谢成分和肠道菌群有显著影响，甚至高于尿毒症。基于不可避免的装运批次差异，原文作者建议详细记录动物购买和饲养等细节，并使用主成分分析法(PCA)，标清出所有变量，以便评估实验结果是否具有普遍性，是否是假阳性结果。这也许也是诸多动物实验结果无法迅速直接应用到人类疾病中的原因之一。

Microbiome Urinary metabolome 1H-NMR spectroscopy Uraemia Batch effect

Nature子刊：全新的微生物组分析平台QIIME 2正式发布

引用1.7万多次的微生物组分析流程QIIME发布已9年，无法满足当今大数据和可重复分析的要求。2016年发起的全新项目QIIME 2，基于Python3编写，集合了10个国家79家单位的112位作者共同参与，于2019年7月24日在生物技术顶级期刊Nature Biotechnology正式发表。该项目发表不是项目结束，而是刚刚开始，将会以每季度的速度进行大版本更新优化和增加新功能，而且也希望更多的国际同行加入，打造微生物组领域最强大的分析平台和知识库。该项目在发表前已经非正式引用近千次，现在大家可以优雅的引用它了。本月底将发布2019.7版本，年底发布2019.10版本，配套中文文档和视频教程也将在宏基因组公众号陆续更新，详见延伸阅读。

微生物组 QIIME2 软件刘永鑫白洋

菌群-宿主互作

年龄和性别如何影响肠道菌群多样性？

人类肠道菌群的多样性随宿主年龄增长而改变，宿主性别也对菌群多样性具有影响。《mSystems》近期发表人群研究，纳入来自美国、英国、哥伦比亚和中国共计9000余名参与者，发现年龄和性别对于肠道菌群多样性的影响具有一定的人群差异性。该结果有助于进一步研究宿主特点对共生菌群的影响。

菌群-宿主互作 16S rRNA amplicon age diversity Microbiome